Browsing by Subject "jätevesi"
Now showing items 1-2 of 2
-
(2016)Bakteereita ja eukaryootteja esiintyy erittäin runsaasti jätevedessä, jossa ne voivat muodostaa fyysisiä vuorovaikutuksia toistensa kanssa. Fyysisiä vuorovaikutuksia bakteerien ja eukaryoottien välille voi muodostua symbioosien tai saalis-saalistaja suhteen välityksellä. Bakteerit ja eukaryootit osallistuvat myös jäteveden puhdistusprosesseihin, joten näillä molemmilla on iso merkitys puhdistusprosessissa. EpicPCR-menetelmän avulla voidaan tutkia isoja mikrobipopulaatioita sekvensoimalla genomin alueita suuresta määrästä yksittäisiä soluja. Aiemmin menetelmää on käytetty selvittämään sulfaatin pelkistämiseen osallistuvien bakteerien fylogeneettista diversiteettiä järven sedimenteissä. Tämän työn tarkoituksena oli tutkia bakteerien ja eukaryoottien fyysisiä vuorovaikutuksia jätevedessä käyttäen apuna epicPCR-menetelmää. Tutkimuksessa yhdistettiin tiiviissä fyysisessä yhteydessä olleen bakteerin 16S rRNA- ja eukaryootin 18S rRNA -geeni. Samalla selvitettiin miten epicPCR-menetelmä soveltuu käytettäväksi kahden fylogeneettisen 16S rRNA- ja 18S rRNA -geenin yhdistämiseen ja miten jätevesi soveltuu näytteeksi. Tulosten perusteella pohdittiin millaisia voisivat olla bakteerien ja eukaryoottien fyysiset vuorovaikutukset ja mitä ne merkitsevät kummallekin osapuolelle. Fyysisiä yhteisvaikutuksia tutkittiin käyttämällä yksinkertaiseen teknologiaan perustuvaa epicPCR-menetelmää ja sekvensointi suoritettiin Illumina MiSeq -menetelmällä. Sekvenssien käsittely ja analyysi tehtiin käyttäen Unixin Bash -komentorivikieltä ja R-ohjelmointikieltä CSC:n Taito-laskentaklusterilla käyttäen apuna Qiime-työkalupakettia. Tulosten perusteella bakteerien ja eukaryoottien välillä havaittiin fyysisiä yhteyksiä, jotka jakaantuivat kahdella eri tavalla. Jätevedestä löytyi eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden useamman bakteeriryhmän kanssa ja eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden vain tietyn bakteeriryhmän kanssa. Saalistukseen pystyvät eukaryoottiryhmät muodostivat yhteyksiä useamman bakteeriryhmän kanssa kuten myös määrällisesti enemmän kuin fotosynteettiset eukaryoottiryhmät.
-
(2022)Dietary data is essential in creating dietary guidelines and interventions, but the traditional data collection methods can be biased and costly. Wastewater metagenomes present a potential new way to collect dietary data with the utilization of microbial markers. In this study, potential microbial markers for fiber and meat intake were identified from literature. The abundances of these markers and their associations with the corresponding dietary data were analyzed using a previously published global wastewater metagenome dataset covering 58 countries. Majority of these potential markers were detected in the analysed wastewater metagenomes. Of the identified markers, Prevotella and Prevotella copri showed significant associations with whole grain intake, Alistipes and Alistipes putredinis showed significant associations with processed meat intake, and Faecalibacterium showed significant association with red meat intake. In addition, associations between dietary data and both taxonomic and functional annotations of the metagenomes were determined to identify any additional potential markers. Multiple additional species, genera and gene families showed significant associations with red meat and processed meat intakes. Future research should include finer resolution data to validify these results and further investigate the potential of these taxa and genes as markers. In conclusion, microbial markers present a promising way to collect dietary data from wastewater metagenomes.
Now showing items 1-2 of 2