Browsing by Subject "Staphylococcus aureus"

Bakteerien mikrobilääkeresistenssin yleistyminen on aiheuttanut tärkeän terveysongelman maailmassa. Moniresistentit bakteerit leviävät ihmisten ja eläinten välillä sekä välityksellä. Eläinten parissa työskentelevät ihmiset voivat olla suuremmassa riskissä saada ja levittää moniresistenttejä bakteereita. Bakteerit leviävät joko suorassa eläinkontaktissa tai välillisesti ympäristön ja työvälineiden kautta. Leviämisen ehkäisyssä ensisijaista on oikeanlainen suojautuminen, kuten hyvän käsihygienian noudattaminen. Metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus (MRSA) -bakteereita on eristetty eläinlääkäreiltä maailmanlaajuisesti. Eläinlääkäreillä voi esiintyä enemmän tuotantoeläimiin liitettyä CC398-genotyypin MRSA-bakteeria verrattuna muuhun väestöön. Aiemman tutkimustiedon valossa MRSA-bakteerien esiintyvyys suomalaisilla eläinlääkäreillä on ollut alle yhden prosentin. Euroopassa MRSA:n esiintyvyydet eläinlääkäreillä ovat olleet jopa hieman yli 20 %. Tutkielma oli osa tutkimushanketta, jonka aineisto kerättiin vuoden 2016 Eläinlääkäripäivien yhteydessä. Tutkielmassa selvitettiin kyselylomakkeen avulla suomalaisten eläinlääkäreiden suojautumiskäytäntöjä moniresistenttejä bakteereita vastaan ja kantajuudelle altistavia riskitekijöitä. Pääpaino oli tuotantoeläinpraktikkojen suojautumisen tarkastelussa. Tutkielman päähypoteesi oli, että suomalaisten eläinlääkäreiden suojautumiskäytännöt ovat hyvällä tasolla. Toinen hypoteesi oli, että mikäli kantajia ilmenee, voi riskitekijöitäkin löytyä. Tutkielmassa arvioitiin myös suomalaisten eläinlääkäreiden zoonoositietämyksen kehitystä vertaamalla vuoden 2016 tutkimushankkeen tuloksia vuonna 2009 toteutetun tutkimushankkeen tuloksiin. Hypoteesi oli, että eläinlääkäreiden omat arviot zoonoositietämyksestään ovat parantuneet aikaisemmasta. Kyselylomakkeen palautti 262 eläinlääkäriä. Tutkielmaa tehdessä tiedossa oli, että heistä yhdeksän kantoi moniresistenttiä bakteeria. Kyselylomakkeessa kysyttiin omaa arviota käsienpesumahdollisuuksien riittävyydestä työssä. Suurin osa (47,2 %) tallikäyntejä tehneistä hevospraktikoista (n=108) piti tallien käsienpesumahdollisuuksia joskus riittävinä. Tuotantoeläinpraktikkojen (n=118) arviot tilojen käsienpesumahdollisuuksien riittävyydestä olivat valoisammat: 66,9 % arvioi käsienpesumahdollisuudet usein riittäviksi. Vastaajia pyydettiin arvioimaan käsienpesuun käyttämänsä aika. Vastaajista (n=202) 63,9 % käytti käsienpesuun aikaa alle 15 s, kun taas 4,5 % arvioi pesseensä käsiään 40 s tai kauemmin. Maailman terveysjärjestö (WHO) suosittelee käsienpesuajaksi 40–60 s. Vuonna 2009 vastaajista 39,6 % arvioi olevansa samaa mieltä väittämän ”Minulla on hyvät tiedot zoonooseista ja niiden ehkäisystä” kanssa. Vastaava luku vuonna 2016 oli 57,2 %, joten osuus kasvoi 17,6 prosenttiyksikköä. Tulokset eläinlääkäreiden suojautumiskäytännöistä eivät olleet hypoteesin mukaisia, vaikkakin tuotantoeläinpraktikkojen suojavaatteiden käyttö oli osittain hyvällä tasolla. Hypoteesia kantajuuden riskitekijöistä ei voitu tutkia kantajien vähyyden vuoksi. Sen sijaan hypoteesi zoonoositietämyksen kehityksestä osui oikeaan. Tutkimustulokset korostavat koulutuksen tarvetta suojautumisessa, kuten käsienpesuun vaadittavan ajan noudattamisessa. Arviot riittävistä käsienpesumahdollisuuksista olivat heikoimmat talleilla. Eläinlääkäreiden tulisi ohjeistaa erityisesti hevostenpitäjiä käsienpesumahdollisuuksien riittävästä järjestämisestä. Suojautumiskäytäntöjen kartoittaminen on aiheellista myös tulevaisuudessa.

Koagulaasi-negatiiviset stafylokokit (KNS) ovat gram-positiivisia bakteereita. Lehmän utaretulehduksista eritettyjä KNS-lajeja on noin kaksikymmentä. Yleisimpiä lajeja mastiitin aiheuttajina ovat S. simulans, S. chromogenes, S. hyicus ja S. xylosus. Koagulaasinegatiivisia stafylokokkeja on pidetty vähämerkityksellisinä utaretulehduksen aiheuttajina. Useat tutkimukset osoittavat kuitenkin, että KNS:t ovat monessa maassa yleisin utaretulehduksen aiheuttaja. KNS:t eivät ole homogeeninen ryhmä, vaan koostuvat useista eri lajeista ja kannoista. Niiden aiheuttamat kliiniset oireet vaihtelevat. KNS- mastiitin patogeneesistä ja siihen vaikuttavista tekijöistä tiedetään hyvin vähän. Tämän työn tarkoituksena oli kirjallisuuskatsauksen muodossa kartoittaa mitä KNS:ien virulenssitekijöitä on tutkittu ja mitä menetelmiä käytetty. Jatkossa on suunnitteilla tutkimus, jossa selvitetään mitä virulenssitekijöitä yleisemmin utaretulehduksissa esiintyvät KNS:t kantavat genomissaan ja onko eri lajien välillä eroja. Tutkittavat geenit voidaan jakaa kahteen ryhmään: bakteerin tarttumiseen eli adheesioon ja kolonisaatioon liittyviä proteiineja koodaavat geenit (esim. biofilmin muodostus (ica ja bap), fibrinogeenia, kollageenia ja fibronektiinia sitovat proteiinit), ns. klassiset virulenssitekijät, kuten hemolysiinit, leukosidiinit, enterotoksiinit A-J, TSST-1, sekä mikrobilääkeresistenssiä koodaavat geenit mecA ja blaZ. Toistaiseksi ei löytynyt näyttöä siitä, että joku KNS -laji olisi virulentimpi kuin muut. Yksittäisissä tutkimuksissa on epäilty jonkun tutkimuksessa mukana olleen KNS:n olevan virulentimpi kuin muut yhden virulenssitekijän löytymisen perusteella. Useimmissa tutkimuksissa oli tutkittu yhtä tai kahta virulenssitekijää ja tutkimuksissa on ollut mukana vain muutama KNS -laji ja -kanta. Kirjallisuuskatsauksen yhteenvetona todettakoon, että KNS:ien virulenssitekijöitä ei ole tutkittu kovinkaan paljoa maailmalla, ja tehdyt tutkimukset ovat olleet suppeita. Stafylokokeista S. aureuksen virulenssitekijöitä sen sijaan on tutkittu huomattavasti enemmän. Virulenssitekijöiden tutkimiseen on enimmäkseen käytetty molekyylibiologisia menetelmiä.

Suomessa kutunmaidon tuotanto on pienimuotoista ja eläinmäärä vähäinen lypsylehmiin verrattuna. Tuottajille utaretulehdukset aiheuttavat taloudellisia tappioita, minkä lisäksi erityisesti piilevät eli subkliiniset utaretulehdukset heikentävät meijeriin päätyvän maidon laatua. Piilevien utaretulehdusten aiheuttajia kutuilla on selvitetty viimeksi Suomessa vuonna 1990, jolloin näytteissä on havaittu yksinomaan stafylokokkeja. Lypsykutuilla ei olla myöskään saatu yksiselitteistä vastausta korkean soluluvun ja utareen tulehdustilan väliseen yhteyteen, sillä aiheesta tehdyt tutkimukset ovat ristiriidassa keskenään. Kutunmaidon soluluku voi olla alhainen tulehtuneessa utarepuolikkaassa ja toisaalta korkea terveessä utarepuolikkaassa. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää korkean soluluvun yhteyttä piilevien utaretulehdusten esiintymiseen samalla, kun tutkitaan tyypillisimpiä piilevien utaretulehdusten aiheuttajia ja niiden esiintyvyyttä (l. prevalenssia). Hypoteesina oli, että suurin osa taudinaiheuttajista olisi KNS-bakteereita, minkä lisäksi karjassa esiintyisi Staphylococcus aureus ja Streptococcus spp. -bakteereita. Työssä suoritettiin poikittaistutkimus yhdellä suurella lypsykuttutilalla. Tilalta kerättiin satunnaistetulla otoksella lypsykutuilta maitonäytteitä (n=118), joissa bakteeriviljelyllä diagnosoitiin näytteissä esiintyneet taudinaiheuttajat. Tutkituilta eläimiltä mitattiin soluluku solutestillä sekä DeLaval DCC solulaskurilla. Näytteiden perusteella piilevien utaretulehdusten esiintyvyydeksi saatiin 9,3%. Esiintyvyys on kansainvälisesti alhainen. Näytteenotto on suoritettu vain yhdeltä tilalta, mikä heikentää tuloksen yleistettävyyttä koko maan tautitilanteeksi, sillä aiemmissa tutkimuksissa on saatu suurta karjakohtaista vaihtelua esiintyvyydessä tilojen hygieniatason mukaan. Suurin osa (82%) taudinaiheuttajista oli KNS-bakteereita ja loput (18%) Enterococcus spp. -bakteereita. Tämä ei vastannut täysin hypoteesia, sillä S. aureus ja Streptococcus spp. -bakteereita ei esiintynyt näytteissä lainkaan. Oli kuitenkin odotusten mukaista, että KNS-bakteereita esiintyi näytteissä eniten. Streptococcus spp. -bakteerin esiintyminen on kirjallisuudessa yhdistetty erityisesti makuualustojen huonoon hygieniaan, joten sen puuttuminen tuloksista voi olla karjakohtaisesta hyvästä hygieniasta johtuvaa. Tuloksissa korkea soluluku oli huonosti yhteydessä utareen tulehdustilan kanssa, mikä on linjassa aiempien eli edelleen ristiriitaisten tutkimustulosten kanssa. Soluluvun käyttökelpoisuus kuttujen utaretulehduksen diagnostiikassa jää edelleen kyseenalaiseksi. Tämän perusteella jää edelleen tarve toimivalle edulliselle testille, jolla voitaisiin seuloa kuttujen piileviä utaretulehduksia esimerkiksi lypsyn yhteydessä.

Metisilliiniresistentti Staphylococcus pseudintermedius (MRSP) on viime vuosina muodostunut merkittäväksi ongelmaksi eläinlääketieteessä. MRSP-kannat ovat usein vastustuskykyisiä useille mikrobilääkeryhmille, mikä hankaloittaa merkittävästi näiden aiheuttamien infektioiden hoitoa. Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA) on merkittävä humaanipatogeeni ja yleinen terveydenhoitoperäisten infektioiden aiheuttaja. Viime vuosina bakteerin merkitys ihmisten yhteisöissä hankittujen infektioiden aiheuttajana on myös kasvanut. Koirista eristettyjen MRSP- ja MRSA-löydösten määrä on lisääntynyt viime vuosina ympäri maailmaa, ja myös Suomessa on havaittu metisilliiniresistenttien stafylokokkien yleistyminen koirilla. Esimerkiksi vuosien 2012-2013 aikana kolmella Opaskoirakoulun koiralla todettiin MRSP-tartunta, mikä johti tarpeeseen selvittää laajemmin bakteerin esiintyvyyttä ja sen merkitystä Opaskoirakoulun koirapopulaatiossa. Opaskoirakoulun tehtävänä on kasvattaa, kouluttaa ja luovuttaa käyttöön opaskoiria sokeille ja vaikeasti heikkonäköisille. MRSP- ja MRSA-bakteerien esiintyvyyden pitäminen