Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "valinta"

Sort by: Order: Results:

  • Tiedonkeruun vaikutus porojen valintaan 
    Riipi, Heini (2017)
    Profitability of reindeer husbandry is gradually declining. Selection of breeding animals is a sustainable way to achieve permanent changes in animals’ performance. Reindeer herders are using (empirical) selection which could be strengthened by systematic book keeping on animals’ pedigree and performance. The outcome of selection depends on volume of information on animals’ pedigree and performance. We used pedigree and multi-trait selection indices to assess the impact of these sources of information. The analytical tools were extended to cover across generation information and thereby they were approximating the use of BLUP type methodology in genetic comparison of selection candidates. The compact method allowed studying the cases of differing amount of genetic variation (heritability) and relationship (genetic correlation) between traits. The results were calculated by R program. We assume that a dam had a life time crop of 2-5 calves while a sire could be mated to 10-50 dams. Pedigree information will markedly improve the efficiency of selection. Benefits from the identification of the calves’ dams and sires were highest for low-heritability traits. Adding information on the identities of calves’ dams and using pedigree based selection the efficiency gains (depending on heritability) were some 3-20 % of that by selection based solely on calves’ own performance. Adding sire information, the efficiency was even 40% of that by phenotypic selection. When the pedigree information accrued across generations (BLUP selection), the gains with female-side pedigree were 20-30% while the efficiency was doubled when also sires were known.The use of information on correlated traits had rather modest benefits. In conclusion, the highest priority is to develop tools to assign sires for the reindeer calves. Such tools could be constructed by resorting to genomic analyses.
  • Valinnan ja kytkennän yhteisvaikutus naudan kromosomeissa 1 ja 20 
    Laurén, Hannele (2013)
    Ilmiötä, jossa kahden tai useamman kytkeytyneen lokuksen alleelitaajuuksissa tapahtuu muutoksia valinnan kohdistuessa yhden lokuksen yhteen alleeliin, kutsutaan liftausvaikutukseksi. Liftausvaikutuksen merkitystä arvioitiin kahdessa naudan genomin kohdassa, kromosomissa 1 polled-lokuksen läheisyydessä ja kromosomissa 20 kasvuhormonireseptorigeenin läheisyydessä. Sarvellisuuteen vaikuttavan polled-lokuksen lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta arvioitiin suomenkarjassa ja maidontuotanto-ominaisuuksiin vaikuttavan QTL:n lähellä tapahtunutta liftausvaikutusta intensiivisen jalostuksen kohteena olevilla roduilla, ayrshirellä ja holsteinilla. Liftausvaikutuksen arviointiin tarvitaan muita populaatioita tai rotuja, joissa vastaavaa liftausvaikutusta ei oleteta esiintyvän. Tätä tarkoitusta varten tutkimuksessa analysoitiin samat kromosomialueet myös viidellä muulla rodulla. Lisäksi tutkittavien kromosomien muuntelun ja muun genomin muuntelun vertailuun käytettiin muissa kuin tutkittavissa kromosomeissa 1 ja 20 genotyypitettyjä mikrosatelliittimerkkejä. Tutkimuksessa oli mukana kolme erillistä aineistoa (BTA1, BTA20 ja vertailuaineisto) yhteensä 41 eri mikrosatelliittilokusta. Tutkimusaineistot käsittivät 10 eri nautarotua (ayrshire, itäsuomenkarja, istobeninkarja, holstein, jakutiankarja, jersey, khomogor, länsisuomenkarja, pohjoissuomenkarja ja ukrainanharmaakarja), yhteensä 377 eläintä. Kaikista aineistoista laskettiin roduittain ja lokuksittain populaatiogeneettiset tunnusluvut (alleelien lukumäärä, alleelirikkaus, alleelitaajuus, ƒ-arvo, heterotsygotia-asteet). Hardy-Weinbergin tasapainotilaa sekä lokusten parittaista kytkentäepätasapainoa tarkasteltiin roduittain jokaisessa kolmessa aineistossa. Liftausvaikutuksen havaittavuutta analysoitiin kahdella eri menetelmällä. F-arvon regressioon perustuva testaus suoritettiin Wiener ym. (2003) artikkelin mukaisesti. Lokusten neutraalisuutta analysoitiin Beaumontin ja Nicholsin (1996) esittämän menetelmän avulla, käyttäen FDIST2-ohjelmaa. Vertailuaineistosta laskettujen populaatiogeneettisten tunnuslukujen perusteella voidaan sanoa, että populaatiot ja niistä tehdyt otokset ovat liftausvaikutuksen tutkimukseen sopivia. Populaatioissa ei esiinny sukusiitosta satunnaisen pariutumismallin olettamusta enempää. Aineistojen alleelirikkauden ja geenidiversiteetin keskiarvot olivat keskenään hyvin samansuuntaisia. Lokusten parittaisessa kytkentäepätasapainossa aineistot BTA1 ja BTA20 poikkesivat selvästi vertailuaineistosta. Aineistoissa BTA1 ja BTA20 kytkentäepätasapainossa olevia lokuspareja oli merkittävästi enemmän kuin vertailuaineistossa. Kummankaan aineiston, BTA1:n tai BTA20:n, muuntelun määrän muutokset eivät tulleet selkeästi näkyviin F-arvon regressioon tai Beaumontin ja Nicholsin (1996) menetelmään perustuvissa testeissä. Tutkimuksessa löytyi viitteitä liftausvaikutuksesta, mutta havainnot eivät ylittäneet tilastollisen merkitsevyyden rajaa näissä aineistoissa. Ilmiön testaukseen olisi kenties tuonut lisää todistusvoimaa aineiston selkeämpi jakautuminen voimakkaammin erisuuntaan jalostettuihin nautarotuihin, esim. maidontuotanto vs. lihantuotanto.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO