Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "bakteerit"

Sort by: Order: Results:

  • Bakteerien ja eukaryoottien fyysiset vuorovaikutukset jätevedessä 
    Puhakainen, Kai (2016)
    Bakteereita ja eukaryootteja esiintyy erittäin runsaasti jätevedessä, jossa ne voivat muodostaa fyysisiä vuorovaikutuksia toistensa kanssa. Fyysisiä vuorovaikutuksia bakteerien ja eukaryoottien välille voi muodostua symbioosien tai saalis-saalistaja suhteen välityksellä. Bakteerit ja eukaryootit osallistuvat myös jäteveden puhdistusprosesseihin, joten näillä molemmilla on iso merkitys puhdistusprosessissa. EpicPCR-menetelmän avulla voidaan tutkia isoja mikrobipopulaatioita sekvensoimalla genomin alueita suuresta määrästä yksittäisiä soluja. Aiemmin menetelmää on käytetty selvittämään sulfaatin pelkistämiseen osallistuvien bakteerien fylogeneettista diversiteettiä järven sedimenteissä. Tämän työn tarkoituksena oli tutkia bakteerien ja eukaryoottien fyysisiä vuorovaikutuksia jätevedessä käyttäen apuna epicPCR-menetelmää. Tutkimuksessa yhdistettiin tiiviissä fyysisessä yhteydessä olleen bakteerin 16S rRNA- ja eukaryootin 18S rRNA -geeni. Samalla selvitettiin miten epicPCR-menetelmä soveltuu käytettäväksi kahden fylogeneettisen 16S rRNA- ja 18S rRNA -geenin yhdistämiseen ja miten jätevesi soveltuu näytteeksi. Tulosten perusteella pohdittiin millaisia voisivat olla bakteerien ja eukaryoottien fyysiset vuorovaikutukset ja mitä ne merkitsevät kummallekin osapuolelle. Fyysisiä yhteisvaikutuksia tutkittiin käyttämällä yksinkertaiseen teknologiaan perustuvaa epicPCR-menetelmää ja sekvensointi suoritettiin Illumina MiSeq -menetelmällä. Sekvenssien käsittely ja analyysi tehtiin käyttäen Unixin Bash -komentorivikieltä ja R-ohjelmointikieltä CSC:n Taito-laskentaklusterilla käyttäen apuna Qiime-työkalupakettia. Tulosten perusteella bakteerien ja eukaryoottien välillä havaittiin fyysisiä yhteyksiä, jotka jakaantuivat kahdella eri tavalla. Jätevedestä löytyi eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden useamman bakteeriryhmän kanssa ja eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden vain tietyn bakteeriryhmän kanssa. Saalistukseen pystyvät eukaryoottiryhmät muodostivat yhteyksiä useamman bakteeriryhmän kanssa kuten myös määrällisesti enemmän kuin fotosynteettiset eukaryoottiryhmät.
  • Nanokokoisen titaanidioksidin, sinkkioksidin ja hopean vaikutus hiiren ihon mikrobeihin 
    Mäenpää, Stina (2018)
    Nanomateriaalit ovat hyvin pienikokoisia materiaaleja, joiden koon tuomat erityisominaisuudet ovat teollisuuden kannalta hyödyllisiä. Nanomateriaalit reagoivat eri tavalla myös biologisen materiaalin kanssa, joten samat teollisuuden kannalta suotuisat ominaisuudet on otettava huomioon toksikologisesta näkökulmasta. Nanotitaanidioksidia ja nanosinkkioksidia käytetään aurinkovoiteissa, kun taas nanohopeaa käytetään haavahoidossa ja vaatteissa. Näille materiaaleille voi täten altistua ihon kautta. Ihon yksi tärkeimpiä tehtäviä on suojata meitä ulkoisilta haitoilta ja iholla on omat mekanisminsa tätä varten. Iholla on myös oma mikrobiyhteisönsä, joiden poikkeavuudet ovat yhteydessä erilaisiin ihosairauksiin. Ihon mikrobien sekä nanomateriaalien välistä yhteyttä ei ole tutkittu kattavasti ja tässä maisterintutkielmassa tutkittiin tätä yhteyttä. Karvattomia, SKH-1-kannan hiiriä altistettiin nanotitaanidioksidille, nanosinkkioksidille tai nanohopealle. Osa hiiristä lopetettiin vuorokauden sekä osa seitsemän päivää altistuksen jälkeen, ja hiiristä kerättiin ihonäytteitä mikrobi-DNA:n ja hiiri-isännän RNA-eristystä varten. Hiiri-isännän ihopalojen RNA:n eristystä optimoitiin erilaisilla helmihakkausputkilla ja RNA:n laatu tarkastettiin. RNA:sta tutkittiin metallotioniinien ja tulehdusta edistävien sytokiinien geenien ilmentymistä kvantitatiivisella PCR:llä. Mikrobi-DNA eristettiin ihopaloista ja puikkonäytteistä, ja eristystä optimoitiin