Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "MLST"

Sort by: Order: Results:

  • Kaupunkirottien Campylobacter-kantojen karakterisointi kokogenomisekvensoinnilla 
    Hytönen, Tiina (2022)
    Kampylobakteerit ovat yleisin bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Ne aiheuttavat kuumeista ripulitautia, joka voi kestää jopa viikon. Ihmisten tautitapauksissa yleisimmin esiintyviä lajeja ovat termotolerantit Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Kampylobakteeritartunta saadaan tyypillisimmin saastuneesta elintarvikkeesta tai juomavedestä. Kampylobakteerit ovat zoonoottisia eli ne voivat siirtyä eläimistä ihmisiin ja päinvastoin. Monet eläinlajit kantavat kampylobakteereita oireetta, jonka vuoksi bakteeri voi päätyä elintarvikkeisiin tartunnan saaneen eläimen välityksellä. Kampylobakteereiden esiintyvyyttä on tutkittu laajasti tuotantoeläimillä ja jonkin verran luonnonvaraisilla eläimillä, mutta rottien osalta tutkimustieto on edelleen puutteellista. Kaupunkirotat elävät ihmisasutuksen keskellä ja niillä on potentiaalia levittää erilaisia taudinaiheuttajia ihmisiin. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän tutkielman tavoite oli selvittää, esiintyykö rotilla ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä kampylobakteerikantoja. Tutkimuksen hypoteesina oli, että ainakin osa rotilla esiintyvistä kampylobakteerikannoista on ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä. Tutkimusaineisto oli kerätty Helsingin kaupunkirottaprojektissa, joka on vuodesta 2018 lähtien käynnissä ollut, Tuomas Aivelon johtama monitieteinen tutkimushanke. Aineisto koostui 201 näytteestä, jotka oli kerätty Uudenmaan alueelta pyydetyistä rotista (Rattus norvegicus). Näytteitä oli otettu sekä kuolleista että elävistä eläimistä. Näytteet oli viljelty selektiivisille kasvatusmaljoille, jotka inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille sopivissa olosuhteissa. Kampylobakteereille positiivisista näytteistä oli tehty puhdasviljelmiä, joista bakteerien genominen DNA oli eristetty ja sekvensoitu Illuminalla. Tässä tutkielmassa isolaattien kokogenomisekvenssejä analysoitiin käyttäen vapaasti saatavilla olevia bioinformatiikan työkaluja: Microbial Genomes Atlas Online (MiGa), PubMLST Campylobacter jejuni/coli, ResFinder ja Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Analyyseihin lukeutui lajintunnistus, MLST-tyypitys ja mahdollisten mikrobilääkeresistenssien selvitys. Tutkituista näytteistä oli eristetty 22 kampylobakteeri-isolaattia, joista 18 tunnistettiin Campylobacter jejuni-lajin edustajiksi. Muita neljää isolaattia ei kyetty tunnistamaan luotettavasti, ja ne todennäköisesti edustavat uusia aiemmin kuvaamattomia Campylobacterales-lahkon lajeja. MLST-tyypityksessä havaittiin, että Campylobacter jejuni-kantojen joukossa esiintyi sekvenssityyppejä ST-45 (ST-45 CC), ST-3904 (ST-45 CC), ST-11 (ST-45 CC) ja ST-9477. Lisäksi löydettiin uusi sekvenssityyppi, ST-11770. Näistä erityisesti ST-45 on aikaisemmin ollut yleisin siipikarjalla Suomessa tavattu sekvenssityyppi ja yleinen Suomessa myös ihmisten infektioissa. Mikrobilääkeresistenssiä koskevissa analyyseissa ei havaittu moniresistenssiä tai hankittua resistenssiä yhdelläkään kannalla. Tulokset ovat hypoteesin mukaisia ja osoittavat, että tutkituilla rotilla esiintyy erilaisia kampylobakteereita, joista osalla on potentiaalia tarttua ihmisiin ja tuotantoeläimiin. Rottien merkitystä kampylobakteerin leviämisessä tulisi kuitenkin tutkia vielä lisää ennen kuin voidaan tehdä johtopäätöksiä rottien roolista kampylobakteerin levittäjinä.
  • Yersinia enterocolitica 2/O:9 – kantojen karakterisointi MLST-menetelmällä 
    Mäkelä, Anu (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2017)
    Viime vuosina Yersinia enterocolitican bioserotyypin 2/O:9 esiintyminen on lisääntynyt Euroopassa. Bioserotyyppi 4/O:3 on pitkään ollut yleisin ihmisten yersinioosia aiheuttava kanta, mutta myös bioserotyypin 2/O:9 on todettu olevan patogeeninen ihmisille. Bioserotyypin kantoja on eristetty sioista, lampaista ja naudoista, mutta ne eivät pääosin aiheuta tautia eläimillä. Suomessa tätä bioserotyyppiä on erittäin harvoin eristetty eläimistä. Y. enterocolitican tunnistus on pitkään tapahtunut pääosin bio- ja serotyypityksen avulla. Näiden menetelmien heikkous on kuitenkin herkkyys ympäristön vaikutuksille. Multilocus sequence typing (MLST) – menetelmän avulla bakteereita voidaan tunnistaa sekvensoimalla bakteerin ylläpitogeenejä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tutkia eri lähteistä peräisin olevia Y. enterocolitica - kantoja MLST-menetelmällä, joka perustuu seitsemään ylläpitogeeniin (Hall ym. 2015), ja tämän avulla vertailla suomalaisten ja eurooppalaisten kantojen eroavaisuuksia. Lisäksi tavoitteena oli pystyttää toimiva seitsemään ylläpitogeeniin perustuva Yersinia MLST-menetelmä Elintarvikehygienian- ja ympäristöterveyden osastolle. Yhteensä tutkittiin 10 Y. enterocolitica –kantaa, joiden oletettiin alustavien bioserotyypitystulosten perusteella kuuluvan biotyppiin 2 ja serotyyppiin O:9. Suomalaiset kannat oli eristetty lampaiden (4/10), myyrän (1/10) ja ihmisen ulosteesta (1/10). Suomalaisia kantoja verrattiin Sveitsissä ja Saksassa eristettyihin kantoihin, jotka oli eristetty sian nielurisasta (1/10), villisian nielurisasta (1/10) ja ihmisen ulosteesta (2/10). Kantojen puhtaus varmistettiin veri- ja selektiivilevyllä, ja tyypitettiin kaupallisella testillä sekä bio- ja serotyypitysmenetelmillä. MLST-menetelmää varten tutkittavien kantojen DNA eristettiin kaupallisella menetelmällä ja lisäksi DNA:n laatu ja määrä optimoitiin. Kannoista monistettiin MLST-karakterisointia varten PCR:n avulla seitsemän ylläpitogeeniä (aarf, dfp, galR, glnS, hemA, rfaE ja speA). Ennen tutkimusta, PCR-ajo optimoitiin kaikille geeneille. Saadut PCR-tuoteet sekvensoitiin ja sekvenssejä vertailtiin Yersinia MLST-tietokantaan sekä aiempiin tutkittuihin sekvenssityyppeihin. Kaikkien suomalaisista lampaista eristettyjen kantojen MLST-sekvenssityypit muistuttivat toisiaan. Yksi ulkomaalaisista kannoista osoittautui tyypityksessä bioserotyypiksi 1A/O:5, joka näkyi myös poikkeavana MLST-sekvenssityyppinä. Suomalaisesta myyrästä eristetty kanta muistutti profiililtaan lampaista eristettyjen kantojen MLST-tyyppejä. Pääosin kaikki yhdeksän bioserotyypin 2/O:9 kantaa muistuttivat huomattavasti toisiaan. Eroavaisuudet olivat pääosin ihmisistä eristettyjen kantojen välillä. Myös MLST-profiilit vastasivat tietokannan O:9 -serotyypin kantoja. Seitsemästä tutkitusta geeneistä geenin rfaE osalta emme saaneet luotettavia tuloksia. Geenin galR kohdalla saimme laadukasta sekvenssiä vain yhteen suuntaan sekvensoidessa. Muiden geenien kohdalla MLSTmenetelmän pystyttäminen onnistui odotetusti. Suomesta eläimistä eristettyjen kantojen profiilit olivat hyvin samankaltaisia, viitaten niiden olevan läheistä alkuperää. Tämä on tärkeä tekijä selvitettäessä bioserotyypin leviämisreittejä Suomessa. Villieläinten on epäilty olevan bioserotyypin 2/O:9 reservuaari. Tutkimuksemme lampaiden, villisian ja myyrän samankaltaiset MLST-profiilit tukevat tätä hypoteesia edelleen. Tuloksia arvioitaessa tulee myös huomioida MLST-menetelmän mahdollinen heikko kyky erottaa geneettisesti läheisiä kantoja.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO