Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "dsRNA"

Sort by: Order: Results:

  • Juurikäävältä (Heterobasidion parviporum) eristetyn dsRNA:n osittainen sekvenssianalyysi ja siirtyminen kiinalaisesta sieniyksilöstä muihin juurikäävän sukuisiin lajeihin 
    Hakanpää, Jonne (2009)
    Heterobasidion annosum on merkittävä kasvipatogeeni boreaalisella havumetsävyöhykkeellä ympäri maailman. Pelkästään Euroopassa H. annosum aiheuttaa 800 miljoonan euron taloudelliset tappiot vuosittain. Sienen torjumiseksi on käytetty menetelmiä, joiden tehon pelätään laskevan sienen sopeutumisen vuoksi, ja on syntynyt tarve kehittää uusia toimintatapoja sienen torjumiseksi. Sieniviruksia tavataan H. annosumilla. Noin 6–16 % sienistä sisältää partitivirusten perheeseen kuuluvan viruksen, joka koostuu kahdesta n. 2000 bp:n genomisegmentistä. Eri H. annosum sienikantojen virusten toivotaan aiheuttavan toisilla saman lajin edustajilla hypovirulenssia, jolloin niiden patogeenisyys vähenee. Tutkimuksessa sekvensoitiin kiinalaisen H. parviporumin dsRNA-viruksen RNA-riippuvaista RNA-polymeraasia koodaavan geenin osittainen sekvenssi, ja se annotoitiin. Lisäksi kokeiltiin viruksen siirtymistä 18 sienikannan välillä, ja siirtyminen havaittiin kahdella sienikannalla. Tutkimuksessa löydettiin uusi dsRNA partitivirus, jonka RNA riipuvaista RNA polymeraasia koodaavan geenin osittainen sekvenssi selvitettiin. Lisäksi havaittiin viruksen (dsRNA:n) siirtyvän kiinalaisesta H. parviporum sienestä pohjoisamerikkalaiseen H. annosum Nam/P-tyypin sieneen, sekä yllättäen myös kiinalaiseen H. insulare sieneen. Lisäksi kokeiltiin uutta polyvinyylipolypyrrolidonikemikaaliin perustuvaa dsRNA-eristysmenetelmää, joka voitiin osoittaa toimivaksi.
  • Towards RNA interference mediated crop protection: Optimization of phi6-based dsRNA production in Pseudomonas 
    Lendínez, Miguel Ángel (2024)
    Pests and pathogens damage crops, causing economic losses, while pesticide misuse harms the environment. Double-stranded (ds)RNA offers a safe, non-toxic, and biodegradable alternative for plant protection. Previous research established efficient dsRNA production in Pseudomonas cells using components derived from dsRNA bacteriophage phi6. The dsRNA is produced using phi6 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) to synthesise the strands in vivo. However, P. syringae LM2691 (the current strain used for dsRNA production) is a plant pathogen. Subsequently, there is a risk that the dsRNA preparations contain bacterial toxins. Additionally, the present dsRNA purification method is costly and non-scalable. This study aims to find a non-pathogenic Pseudomonas strain for dsRNA production, compare it with the original production strain (OPS), and optimizing dsRNA purification. To identify a non-pathogenic strain that could be used for dsRNA production, 14 environmental Pseudomonas strains underwent testing for their ability to support phi6 bacteriophage replication. Susceptibility and permissivity of the strains were tested with natural infection with phi6 bacteriophage and reverse genetics system, respectively. Only one strain could be infected and was permissive to phi6 infection. After stablishing the production system in the new strain, it exhibited faster growth than the OPS during 24 h. The new strain reached an eight-fold higher cell count than the OPS after 24 h cultivation at 23°C or 28°C. These results did not correspond to the dsRNA production, where the new strain showed a 3-fold lesser amount of total phi6-produced RNA when compared to the OPS at 28°C. The study also explored mixed-mode chromatography on Capto Core 700 medium for purifying phi6 PCs. The complexes harbouring dsRNA molecules with tobacco mosaic virus sequences were released from the bacterial cells by freezing-thawing cycles. This method preserved the integrity of the complexes, which is crucial for shielding dsRNA against RNases. Optimal purity was attained using a pH 6.5, salt-free elution buffer. While the new non-pathogenic strain identified in this study shows potential for a production system, further optimization is required for dsRNA production in the new strain. The use of mixed-mode chromatography offers a pathway for isolating polymerase complexes, potentially facilitating dsRNA delivery to plants.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO