Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by department "Elintarvike- ja ympäristöhygienian laitos"

Sort by: Order: Results:

  • Luukkainen, Maarit (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1999)
    1990-luvulla Pohjois-Euroopassa lisääntyneet tyyppi E:n aiheuttamat botulismiepidemiat ovat herättäneet kysymyksiä kalojen ja kalatuotteiden turvallisuudesta kuluttajille. Botulismin diagnosointi on perustunut pitkälti potilaan kliinisiin oireisiin ja laboratoriotesteihin. Laboratoriotesteissä on pyritty eristämään bakteerin vegetatiivisia soluja ja itiöitä potilaan ulosteista, sekä löytämään neurotoksiinia potilaan seerumista, ulosteista tai nautitusta ruoasta. C. botulinumilla käytettyjä DNA-perusteisia tyypitysmenetelmiä ovat mm. pulssikenttäanalyysi ja PCR:n eri sovellutukset, kuten rep-PCR sekä RAPD (Random amplified polymorphic DNA). Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa RAPD:n soveltuvuus C. botulinum tyyppi E-kantojen tyypitykseen, sekä selvittää kyseisen kannan alatyyppien esiintyvyyttä kaloissa ja kalatuotteissa Suomessa ja sen lähialueilla. Suomen kaloista ja kalatuotteista eristettiin suuri joukko eri alatyyppejä, jotka kuvastavat Suomessa esiintyvän C. botulinum tyyppi E:n suurta geneettistä variaatiota. Alatyypit eivät suosineet tiettyä kalan osaa, kalalajia tai maantieteellistä aluetta, vaan esiintyivät satunnaisesti kaloissa ja kalatuotteissa sekä eri alueilla. Tämän tutkimuksen perusteella alatyypit näyttäisivät olevan kalojen tilapäisiä kontaminantteja. RAPD osoittautui käyttökelpoiseksi tyypitysmenetelmäksi C. botulinum tyyppi E -kannoille. Sillä oli korkea erottelukyky ja tyypittävyys. Tyypitysmenetelmänä RAPD on nopea, helppo suorittaa sekä kustannuksiltaan edullinen. Kalojen prosessointi ei näytä suosivan tiettyjen alatyyppien kontaminaatiota tuotteisiin, mutta pitkälle meneviä johtopäätöksiä ei voida tehdä tämän tutkimuksen perusteella. Asian selvittämiseksi tarvitaan erillisiä kontaminaatiotutkimuksia.
  • Keränen, Riikka (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Kampylobakteereita pidetään yhtenä yleisimmistä suolistotulehduksen aiheuttajista maailmassa. Ihminen on herkkä erityisesti Campylobacter jejunin, Campylobacter colin, Campylobacter upsaliensin sekä Campylobacter larin aiheuttamille enteriiteille. Yleensä tartunnat ovat sporadisia ja peräisin ruoasta tai juomavedestä. Kampylobakteereiden vastustaminen on vaikeaa, koska tartuntareittien tunteminen eläimistä ihmisiin on vielä puutteellinen. Kampylobakteereita esiintyy yleisesti eläinkunnassa sekä terveillä että sairailla yksilöillä. Kampylobakteereita esiintyy myös yleisesti järvi- ja jokivesissä, sekä muissa pintavesissä. Yhtenä mahdollisena tartunnanlähteenä vesivälitteisissä epidemioissa pidetään lintuja, jotka ulosteillaan saastuttavat vesiä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää kuinka paljon Helsingin alueen lokeissa esiintyy kampylobakteereita kesä- ja heinäkuussa, sekä mitä lajeja ne ovat. Tutkimukseen kerättiin kesä- ja heinäkuussa yhteensä 202 lokkien ulostenäytettä eri puolelta Helsinkiä. Ulostenäytteet tutkittiin sekä suoraviljelyä (CCDA-agar, Oxoid Ltd, Basing Stoke, Englanti), että rikastusmenetelmää käyttäen (LabM-rikastusliemi, LabM, Bury, Englanti). Positiiviset näytteet lajitunnistettiin käyttäen seuraavia biokemiallisia testejä: gra-värjäys, katalaasitesti, oksidaasitesti, hippuraatin hydrolyysitesti, indoksyyliasetaattitesti sekä nalidiksiinihapporesistenssitesti. Positiivisia näytteitä löydettiin yhteensä 42 kappaletta (21 %), ja näistä 26 kpl (62 %) oli Campylobacter jejunia, ja 16 kpl (38 %) Campylobacter laria, muita lajeja ei löydetty. Tutkimuksen tuloksena todettiin, että lokit voivat toimia yhtenä kampylobakteereiden reservoaarina.
  • Haveri, Maarit (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1999)
    Kampylobakteerit ovat merkittäviä ihmisen bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttajia. Näiden spiraalinmuotoisten bakteerien tärkeitä reservoaareja ovat mm. siipikarja, sika, nauta sekä luonnonvaraiset linnut ja nisäkkäät. Yleensä ihminen saa tartunnan eläimen ulosteen kampylobakteereilla kontaminoituneesta elintarvikkeesta tai vedestä. Vuonna 1998 Suomessa diagnosoitiin 2938 ihmisen kampylobakteeri-infektiota. Elokuussa 1998 Haukiputaalla kampylobakteerien kontaminoima juomavesi sairastutti 2200 henkilöä. Kampylobakteerit vaativat erityisolot kasvaakseen. Vesinäytteiden tutkiminen asettaa eristämismenetelmien ja elatusaineiden herkkyydelle ja selektiivisyydelle erityisvaatimukset: kampylobakteerien pitoisuus vedessä on usein alhainen, kilpailevaa mikrobiflooraa voi olla huomattavasti ja toisaalta kampylobakteerien infektiivinen annos on pieni. Tässä tutkimuksessa vertailtiin alunperin elintarvikeiden C. jejunin ja C.colin eristämiseen tarkoitettujen menetelmien, nk. Boltonin menetelmän (Bolton ym., 1992) sekä NMKL:n menetelmän (nro 119, 2. painos, 1990) herkkyyttä ja selektiivisyyttä vesinäytteiden kampylobakterien eristämisessä. Tutkimuksen ensimmäisessä osassa eristettiin y.m. menetelmin tunnettuja kampylobakteerikantoja suola-peptonivesilaimennossarjoilta. Toisessa osassa kampylobakteereita eristettiin luonnonvesinäytteistä. Kolmannessa osassa luonnonvesinäytteistä määritettiin kampylobakteerit kvantitatiivisesti putkimenetelmällä (MPN, most probable number). Tutkimuksen perusteella erot Boltonin ja NMKL:n menetelmien välillä olivat vähäiset ja menetelmät pikemminkin täydensivät toisiaan; Boltonin menetelmä oli hieman herkempi ja selektiivisempi mutta ero ei ollut tilastollisesti merkittävä.
  • Virtanen, Sanna-Maaria (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Campylobacter jejuni –bakteerista on tullut viime vuosien aikana yleisin bakteerienteriitin aiheuttaja niin Suomessa kuin monessa muussakin maassa. Kampylobakteeri-infektio aiheuttaa suolistoenteriitin, johon liittyy usein voimakkaita vatsakipuja. Infektio on yleensä itsestään rajoittuva ja toipuminen alkaa noin 3-4 vuorokauden kuluttua oireiden alkamisesta. Kampylobakteeri-infektioon voi liittyä myös useita erilaisia komplikaatioita. Campylobacter jejuni esiintyy yleisesti lämminveristen eläinten suolistossa. Suurin osa eläimistä, joita käytämme lihantuotantoon, on kampylobakteerin kantajia ja erittävät bakteereita ulosteissaan. Siipikarjan merkitys korostuu tässä yhteydessä, sillä maailmalla siipikarjan C. jejuni –positiivisuus on jopa 30-100 %. Siipikarjaa ja –tuotteita pidetäänkin yhtenä tärkeimmistä riskitekijöistä, muita ovat esim. pastöroimaton maito ja huonosti käsitelty tai käsittelemätön juomavesi. Tässä tutkimuksessa selvitettiin suomalaisten (25 perhettä) kotikeittiöiden jääkaappien todellista lämpötilaa sekä mitattiin broilerinlihan lämpötilaa ruoanvalmistuksen aikana. Näiden tietojen avulla arvioitiin Campylobacter jejuni –bakteerin säilymismahdollisuuksia jääkaappien lämpötiloissa sekä tuhoutumista ruoanvalmistuksen aikana. Apuna tässä arvioinnissa käytettiin tietokoneohjelmaa (Food MicroModel® version 3), joka on suunniteltu mallintamaan eri bakteerien kasvua, säilymistä yms. erilaisissa olosuhteissa (lämpötila, NaCl, pH ym.). Lisäksi kyselykaavakkeen avulla selvitettiin mm. ihmisten tietoutta ruokamyrkytysbakteereista ja arvioitiin yleistä ruoanvalmistukseen liittyvää hygieniaa. Jääkaappien vuorokauden aikaisen lämpötilan keskiarvo oli +5,4 °C, 24 %:lla jääkaapin vuorokaudenaikainen keskiarvo oli +6 °C. Jääkaappilämpötilassa Campylobacter jejuni säilyy, väheten kuitenkin ajan kuluessa. Korkeammassa jääkaappilämpötilassa C. jejuni säilyy vähemmän aikaa kuin matalammassa lämpötilassa. Broilerinlihat lämmitetään tarpeeksi hyvin (loppulämpötila keskimäärin +91,2 °C) tuhoamaan lihan mahdollisesti sisältämät kampylobakteerit. Ruokamyrkytykset olivat kyselykaavakkeeseen vastanneiden keskuudessa varsin harvinaisia (8 % vastanneista oli sairastanut ruokamyrkytyksen viimeisen kahden vuoden aikana). Ruokamyrkytyksiä aiheuttavat taudinaiheuttajat olivat melko tuntemattomia lukuun ottamatta salmonellaa ja listeriaa. Campylobacter jejuni -bakteerin leviämisen ja taudinaiheutusmahdollisuuden lisääntymisen kannalta ehkä merkittävimmät tekijät olivat erillisen leikkuulaudan käyttämisen vähäisyys raakaa lihaa käsiteltäessä sekä elintarvikkeiden melko yleinen käyttäminen viimeisen käyttöpäivän jälkeen.
  • Auranen, Johanna (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2007)
    Campylobacters are the most common bacterial cause of diarrhoea in humans. In Finland there were more than 3500 cases reported in 2006 (National Public Health Institute, www.ktl.fi). Cattle carry prevalently campylobacters, generally Campylobacter jejuni, C. hyointestinalis subsp. hyointestinalis and C. coli. Campylobacters are zoonotic. Animals and animal origin food products can be vectors of human infections. Unpasteurized milk has proved to be an important risk factor in epidemiologic studies. Also in sporadic epidemics unpasteurized milk has been proved to be an infectious vector. Arcobacters belong to the same family as campylobacters. Arcobacters are very similar to campylobacters in their character, except that arcobacters are aerotolerant while campylobacters can grow only in a microaerophilic atmosphere. Arcobacter's pathogenity is unclear and in epidemiologic understanding their importance as pathogens is not as great as that of campylobacters. In this research the occurrence of campylobacters and arcobacters in raw milk, cattle faeces and flies was studied. Samples were collected at eight dairy farms in southern Finland and at one dairy farm in western Finland in June and July 2007. Campylobacters and arcobacters were examined by using an enrichment procedure and selective culturing. Isolated strains were classified with biochemical tests, PCR-technique and comparing their growth abilities. Campylobacters and arcobacters were quantified in milk using Most Probable Number -method. In addition, the survival of C. jejuni ATCC 33560 and C. hyointestinalis CH1/06 strains were examined in sterile milk at three temperatures (4 °C, 25 °C and 37 °C) for three days. C. hyointestinalis was isolated from raw milk at one of the dairy farms in June. The bacter quantity was MPN 11/100 ml. A. butzleri was isolated from raw milk at the same farm in June MPN 285/100 ml and in July MPN 52/100 ml. C. hyointestinalis was isolated from faeces at another farm in June while in July A. butzleri was isolated from raw milk MPN 52/100 ml at the same farm. At a third farm A. butzleri was isolated from raw milk MPN 71/100 ml and from faeces. Campylobacters can pass on to raw milk during milking as a consequence of faeces contamination. Arcobacters' access to a milk tank was not examined but as environmental bacters they might enter the tank along with milk or during tank wash, and form a bio film on the wall of the tank. The quantity of C. jejuni and C. hyointestinalis strains remained remarkable at every temperature examined. On the other hand, in sterile milk there were no competitive microbial organisms, nor their metabolic products, both of which could reduce the studied strains' survival in raw milk.
  • Korhonen, Virve (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2004)
    Kampylobakteerit ovat gram-negatiivisia, kaarevia tai s-muotoisia, motiileja sauvabakteereita. Niitä on kirjallisuudessa kuvattu ainakin 13 lajia, lisäksi useita alalajeja tai variantteja. Kampylobakteereita löytyy yleisesti eläinten suolistosta, suun limakalvoilta sekä genitaalialueen limakalvoilta. Kampylobakteerit voivat aiheuttaa ihmiselle kuumeisen gastroenteriitin. Ne ovat useissa teollisuusmaissa yleisimpiä gastroenteriitin aiheuttajia. Tavallisimmat ihmiselle taudin aiheuttavat lajit ovat Campylobacter jejuni ja C. coli. Kampylobakteeritartuntojen määrä ihmisillä vaihtelee vuodenaikojen mukaan. Samoin niiden esiintymien mm. broilertuotteissa ja luonnonvesissä vaihtelee. Suomalaisilla ihmisillä kampylobakteeritartuntojen määrä lisääntyy selvästi loppukesällä ja alkusyksystä. Luonnonvesissä kampylobakteereita esiintyy eniten syksyllä ja talvella, ja vähiten kesällä. Fekaalisen saastumisen indikaattoriorganismeja, Escherichia coli ja muita koliformisia bakteereita sekä enterokokkeja, joutuu vesistöihin eläinten, ihmisten ja lintujen ulosteen mukana. Tutkimalla näitä indikaattoriorganismeja saadaan selville veden mikrobiologinen laatu. Fekaalisen saastumisen indikaattoriorganistmeille uimavesissä on asetettu enimmäisrajat, ja kaikkien yleisten uimarantojen vedestä on näitä bakteereita säännöllisesti määritettävä. Tämän työn tarkoituksena oli tutkia kampylobakteerien esiintymistä Helsingin seudun uimarantojen vesissä ja pohjahiekassa kesällä 2003. Samalla tutkittiin uimarantojen veden mikrobiologista laatua määrittämällä siitä fekaalisen saastumisen indikaattoriorganismeja eli koliformiset bakteerit, Escherichia coli ja enterokokit. Vesinäytteitä tutkittiin 64 kappaletta, joista kahdesta löytyi kampylobakteereita. Kampylobakteerit olivat ominaisuuksiensa perusteella todennäköisesti Campylobacter jejuni-lajia. Pohjahiekkanäyytteitä tutkittiin 35 kappaletta, eikä yhdenkään todettu sisältävän kampylobakteereita. Fekaalisen saastumisen indikaattoriorganismien määrät eivät kertaakaan ylittäneet niille annettuja raja-arvoja, joten uimavesien laatu oli tutkituilla rannoilla hyvä. Kampylobakteerien määrään vesistöissä vaikuttaa sekä veteen joutuvien kampylobakteerien määrä että kampylobakteerien säilyminen vedessä. Veden korkea lämpötila ja auringon UV-säteet tuhoavat kampylobakteerit nopeasti. Merivedessä myös laimeneminen on tehokasta.
  • Jolma, Rosa (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2006)
    Kampylobakteerit (Campylobacter spp.) ovat yleisin akuutin bakteeriperäisen mahasuolikanavan tulehduksen aiheuttaja länsimaissa. Suomessa rekisteröidään yli 3000 kampylobakteeri-infektiota vuosittain. Linnut ovat tärkeimpien kampylobakteerilajien merkittävin reservuaari. Luonnonvesissä uiminen on yksi taudin tärkeimmistä riskitekijöistä maassamme. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää kampylobakteerien esiintymistä Helsingin uimarantojen vesissä. Samalla tutkittiin veden hygieenistä laatua ulostesaastutuksen indikaattoribakteereita määrittämällä. Tarkoituksena oli selvittää perinteisesti käytettyjen indikaattoribakteerien määrien yhteyttä kampylobakteerien esiintymiseen. Lisäksi tutkittiin veden lämpötilan, sademäärien ja rannalla esiintyvien lintujen merkitystä kampylobakteerien esiintymiseen. Tutkimuksessa oli mukana 11 uimarantaa, joista kolme sijaitsee Vantaanjoen varrella ja kahdeksan merenrannalla. Rantojen valinnassa tarkoituksena oli saada edustava otos korkean käyttöasteen uimarantojen tilanteesta koko Helsingin alueella. Vantaanjoen rannat olivat Malmi, Pukinmäki ja Pikkukoski. Merenrannalla sijaitsevat rannat olivat Mustikkamaa, Kallahden kainalo, Furuvik, Puotila, Munkkiniemi, Seurasaari, Hietaranta ja Lauttasaaren meriuimala. Kultakin rannalta kerättiin yksi näyte viikossa seitsemänä viikkona kesä-elokuussa. Näytteet suodatettiin alipaineella huokoisten suodatinkalvojen läpi. Suodatuksista määritettiin kampylobakteerien esiintyminen kvalitatiivisesti ja eri indikaattoribakteerien määrät. Tutkitut indikaattoribakteerit olivat Escherichia coli, Clostridium perfringens, fekaaliset enterokokit ja koliformiset bakteerit. Kampylobakteereita löytyi 30 % näytteistä. Kampylobakteerien esiintyminen oli yleisintä Vantaanjoen uimarannoilla, joilla positiivisia oli 67 % vesinäytteistä. Vantaanjoen rantojen tulokset olivat keskenään hyvin samankaltaisia. Merenrannalla sijaitsevista uimarannoista kampylobakteereita löytyi useimmin Mustikkamaan rannalta, jonka näyte oli positiivinen kolmella viikolla (3/7). Kaksi kertaa (2/7) kampylobakteereita löytyi Puotilan ja Munkkiniemen, yhden kerran (1/7) Seurasaaren ja Hietarannan uimarannoilta. Furuvikin, Kallahden ja Lauttasaaren meriuimalan näytteistä kampylobakteereita ei löydetty kertaakaan. Veden hygieeninen laatu oli indikaattoribakteerien määrien perusteella hyvä kaikissa tutkituissa näytteissä. E.colin määrien ja kampylobakteerien esiintymisen välillä ei ollut tilastollisesti merkitsevää korrelaatiota. Fekaalisten enterokokkien sekä C. perfringensin määrien ja kampylobakteerien esiintymisen välillä sen sijaan oli tilastollisesti merkitsevä korrelaatio. Myös uimaveden viileys ja sameus, sään pilvisyys sekä vesilintujen ulosteet rannalla voisivat tutkimuksen perusteella olla kampylobakteerien esiintymiseen positiivisesti vaikuttavia tekijöitä. Tämän tutkimuksen perusteella uiminen Helsingin uimarannoilla voisi olla kampylobakteeri-infektiolle altistava tekijä.
  • Holopainen, Tuija (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2009)
    Salmonella and Campylobacter are one the most significant enteric bacterial organisms causing foodborne infections world-wide. Domestic Finnish broiler meat is rarely contaminated with Salmonella. Campylobacter contamination rate of domestic broiler meat is 10-30 % in summer months, during the seasonal peak of human campylobacter infections. The human campylobacter infections are usually sporadic and the source of infection remains unknown. Impact of domestic broiler meat on the incidence of these infections is unclear. In several case-control studies performed all over the world, consumption of poultry products and cross-contamination are recorded as risk factors for human Campylobacter infection. If broiler meat is contaminated by Campylobacter or Salmonella, the bacteria most probably contaminate kitchen surfaces in contact with the meat. The previous studies on contamination caused by broiler meat are mainly focused on quantitative transfer rates of the bacteria. In this thesis the kitchen contamination was studied using fluorescent liquid injected in broiler meat packages to document contact of meat or meat juice with the surfaces. The used method provides information on how widely and where the bacteria might spread in the kitchen. The study compared contamination on kitchen surfaces and utensils, caused by whole frozen broilers (25 units) and marinated broiler legs (25 units). The frozen broilers were prepared in a test kitchen, cut into pieces and spiced and cooked in oven pan. Marinated legs were opened from the packages and cooked in oven. After handling of each broiler meat unit, contamination on defined areas of kitchen surface and utensils were documented using ultraviolet light marked surface areas in the kitchen. Handling of marinated broiler legs decrease steps of meat handling in the kitchen. As expected, the cutting board and the spice cupboard remained clean with every marinated broiler leg unit. Correspondingly, those surfaces contaminated in the handling of whole frozen broiler unit. In handling of frozen broilers, meat-contact surfaces (i.e. counter and knife blade) contaminated significantly more often (p<0.001) compared to broiler legs. Dishcloths, commonly indicating the cleanness levels in the kitchen were contaminated also more (p<0,001) after handling of whole broiler units. Through hand-contact of whole broilers, the left trash cupboard with the door handle and the knife handle contaminated more often (p<0,001) than in the handling of marinated broiler legs. The right side trash cupboard contaminated more often (p=0,002) in handling of broiler legs than in the handling of whole broilers. The difference of contamination was not statistically significant between the handle of right-hand side trash cupboard and the water tap (trash bin door handle p=0,347, water tap p=0,101). Our study showed, that handling of whole frozen broiler carcasses cause significantly higher risk of cross-contamination appearing in the kitchen. Marinated broiler legs cause only little contamination on kitchen surfaces and utensils. However, cross-contamination is still possible through hands after handling of these products.