kolmella eri menetelmällä. DNA:sta monistettiin 16S rRNA-geeni, sekvensointiin Suomen molekyylilääketieteen instituutissa ja käsiteltiin R-ohjelmistolla. Myös sekvenssidataa käsiteltiin kolmella tavalla ennen kuin saatiin varsinaiset tulokset. Hiiren ihon geenien ilmentymisessä ei havaittu erityistä muutosta. Sen sijaan ihon bakteerien kokoonpanossa havaittiin muutos. Bakteereita tarkastellessa vuorokauden titaanidioksidi- ja sinkkioksidiryhmät erosivat hieman naiiviryhmästä, ja seitsemän päivän hopearyhmä erosi naiiviryhmästä selkeästi. Erityisesti Corynebacterium-bakteerien osuus nousi hopea-altistuksen myötä, kun taas osan bakteerien suhteellinen osuus laski. Tämän tutkimuksen menetelmäoptimoinnin avulla saavutettuja tuloksia voidaan hyödyntää tulevaisuuden ihon mikrobiomitutkimuksissa ja tarvittaessa tutkimuksia voi tarkentaa esimerkiksi käyttämällä tautimalleja.
  • Pitkittyvän hapettomuuden vaikutus Itämeren hiekkasedimenttien bakteeriyhteisöön : in situ -kenttäkoe 
    Nieminen, Iina (2015)
    The Baltic Sea is one of the most extensive oxygen-depleted (hypoxic) areas. The hypoxic areas in the Baltic Sea are becoming more common due to climate change and anthropogenic eutrophication. The influence of hypoxia on sediment communities is in general well known, but the impact of different degrees of hypoxic stress on the functions of benthic microbial communities is less studied. Although the impact of microbes on benthic ecosystem functioning can be significant, the changes caused by hypoxia disturbed microbial communities are not well known. These changes can affect other organisms and environment globally because microbes influence nutrient and element cycles. Also some microbial species produce toxic hydrogen sulfide (H2S) in anaerobic conditions. This study investigated sandy sediments taken from the Baltic Sea whose organism communities were artificially disturbed by covering sediment plots with oxygen impermeable plastic sheets. Covering induced artificially hypoxia (< 2 ml O2 l-1) of different durations for 0, 3, 7 and 48 days. This thesis concentrated studying the bacterial communities of the disturbed sediments. Change in bacterial community was observed by terminal restriction fragment length polymorphism analysis (T-RFLP). The aim was find out how bacterial community composition and diversity changed in sediments influenced by increasing hypoxic disturbance. The conducted observations indicated how changes within the bacterial community can influence other organisms and environment. Results obtained by permutational ANOVA testing indicated that bacterial community composition, especially bacterial biodiversity, was influenced by artificially induced hypoxia lasting 48 days. A slight decrease in bacterial diversity was seen already after 7 days hypoxia. Overall bacterial community was more resistant to disturbance than animal fauna, which has been studied in parallel research (Villnäs ym. 2012). H2S-producing deltaproteobacteria (e.g. Desulfatiferula, Desulfovibrio and Desulfofustis) were observed in sediments which were disturbed the longest, which explains the H2S production detected in chemical data of the parallel study. This may have caused a decrease in macrofauna. Amounts of sulfate-reducing bacteria correlated with increases in ammonium and silicate, which may increase both eutrophication and anoxia in an aquatic system. Results indicated that bacterial community was disturbed due to increasing hypoxia, and changes in the bacterial community correlated with changes in chemical parameters. Observations suggest that changes in the composition of a bacterial community may influence an entire ecosystem. The composition of microbial communities should be taken into account when studying the impact of environmental disturbances on various ecosystems.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO