Browsing by Subject "nauta"

Nautojen (Bos taurus) sorkka-alueen ihotulehdus (DD) on ympäri maailman levinnyt sairaus, jota on myös havaittu muilla sorkkaeläimillä. Nykytiedon mukaan nautojen DD on bakteeri-, ei virus- tai sienitauti. Se aiheuttaa haavoja, vaurioita ja känsiä. DD leviää helposti ja aiheuttaa eläimelle myös kipua, heikentää sen yleiskuntoa ja hyvinvointia sekä aiheuttaa tuotantotappioita. Keski-Euroopassa ja Yhdysvalloissa DD:n on havaittu leviävän lähes epidemialuonteisesti, kun taas Pohjoismaissa sitä on tavattu yksittäisissä karjoissa. Taudin etiologiasta, esiintyvyydestä ja parhaasta mahdollisesta hoitomuodosta on eri teorioita. Nykytiedon ja tieteellisen kirjallisuuden mukaan merkittävimpinä DD:n aiheuttajabakteereina pidetään eri Treponema-bakteerilajeja. Uusimpien tutkimusten perusteella taudin vakavuuteen vaikuttaa eri Treponema-lajien yhteisvaikutus keskenään tai muiden bakteereiden kanssa. Tämän tutkielman tavoite oli pystyttää bakteerien 16S rRNA-geenin rinnakkaissekvensointiin perustuva metataksonomiatyövuo bakteereiden tunnistamiseksi. Tutkielmassa vertailtiin kahta eri DNA-eristysmenetelmää, kahta sekvensointityövuota ja kahta bioinformatiikan analyysimenetelmää. Näytemateriaalina oli suomalaisten nautojen sorkka-alueen ihosta otetut biopsianäytteet (n=10). Viisi näytteistä oli terveestä M0-naudasta ja viisi M2-naudasta. Tuloksena havaittiin pieniä määriä Spirochaetaceae-bakteeriperheen sekvenssejä kahdesta M0 -diagnosoduista naudasta. Kaikista M2 - diagnoosin naudoista havaittiin runsaasti Spirochaetaceae - sekvenssejä. Lisäselvityksiä Treponema-bakteerien luotettavasta lajitason tunnistamisesta sekä niiden roolista taudissa tarvitaan. Bovine (Bos taurus) digital dermatitis (DD) of the foot is a widespead disease around the world, and it has also been diagnosed with several other hoofed ruminants. According to current knowledge, bovine digital dermatitis is a bacterial disease, not a viral or fungal disease. It causes ulcers, lesions, and raised calluses. DD spreads easily, and it can cause pain to the animal, weaken its overall health and well-being, as well as cause loss of production. DD has been almost epidemic in Central Europe, as well as in the United States of America, whereas in Scandinavia it has only been encountered in individual herds. According to current knowledge and the scientific literature, the most important bacteria responsible for DD are Treponema species. Recent studies suggest that the severity of the disease is affected by the interaction of different Treponema species with each other or with other bacteria. The aim of this thesis was to set up a metataxonomic pipeline for the parallel sequencing of the 16S rRNA bacterial gene, in order to identify the bacteria. Two different DNA extraction methods, two different sequencing pipelines, and two different bioinformatics pipelines were evaluated in this thesis. Sample material was biopsy samples of the skin of the Finnish bovine hoof (n=10). Five of the samples were from healthy M0 cattle and five from M2 cattle (acute active ulcerative lesions). As a result, small amounts of Spirochaetaceae bacterial family sequences were detected in two M0 diagnostic cattle . Abundant Spirochaetaceae sequences were found in all bovine diagnosed with M2. Further studies on the reliable species identification of Treponema bacteria and their role in the disease are needed.

In Finnish beef production, high quality silage is the main ingredient in bull nutrition. The aim is to maximize the growth potential of the bulls with ad libitum feeding, which increases the daily energy supply. The effect of the quality of the feed is emphasized, especially in ad libitum feeding. High quality and well-preserved silage increases palatability, which increases the daily feed rate. In addition, high quality silage reduces the need for concentrated feed, which means lower production costs than low-quality feed. The role of preservatives is to improve nutrient stability by preventing unfavorable fermentation and the growth of molds and yeasts during preservation. The failure of storage increases the costs of production, and the effects on farm economy are considerable. This study looked at the effect of two different types of silage additives on the feeding and production results of dairy bulls. 45 Ayrshires and 45 Holstein bulls were chosen to the study. The bulls were randomly divided into three groups. The groups consisted of three treatments: 1. timothy silage, without preservative + barley (CONTROL), 2. timothy silage, preserved with acid additive + barley (ACID), 3. timothy silage with salt additive + barley (SALT). The bulls were fed ad libitum with total mixed rations. The statistical analysis of the results was performed in the SAS software GLM procedure. The average intake of dry matter during the experiment (259 days) was 10.1 kg/day, and there were no significant difference between the treatments. The average live weight gain was 1363 g and the carcass gain was 741 g/day. The control group's daily growth was 5% higher than the preservatives (P <0.05), but the carcass quality score was on average 6% higher in the preservative groups than in the control group (P<0.01). It can be concluded that the results of the experiment are indicative and it is possible that the silage without additives can be successful when the dry matter content of the feed is 350-400 g / kg and the feed is ensiled in round bales. In that case the effect of the additives is not necessarily significant.

