Browsing by Author "Luhtaniemi, Sandra"

Opinnäytetyössä tarkastellaan ihmisen papilloomavirus- eli HPV-infektion (Human Papillomavirus) kehittymistä simuloiduilla aineistoilla. Infektion kulkua mallinnetaan Markovilaisella mallilla, jonka tilajoukko koostuu infektion eri terveystiloista. Mallista simuloidaan eri simulointiskenaarioilla aineistot, joista estimoidaan infektion paranemisen hasardi. Simulointiskenaarioissa eri HPV-tyyppien aiheuttamat infektiot jaotellaan nopeasti, keskinopeasti ja hitaasti parantuviin infektioihin. Aineistolle muodostetaan eksponenttifunktioon perustuva uskottavuusfunktio, jonka maksimoiva parametri estimoidaan käyttäen Metropolis-Hastings -algoritmia. Työn tavoitteena on tutkia, kuinka paranemisen hasardiin vaikuttaa, että syövän esiasteeksi edenneet infektiot on havaitsemisen jälkeen hoidettu. Työn muita keskeisiä teemoja on Metropolis-Hastings -algoritmin teoriaan ja toimintaperiaatteisiin perehtyminen. Metropolis-Hastings -algoritmi on Markovin ketjun Monte Carlo eli MCMC-algoritmi, jolla voidaan tuottaa näytteitä jostakin halutusta todennäköisyysjakaumasta. Algoritmia käytetään myös erityisesti, kuten tässä opinnäytetyössä tehdään, uskottavuusfunktion maksimin antavien parametrien estimoimiseen silloin, kun uskottavuusfunktion maksimi on analyyttisesti hankalaa ratkaista. Papillomavirusinfektio on yleisin sukupuoliteitse tarttuva tauti. HPV-tyyppejä tunnetaan yli 100 erilaista, joista 14 pidetään korkean riskin tyyppejä, joiden aiheuttama tulehdus pitkittyessään voi aiheuttaa kohdunkaulansyöpään johtavia solumuutoksia. Infektiolta suojaava rokote on nykyisin useissa maissa osa kansallista rokotusohjelmaa. Suomessa käytössä olevan rokotteen tehoa tutkittiin laajalla kansainvälisellä PATRICIA-rokotetutkimuksella. Tutkimusprotokollan mukaan ne henkilöt, joilla seurannassa havaittiin syövän esiaste, lähetettiin jatkotutkimuksiin tai hoitoon. PATRICIA-tutkimuksessa kerätyn havaintoaineiston pohjalta Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksella on lähivuosina tehty HPV-infektion kulun väestötason mallinnus, missä esiasteiden hoitoja ei kuitenkaan huomioitu, sillä niiden vaikutus oletettiin pieneksi. Tämän tutkielman keskeisin tehtävää on PATRICIA-aineistoa jäljittelevää simuloitua aineistoa käyttäen arvioida, että oliko oletus perusteltu, vai onko esiasteiden hoidolla merkittävää vaikutusta infektion paranemisen hasardiin.