Browsing by Subject "Escherichia coli"

Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää mikrobilääkehoidon vaikutusta E. coli-bakteerin aiheuttamassa utaretulehduksessa vastapoikineilla lehmillä. Useissa tutkimuksissa on osoitettu, ettei antibioottilääkitys olisi paranemiselle välttämätöntä. Sairauden oireet johtuvat pääosin elimistön tulehdusvasteesta bakteerinsoluseinämän endotoksiinimolekyyliä vastaan, eivätkä bakteerin ominaisuuksista. Ei-steroidi-kipulääkkeet(esim. fluniksiini) ovat osoittautuneet erittäin tehokkaiksi elimistön puolustusreaktion hillinnässä, joten niiden käyttö koliutaretulehduksen hoidossa on yleisesti hyväksyttyä. Varhaislypsykaudella olevien lehmien puolustuskyky on heikentynyt, joten niiden koliformitulehdukset saattavat kehittyä vakaviksi oireisiksi. Koliformeihin bakteereihin in vitro tehoavia sekä farmakokineettisesti lypsylehmälle soveltuvia antibiootteja on vähän. Tutkimusten perusteella fluorokinoloni-ryhmäin lukeutuva antibiootti enrofloksasiini on osoittautunut soveltuvan näiltä osin käytettäväksi E. coli -utaretulehdusten hoitoon. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään koliformeja bakteereja utaretulehduksen aiheuttajina sekä koliutaretulehduksen hoitoa ja mikrobilääkkeitä. Kokeessa kuusi lehmää tartutettiin kahdesti E. colt -bakteerikannalla, joka oli eristetty kliinisestä utaretulehduksesta. Hoitomuotoja oli kaksi: fluniksiini ja tiheä lypsy sekä nämä yhdistettynä enrofloksasiiniin. Toisella tartutuskerralla lehmien hoidot vaihdettiin, joten kukin yksilö toimi omana kontrollinaan. Taudinkulkua valvottiin seuraamalla oireita sekä ottamalla maito- ja verinäytteitä. Yleis- ja paikallisoireet, maidon tulehdusparametrit ja bakteerimäärät näyttivät muuttuvan nopeammin normaaleiksi enrofloksasiinilla hoidettujen ryhmässä, mutta tilastollisesti tulos ei ollut merkitsevä. Vähäisempi maitotuotoksen lasku enrofloksasiinilla hoidetuilla lehmillä oli ainoa tilastollisesti merkitsevä tulos. Kahden pelkästään fluniksiinilla hoidetun yksilön sairastuminen vakavaan endotoksemiaan kertoo mahdollisesta antibiootin tarpeellisuudesta varhaisen lypsykauden koliutaretulehduksen hoidossa.

Lisensiaatin tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja tutkimusosiosta. Kokeellinen osuus kuuluu osana ELL Leena Suojalan väitöskirjaprojektiin, jossa tuloksia käsitellään laajemmin. Tässä tutkielmassa keskitytään eläinten kliiniseen vasteeseen ja bakteriologiseen paranemiseen. Lypsylehmät saavat Escherichia coli–utaretulehduksen yleensä lähellä poikimista tai alkulypsykaudella. Tartunnan vakavuuteen vaikuttaa lehmän oma immuunivaste sekä bakteereiden määrä. Kolimastiitin mikrobilääkehoidon tekee ongelmalliseksi se, että endotoksiinivaste eli elimistön omat sytokiinit ja muut välittäjäaineet aiheuttavat kliiniset oireet. Kolimastiitin hoitoon on yleensä käytetty laajakirjoisia antibiootteja, vaikka joissakin tutkimuksissa on havaittu, että mikrobilääkehoito ei välttämättä paranna hoitotulosta. Lisääntynyt antibioottiresistenssi ja yleinen pyrkimys vähentää antibioottien käyttöä ovatkin asettaneet kyseenalaiseksi kolimastiitin rutiininomaisen antibioottihoidon. Kokeen tarkoituksena oli selvittää mikrobilääke- (enrofloksasiini) ja tukihoidon tai pelkän tukihoidon hoitovastetta kliinisen E. coli–utaretulehduksen hoidossa. Koe suoritettiin kenttäkokeena ja aineistoa lehmien hoitovasteesta kerättiin kolmen vuoden ajan. Kokeeseen osallistui yhteensä 183 lehmää. Eläinten bakteriologinen parantuminen arvioitiin kolmen viikon kuluttua hoidon aloituksesta otetusta maitonäytteestä. Tulosten mukaan ne eläimet, jotka saivat tukihoidon lisäksi myös antibioottia, paranivat hieman paremmin kuin pelkkää tukihoitoa saaneet eläimet. Antibioottihoidetuista lehmistä bakteriologisesti parantui 89,1 %, pelkkää tukihoitoa saaneista parantui 81,2 %. Kliinisen paranemisen tulos oli parempi pelkkää tukihoitoa saaneella ryhmällä, joista 57,3 % oli parantunut kliinisesti kolmen viikon kuluttua hoidon aloittamisesta. Antibiootti- ja tukihoitoa saaneesta ryhmästä kliinisesti parani 43,3 %. Tämän tutkimuksen perusteella näyttäisi siltä, että kolimastiitin hoitoon ei kannata käyttää antibioottihoitoa, vaan pelkkä tukihoito olisi riittävä. Antibioottihoito paransi hieman bakteriologisen paranemisen tulosta, mutta käytännön eläinlääkinnän kannalta paljon merkittävämpää on kliinisen paranemisen tulos, joka oli parempi pelkää tukihoitoa saaneella hoitoryhmällä. Molempien hoitoryhmien kliinisen paranemisen tulos oli kuitenkin varsin heikko, mikä kertoo kolimastiitin vakavuudesta; lehmä jää usein soluttamaan pitkäksikin aikaa ja maidontuotos voi laskea pysyvästi.

Kolistiini on polymyksiineihin kuuluva antibiootti, joka kuuluu kriittisen tärkeisiin reserviantibiootteihin. Sen käyttö tulisi rajata erityisesti ihmisille ainoastaan todennettuun tarkoitukseen, esimerkiksi muille antibiooteille vastaamattomien, moniresistenttien bakteeri-infektioiden hoitoon. Syksyllä 2017 Evira löysi ensimmäisen kerran Suomeen Venäjältä tuoduista löytökoirista kolistiinille resistenttejä, ESBL-positiivisia Escherihia coli -bakteereja. Näistä bakteereista kolistiiniresistenssi todettiin referenssimenetelmällä eli liemilaimennosmenetelmällä ja kolistiinireisstenssiyden tuova mcr-1-geeni PCR-menetelmällä. Helsingin yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan kliinisen mikrobiologian laboratoriossa on seulottu alati kasvavasta potilasnäytemäärästä kolistiiniresistenssiä polymyksiini B -kiekkoherkyysmenetelmällä, koska sen on oletettu tuovan esille kolistiinille resistentit kannat polymyksiineille ominaisen ristiresistenssin vuoksi. Menetelmässä on myös jouduttu turvautumaan Pseudomonas aeruginosa -bakteerin herkkyysraja-arvoihin, koska enterobakteereille ei ole määritelty erikseen herkkyysraja-arvoja. Ei kuitenkaan tiedetä, kuinka luotettavasti ja herkästi tämä herkkyysmenetelmä soveltuu kolistiiniherkkyyden seulontaan. Työ koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja kokeellisesta osasta. Kokeellisen osan tarkoituksena oli vertailla kolmea eri herkkyysmenetelmää kolistiiniresistenssin testaamiseksi ja pohtia P. aeruginosan raja-arvojen soveltumista enterobakteereille. Samalla tutkittiin, oliko potilasaineistossa mahdollisesti jäänyt havaitsematta aiemmassa polymyksiini B -kiekkotestissä kolistiinille resistenttejä, mcr-1- positiivisia kantoja. Työn hypoteesina oli, ettei polymyksiini B -kiekkotesti ole tarpeeksi herkkä ja spesifinen menetelmä kolistiiniherkkyyden testaamiseen. Tutkittavina potilaskantoina oli 31 kpl ESBL-positiivisiksi osoittautunutta E. coli -kantaa. Tutkittavat kannat oli eristetty Suomeen Venäjältä (26 kpl), Romaniasta (4 kpl) tai Latviasta (1 kpl) tuoduista, eri-ikäisistä koirista vuosina 2017-2018. Negatiivisina kontrollikantoina käytettiin kolistiinille herkkää E. coli ATCC 25922 -kantaa sekä P. aeruginosa ATCC 27852 -kantaa. Positiivisina kontrolleina (mcr-1 geeni) käytettiin E. coli NCTC 13846 -kantaa sekä kolmea Evirasta saatua mcr-1 –positiivista kantaa. Testattavina menetelminä olivat kiekkoherkkyysmenetelmä (polymyksiini B- ja kolistiinikiekot 10 ,25 ja 50 μg), E-testi (kolistiini), sekä referenssimenetelmänä liemilaimennosmenetelmä (kolistiini). Herkkyysmenetelmissä kolistiinille resistenteiksi osoittautuneet potilaskannat tutkittiin Evirassa mcr-1-geenin osalta PCR-menetelmällä. Työssä osoittautui, ettei polymyksiini B -kiekkotesti sovellu kolistiiniherkkyyden seulontaan eivätkä P. aeruginosan raja-arvot sovellu enterobakteereille. Kaikki kannat, mukaan lukien resistentit kannat, olivat tämän testin perustella herkkiä kolistiinille. Kolistiinikiekkoherkkyystesti (10 μg kiekko), E-testi ja liemilaimennosmenetelmä erottivat herkät ja resistentit kannat toisistaan. PCR-tutkimuksessa 2/31 potilaskantaa kantoivat mcr-1-geeniä, eli geenin esiintyvyys oli 6,5 %. Tämän työn perusteella polymyksiini B-kiekkotesti tulisi korvata toisella herkkyysmenetelmällä, esimerkiksi 10 μg kolistiinikiekkotestillä tai E-testillä. Liemilaimennosmenetelmän vaativuuden ja kalleuden vuoksi se soveltuisi tulosten varmentamiseen PCR-menetelmän ohella. Lisätutkimuksia kuitenkin vaaditaan mm. herkkyysraja-arvojen määrittämiseen ja menetelmien optimoimiseen. Koska työssä löydettiin jo toisen kerran kolistiinille reisistenttejä bakteereja tuontikoirista, vahvistaa työ tarvetta seuloa erityisesti tuontikoiria kolistiiniresistenssin suhteen.

Kuivatut siankorvat ovat suosittuja koirien herkkuja. Siankorvien mikrobiologiseen laatuun vaikuttaa moni tekijä, kuten teurastettavien sikojen puhtaus ja siankorvien valmistuksen prosessihygienia. Vaikka kuivattujen siankorvien valmistusketjussa on monia bakteereita tuhoavia tai poistavia vaiheita, ei kaikkia bakteereita saada poistettua. Näin ollen kuluttajalle päätyessään kuivatut siankorvat voivat olla myös patogeenisilla eli tautia aiheuttavilla sekä antibioottiresistenteillä bakteereilla saastuneita. Tämä altistaa sekä koirat että niiden omistajat tartunnoille. Erityisesti pienet lapset, iäkkäät, immuunipuutteiset ja raskaana olevat henkilöt ovat alttiita saastuneiden lemmikinruokien tai infektoituneiden lemmikkien välittämille tartunnoille. Saastuneet siankorvat ovat aiheuttaneet ihmisten salmonellaepidemioita. Epidemioiden seurauksena siankorvien mikrobiologista laatua on tutkittu eri maissa erityisesti Salmonella-bakteerien osalta. Useassa tutkimuksessa on havaittu salmonellan eri serotyyppejä kuivatuissa siankorvissa. Eristettyjen salmonellakantojen joukossa on ollut myös antibioottiresistenttejä kantoja. Ruotsalaisessa tutkimuksessa havaittiin salmonellaa ja ESBL-entsyymiä tuottavia resistenttejä bakteereita kuivatuissa siankorvissa. Suomessa myytävistä siankorvista ei ole julkaistu vastaavia tutkimuksia. Sen vuoksi suomalaiselle siankorvien mikrobiologista laatua selvittävälle tutkimukselle oli tarvetta. Tämän tutkielman tutkimusosiossa oli tavoitteena tutkia salmonellan, resistenttien ESBL/AmpC-entsyymiä tuottavien Escherichia coli -bakteerien ja tuotantolaitoksissa ympäristökontaminanttina esiintyvän patogeenisen Listeria monocytogenes -bakteerin esiintymistä sekä hygieniaindikaattoreina toimivien kokonais- ja enterobakteerien määriä kuivatuissa siankorvissa. Lisäksi tavoitteena oli vertailla kotimaisten ja ulkomaisten siankorvien mikrobiologista laatua keskenään ja selvittää, onko mikrobiologisen laadun kannalta merkitystä, ostetaanko siankorvat pakattuina vai irtotuotteina. Hypoteesina oli, että ulkomaisissa siankorvissa on enemmän bakteereita kuin kotimaisissa, ja että pakatuissa ja irtomyydyissä siankorvissa ei ole eroa bakteereiden osalta. Tutkimusosiossa näytteenä oli yhteensä 50 Suomesta tai ulkomaisista verkkokaupoista ostettua kuivattua siankorvaa. Näytteistä 31 oli alkuperältään kotimaisia ja loput ulkomaisia. Kotimaisista näytteistä 16 oli irtotuotteita ja muut näytteet olivat pakattuja. Näytteiden kokonais- ja enterobakteerien määriä tutkittiin pintaviljelymenetelmällä. ESBL/AmpC-E. colin esiintymistä tutkittiin kefotaksiimi-pitoisella valikoivalla maljalla sekä varmistustesteillä. Salmonellan ja listerian esiintymistä kartoitettiin aluksi PCR-menetelmällä. Positiivisen PCR-tuloksen saaneille näytteille tehtiin näiden bakteerien osalta viljelyt valikoivilla maljoilla sekä varmistustestejä puhdasviljelmistä. Ulkomaisista näytteistä löytyi sekä salmonellaa että ESBL/AmpC-E. colia. Kotimaisista näytteistä löytyi listeriaa, mutta vain PCR-menetelmällä. Kokonais- ja enterobakteerimäärät olivat suurimpia ulkomaisissa pakatuissa näytteissä. Tämä tutkimus osoitti, että koirille tarkoitettujen kuivattujen siankorvien mikrobiologinen laatu vaihtelee huomattavasti, ja että ulkomaisissa siankorvissa voi esiintyä ihmisten terveydelle haitallisia patogeenisia ja/tai resistenttejä bakteereita. Pakatut siankorvat eivät ole pakkaamattomia turvallisempia. Tulosten perusteella kuivattuja siankorvia käsiteltäessä tulee kiinnittää huomiota hyvään hygieniaan.

Tämä kirjallisuuskatsauksen ja alkuperäistutkimuksen sisältävä lisensiaatintutkielma käsittelee mikrobilääkeresistenssiä sekä laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavia enterobakteereita hevosilla Suomessa. Mikrobilääkeresistenssillä tarkoitetaan mikrobien vastustuskykyä mikrobilääkkeitä kohtaan. Mikrobilääkkeiden liikakäyttö ja uusien mikrobilääkkeiden pula ovat johtaneet yleistyvään maailmanlaajuiseen mikrobilääkeresistenssiongelmaan. Mikrobilääkeresistenssi on uhka ihmisten ja eläinten terveydelle. Mikrobilääkkeille vastustuskykyisten bakteerien aiheuttamien infektoiden lisääntyessä hoitovaihtoehdot vähenevät ja potilaiden kuolleisuus nousee. Beetalaktamaasit ovat bakteerien tuottamia entsyymejä, jotka pystyvät hajottamaan beetalaktaameja. Beetalaktaamit ovat lääketieteellisesti merkittävä mikrobilääkeryhmä. ESBL (extended spectrum beta-lactamase) -entsyymeillä puolestaan tarkoitetaan bakteerien tuottamia beetalaktamaasientsyymejä, jotka pystyvät hajottamaan laajakirjoisia beetalaktaameja, kuten esimerkiksi kolmannen polven kefalosporiineja. Enterobakteerit ovat tärkein laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottava bakteeriheimo. Enterobakteereja esiintyy sekä ihmisillä että eläimillä. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää ESBL-enterobakteerien esiintyvyyttä hevosten peräsuolesta otetuissa seulontanäytteissä Suomessa. Samalla tutkittiin, mitä ESBL-bakteerilajeja Suomessa asuvilla hevosilla esiintyy. Aihetta ei ole aiemmin juurikaan tutkittu Suomessa, joten tutkimus tuo tärkeää lisätietoa Suomessa asuvien hevosten resistenssitilanteesta. Lisäksi tutkimuksessa selvitettiin mahdollisia riskitekijöitä ESBL-kantajuudelle. ESBL-kantajuuden prevalenssin odotettiin olevan noin 7 % Suomessa. Prevalenssihypoteesi tässä tutkimuksessa asetettiin hieman alemmas verrattuna muihin Euroopan maihin, koska Suomen resistenssitilanne on Euroopan keskimääräistä parempi. Riskitekijöitä ESBL-kantajuudelle on aiemmissa tutkimuksissa todettu olevan esimerkiksi mikrobilääkehoito ja sairaalahoito. Tutkimusta varten kerättiin Yliopistollisen hevossairaalan potilailta seulontanäytteitä loppuvuoden 2020 ja alkuvuoden 2021 aikana. Näytteitä kerättiin yhteensä 161:ltä hevoselta. Tutkimukseen osallistuneiden hevosten omistajat vastasivat kyselylomakkeen kysymyksiin, jotka käsittelivät esimerkiksi sairaalaan tulosyytä, hevosen lääkintähistoriaa sekä tietoja hevosen lähikontakteista. Näytteet viljeltiin ja löydettyjen enterobakteerikantojen herkkyysmääritykset tehtiin Eläinlääketieteellisen tiedekunnan kliinisen mikrobiologian laboratoriossa. Kyselylomakkeen vastausten perusteella määritettiin mahdollisia riskitekijöitä SPSS-ohjelman avulla. Dikotomisille muuttujille tehtiin ristiintaulukointi ja Fisherin eksakti testi. ESBL-prevalenssi laskettiin EpiTools-laskimella. Tutkimukseen osallistuneista hevosista viisi oli ESBL-positiivisia, jolloin ESBL-prevalenssi tutkimuspopulaatiossa oli 3,1 %. Tilastollisesti merkitseviksi riskitekijöiksi ESBL-kantajuudelle todettiin analyysin perusteella sairaalahoito viimeisen kolmen kuukauden sisällä, mikrobilääkehoito viimeisen kolmen kuukauden sisällä sekä kirurginen toimenpide viimeisen kolmen kuukauden sisällä. Tutkimuksen tuloksena saatu ESBL-prevalenssi hevosilla poikkesi hypoteesistamme sekä aiemmista tutkimustuloksista. Poikkeamaa voi selittää eroavaisuudet tutkimusten välillä esimerkiksi otoskoossa ja tutkimuspopulaatiossa. Harhaa tutkimustuloksiin on voinut aiheuttaa esimerkiksi Covid-19-pandemia sekä väärinkäsitykset kyselylomakkeen kysymyksiin vastatessa. Riskitekijäanalyysin tulokset myötäilivät aiempia tutkimustuloksia sekä hypoteesiamme.

One of the leading bacterial causes of diarrhea in humans are campylobacters (Campylobacter spp). The more common species infecting humans are Campylobacter jejuni and C. coli. The symptoms can vary from mild intestinal infection to severe, bloody, producing diarrhea. Improperly prepared poultry, contaminated drinking and swimming water are the leading causes of infection. Campylobacters are present in the intestines of many mammal and bird species. They generally do not cause disease in the birds, thus they are regarded as asymptomatic carriers. Birds and mammals can also infect swimming areas through defecation. This contamination is generally studied with the help of a fecal indicator bacteria. Examples of this type of bacteria are Escherichia coli, fecal enterococci, and Clostridium perfringens. Since the 1990s Campylobacter has become increasingly resistent to antibiotic treatments, such as fluoroquinolones, and it has become an escalating public health threat. The antibiotic resistance of E. coli can be used to illustrate that of gram-negative bacteria. Fecal samples of 125 birds were collected for the qualitative study of Campylobacter and E. coli. 41 Barnacle geese and 84 gulls were studied. The presence of Campylobacter was studied by a cultivation. The enrichment was processed in Bolton broth and then cultured with CCDA (modified charcoal-cefoperazone-deoxycholate agar). Campylobacters were identified with typical colonies and gram-staining. The E coli was cultured directly from the sample swabs to the mFC agar. The typical blue growing colonies were interpreted as E. coli. This was confirmed introducing the E coli's β-glucuronidase enzyme into Colilert solution. In addition, 18 fecal samples were collected (13 Barnacle geese and 5 gulls) for quantitative analysis. The cfus of fecal enterococci, E. coli, C perfringens and Campylobacters were determined using a tenfold dilution method. Water samples were gathered three times during the summer from five different swimming areas in Helsinki. These samples were studied for counts of fecal enterococci, E.coli, C perfringens and the presence of Campylobacter by membrane filtration method the. The quantity of E. coli was studied using the commercial MPN method, Colilert test. The E. coli and Campylobacter were isolated from the fecal and water samples and were examined for antimicrobial resistance. To ampicillin, ciprofloxasin, and tetracycline. The erythromycin resistance of Campylobacter was studies as well. The method used were agar dilution and MIC values were determined.. Campylobacter was detected in 23 fecal samples (18%). It was found in 8 gull fecal samples (10%) and in 15 Barnacle geese samples (37%). Seven of the isolated strains (31%) were C. jejuni. It was noticed in the quantitative studies that there were more E. coli and fecal enterococci in the gull fecal samples (collected from the Ämmässuo landfill) than the Barnacle geese fecal samples. The bacteria levels found in the Helsinki beach areas were not above the legal reference levels. Campylobacters were identified once at two beach areas. Almost all of studied Campylobacter isolates were sensitive to the antibiotics used in the experiment. Two strains were resistance to the ampicillin. Of the 76 E. coli strains 5 were resistant to ampicillin and 4 to tetracycline. The other strains were sensitive. One multiresistant E. coli strain was detected in a swimming water sample. Campylobacters were detected in fecal samples of birds suggesting that wild birds may be the source of the Campylobacter infection in humans. Escherichia coli fecal enterococci were not suitable fecal indicator bacteria for fecal contamination of Barnacle geese in bodies of water in nature. The quality of water in Helsinki's swimming areas appeared to be good. Resistance to antibiotics seems to be quite rare in bacterium isolated from birds feces and swimming waters. Probably, birds are not remarkable spreaders of antibiotic resistance.

Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, onko Escherichia coli-bakteerin seerumiherkkyydellä yhteyttä akuutin mastiitintaudinkuvaan, tulehdusreaktion voimakkuuteen tai paranemistulokseen. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään mastiittia aiheuttavien koliformien bakteerien virulenssitekijöiden ja utareenpuolustusmekanismien vuorovaikutuksia. Hautjärven klinikan toimialueelta oli eristetty akuuteista mastiiteista bakteerikantoja (n=75), jotka oli alustavasti tunnistettu E. coli -bakteereiksi lähinnä pesäkemorfologian perusteella. Kannat identifioitiin käyttäen API 20 E -diagnostiikkakittiä. Bakteerien seerumiherkkyys määritettiin Bioscreen-analysaattorilla inkuboimalla Iso-Sensitest-liemeen suspensoituja bakteereita joko aktiivisessa seerumissa, inaktivoidussa (56 °C:ssa 30 min) seerumissa tai Hanksin balansoidussa suolaliuoksessa 20 h +37 °C:ssa . Kliinisten oireiden voimakkuus arvioitiin potilaskortteihin kirjattujen tietojen perusteella. Maidon NAGaasi-aktiivisuus mitattiin käyttäen MilkNAGase Testiä. Kannoista 68 identifioitiin E. coli -bakteeriksi. Näistä 36 (53 %)oli seerumiresistenttejä. Kannoista 24 (35 %) oli välimuotoisia ja 8 (12 %) seerumiherkkiä. Yleisoireiden vakavuuden perusteella 19 % tapauksista oli lieviä, 62 % kohtalaisen vakavia ja 19 % vakavia. Utareen turpoaminen oli voimakasta 55 %:ssa tapauksista ja erittäin voimakasta 45 %:ssa tapauksista. Maidon NAGaasi-aktiivisuuden keskiarvo - keskihajonta akuutissa vaiheessa oli 226 +- 171 U/ml ja seurantanäytteissä 113 +- 134 U/ml. E.coli -kantojen seerumiherkkyyden ja kliinisten oireiden voimakkuuden välillä ei ollut tilastollisesti merkitsevää eroa, ei myöskään seerumiherkkyyden ja akuutin vaiheen NAGaasi-aktiivisuuden välillä. Testattavia kantoja oli liian vähän, jotta seerumiherkkyyden ja seurantanäytteiden NAGaasin suhdetta olisi voinut käsitellä tilastollisesti.

Tutkimuksen tavoitteena oli tarkastella mikrobilääkkeiden käyttöön liittyviä kustannuksia porsastuotannossa ja pohtia sikaloiden mikrobilääkehoidoista mahdollisesti aiheutuvaa resistenssiongelmaa. Aineistona käytettiin Helsingin yliopiston Mätsälässä sijaitsevan Saaren tuotantoeläinyksikön hoitoalueeseen kuuluvien viiden porsastuotantosikalan ja kahden muualla Etelä-Suomessa sijaitsevan porsastuotantosikalan lääkitystietoja ja porsastuotannon tietoja kolmen vuoden ajalta retrospektiivisesti. Kaikkien tutkimuksessa olleiden seitsemän sikalan mikrobilääkehoitotiedot koottiin tilakohtaisesti vuosilta 2006 – 2008. Kerättyjen lääkitys- ja tuotantotietojen sekä vakioitujen lääke- ja porsashintojen perusteella voitiin laskea tilakohtaiset vuotuiset lääkemenot per emakko ja pahnuekohtaisesti porsastuotannosta saatava bruttotulo ja kuolleisuudesta johtuva tulonmenetys. Tutkimus osoitti, että vuotuiset mikrobilääkehoitokustannukset sikalan keskimääräistä emakkolukua kohden vaihtelevat moninkertaisesti eri sikaloiden välillä. Mikrobilääkehoitojen kulut emakkoa kohti vuodessa oli Saaren alueen pienissä sikaloissa noin viisi euroa (keskiarvon vaihteluväli 3,45 – 6,13), kahdessa isossa yksikössä kulutus oli selvästi suurempi (keskiarvon vaihteluväli 14,68 – 38,17). Molemmissa isoissa sikaloissa porsastuotannon pahnuekohtaisen bruttotulon keskiarvo oli korkeampi (keskiarvo 510,84 €) pieniin Saaren alueen sikaloihin verrattuna (keskiarvo 465,67 €) ja pahnuekohtainen tulonmenetys oli keskimäärin pienempi (keskiarvo 68,50 €) Saaren alueen sikaloihin verrattuna (keskiarvo 79,90 €). Porsastuotannon bruttotulo ei huomioi mitään tuotantoon liittyviä menoja. Tulonmenetyksen osuus bruttotuloista vaihteli tilakohtaisesti 12 %:sta 23 %:iin mediaanin ollessa 15 %. Pienestä aineistosta johtuen saatuja seitsemän tilan tuloksia ei suoraan voida yleistää, vaan lisätutkimuksia tarvitaan. Tuloksia voitaneen kuitenkin pitää suuntaa antavina ja sitä humaanilääketieteessä olevaa käsitystä tukevina, että mikrobilääkeresistenssillä on kannattavuutta heikentäviä vaikutuksia. Näin ollen erityisesti nykytilanteessa, jossa sikatalouden kannattavuus on heikko, olisikin taloudellisesti perusteltua seurata resistenssin kehittymistä ja pyrkiä estämään sen leviäminen sikaloissa. Lääkityskustannusten lisäksi olisi huomioitava tuottajien oma turvallisuus liittyen mikrobilääkkeiden annosteluun eläimille. Lisäksi olisi kiinnitettävä huomiota niihin hoitokäytäntöihin, jotka voivat vaikuttaa resistenssiongelman syntyyn ja laajuuteen.

Mikrobilääkeresistenssi on merkittävä maailmanlaajuisesti lisääntyvä ongelma, joka uhkaa ihmisten ja eläinten terveyttä kaikkialla maailmassa. Yli puolet maailmalla käytetyistä antibiooteista on käytössä ruoantuotantoon käytettävillä elämillä. Mikrobilääkkeiden säännöllinen käyttö eläintuotannossa kuitenkin lisää bakteerien todennäköisyyttä tulla mikrobilääkkeille vastustuskykyisiksi. Moniresistentit bakteerit aiheuttavat vaikeahoitoisia infektioita ja lisääntynyttä kuolleisuutta mikrobilääkehoitovaihtoehtojen vähentyessä. Aikaisemmissa tutkimuksissa on todettu, että resistenttien mikrobien tutkiminen jätevedestä voisi tarjota nopean ja tehokkaan menetelmän mikrobilääkeresistenssin arvioimiseen. Tähän lisensiaatin tutkielmaan sisältyvän alkuperäistutkimuksen tavoitteena oli kartoittaa Etelä-Afrikan teuraseläinten mikrobilääkeresistenssiprofiilia tutkimalla eteläafrikkalaisten teurastamoiden jätevesissä esiintyviä zoonoottisia mikrobilääkkeille resistenttejä bakteereja. Työssä selvitettiin, mitä nämä bakteerit ovat ja mille mikrobilääkkeille ne ovat resistenttejä. Lisäksi työssä haluttiin selvittää, onko teurastamoiden lattiakaivoista ja jätevesitankeista otetuissa näytteissä eroja, ja miten eri teurastamoilta otetut näytteet eroavat toisistaan. Tutkimusprojekti (SAAW, South African Abattoir Wastewater) toteutettiin yhteistyössä Pretorian yliopiston kanssa. Työssä tutkittiin kuudelta eteläafrikkalaiselta teurastamolta toukokuussa 2022 kerätyt jätevesinäytteet (n=18) ja lattiakaivoista otetut pyyhkäisynäytteet (n=15). Näytteistä etsittiin laajakirjoisia beetalaktamaasientsyymejä (ESBL) tuottavia bakteereja, karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja, metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus - bakteereja, vankomysiiniresistenttejä enterokokkeja sekä Candida auris -hiivasieniä viljelemällä näytteet mikrobilääkeresistenttejä kantoja seuloville maljoille. ESBL-entsyymejä tuottavia kantoja seulovalta maljalta eristettiin Escherichia coli (n=60) - ja Klebsiella pneumoniae (n=24) -bakteereja. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta eristettiin Acinetobacter baumannii (n=16) -, Acinetobacter pittii (n=3) - ja Acinetobacter nosocomialis (n=2) -bakteereja. Tutkimuksessa ei havaittu yhtään S. aureus -bakteeria, vankomysiiniresistenttiä Enterococcus faecalis - tai Enterococcus faecium -bakteeria tai C. auris -hiivasientä. Isolaattien mikrobilääkeresistenssiä tutkittiin kiekkoherkkyys- ja liemilaimennosmenetelmällä. Kaikki ESBL-maljalta eristetyt E. coli - ja K. pneumoniae -kannat osoittautuivat ESBL:n tuottajiksi. Näistä kannoista suurin osa (76,2–100 %) oli resistenttejä kefotaksiimille, keftatsidiimille ja kefepiimille. Vastaavasti 0,0–1,2 % niistä oli resistenttejä kefoksitiinille, meropeneemille, kolistiinille, piperasilliini-tatsobaktaamille ja keftolotsaani-tatsobaktaamille. Tutkimuksessa havaittiin yksittäinen meropeneemiresistentti E. coli -kanta ja yksittäinen kolistiiniresistentti K. pneumoniae -kanta. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta kaikki tunnistetut Acinetobacter -suvun bakteerit olivat herkkiä meropeneemille. Kaikki A. baumannii -kannat olivat herkkiä myös kolistiinille. Tutkimuksen tulokset antavat lupaavia viitteitä jätevesiseurannan soveltuvuudesta zoonoottisten moniresistenttien bakteerien havaitsemiseen teuraseläimistä. On mahdollista, että tulevaisuudessa eläimissä esiintyvät taudinaiheuttajat voitaisiin havaita samasta jätevesinäytteestä sen sijaan, että näytteitä joudutaan ottamaan yksittäisistä eläimistä. Tämä edellyttää sitä, että teurastamolla eläimistä peräisin oleva jätevesi kerääntyisi yhteen samaan paikkaan. Lisätutkimusta kuitenkin tarvitaan esimerkiksi näytteenottopaikan ja näytetyypin optimoimiseksi.

