Browsing by Author "Aaltonen, Salla"

Shigatoksiinia tuottavat Escherichia coli (STEC) -bakteerit aiheuttavat ihmisille ruokamyrkytyksiä. Ruokamyrkytysten yleisimpinä oireina esiintyy eriasteista ripulia, vakavimmissa tapauksissa veriripulia ja hemolyyttis-ureemista oireyhtymää (HUS), joka voi edetessään johtaa munuaishäiriöön. STEC-bakteerien merkittävimpänä reservoaarina toimivat naudat, joista bakteerit voivat päätyä elintarvikkeisiin ulostekontaminaation välityksellä. Naudanlihan lisäksi riskeinä toimivat esimerkiksi kuumentamaton raakamaito sekä saastuneet kasvikset. STEC-bakteerien diagnosointi perustuu vielä useimmiten tunnetuimman O157:H7-serotyypin diagnosointiin eivätkä nykyiset menetelmät sellaisenaan riitä kattamaan kaikkien STEC-bakteerien tunnistusta. STEC-bakteerien diagnosoinnissa näytteistä yhtenä suurimmista haasteista ovat PCR-positiiviset ja maljanegatiiviset tulokset, jolloin shigatoksiinia koodavan stx-geenin läsnäolon merkitys näytteessä jää epäselväksi. Tämän tutkielman alkuperäistutkimuksen tarkoituksena on parantaa STEC-bakteerien diagnostiikkaa selvittämällä I) diagnostiselta kannalta STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila II) STEC-bakteerien kasvu kolmella eri agarmaljalla ja lisäksi tutkimuksen tarkoituksena on osoittaa III) suomalaisten ruokakauppojen naudan jauhelihojen stx-positiivisuus. Hypoteesina on, että I) STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila on 37 °C II) vain harva jauhelihanäyte on stx-positiivinen III) vain harva PCR-positiivinen näyte tuottaa maljapositiivisen tuloksen. Lämpötila- ja agarmaljatutkimukseen valittiin 25 bakteerikantaa, joista osa oli kansainvälisiä referenssikantoja. Lämpötilatutkimus suoritettiin bakteerisuspension sameutta mittaavalla Bioscreen C -laitteella. Mittausajo kesti 24 tuntia ja se suoritettiin neljässä lämpötilassa: 30 °C, 37 °C, 42 °C ja 44 °C. Kantojen kasvua tutkittiin kolmella agarmaljalla: CHROMagar™ STEC, kefiksiimi-telluriitti sorbitoli MacConkey (CT-SMAC) ja sorbitoli MacConkey (SMAC). Agarmaljoja inkuboitiin 37 °C:n ja 42 °C:n lämpötiloissa. Tutkimukseen valitut naudan jauhelihat (n=70) olivat peräisin suomalaisista ruokakaupoista. Näytteistä 60 rikastettiin 37 °C:n lämpötilassa ja loput 10 näytettä rikastettiin 42 °C:n lämpötilassa. Lihanäytteiden stx-positiivisuutta tutkittiin reaaliaikaisella PCR:llä. Lämpötilatutkimuksessa havaittiin eroja neljän tutkitun lämpötilan välillä. Hypoteesista poiketen 37 °C:n ja 42 °C:n optisen tiheyden (OD) arvoissa ei esiintynyt merkitsevää eroa, jolloin korkeamman 42 °C:n rikastuslämpötilan käyttö STEC-bakteerien diagnostiikassa on mahdollista. Korkeampi lämpötila voi toimia selektiivisenä tekijänä kilpaileville bakteereille, jolloin STEC-bakteerit saataisiin näytteestä paremmin esiin. Selektiivisempi CHROMagar™ STEC -malja inhiboi joidenkin tutkittujen kantojen kasvua, jolloin diagnostiikkaa voi tukea selektiivisen ja ei-selektiivisen agarin rinnakkaiskäyttö. Korkeamman rikastuslämpötilan käyttö tuotti parempia tuloksia STEC-bakteerien diagnosoinnissa jauhelihanäytteistä verrattuna 37 °C:n rikastuslämpötilaan. Alemmassa 37 °C:een rikastuslämpötilassa ei saatu eristettyä maljalta yhtäkään STEC-bakteeria ja 42 °C:n lämpötilassa maljalta saatiin eristettyä kuusi kahdeksasta (75 %) PCR-positiivisesta näytteestä. Alemmassa 37 °C:n lämpötilassa tutkituista näytteistä 28 % oli stx-positiivisia eli Suomessa myynnissä olevissa naudan jauhelihoissa esiintyy stx-positiivisuutta.