Browsing by Subject "Rattus norvegicus"

Kampylobakteerit ovat yleisin bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Ne aiheuttavat kuumeista ripulitautia, joka voi kestää jopa viikon. Ihmisten tautitapauksissa yleisimmin esiintyviä lajeja ovat termotolerantit Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Kampylobakteeritartunta saadaan tyypillisimmin saastuneesta elintarvikkeesta tai juomavedestä. Kampylobakteerit ovat zoonoottisia eli ne voivat siirtyä eläimistä ihmisiin ja päinvastoin. Monet eläinlajit kantavat kampylobakteereita oireetta, jonka vuoksi bakteeri voi päätyä elintarvikkeisiin tartunnan saaneen eläimen välityksellä. Kampylobakteereiden esiintyvyyttä on tutkittu laajasti tuotantoeläimillä ja jonkin verran luonnonvaraisilla eläimillä, mutta rottien osalta tutkimustieto on edelleen puutteellista. Kaupunkirotat elävät ihmisasutuksen keskellä ja niillä on potentiaalia levittää erilaisia taudinaiheuttajia ihmisiin. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän tutkielman tavoite oli selvittää, esiintyykö rotilla ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä kampylobakteerikantoja. Tutkimuksen hypoteesina oli, että ainakin osa rotilla esiintyvistä kampylobakteerikannoista on ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä. Tutkimusaineisto oli kerätty Helsingin kaupunkirottaprojektissa, joka on vuodesta 2018 lähtien käynnissä ollut, Tuomas Aivelon johtama monitieteinen tutkimushanke. Aineisto koostui 201 näytteestä, jotka oli kerätty Uudenmaan alueelta pyydetyistä rotista (Rattus norvegicus). Näytteitä oli otettu sekä kuolleista että elävistä eläimistä. Näytteet oli viljelty selektiivisille kasvatusmaljoille, jotka inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille sopivissa olosuhteissa. Kampylobakteereille positiivisista näytteistä oli tehty puhdasviljelmiä, joista bakteerien genominen DNA oli eristetty ja sekvensoitu Illuminalla. Tässä tutkielmassa isolaattien kokogenomisekvenssejä analysoitiin käyttäen vapaasti saatavilla olevia bioinformatiikan työkaluja: Microbial Genomes Atlas Online (MiGa), PubMLST Campylobacter jejuni/coli, ResFinder ja Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Analyyseihin lukeutui lajintunnistus, MLST-tyypitys ja mahdollisten mikrobilääkeresistenssien selvitys. Tutkituista näytteistä oli eristetty 22 kampylobakteeri-isolaattia, joista 18 tunnistettiin Campylobacter jejuni-lajin edustajiksi. Muita neljää isolaattia ei kyetty tunnistamaan luotettavasti, ja ne todennäköisesti edustavat uusia aiemmin kuvaamattomia Campylobacterales-lahkon lajeja. MLST-tyypityksessä havaittiin, että Campylobacter jejuni-kantojen joukossa esiintyi sekvenssityyppejä ST-45 (ST-45 CC), ST-3904 (ST-45 CC), ST-11 (ST-45 CC) ja ST-9477. Lisäksi löydettiin uusi sekvenssityyppi, ST-11770. Näistä erityisesti ST-45 on aikaisemmin ollut yleisin siipikarjalla Suomessa tavattu sekvenssityyppi ja yleinen Suomessa myös ihmisten infektioissa. Mikrobilääkeresistenssiä koskevissa analyyseissa ei havaittu moniresistenssiä tai hankittua resistenssiä yhdelläkään kannalla. Tulokset ovat hypoteesin mukaisia ja osoittavat, että tutkituilla rotilla esiintyy erilaisia kampylobakteereita, joista osalla on potentiaalia tarttua ihmisiin ja tuotantoeläimiin. Rottien merkitystä kampylobakteerin leviämisessä tulisi kuitenkin tutkia vielä lisää ennen kuin voidaan tehdä johtopäätöksiä rottien roolista kampylobakteerin levittäjinä.