Browsing by Author "Jokiniemi, Silja"

Suomenlampaalle on kartoitettu alun perin 73 eri isälinjaa, mutta pässejä on tällä hetkellä elossa 44 eri linjasta. Hollolassa on 1980–1990-luvuilla pakastettu vanhoja siemenannoksia, joiden rodut ja polveutumistiedot ovat vajavaiset eivätkä niiden isälinjat ole tiedossa, minkä takia niitä ei ole käytetty. Tavoitteena oli selvittää genotyypityksen avulla, eroavatko nykyiset suomenlampaan isä-linjojen edustajat geneettisesti toisistaan sekä ovatko vanhat pakastetut siemenannokset mahdollisesti suomenlampaita ja voisiko niitä käyttää vanhojen kadonneiden isälinjojen palauttamiseen tai uusien isälinjojen luomiseen suomenlampaalle. Käytettävä aineisto koostui 80 genotyypistä, joista 43 oli kerätty eläviltä suomenlammaspässeiltä ja 37 vanhoista siemennäytteistä. Näytteet genotyypitettiin NeoGen GGp Ovine 50K -sirulla ja niiden genotyypitys onnistui hyvin. Moniulotteisen skaalauksen (MDS) perusteella osa vanhoista siemennäytteistä osoittautui olevan muita kuin suomenlampaita. Eri isälinjoja edustavat pässit painottuivat löyhästi kolmeen eri ryhmään, mutta kokonaisuudessaan eri isälinjojen pässit eivät geneettisesti eronneet paljoa toisistaan. Pässien välillä havaitut geneettiset erot johtuivat isälinjojen sijaan todennäköisesti eniten siitä, kuinka paljon yhteisiä esivanhempia tutkielmaan mukaan valituilla pässeillä oli. Vanhojen siemennäytepässien yhdistäminen luotettavasti elossa oleviin tai jo kadonneisiin isälinjoihin genomiaineiston perusteella osoittautui mahdottomaksi, koska pässeihin sekoittuu emien kautta kaikkia muita isälinjoja. Siemennäytepässit ovat kuitenkin pääasiassa geneettisesti etäisempiä suurimpaan osaan yleisimmistä isälinjoista, minkä takia niitä voitaisiin hyödyntää siemennyksen kautta lisäämään nykyisen suomenlammaspopulaation geneettistä monimuotoisuutta. Pässien genomiaineistoon perustuvien sukulaisuuksien (G-matriisi) ja sukupuuaineistoon perustuvien sukulaisuuksien (A-matriisi) väliset korrelaatiot olivat pääasiassa korkeita. Neljällä pässillä korrelaatio oli matala. Muilla pässeillä korrelaatiot vaihtelivat 0,35 ja 0,95 välillä keskiarvon ollessa 0,71. Matala korrelaatio kertoo todennäköisesti siitä, että näiden neljän pässin sukupuutiedoissa on virheitä, näytteet on otettu vääristä eläimistä tai näytteet ovat menneet sekaisin genotyypityksessä. Tämän perusteella suomenlampailla genotyypitystä kannattaisi aluksi hyödyntää ainakin sukulaisuuksien tarkistamisessa, sillä kirjaamisvirheitä voi tulla helposti korkean sikiävyyden takia. Samalla saataisiin kerättyä genomiaineistoa, mitä voitaisiin tulevaisuudessa hyödyntää, jos suomenlampaalle halutaan alkaa tekemään genomista valintaa. Isälinjojen alkuperäinen tarkoitus paritusvalintojen tekemisen helpottamiseksi on menettänyt merkitystään, kun lampaiden tuotosseurantaohjelma mahdollistaa sukulaisuuksien tarkistamisen kuuden sukupolven perusteella. Tutkielman tulosten perusteella suomenlampaan jalostuksessa tärkeintä olisi eri isälinjojen säilyttämisen sijaan pyrkiä ylläpitämään mahdollisimman monipuolisesti eri sukuja ja hillitsemään sukusiitosasteen kasvua populaatiotasolla.