Browsing by Author "Aarnio, Sanna"

Matriisiavusteinen massaspektrometria (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS) on molekyylien massa-varaussuhteen mittaamiseen perustuva analyysimenetelmä. MALDI-TOF-massaspektrometriaa käytetään mikrobien lajintunnistukseen, mutta joillain mikrobilajeilla se saattaa soveltua myös lajitasoa tarkempaan analytiikkaan. MALDI-TOF-massaspektrometrian käytöstä Staphylococcus aureuksen metisilliiniresistenssiominaisuuden tunnistuksessa ja epi- demiologisessa tyypityksessä on saatu lupaavia tuloksia. Staphylococcus pseudintermediuksella vastaavaa tutkimusta ei ole aiemmin tehty. Tässä työssä selvitettiin MALDI-TOF-massaspektrometrian soveltuvuutta S. pseudintermedius -kantojen metisilliini-resistenssiominaisuuden tunnistukseen ja MRSP (metisilliinille resistenttien S. pseudintermedius) -kantojen epidemiologiseen tyypitykseen. Metisilliiniresistenssiominaisuuden tunnistuksessa tutkittiin 10 MRSP- kantaa ja 10 MSSP (metisilliinille sensitiivistä S. pseudinter-medius) -kantaa. MRSP:n epidemiologisessa tyypityksessä tutkittiin 15 MRSP-kantaa, joista kutakin tutkittua klonaalista kompleksia (CC45, CC71 ja CC258) edusti viisi kantaa. Massaspektrit mitattiin Bruker Microflex LT 3.1 -laitteella, ja spektrit käsiteltiin Flex-Analysis 3.4 -ohjelmalla. Erottavia huippuja etsittiin visuaaliseen spektritarkasteluun perustuvan kantakohtaisen huipputaulukoinnin avulla. MRSP-kannoista etsittiin paitsi erottavia huippuja yleisesti, myös kohdennetusti metisilliiniresistenssiominaisuuteen liittyvien PSM-mec- ja MecI-proteiinien massaa vastaavia huippuja. Visuaalisen analyysin lisäksi spektreistä luotiin kantakohtaiset kokoomaspektrit (Main Spectral Profile, MSP), joiden samankaltaisuutta tarkasteltiin FlexAnalysis-ohjelman klusterianalyysillä. MRSP- ja MSSP- kantojen spektrejä ei pystytty erottamaan toisistaan. MecI-proteiinin massaa vastaavia huippuja havaittiin sekä MRSP- että MSSP-kannoilla, ja PSM-mec-proteiinin massaa vastaava huippu havaittiin yhden MRSP-kannan isolaatilla. Klusterianalyysissä MRSP-kannat ryvästyivät sekaisin MSSP-kantojen kanssa. Kaikki klonaaliset MRSP-kompleksit pystyttiin erottamaan toisistaan huippujen 2047 +/-2 m/z ja 4290 +/-3 m/z esiintymisen perusteella. 2047 +/-2 m/z esiintyi kaikilla klonaalisen kompleksin CC258 kannoilla, mutta ei millään muilla kannoilla. 4290 +/-3 m/z esiintyi kaikilla CC71-kannoilla, mutta ei CC45-kannoilla. Eroja havaittiin myös useiden muiden huippujen esiintymisessä. Klusterianalyysissä klonaaliset kompleksit eivät erottuneet toisistaan. Tämän tutkimuksen perusteella MALDI-TOF saattaa soveltua joidenkin klonaalisten MRSP-kompleksien erotteluun, mutta menetelmän käytölle S. pseudintermediuksen metisilliiniresistenssin tunnistamisessa ei saatu puoltavaa näyttöä. Klonaalisten kompleksien erottelussa huippujen poiminta saattaa toimia paremmin kuin klusterianalyysi.