Browsing by Subject "tyypitys"
Now showing items 1-2 of 2
-
(2015)Yersinia enterocolitica is an important zoonotic food-borne pathogen which in Finland is reported to be the cause of hundreds of gastroenteritis cases a year. The species is very heterogenic and comprises of both highly virulent and harmless apathogenic strains. The sources of Y. enterocolitica infection and the reservoirs of pathogenic strains are not yet well-known. In this work, 91 Y. enterocolitica isolates from 39 domestic sheep were characterized using different phenotypic and genotypic methods. Three different biotypes were identified: usually harmless environmental biotype 1A, a common enteropathogenic biotype 2 and a rare pathogenic biotype 5. All biotype 2 and 5 strains carried chromosomal ail, inv, myfA and ystA genes, and plasmid borne virulence genes yadA and virF. Biotype 1A isolates carried several chromosomal virulence genes, Notably also the ail which has a strong correlation with Y. enterocolitica pathogenicity. In pathogenic biotypes, only natural resistance to antimicrobials was detected. In PFGE-analysis, biotype 1A had several genotypes, whereas strains belonging to biotypes 2 or 5 showed only a limited amount of variation. ail and gyrB genes were partially sequenced from a selection of strains, both of which revealed variation between different biotypes. This study indicates that sheep are a reservoir for pathogenic Y. enterocolitica in Finland. Without further analysis the link between sheep and human illness cannot yet be established.
-
(2015)Salmonella- ja kampylobakteerit ovat maailmanlaajuisesti yleisimpiä elintarvikevälitteisiä patogeenejä sekä gastroenteriitin aiheuttajia ja niitä esiintyy yleisesti siipikarjassa. Lukuisissa tutkimuksissa on selvitetty näiden bakteereiden esiintyvyyttä ja siirtymisteitä elintarvikeketjussa ja sen perusteella kehitetty toimenpiteitä niiden kontrolloimiseksi. Tässä työssä tutkittiin kampylobakteereiden ja salmonellan esiintymistä 302 riistalinnun ulostenäytteessä (102 fasaanin, 70 sinisorsan, 30 tavin ja 100 sepelkyyhkyn) fenotyyppiin (ilmiasuun) sekä genotyyppiin (perimään) perustuvilla menetelmillä. Fenotyyppisiä menetelmiä olivat bakteereiden rikastus ja viljely sekä biokemialliset testit ja mikrobilääkeherkkyys, genotyyppisiä taas reaaliaikainen PCR sekä pulssikenttägeelielektroforeesi (PFGE). Tutkimuksessa arvioitiin kaikkiaan kahdeksan alukeparin ja kahden koettimen toimivuutta bakteereiden tunnistamisessa näytteestä eristetystä DNA:sta reaaliaikaisella PCR –menetelmällä pohjautuen sekä SYBR Green- että TaqMan –tekniikkaan. SYBR Green –tekniikkaan perustuvassa menetelmässä kampylobakteereiden tunnistukseen käytettiin viittä ja salmonellalle kolmea alukeparia, ja näillä alukkeilla saadut positiiviset näytteet varmistettiin sekä salmonellan että kampylobakteereiden suhteen kahteen TaqMan –koettimeen ja –alukepariin perustuvalla menetelmällä. Lopuksi reaaliaikaisen PCR:n eri ajo-olosuhteiden sekä käytettyjen reagenssien välisiä eroja verrattiin määrittämällä reaktioiden monistumistehokkuus standardisuorien avulla. Lisäksi osa bakteereista karakterisoitiin PFGE:llä ja biokemiallisilla testeillä sekä määritettiin niiden mikrobilääkeherkkyys. Työ tehtiin Helsingin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osastolla. Kaikki tutkitut ulostenäytteet olivat peräisin tarhalla kasvatettavista riistalinnuista, joita esiintyy Suomessa myös luonnonvaraisina. Reaaliaikaisen PCR:n tulosten perusteella kampylobakteereita esiintyi eniten sorsalintujen ulostenäytteissä (näytteistä lähes 80 % oli 16S rRNA:n monistumisen perusteella SYBR Green –tekniikalla positiivisia), kun taas sepelkyyhkyissä (25 % näytteistä oli positiivisia) ja fasaaneissa (lähes 20 % näytteistä oli positiivisia) paljon vähemmän. Salmonellan suhteen kaikki näytteet olivat negatiivisia. TaqMan – tekniikkaan perustuva reaaliaikainen PCR – menetelmä osoittautui SYBR Green – menetelmää luotettavammaksi bakteereiden tunnistuksen suhteen, koska osa jälkimmäisellä menetelmällä testatuista positiivisista näytteistä oli TaqMan – menetelmällä negatiivisia. Standardisuorien perusteella reaktioiden tehokkuuksien välillä ei ollut merkittävää eroa. Pulssikenttägeelielektroforeesin tuloksena SmaI – restriktioentsyymillä saatiin tyypitettyä 18 kampylobakteerikantaa, jotka kuuluivat kaikki samaan genotyyppiin.
Now showing items 1-2 of 2