Ilmiötä, jossa kahden tai useamman kytkeytyneen lokuksen alleelitaajuuksissa tapahtuu muutoksia valinnan kohdistuessa yhden lokuksen yhteen alleeliin, kutsutaan liftausvaikutukseksi. Liftausvaikutuksen merkitystä arvioitiin kahdessa naudan genomin kohdassa, kromosomissa 1 polled-lokuksen läheisyydessä ja kromosomissa 20 kasvuhormonireseptorigeenin läheisyydessä. Sarvellisuuteen vaikuttavan polled-lokuksen lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta arvioitiin suomenkarjassa ja maidontuotanto-ominaisuuksiin vaikuttavan QTL:n lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta intensiivisen jalostuksen kohteena olevilla roduilla, ayrshirellä ja holsteinilla. Liftausvaikutuksen arviointiin tarvitaan muita populaatioita tai rotuja, joissa vastaavaa liftausvaikutusta ei oleteta esiintyvän. Tätä tarkoitusta varten tutkimuksessa analysoitiin samat kromosomialueet myös viidellä muulla rodulla. Lisäksi tutkittavien kromosomien muuntelun ja muun genomin muuntelun vertailuun käytettiin muissa kuin tutkittavissa kromosomeissa 1 ja 20 genotyypitettyjä mikrosatelliittimerkkejä. Tutkimuksessa oli mukana kolme erillistä aineistoa (BTA1, BTA20 ja vertailuaineisto) yhteensä 41 eri mikrosatelliittilokusta. Tutkimusaineistot käsittivät 10 eri nautarotua (ayrshire, itäsuomenkarja, istobeninkarja, holstein, jakutiankarja, jersey, khomogor, länsisuomenkarja, pohjoissuomenkarja ja ukrainanharmaakarja), yhteensä 377 eläintä. Kaikista aineistoista laskettiin roduittain ja lokuksittain populaatiogeneettiset tunnusluvut (alleelien lukumäärä, alleelirikkaus, alleelitaajuus, ƒ-arvo, heterotsygotia-asteet). Hardy-Weinbergin tasapainotilaa sekä lokusten parittaista kytkentäepätasapainoa tarkasteltiin roduittain jokaisessa kolmessa aineistossa. Liftausvaikutuksen havaittavuutta analysoitiin kahdella eri menetelmällä. F-arvon regressioon perustuva testaus suoritettiin Wiener ym. (2003) artikkelin mukaisesti. Lokusten neutraalisuutta analysoitiin Beaumontin ja Nicholsin (1996) esittämän menetelmän avulla, käyttäen FDIST2-ohjelmaa. Vertailuaineistosta laskettujen populaatiogeneettisten tunnuslukujen perusteella voidaan sanoa, että populaatiot ja niistä tehdyt otokset ovat liftausvaikutuksen tutkimukseen sopivia. Populaatioissa ei esiinny sukusiitosta satunnaisen pariutumismallin olettamusta enempää. Aineistojen alleelirikkauden ja geenidiversiteetin keskiarvot olivat keskenään hyvin samansuuntaisia. Lokusten parittaisessa kytkentäepätasapainossa aineistot BTA1 ja BTA20 poikkesivat selvästi vertailuaineistosta. Aineistoissa BTA1 ja BTA20 kytkentäepätasapainossa olevia lokuspareja oli merkittävästi enemmän kuin vertailuaineistossa. Kummankaan aineiston, BTA1:n tai BTA20:n, muuntelun määrän muutokset eivät tulleet selkeästi näkyviin F-arvon regressioon tai Beaumontin ja Nicholsin (1996) menetelmään perustuvissa testeissä. Tutkimuksessa löytyi viitteitä liftausvaikutuksesta, mutta havainnot eivät ylittäneet tilastollisen merkitsevyyden rajaa näissä aineistoissa. Ilmiön testaukseen olisi kenties tuonut lisää todistusvoimaa aineiston selkeämpi jakautuminen voimakkaammin erisuuntaan jalostettuihin nautarotuihin, esim. maidontuotanto vs. lihantuotanto.