  • Marin, Daniel (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2006)
    Sekä bakteriosiinit että niitä tuottavat bakteerit pystyvät tietyissä olosuhteissa estämään tautia aiheuttavien bakteerien kasvua, joten niiden käytön ansiosta tuotteen turvallisuus ja säilyvyys paranee. Jos em. bakteriosiinit yhdistetään kemiallisiin aineisiin, joilla on myös kyky parantaa säilyvyyttä, ne voivat yhdessä toimia synergistisesti ja rajoittaa esimerkiksi Listeria sp., Clostridium sp., koliformien ja enterokokkien kasvua. Myös fysikaaliset menetelmät, kuten kevyt lämpö tai sous-vide-valmistustapa parantavat bakteriosiinien hyödyllisiä vaikutuksia. Yhdistettäessä bakteriosiinit kelatoreihin, on todettu, että ne ovat hyödyllisiä jopa ihmisen mahahaavan sekä lehmän utaretulehduksen hoidossa. Yleensä bakteriosiinit lisätään tuotteisiin joko puhdistettuina ja kuivina tai bakteriosiinia tuottavan kannan muodossa. Kuitenkaan "in vivo" tulokset eivät aina täsmää "in vitro" saatujen tulosten kanssa, koska bakteriosiinia tuottavat bakteerit ovat inaktivoituneet tai inhiboitu tai niiden kyky muodostaa bakteriosiineja on heikentynyt kasvuympäristön epäsuotuisien olosuhteiden johdosta. Edellä mainittujen seikkojen lisäksi joitakin bakteriosiineja saatetaan käyttää liian pieninä annoksina, koska ne muuttavat kasvualustan aistinvaraisia ominaisuuksia. Luonteeltaan bakteriosiinit ovat valkuaisaineita tai peptidejä ja siksi herkkiä proteolyyttisten entsyymien vaikutuksille sekä hapettumiselle, joten lihassa niiden jakautuminen ja liukoisuus on joskus heikkoa. Lisäksi joillakin tautia-aiheuttavista bakteereista, kuten Listerialla, on vaihteleva herkkyys bakteriosiineihin ja teollisuusympäristössä ne muodostavat joskus resistenttejä mutantteja. Joskus bakteriosiinien inaktivoituminen johtuu niiden sitoutumisesta kasvualustan elementteihin. Tästä seuraa, että ennen bakteriosiinien lisäämistä tuotteeseen, sen rakenteen, pH:n, veden aktiivisuuden sekä suolan määrää on syytä arvioida. Jotta elintarvikkeiden aistinvaraiset ominaisuudet eivät muuttuisi tai bakteriosiinit eivät menettäisi suojaavaa kykyään (elintarvikkeen rakenteellisten elementtien kanssa reagoimisen seurauksena), niitä käytetään joskus suojaavaan kalvoon yhdistettyinä. Tällä tavalla bakteriosiinit pystyvät vaikuttamaan paikallisesti ilman, että elintarvikkeen rakenteelliset elementit pystyisivät inaktivoimaan ne. Tämän seurauksena bakteriosiinien ja maitohappobakteerien hyödylliset tai haitalliset vaikutukset ruoissa ovat jollakin tavalla riippuvaisia elintarvikkeen tyypistä, säilytysajasta ja ehkä myös kuluttajan odotuksista. Bakteriosiinit tehoavat pääasiallisesti gram-positiivisia bakteereita vastaan, kun taas gram-negatiivisten bakteereiden herkkyys bakteriosiinin vaikutuksiin riippuu tekijöistä, jotka heikentävät niiden ulkoista kalvoa. Täten yhdistämällä bakteriosiinejä ja erilaisia "hurdle"-menetelmiä, kuten uudenaikaisia pakkaustekniikoita, hyviin hygieenisiin menettelytapoihin, on mahdollista lisätä lihan ja lihanvalmisteiden säilyvyyttä sekä turvallisuutta. Kun otetaan huomioon, että jälkipastörointi voi aiheuttaa Clostridium sp. ja Bacillus sp. lisääntymisen ruokapakkauksissa ja että pilaajabakteerit voivat myös helposti pilata käsitellyt elintarvikkeet, on äärimmäisen tärkeää, että uusia menetelmiä edellä mainittujen ongelmien ratkaisemiseksi löydetään. Lisäksi on huomioitava sekä lakisääteiset että taloudelliset asiat. Geneettisesti muunnellut mikrobit tarjoavat uusia mahdollisuuksia. Geneettisesti muunnelluilla suojakannoilla sekä niiden tuottamilla bakteriosiineillä saattaa olla vielä paremmat mahdollisuudet pidentää elintarvikkeiden säilytysaikoja sekä parantaa niiden turvallisuutta.
  • Kolehmainen, Helena (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Koirien ja kissojen suolistoissa esiintyy yleisesti kampylo- ja helikobakteereita. Ne yhdistetään eläimissä usein ripuliin, mutta monia lajeja löytyy yhtä paljon myös oireettomilta eläimiltä. Kiinnostusta näihin bakteereihin lisää niiden vielä toistaiseksi epäselvä patogeenisuus ihmisille sekä mahdollinen leviäminen eläimistä ihmisiin. Enterohepaattisten helikobakteereiden taksonomiassa on tapahtunut lähivuosina ja tapahtuu yhä muutoksia. Kaikkien lajien ominaisuudet eivät ole vielä täysin tiedossa. Tässä työssä tutkittiin eri kampylo- ja helikobakteerilajien esiintymistä suomalaisten koirien ja kissojen suolistoissa. Näytteiden viljelyssä käytettiin erilaisia kasvualustoja, joiden sisältämät antibiootit suosivat eri tavoin eri lajien kasvua. Koiranäytteistä (46) positiivisia kampylo- ja helikobakteerien suhteen oli 54%, kissanäytteistä (26) 50%. Koirilla esiintyvät lajit olivat Campylobacter coli, C. lari, C. upsaliensis, Helicobacter canis, "H. colifelis" ja Helicobacter sp. flexispira ryhmä 8. Kissoilla esiintyvät lajit olivat C. upsaliensis, C. helveticus, sekä "H. colifelis". Kampylobakteereiden eristystä varten kefoperatsonia sisältävät kasvualustat ovat hyviä, helikobakteereista ainakin "H. colifelis" kasvaa hyvin nalidiksiinihappoa sisältävällä alustalla. Bakteerien sekakasvu näytteistä teki eristyksen hankalaksi.