Vasikkaripulit muodostavat hengitystiesairauksien ohella tärkeimmät vasikoiden terveyttä uhkaavat sairaudet. Vasikkaripuli on monisyytauti. Ruokinnalliset tekijät kuten juottovirheet, äkilliset ruokinnan muutokset, vasikan ruoansulatukselle sopimaton tai pilaantunut rehu voi aiheuttaa vasikoille ripulia. Tartunnallisia vasikkaripulin aiheuttajia ovat mm. bakteerit, virukset ja suolistoloiset. Suomessa tärkeimpiä ripulinaiheuttajia ovat rotavirus, Eimeria-suvun kokkidit, koronavirus, Salmonella sp., kryptosporidit ja F5-positiivinen Escherichia coli. Yleensä ripulinäytteestä todetaan vain yksi taudinaiheuttaja, mutta myös useampi aiheuttaja voi esiintyä näytteessä yhtäaikaisesti usein lisäten ripulin vakavuutta. Myös terveillä eläimillä voidaan todeta tartunnallisia ripulinaiheuttajia ja siten optimaalisilla olosuhteilla ja hyvällä vasikan vastustuskyvyllä voidaan ehkäistä ripulin esiintymistä. Evirassa vasikkaripulinäytteitä tutkitaan Eviran Kuopion tutkimusyksikössä (Elintarviketurvallisuusvirasto, ent. EELA), jossa on käytössä vasikkaripulitutkimuspaketti. Tutkimuksen hintaan kuuluu 3-5 ulostenäytteen tutkiminen ja näytteistä tutkitaan ikäkaudelle tyypillisimmät ripulinaiheuttajat sekä aina salmonella. Tässä tutkielmassa käsitellään Eviraan vuosina 2002 – 4/2006 saapuneiden vasikkaripulinäytteiden tuloksia ja vasikkaripulitutkimuspaketin käyttöä. Kaikkiaan lähetettiin 286 näytelähetystä, jotka sisälsivät keskimäärin 2,5 näytettä. Eniten näytteitä tuli lypsykarjatiloilta, mutta myös lihantuotanto- ja emolehmätiloilta lähetettiin lähes 90 näytelähetystä. Eniten näytteitä lähettivät keskisuuret ja suuret tilat. Näytelähetyksistä 60 % todettiin tartunnallisia ripulinaiheuttajia ja näissä lähetyksissä oli keskimäärin 2,6 näytettä kun taas negatiiviseksi jääneet näytelähetykset sisälsivät keskimäärin 2,2 näytettä. Yleisimmiksi taudinaiheuttajiksi 708 vastaanotetusta näytteestä todettiin rotavirus (36 %) ja Eimeria-suvun kokkidit (13 %). Muita todettuja taudinaiheuttajia olivat koronavirus (3 %), sukkulamadon munat (2 %), kryptosporidit (0,7 %) ja salmonella (0,1 %). Saatujen tulosten valossa sekä rotaviruksen että kokkidien merkitys on suurempi lihan- kuin maidontuotantotiloilla. Rotaviruksen prevalenssi on noussut Suomessa viimeisten kymmenen vuoden aikana. Merkittävänä syynä tähän on todennäköisesti tuotantotilojen koon suureneminen. Suuremmassa eläinryhmässä tautipaine on suuri usein melko ahtaiden elinolojen seurauksena. Yksittäisen vasikan sairastuminen myös huomataan myöhemmin vasikkakasvattamossa kuin maidontuotantotilalla, jossa vasikoita on kerrallaan vähemmän. Voi olla, että sairaan vasikan eristäminen tapahtuu tarkkailun vaikeuden vuoksi vasikkakasvattamossa myöhemmin, jolloin suurempi osa vasikoista ehtii infektoitua. Vasikkaripulin ennalta ehkäisemisen kannalta on tärkeää hyvästä hygieniasta ja elinolosuhteista huolehtiminen sekä riittävä ja oikea-aikainen ternimaidonjuotto. Ripuloivan vasikan hyvällä tukihoidolla on vasikan selviytymisen kannalta usein suuri merkitys, eikä vasikan eristämistä muista infektioiden leviämisen rajoittamiseksi tule unohtaa. Epidemiatilanteissa tulisi taudinaiheuttaja aina selvittää yhteistyössä eläinlääkärin kanssa. Vastaavien taudinpurkausten välttämiseksi voidaan harkita rokotteen käyttöönottoa, tai muita toimenpiteitä (esim. laidunkierto) taudinaiheuttajasta riippuen.