Browsing by Subject "EHEC"

Enterohemorraaginen Escherichia coli (EHEC) on kolibakteerien ryhmä, joita naudat kantavat oireettomina suolistossaan. EHEC-bakteereita ulosteisiinsa erittävät naudat aiheuttavat suorassa kontaktissa ja elintarvikkeiden välityksellä tartuntariskin ihmisille. Suurin osa tartunnan saaneista sairastaa verisen ripulin, ja osalle potilaista kehittyy jälkitautina henkeä uhkaava hemolyyttisureeminen syndrooma (HUS). Suomessa toteutetaan teurastamoissa ja nautatiloilla EHEC-riskienhallintaohjelmaa, jonka tarkoituksena on pienentää EHEC:n esiintyvyyttä, rajoittaa sen leviämistä tilalla ja karjasta toiseen, sekä vähentää ihmisten tartuntariskiä. Riskienhallintaohjelman ohjeiden mukaan teurastamoiden seurantanäytteiden perusteella EHECpositiivisiksi epäillyille tiloille tehdään näytteenottokäynti ja EHEC-riskienhallintasuunnitelma, jossa kuvataan tilalla toteutettavat vastustustoimet. Käynti ja suunnitelma tehdään myös tiloille, joita epäillään ihmisen EHEC-tartunnan lähteeksi. Riskienhallintasuunnitelman noudattaminen ja tartuntapaineen alentuminen varmistetaan seurantakäynnillä, jolla otetaan uudet näytteet. Riskienhallintakäynneillä on aiemmin kerätty sekä ulostenäytteitä että ympäristönäytteitä, mutta 1.5.2015 alkaen ulostenäytteenotto jätettiin pois riskienhallintaohjelmasta kaikilta paitsi ihmisten sairastapauksiin liittyviltä tiloilta. Tässä tutkimuksessa arvioidaan vertaillen 15:lle suomalaiselle lypsykarjatilalle vuosina 2010 - 2014 laadittujen EHEC-riskienhallintasuunnitelmien laatua ja näytteenottojen sekä riskienhallinnan onnistumista. Riskienhallintasuunnitelmien ja niiden sisältämien pohjapiirrosten tiedot näytteenotosta ja riskienhallinnasta koottiin yhteen Excel-ohjelman taulukkoon. Riskienhallintasuunnitelmat arvioitiin osa-alueittain ja kokonaisuutena numeroarvosanoin 1 - 3 (1 = Hyvä, 2 = Pieiä puutteita, 3 = Selkeitä puutteita), ja tehdyt havainnot kirjattiin ylös sanallisesti. Samalla tavalla arvioitiin myös näytteenotot, pohjapiirrokset ja riskienhallinnan onnistuminen. Lisäksi näytteenottotietojen perusteella arvioitiin miten uuden näytteenotto-ohjeen mukainen ulostenäytteiden puuttuminen olisi vaikuttanut tilojen riskienhallintaan. Tutkielman tavoitteena on tunnistaa tavallisimpia riskienhallintasuunnitelmien puutteita ja tarjota eväitä suomalaisen EHEC-riskienhallinnan kehittämiseen. Näytteenotoissa tärkein yksittäinen kehityskohde useiden tilojen riskienhallinnassa oli näytteenoton painottaminen entistä huolellisemmin nuoriin eläimiin. Ulostenäytteiden puuttuminen ei olisi vaikuttanut EHEC-positiivisuuden havaitsemiseen tiloilla, joilla EHEC:n esiintyvyys oli ulostenäytteissä vähintään 17 %. Näytteenoton herkkyyden huonontuminen matalan esiintyvyyden tiloilla ei haittaa merkittävästi EHEC-riskienhallintaa, sillä sen tavoitteena ei ole saneerata EHEC:iä karjasta kokonaan. Riskienhallinnassa onnistuttiin useimmilla tutkimusaineiston tiloilla hyvin. 80 % tiloista sai seurantakäynnin perusteella todistuksen riskienhallinnan onnistumisesta, ja vain kahdelle tilalle jouduttiin tekemään seurantanäytteenoton perusteella ylimääräinen tilakäynti. Kaikissa tutkimuksessa arvioiduissa riskienhallintasuunnitelmissa oli pieniä puutteita. Selviä puutteita oli neljässä suunnitelmassa (27 %), mutta vain yhdessä osa-alueessa. Riskienhallintasuunnitelman laatu ei vaikuttanut merkittävästi tutkimuksessa mukana olevien tilojen riskienhallinnan onnistumiseen, koska riskienhallintaan vaikuttavat myös monet

