Browsing by master's degree program "Magisterprogrammet i mikrobiologi och mikrobiell bioteknik"

Yersinia pseudotuberculosis voi aiheuttaa ihmiselle suolistoinfektion, yersinioosin. Se tarttuu kontaminoituneiden elintarvikkeiden välityksellä, ja Suomessa on todettu useita epidemioita viimeisen 20 vuoden aikana. Yersinia-suku kuuluu Enterobacteriaceae-heimoon, ja siihen kuuluu tällä hetkellä 18 lajia. Y. pseudotuberculosis-lajin lisäksi sukuun kuuluu kaksi ihmispatogeenia, Yersinia enterocolitica ja Yersinia pestis. Y. enterocolitica on myös elintarvikevälitteinen patogeeni, Y. pestis puolestaan tunnetaan ruton aiheuttajana. Y. pseudotuberculosis kasvaa hyvin jääkaappilämpötiloissa, jolloin nykyaikaiseen elintarvikehygieniaan oleellisena osana kuuluva kylmäsäilytys ei estä sen lisääntymistä elintarvikkeissa. Sen vuoksi onkin tärkeä tutkia tekijöitä, joilla on merkitystä Y. pseudotuberculosis-bakteerin kylmänsiedossa ja muissa stressiolosuhteissa. RNA-helikaasit ovat proteiineja, jotka avaavat kaksijuosteista RNA:ta. Niihin kuuluu useita proteiiniperheitä, mutta suurin niistä on DEAD-box-helikaasiperhe. DEAD-box-helikaaseja löytyy kaikista eliöryhmistä, ja ne osallistuvat kaikkiin RNA-metabolian vaiheisiin. Ne ovat ATP-riippuvaisia helikaaseja ja ne kykenevät avaamaan vain lyhyitä kaksijuosteisia alueita. Y. pseudotuberculosis IP32953- genomi sisältää viisi DEAD-box-helikaasia koodaavaa geeniä, csdA, dbpA, rhlB, rhlE ja srmB. RhlB osallistuu mRNA-molekyylien hajottamiseen osana RNA-degradosomia. Muut proteiinit osallistuvat pääasiassa ribosomin rakentumiseen. Escherichia coli -bakteerilla aiemmin tehdyn tutkimuksen perusteella tiedetään, että CsdA:n ja SrmB:n puuttuminen soluista saa aikaan kylmäherkän fenotyypin. CsdA:n roolia on tutkittu myös Y. pseudotuberculosis-lajilla, jossa toimimaton CsdA heikentää kasvua kylmässä. Tämän tutkielman tarkoituksena oli tutkia RNA-helikaasien vaikutusta Y. pseudotuberculosis IP32953-kannan kasvuun erilaisissa stressiolosuhteissa. RhlE-, DbpA- ja SrmB-deleetiomutanttikantoja kasvatettiin optimilämpötilan (28 °C) lisäksi kylmässä (3 °C), korkeassa suolapitoisuudessa sekä alhaisessa ja korkeassa pH:ssa. Kasvun aikana mitattiin bakteerien kasvua OD600nm-mittausten avulla, ja aineiston perusteella kannoille piirrettiin kasvukäyrät kaikissa olosuhteissa. Lisäksi aineistosta laskettiin käyrän alle jäävä pinta-ala, jonka perusteella tutkittiin kasvuerojen tilastollista merkitsevyyttä Studentin t-testillä. Kannoille määritettiin myös kasvunopeudet eri olosuhteissa. Deleetiomutanttien kasvussa huomattiin eroa alhaisessa lämpötilassa, jossa kaikki deleetiomutanttikannat tilastollisesti merkitsevästi kasvoivat villityypin kantaa huonommin. Lisäksi ΔsrmB -kanta kasvoi tilastollisesti merkitsevästi heikommin optimilämpötilassa ja korkeassa pH:ssa. Näyttääkin siis siltä, että DEAD-box-helikaasit ovat Y. pseudotuberculosis-bakteerilla suuremmassa roolissa kuin E. coli-bakteerilla, ja niitä tarvitaan erityisesti alhaisissa lämpötiloissa.