  • Jalava, Katri (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1994)
    Tarkoituksena oli tutkia kissoilla ja koirilla esiintyviä spiraalinmuotoisia mahalaukun bakteereita ja kehittää niiden in vitro viljelymenetelmiä. Ihmisellä esiintyvä Helicobacter pylori on tärkeä tekijä gastriitin ja mahahaavan etiologiassa, mutta H.pylori ei kolorisoi normaaliolosuhteissa kuin ihmisen mahalaukussa. Tästä syystä on ollut tärkeä löytää eläinmalleja infektion tutkimiseksi. Lisäksi spiraalibakteereiden patogeenisuus koiralle ja kissalle on ollut epäselvä. Näytteinä käytettiin lopetetuista koirista ja kissoista otettuja mahalaukun limakalvonäytteitä, jotka viljeltiin helikobakteereille soveltuvissa olosuhteissa. Bakteerit osoittautuivat hankaliksi eristää, erityisenä vaikeutena oli primaariviljelmien saastuminen kontaminanteilla ja pitkä inkubointiaika. Koiran mahalaukun limakalvosta on kuvattu kolme eri spiraalinmuotoista mikroaerofiilistä bakteerilajia, Helicobacter felis, "Gastrospirillum" (Helicobacter heilmannii) ja "Flexispira rappini". Näistä ainoastaan H. felis on kuvattu tarkemmin, koska se on pystytty viljelemään in vitro. Tässä tutkimuksessa eristetyt bakteerit erosivat kuvatusta H. feliksestä, tämä antaa viitteitä että kyseessä olisi jokin muu helikobakteeri laji (Helicobacter heilmannii?). Usein oli myös viitteitä, että viljelmissä olisi kasvanut useampi kuin yksi organismi. Osasta näytteistä tehtiin lisäksi ennen viljelyä suora gram-värjäys, joka osoittautui hyväksi menetelmäksi mahdollisten positiivisten koirien ja kissojen toteamiseksi. Lisäksi tutkittiin eristettyjen bakteerien kykyä kasvaa eri inkubointilämpötiloissa, eri elatusaineilla, eri ikäisillä elatusainealustoilla ja katalaasi- ja ureaasipositiivisuus. Eristetyt kannat pakastettiin jatkotutkimuksia varten.
  • Koljonen, Mia (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)
    Suomessa raportoitiin vuonna 1999 noin 3300 kampylobakteeri-infektiota. Ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajina merkittävimmät kampylobakteerit ovat Campylobacter jejuni ja C. coli. Kampylobakteereita esiintyy yleisesti eläinten, etenkin lintujen suolistossa ja niitä esiintyy myös ympäristössä ulosteperäisen kontaminaation seurauksena. Lemmikkieläimillä esiintyvien kampylobakteereiden merkitys on lisääntynyt viime aikoina, kun humaanitartunnoissa on tavallisimpien kampylobakteereiden lisäksi eristetty myös harvinaisempia lajeja, kuten C. upsaliensis. Ihmisten lisäksi C. upsaliensista on raportoitu esiintyvän vain koirilla ja kissoilla. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin terveillä koirilla ja kissoilla esiintyviä kampylobakteerilajeja, sekä vertailtiin perinteisten biokemiallisten testien avulla tehtävää lajitunnistusta ja GTPaasi geenin polymorfiaan perustuvaa hybridisaatiota. Lisäksi haluttiin selvittää, ovatko samasta eläimestä eri viljelymenetelmillä eristetyt kampylobakteerit samaa lajia. Näytteet kerättiin satunnaisotannalla. Kampylobakteereita eristettiin kaikkiaan 63 eläimestä. Näytteet viljeltiin neljällä eri menetelmällä, jolloin eri menetelmillä saatuja isolaatteja saatiin yhteensä 97 kappaletta. Fenotyyppisten ominaisuuksien tutkimiseksi isolaateille tehtiin gram-värjäys, katalaasikoe, oksidaasikoe, hippuraatin hydrolyysi sekä ureaasikoe. Lisäksi tutkittiin kasvu kefoperatsonia sekä polymyksiiniä sisältävillä kasvualustoilla. Polymeraasiketjureaktiota varten isolaateista tehtiin DNA-eristys. GTPaasia koodaavan geenin sekvenssi on poikkeava eri lajien välillä lukuunottamatta tiettyjä alueita, joita kutsutaan GTP:ta sitoviksi kohdiksi. Geeni sisältää 3-4 tällaista kohtaa, joissa on jokaisessa yhtenevä sekvenssi. Polymeraasiketjureaktiossa käytettävät alukkeet sitoutuvat näihin kohtiin. Kolmen alukkeen yhdistelmä monistaa C. jejunista, C. colista, C. larista ja C. upsaliensiksesta 156 emäsparin pituisen fragmentin. PCR-tuotteiden osoittaminen tapahtui agaroosigeelielektroforeesin avulla. C. jejunin, C. colin, C. larin ja C. upsaliensiksen tunnistaminen perustuu hybridisaatiossa käytettyihin lajispesifisiin koettimiin. Koettimiin liitettiin häntä ja leima, joiden avulla tapahtui tuotteen tunnistus hybridisaation jälkeen. Biokemiallisissa testeissä suurin osa samasta eläimestä eristetyistä isolaateista antoi samankaltaiset tulokset. Polymeraasiketjureaktiota varten saatiin riittävästi DNA:ta eristettyä 53 isolaatista. Näistä 42 antoi elektroforeesissa 156 emäsparin pituisen fragmentin. 11 näytteen kohdalla monistumista ei tapahtunut. Hybridisaation avulla tunnistettiin kuusi C. jejuni -kantaa. Näytteet tunnistettiin C. jejuniksi myös biokemiallisten testien avulla. C. colin ja C. upsaliensiksen kohdalla hybridisaatio epäonnistui, eikä yhtään kantaa pystytty tunnistamaan.
  • Jokinen, Milla; Lipiäinen, Anne (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1994)
    Tutkielman kirjallisuusosassa esitellään kampylobakteerilajit ja niiden ominaisuudet. Ne ovat gramnegatiivisia mibroaerofiilisia bakteereja, jotka aiheuttavat erilaisia infektioita sekä ihmisille että eläimille. Infektiot ovat tavallisesti elintarvikeperäisiä. Sukuun luetaan tällä hetkellä kuuluvaksi 13 lajia, joista tunnetuin on C. jejuni. Kampylobakteerien luokittelu on ollut vaikeaa, koska ne ovat suhteellisen inaktiivisia biokemiallisissa testeissä. Uudempien molekyyli -biologisten menetelmien avulla on saatu selvyytta taksonomiaan. Kirjallisuusosassa on keskitytty lajeihin C. upsaliensis ja C. helveticus, jotka olivat tutkimuksessa erityisen kohteena. Nämä lajit ovat uudempia ja vähemmän tutkittuja lajeja, ja niiden zoonoosiluonteesta ollaan kiinnostuneita. Niitä on eri tutkimuksissa eristetty koirien ja kissojen ulosteesta sekä ihmisiltä. Tavallisimmat humaani-infektiot ovat olleet enteriittejä. Suuri osa koirien ja kissojen eristyksistä on tehty terveiltä yksilöiltä. Kokeellisessa osassa kartoitettiin kampylobakteerien yleisyyttä koirien ja kissojen ulostenäytteissä Tutkimusmenetelmänä käytettiin kalvosuodatusmenetelmää, jonka avulla voidaan löytää useita eri kampylobakteerilajeja yhtäaikaa Tutkimusaineisto koostui pääasiassa Eläinlääketieteellisen korkeakoulun pieneläinsairaalan potilaista. Näytteitä kerättiin yhteensä 200 eläimestä. Nämä olivat sekä kliinisesti terveitä että sairaita. Tutkituista eläimistä 25 oli kissaa ja 175 koiraa. Näytteet otettiin steriilillä vanutikulla suoraan peräsuolesta ja säilytettiin BHI-liemessä Brusella- tai BHI-agarille viljelyyn asti. Alustoja inkuboitiin mikroaerofiilisesti 2-3 vrk tta. Kasvustoista tehtiin gramvärjäys biokemiallisia testejä, antibioottiherkkyyskoe ja SDS-PAGE -kokosoluproteiiniprofiili. Tulosten perusteella määritettiin eristettyjen kantojen lajipositiivisia näytteitä oli 48 tutkituista 200 näytteestä. Eniten eristettün C. upsaliensista ja toiseksi eniten C. helveticus. Eräät kannat olivat todennäköisesti helikobakteereja. Kampylobakteerien erottelussa helikobakteereista tärkeimpiä testejä oli bakteerien tunnistaminen morfologian avulla. Tutkimuksen perusteella kampylobakteerit, etenkin C. upsaliensis ja C. helveticus, näyttäisivät olevan melko yleisiä koira- ja kissapopulaatiossa muodostaen näin ollen varteenotettavan zoonoottisen riskin.
  • Laine, Karoliina (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2002)
    Kampylobakteereita esiintyy yleisesti eläinten suolistossa. Ne ovat yleisin bakteeriperäisen enteriitin aiheuttaja teollisuusmaissa ja tartunta saadaan yleensä ulosteilla kontaminoituneen veden tai ruoan välityksellä. Epidemiologisissa tutkimuksissa on havaittu, että myös ihmisten läheiset kontaktit lemmikkieläimiin voivat olla riskitekijä saada kampylobakteeri-infektio. Kampylobakteerien antibioottiresistenssi on lisääntynyt nopeasti erityisesti fluorokinoloniryhmän antibiootteja vastaan. Fluorokinolonit otettiin sekä eläin- että humaanikäyttöön 1980-luvulla. Niitä on käytetty mm. siipikarjalla salmonellan ehkäisemiseksi. Fluorokinoloniresistenssillä on vakavat vaikutukset ihmisten ripulisairauksien hoitoon ja se myös vaikeuttaa kampylobakteerien lajitunnistusta. Tässä tutkimuksessa kartoitettiin kampylobakteerien esiintymistä koirilla ja kissoilla sekä eristettyjen kampylobakteerikantojen antibioottiherkkyyttä pieneläimille yleisesti käytetyille antibiooteille. Lajitunnistus perustui lähinnä gramvärjäykseen ja pesäkemorfologiaan, sillä tämän tutkimuksen puitteissa ei ollut mahdollista tehdä tarkempaa lajitunnistusta. Näytteitä otettiin vuosina 1998-1999 lähinnä Yliopistollisen eläinsairaalan potilaskoirista ja –kissoista. Tutkitut eläimet olivat pääasiassa kliinisesti terveitä eikä niillä esiintynyt ripulioireita. Koiria tutkittiin 130kpl, joista alle vuoden ikäisiä oli 47 ja aikuisia 83. Kissoja tutkittiin 24kpl. Aikuisilla koirilla 51:ltä (61,4%) eristettiin kampylobakteeria muistuttava bakteeri. Pennuilta eristettiin 19 yksilöltä (40,4%) kampylobakteeri ja kissoilta 19 yksilöltä (79,2%). Eristys tehtiin kolmelta eri elatusainemaljalta, koska on mahdollista, että yhdellä eläimellä on useampi kuin yksi kampylobakteerilaji. Tulosten arvioinnissa on huomioitava, että sama bakteerikanta on eristetty useammalta alustalta. 147 eristetyn kannan antibioottiherkkyys tutkittiin amoksisilliini-klavulaanihapolle, ampisilliinille, enrofloksasiinille, erytromysiinille, linkomysiinille, metronidatsolille, nalidiksiinihapolle ja polymyksiini B:lle. Yksikään kannoista ei ollut resistentti enrofloksasiinille. Resistenttejä kantoja oli runsaasti metronidatsolille (43%), linkomysiinille (47%) ja polymyksiini B:lle (35%). Nämä kannat - erityisesti polymyksiini B:lle resistentit - ovat todennäköisesti helikobakteereita. Tutkituilla koirilla ja kissoilla esiintyy runsaasti kampylobakteereita muistuttavia bakteereita. Tällä hetkellä koirista ja kissoista eristettyjen kampylobakteerien antibioottiresistenssi ei ole merkittävää.
  • Åström, Marit (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)
    Kryptosporidium ja Giardia ovat parasitaarisia alkueläimiä, jotka aiheuttavat ihmiselle pääasiassa ripulitautia. Ihminen saa tartunnan veden ja elintarvikkeiden välityksellä tai suorista kontakteista toisten ihmisten ja eläinten kanssa. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää esiintyykö turkiseläimissä kryptosporidia ja giardiaa. Haluttiin myös selvittää ELISA-menetelmän soveltuvuus seulontatutkimuksiin. ELISA-tutkimuksessa ei todettu yhtään kryptosporidi-positiivista näytettä (0/277). Giardia-positiivisia näytteitä todettiin 18 kappaletta (18/275). 18 giardia-positiivisestä näytteestä tehdyssä immunofluoresenssitutkimuksessa ei todettu giardia-positiivisia näytteitä. Biopsianäytteiden mikroskooppitutkimuksessa ei todettu giardia-positiivisia näytteitä. ELISA-menetelmät ovat kehitetty potilasnäytteiden tutkimiseen eivätkä ne näin ollen ehkä sovellu seulontatutkimuksiin. Menetelmän herkkyys ja spesifisyys eivät ehkä riitä kartoitustutkimuksen tekoon.
  • Aalto, Nina (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2004)
    Syventävien opintojeni tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta sekä tutkimusosuudesta. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään Listeria monocytogeneksen yleistä epidemiologiaa ja esiintyvyyttä elintarviketeollisuudessa sekä ultraäänen käyttösovellutuksia ja ultraäänen toimintaperiaatetta puhdistuskäytössä. Tutkimusosuudessa tutkittiin ultraäänipuhdistuksen vaikutusta L. monocytogeneksen tuhoutumiseen eri kuljetushihnamateriaaleissa. Tutkimus on osa Hygila eli hygieeniset laitteet elintarviketeollisuudessa -projektia. L. monocytogenes on pääasiassa elintarvikkeiden välityksellä leviävä patogeeni, joka voi aiheuttaa vakavan infektion, listerioosin, henkilöille, joiden vastustuskyky on heikentynyt. L. monocytogenes on grampositiivinen, fakultatiivisesti anaerobi sauvabakteeri, joka esiintyy yleisesti ympäristössä. L. monocytogenes on eristetty useista erilaisista elintarvikkeiden tuotantolaitoksista. L. monocytogeneksesta on tullut kasvava ongelma elintarviketeollisuudessa, sillä sen eradikointi raaka-aineista ei ole mahdollista ja tuotantolaitoksiin päästyään se on vaikeasti häädettävissä. L. monocytogenes pystyy kiinnittymään erilaisille pinnoille ja muodostamaan puhdistukselle vastustuskykyisen biofilmin. Lisäksi se suosii hankalasti puhdistettavia kohtia kuten kuljettimia. L. monocytogeneksen on todettu pystyvän muodostamaan persistoivia laitoskantoja, jotka ovat nonpersistoivia kantoja vieläkin vastustuskykyisempiä puhdistustoimenpiteille. Voimakastehoista ja matalataajuista ultraääntä käytetään puhdistamiseen. Ultraäänipuhdistus perustuu kavitaatioon, jolloin pesunesteeseen muodostuu ultraäänen vaikutuksesta pieniä värähteleviä kuplia. Kuplat keräävät energiaa ja lopulta räjähtävät aiheuttaen likaa irrottavia iskuaaltoja puhdistettavaan pintaan. Ultraäänen on todettu tuhoavan mikrobeja ja irrottavan biofilmiä tehokkaasti erilaisista pinnoista. Tutkimuksessa tutkittiin ultraäänipuhdistuksen vaikutusta L. monocytogeneksen tuhoutumiseen kolmessa eri kuljetushihnamateriaalissa, joita olivat ruostumaton teräs, asetaali ja polypropyleeni. Ultraäänipesun kestoa (30s / 1 min), lämpötiloja (30 °C / 45 °C) ja pesuaineita (SOLO / P3-mip SP) vaihdeltiin. Tutkimuksessa todettiin ultraäänipuhdistuksen tuhoavan L. monocytogenesta eri kuljetushihnamateriaaleista. Kuljetushihnamateriaaleista erityisesti ruostumaton teräs puhdistui polypropyleenia paremmin. Myös asetaali puhdistui polypropyleenia paremmin. Ultraäänipesuajalla, jonka kesto oli 30 s tai 1 min, ei tässä tutkimuksessa todettu olevan merkitystä. Korkeampi pesulämpötila suurensi L. monocytogeneksen reduktiolukuja, mutta tilastollisesti merkitseviä tuloksia oli vain muutama. Pesuaineen vaikutuksista havaittiin materiaalikohtaisia eroja siten, että polypropyleeni ja myös asetaali puhdistuivat paremmin SOLO-pesuaineella. Ruostumaton teräs puhdistui matalammassa 30 °C lämpötilassa P3-mip SP -pesuaineella paremmin. Ultraäänipuhdistuksen todettiin soveltuvan kuljetushihnamateriaalien puhdistamiseen.
  • Vikberg, Riitta (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1997)
    Helsingin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksella on kuvattu pilaantuneesta tomaattiketsupista eristetty Lactobacillus fructivorans -kanta. Ko. bakteeri on muihin maitohappobakteereihin verrattuna huomattavan lämpöresistentti ja kestää lisäksi alhaista pH:ta ja korkeita etanolipitoisuuksia. Kyseisen kannan kuumennuskestävyyttä tutkittaessa on todettu eloonjäämiskäyrän loppuosassa nk. häntä. Tällaista bakteeripopulaatiota kuumennettaessa bakteerien kuoleminen hidastuu lyhyen ajan kuluttua selvästi, ja bakteereista jää pieni osa henkiin hyvin pitkänkin kuumennuksen jälkeen. Havaittu lämpöresistenssi voi johtua esim. osapopulaation ominaisuuksista tai kyseessä voi olla indusoituva lämpötoleranssi, joka johtuu nk. lämpöshokkiproteiineista. Useimmat organismit muodostavat lämpöshokkiproteiineja kasvuympäristön lämpötilan noustessa. Ne suojaavat solua kuumennuksen aiheuttamilta vaurioilta. Myös muunlaiset stressitekijät voivat saada aikaan lämpöshokkiproteiinien muodostumista. Tutkimuksessa altistettiin L. fructivorans -bakteereita lyhytkestoisille stressitekijöille (lämpökäsittely ja korkea etanolipitoisuus). Käsitellyistä bakteereista eristettiin proteiineja lysotsyymikäsittelyn avulla ja proteiinit eroteltiin molekyylipainon mukaisesti SDS-PAGE-elektroforeesimenetelmällä. Lisäksi tutkittiin yhden tärkeä lämpöshokkiproteiinin, Escherichia colin hsp60-proteiinin, GroEL:n, vasta-aineiden sitoutumista L. fructivoransin proteiineihin Western blotting -menetelmällä. Lämmölle ja etanolille altistettujen L. fructivorans -bakteereiden ja altistamattomien vertailuerien välillä ei todettu eroja proteiiniprofiileissa. Lämpökäsittelyille altistetun L. fructivoransin proteiinit reagoivat GroEL vasta-aineen kanssa erittäin heikosti. Vertailubakteerina käytetyllä Lactobacillus sakella todettiin SDS PAGE:ssa selvä proteiinien induktio lämpökäsittelyn seurauksena. Erityisesti lisääntyi molekyylipainoltaan n. 70 kDa suuruisen proteiinin synteesi. Tämä proteiini reagoi immunoblottauksessa GroEL-vasta-aineen kanssa. Tulosten perusteella ei voida tehdä johtopäätöksiä L. fructivoransin proteiinien stressi-induktion olemassaolosta. Immunoblottauksella saadut tulokset viittaavat kuitenkin siihen, että L. fructivoransin aiemmissa tutkimuksissa havaittu lämpöresistenssi ei johdu GroEL-proteiinin induktiosta.
  • Lahikainen, Elina (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2007)
    Rotaviruses are double-stranded RNA-viruses. They are members of the family Reoviridae and are the cause of severe gastroenteritis in young humans and animals. Primary infection is the most severe and reinfections usually produce only mild symptoms. Worldwide about 600 000 children die every year from rotavirus infection, and this figure represents about 5 % of all deaths in children younger than five years. Virtually all children will be infected by the time they reach one year of age. Because primary infection is so severe, rotavirus vaccines have been developed. Surveillance studies are needed to monitor the vaccine impact on circulating viral strains. It is important to know whether some strains disappear and new strains, possibly from animals, emerge. This rotavirus genotyping study is part of a long-term European surveillance study, which tries to define and monitor rotavirus types circulating in Europe. Proteins VP4, VP6 and VP7 are the primary antigens of rotaviruses. Rotavirus is classified into serogroups A-G based on inner layer protein VP6. Group A-C rotaviruses are human pathogenes. Most human rotavirus diseases are caused by group A rotavirus. The group A rotaviruses are further classified into G and P types based on the outer layer proteins VP4 and VP7. 15 G and 14 P types have been identified in humans. In this study we established G and P types for 200 rotavirus samples by using nested-PCR. Materials consisted of stool samples originated from HUSLAB virology department and Kuopio University Hospital. Rotavirus positive stool samples taken from children during years 2005-2007. RNA was extracted from stool suspensions and it was translated to DNA and amplified by nested-PCR. As first step RNA was transcripted to cDNA by reverse transcription. cDNA was amplified from gene segment areas that code for VP4 and VP7 proteins. As second step these PCR-products were amplified using G and P type-specific primers. Final PCR products were G and P typed by using agarose electrophoresis. We find that most common G types in 2005-2007 were G1 and G9; other G types was also found. Most common P type was P[8], which constituted 90 % of all viruses. The most common G and P combinations were G1P[8] and G9P[8]. In epidemic season 2006-2007 the most common G types in Helsinki were G1 and G9. In Kuopio predominant stains were G2 and G9. The most common G and P combinations in epidemic season 2006-2007 were G1P[8] and G9P[8] in Helsinki and G9P[8] and G2P[4] in Kuopio. In recent years the most common G types in Europe have been G1-G4 and G9. Finnish genotype distribution is mainly congruent with G and P types in other European countries.
  • Murros, Anna (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2003)
    Leuconostoc-suku kuuluu maitohappobakteereihin. Leuconostokit ovat gram-positiivisia, fakultatiivisesti anaerobisia ja elinolosuhteiltaan vaativia kemo-organotrofeja. Ne ovat heterofermentatiivisia ja muodostavat glukoosista D-laktaattia, etanolia ja hiilidioksidia. Hiilihydraattifermentaation lisäksi maitohappobakteereilla on kolme muuta energiantuottoprosessia, joissa energia muodostuu protonigradienttien kautta substraattien kuljetuksessa solukalvon läpi. Biogeenisten amiinien muodostus liittyy näihin sekundaarisiin energiantuottoprosesseihin. Biogeeniset amiinit ovat biologisesti aktiivisia yhdisteitä. Osalla biogeenisista amiineista on tärkeitä vaikutuksia ihmisten ja eläinten fysiologisissa prosesseissa, mutta suurina pitoisuuksina ne voivat olla toksisia. Biogeeniset amiinit muodostuvat aminohappojen dekarboksylaatiossa eli reaktiossa, jossa aminohaposta vapautuu karboksyyliryhmä. Elintarvikkeissa amiineja muodostuu dekarboksylaasi-positiivisten mikrobien toimesta. Ruokamyrkytysoireita aiheuttavia amiineja ovat histamiini, tyramiini, tryptamiini ja fenyylietyylilamiini. Putreskiinia, kadaveriinia, spermiinia ja spermidiinia voidaan käyttää elintarvikkeen pilaantumisen indikaattoreina ja ne voivat lisätä muiden biogeenisten amiinien toksisia vaikutuksia. Psykrotrofiset Leuconostoc carnosum, Leuconostoc gelidum ja Leuconostoc gasicomitatum kuuluvat samaan Leuconostocien evolutionääriseen haaraan. Ne ovat etenkin tyhjiö- ja suojakaasupakattujen lihatuotteiden pilaajabakteereita. Tutkimuksessa selvitettiin näiden kolmen Leuconostoc-lajin kykyä muodostaa biogeenisia amiineja. Työssä testattiin 20 L. carnosum, 20 L. gelidum ja 20 L. gasicomitatum -kantaa. Amiinien muodostus testattiin kolmella eri nestemäisellä elatusaineella, käyttäen substraattina kuutta eri aminohappoa. Aminohapot olivat L-tyrosiini, L-histidiini, L-fenylalaniini, L-tryptofaani, L-lysiini (monohydrokloridi) ja L-ornitiini (monohydrokloridi). Biogeenisten amiinien muodostus voitiin havaita elatusaineissa tapahtuvien pH-muutosten ja indikaattoriväriaineen avulla. Tyramiinin muodostuksen havaitsemiseksi kokeiltiin myös kiinteitä L-tyrosiinin dinatriumsuolaa sisältäviä elatusmaljoja. Kaikki testatut kannat antoivat positiivisen reaktion histamiinille kaikissa elatusaineissa. Elatusaineissa näkyi heikko positiivinen reaktio myös tryptamiinilla kaikilla kannoilla. Vain yhdellä L. gasicomitatum -kannalla värireaktio oli selkeä. Tryptamiinin suhteen tulokset olivat kyseenalaisia. Kahdella L. gelidum ja yhdellä L. carnosum -kannalla näkyi positiivinen värireaktio myös putreskiinille. Biogeenisten amiinien muodostus putkitesteissä tulisi varmistaa herkemmällä analyyttisellä menetelmällä, esimerkiksi HPLC:lla.
  • Mikola, Karoliina (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)
    PCR-pohjaisissa viljelystä riippumattomissa menetelmissä geenin monistumistehokkuuden eroavuudet voivat aiheuttaa epätarkkuutta mikrobiyhteisöstä saatuun kuvaan. Tässä tutkimuksessa arvioitiin 16S rRNA -geeniin sitoutuvan universaalin alukeparin soveltumista lihan pilaantumisen kannalta merkittävien maitohappobakteerien tutkimiseen reaaliaikaisella PCR-menetelmällä. Työssä tutkittiin yhteensä 36 maitohappobakteerien tyyppi- ja referenssikantaa Carnobacterium-, Enterococcus-, Lactobacillus-, Lactococcus-, Leuconostoc- ja Weissella-suvuista. Maitohappobakteerien lisäksi tutkittiin Brochothrix thermospacta -lajin tyyppi- ja referenssikantaa. Bakteerikannat kasvatettiin MRS- tai TS-elatusaineilla anaerobisissa olosuhteissa. DNA:n eristykseen käytettiin muokattua Pitcherin menetelmää. Templaatti-DNA:n laatu ja konsentraatio määritettiin spektrofotometrisesti. PCR-monistus tehtiin reaaliaikaisella kapillaarilaitteella (LightCycler®) SYBR Green –kemiaa käyttäen, jolloin PCR-tuotteen muodostumista voitiin seurata ajon aikana. Monistuksessa käytettiin HDA1/HDA2 –alukeparia, jossa HDA1-alukkeeseen oli kiinnitetty GC-häntä. Kunkin ajon jälkeen LightCycler™ ohjelmisto ilmoitti kullekin reaktiolle kynnysarvon (Cp, crossing point). Lisäksi ajo-ohjelma suoritti sulamiskäyräanalyysin kullekin tuotteelle. Lopuksi PCR-tuotteet ajettiin vielä etidiumbromidilla värjätyssä agaroosigeelissä. Templaatit monistuivat käytetyillä alukkeilla hyvin ja agaroosigeelielektroforeesin perusteella kustakin kannasta saatiin odotetun kokoinen PCR-tuote. Kynnysarvot vaihtelivat eri lajeilla 9,9:stä 18,5:een. Myös saman lajin eri kantojen kynnysarvot poikkesivat toisistaan, mutta erot eivät olleet aivan yhtä suuria kuin tarkasteltaessa kaikilta lajeilta saatuja arvoja. Brochothrix thermospacta -kannat ja Weissella-suvun kannat monistuivat tehokkaimmin, Carnobacterium- ja Enterococcus-sukujen kannat heikoimmin. Kuten oli odotettavissa, GC-hännällisistä tuotteista muodostui kaksi sulamispistettä. Alempi sulamispiste havaittiin lämpötila-alueella 80,5-84,2 °C ja ylempi lämpötila-alueella 83,7-90,7 °C. Lactobacillus-suvussa alempien sulamispisteiden lajien väliset vaihtelut olivat suurimmat, Weissella- ja Enterococcus-suvuissa pienimmät. Tutkitulla alukeparilla maitohappobakteerien monistumisen kynnysarvot poikkesivat viitaten amplifikaatiotehokkuuksien eroihin. Tästä johtuen populaatiota kuvaavaan sormenjälkeen saattaa muodostua epätarkkuuksia, mitä tullaan jatkossa tutkimaan DGGE-menetelmällä.