Shigatoksiinia tuottavat Escherichia coli (STEC) -bakteerit aiheuttavat ihmisille ruokamyrkytyksiä. Ruokamyrkytysten yleisimpinä oireina esiintyy eriasteista ripulia, vakavimmissa tapauksissa veriripulia ja hemolyyttis-ureemista oireyhtymää (HUS), joka voi edetessään johtaa munuaishäiriöön. STEC-bakteerien merkittävimpänä reservoaarina toimivat naudat, joista bakteerit voivat päätyä elintarvikkeisiin ulostekontaminaation välityksellä. Naudanlihan lisäksi riskeinä toimivat esimerkiksi kuumentamaton raakamaito sekä saastuneet kasvikset. STEC-bakteerien diagnosointi perustuu vielä useimmiten tunnetuimman O157:H7-serotyypin diagnosointiin eivätkä nykyiset menetelmät sellaisenaan riitä kattamaan kaikkien STEC-bakteerien tunnistusta. STEC-bakteerien diagnosoinnissa näytteistä yhtenä suurimmista haasteista ovat PCR-positiiviset ja maljanegatiiviset tulokset, jolloin shigatoksiinia koodavan stx-geenin läsnäolon merkitys näytteessä jää epäselväksi. Tämän tutkielman alkuperäistutkimuksen tarkoituksena on parantaa STEC-bakteerien diagnostiikkaa selvittämällä I) diagnostiselta kannalta STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila II) STEC-bakteerien kasvu kolmella eri agarmaljalla ja lisäksi tutkimuksen tarkoituksena on osoittaa III) suomalaisten ruokakauppojen naudan jauhelihojen stx-positiivisuus. Hypoteesina on, että I) STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila on 37 °C II) vain harva jauhelihanäyte on stx-positiivinen III) vain harva PCR-positiivinen näyte tuottaa maljapositiivisen tuloksen. Lämpötila- ja agarmaljatutkimukseen valittiin 25 bakteerikantaa, joista osa oli kansainvälisiä referenssikantoja. Lämpötilatutkimus suoritettiin bakteerisuspension sameutta mittaavalla Bioscreen C -laitteella. Mittausajo kesti 24 tuntia ja se suoritettiin neljässä lämpötilassa: 30 °C, 37 °C, 42 °C ja 44 °C. Kantojen kasvua tutkittiin kolmella agarmaljalla: CHROMagar™ STEC, kefiksiimi-telluriitti sorbitoli MacConkey (CT-SMAC) ja sorbitoli MacConkey (SMAC). Agarmaljoja inkuboitiin 37 °C:n ja 42 °C:n lämpötiloissa. Tutkimukseen valitut naudan jauhelihat (n=70) olivat peräisin suomalaisista ruokakaupoista. Näytteistä 60 rikastettiin 37 °C:n lämpötilassa ja loput 10 näytettä rikastettiin 42 °C:n lämpötilassa. Lihanäytteiden stx-positiivisuutta tutkittiin reaaliaikaisella PCR:llä. Lämpötilatutkimuksessa havaittiin eroja neljän tutkitun lämpötilan välillä. Hypoteesista poiketen 37 °C:n ja 42 °C:n optisen tiheyden (OD) arvoissa ei esiintynyt merkitsevää eroa, jolloin korkeamman 42 °C:n rikastuslämpötilan käyttö STEC-bakteerien diagnostiikassa on mahdollista. Korkeampi lämpötila voi toimia selektiivisenä tekijänä kilpaileville bakteereille, jolloin STEC-bakteerit saataisiin näytteestä paremmin esiin. Selektiivisempi CHROMagar™ STEC -malja inhiboi joidenkin tutkittujen kantojen kasvua, jolloin diagnostiikkaa voi tukea selektiivisen ja ei-selektiivisen agarin rinnakkaiskäyttö. Korkeamman rikastuslämpötilan käyttö tuotti parempia tuloksia STEC-bakteerien diagnosoinnissa jauhelihanäytteistä verrattuna 37 °C:n rikastuslämpötilaan. Alemmassa 37 °C:een rikastuslämpötilassa ei saatu eristettyä maljalta yhtäkään STEC-bakteeria ja 42 °C:n lämpötilassa maljalta saatiin eristettyä kuusi kahdeksasta (75 %) PCR-positiivisesta näytteestä. Alemmassa 37 °C:n lämpötilassa tutkituista näytteistä 28 % oli stx-positiivisia eli Suomessa myynnissä olevissa naudan jauhelihoissa esiintyy stx-positiivisuutta.