Browsing by Subject "GTP 1.1"
Now showing items 1-1 of 1
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)Suomessa raportoitiin vuonna 1999 noin 3300 kampylobakteeri-infektiota. Ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajina merkittävimmät kampylobakteerit ovat Campylobacter jejuni ja C. coli. Kampylobakteereita esiintyy yleisesti eläinten, etenkin lintujen suolistossa ja niitä esiintyy myös ympäristössä ulosteperäisen kontaminaation seurauksena. Lemmikkieläimillä esiintyvien kampylobakteereiden merkitys on lisääntynyt viime aikoina, kun humaanitartunnoissa on tavallisimpien kampylobakteereiden lisäksi eristetty myös harvinaisempia lajeja, kuten C. upsaliensis. Ihmisten lisäksi C. upsaliensista on raportoitu esiintyvän vain koirilla ja kissoilla. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin terveillä koirilla ja kissoilla esiintyviä kampylobakteerilajeja, sekä vertailtiin perinteisten biokemiallisten testien avulla tehtävää lajitunnistusta ja GTPaasi geenin polymorfiaan perustuvaa hybridisaatiota. Lisäksi haluttiin selvittää, ovatko samasta eläimestä eri viljelymenetelmillä eristetyt kampylobakteerit samaa lajia. Näytteet kerättiin satunnaisotannalla. Kampylobakteereita eristettiin kaikkiaan 63 eläimestä. Näytteet viljeltiin neljällä eri menetelmällä, jolloin eri menetelmillä saatuja isolaatteja saatiin yhteensä 97 kappaletta. Fenotyyppisten ominaisuuksien tutkimiseksi isolaateille tehtiin gram-värjäys, katalaasikoe, oksidaasikoe, hippuraatin hydrolyysi sekä ureaasikoe. Lisäksi tutkittiin kasvu kefoperatsonia sekä polymyksiiniä sisältävillä kasvualustoilla. Polymeraasiketjureaktiota varten isolaateista tehtiin DNA-eristys. GTPaasia koodaavan geenin sekvenssi on poikkeava eri lajien välillä lukuunottamatta tiettyjä alueita, joita kutsutaan GTP:ta sitoviksi kohdiksi. Geeni sisältää 3-4 tällaista kohtaa, joissa on jokaisessa yhtenevä sekvenssi. Polymeraasiketjureaktiossa käytettävät alukkeet sitoutuvat näihin kohtiin. Kolmen alukkeen yhdistelmä monistaa C. jejunista, C. colista, C. larista ja C. upsaliensiksesta 156 emäsparin pituisen fragmentin. PCR-tuotteiden osoittaminen tapahtui agaroosigeelielektroforeesin avulla. C. jejunin, C. colin, C. larin ja C. upsaliensiksen tunnistaminen perustuu hybridisaatiossa käytettyihin lajispesifisiin koettimiin. Koettimiin liitettiin häntä ja leima, joiden avulla tapahtui tuotteen tunnistus hybridisaation jälkeen. Biokemiallisissa testeissä suurin osa samasta eläimestä eristetyistä isolaateista antoi samankaltaiset tulokset. Polymeraasiketjureaktiota varten saatiin riittävästi DNA:ta eristettyä 53 isolaatista. Näistä 42 antoi elektroforeesissa 156 emäsparin pituisen fragmentin. 11 näytteen kohdalla monistumista ei tapahtunut. Hybridisaation avulla tunnistettiin kuusi C. jejuni -kantaa. Näytteet tunnistettiin C. jejuniksi myös biokemiallisten testien avulla. C. colin ja C. upsaliensiksen kohdalla hybridisaatio epäonnistui, eikä yhtään kantaa pystytty tunnistamaan.
Now showing items 1-1 of 1