alhaisena Opaskoirakoulun koirapopulaatiossa on tärkeää, sillä koirat ovat koululla ollessaan läheisessä kontaktissa toisiinsa ja koirien parissa työskenteleviin ihmisiin, mikä edistää tartuntojen leviämistä. Tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja alkuperäistutkimuksesta. Kirjallisuuskatsauksen tarkoituksen on esitellä Staphylococcus pseudintermedius ja Staphylococcus aureus -bakteerit sekä näiden metisilliiniresistentit kannat. Pääpaino on bakteerien ekologian ja epidemiologian kuvauksessa koirilla. Katsauksessa käsitellään myös MRSP- ja MRSA-tartuntojen torjuntaa sekä esitellään bakteerien diagnostiikkaa. Tutkielmaan sisältyvän tutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa MRSP- ja MRSA-bakteerien esiintyvyyttä Opaskoirakoulun koirilla sekä selvittää MRSP-tartunnan riskitekijöitä positiivisiksi todetuilla koirilla. Tutkittava populaatio koostui Opaskoirakoulun opas- ja siitoskoirista sekä koulutettavista koirista. Tutkimuksessa näytteitä kerättiin 124 Opaskoirakoulun koirasta, joista 48 oli oppaita, 8 siitoskoiria ja 68 koulutettavia koiria. Kahdella opas- ja kahdella siitoskoiralla todettiin MRSP-tartunta. Bakteerin esiintyvyydeksi Opaskoirakoulun koirapopulaatiossa arvioitiin 3 % (95 % luottamusväli: 1-5 %). MRSA-bakteeria ei todettu yhdelläkään koiralla (ylempi 95 % luottamusväli: 3 %). Todetut esiintyvyydet olivat odotettuja ja vastasivat aiemmissa tutkimuksessa todettuja esiintyvyyksiä koirilla. MRSP-riskitekijäanalyysissä eläinlääkärikäyntien lukumäärän ja antibioottikuurien lukumäärän edellisen 12 kk:n aikana todettiin olevan yhteydessä MRSP-tartuntaan. Tässä tutkimuksessa eristetyt neljä ja kolme aiemmin eristettyä MRSP-kantaa tyypitettiin käyttäen PFGE-, MLST- ja SCCmec-menetelmiä. Tässä tutkimuksessa eristetyistä kannoista kolme todettiin keskenään identtisiksi. Identtiset kannat olivat sekvenssityyppiä ST45, mutta kantojen SCCmec-tyyppiä ei kyetty määrittämään. Tämän tyyppistä kantaa on aiemmin eristetty Israelissa, Thaimaassa ja Hollannissa, joista Israelissa ja Thaimaassa tämä kanta on vallitseva kanta. Myös Suomessa on aiemmin eristetty tätä sekvenssityyppiä olevia kantoja. Neljäs muista eroava kanta kuului sekvenssityyppiin ST71 ja SCCmec-tyyppiin II-III. Tämä kanta on maailman ja Euroopan laajuisesti yleisin MRSP-kanta. Suomessa kannan on aiemmin todettu aiheuttaneen Yliopistollisessa pieneläinsairaalassa vuosien 2010-2012 aikana ilmenneen epidemian. Kolme Opaskoirakoulun koirilta aiemmin eristettyä MRSP-kantaa erosivat toisistaan ja tässä tutkimuksessa eristetyistä kannoista. Opaskoirakoulun koirilta eristettyjen MRSP-kantojen erilaisuus lukuun ottamatta kolmea identtistä kantaa viittaa siihen, että Opaskoirakoululla ei ole laajamittaista MRSP-epidemiaa ja että tartuntalähteitä on useita. Tässä tutkimuksessa edellä mainittuja tartuntalähteitä ei kyetty tunnistamaan. Tässä tutkimuksessa saatujen tulosten perusteella MRSP-tartuntariskiä Opaskoirakoulun koirilla voidaan pitää melko vähäisenä. Tällä hetkellä tartuntojen torjumiseksi riittävät normaalit varotoimet, joita ovat mm. hyvä käsihygienia ja tilojen sekä välineiden puhdistaminen ja desinfiointi käytön jälkeen. Opaskoirakoululla on jo nyt olemassa toimintamalleja, joilla tartuntoja pyritään ehkäisemään. Jatkossa tulee kuitenkin miettiä entistä tarkemmin tapoja erityisesti MRSP-tartuntojen torjumiseksi.

Staphylococcus aureus (S. aureus) on ihmisten ja eläinten limakalvojen ja ihon normaalimikrobistoon kuuluva bakteeri. S. aureus on opportunistinen patogeeni, ja se voikin aiheuttaa oireilevan infektion immuunipuutteiselle henkilölle. S. aureus aiheuttaa pääasiassa eriasteisia ihotulehduksia ja virtsatieinfektioita. Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA) on antibioottikäytön seurauksena kehittynyt, beetalaktaameille ja usein muillekin mikrobilääkeryhmille vastustuskykyinen S. aureuksen muoto. Varsinkin huolimaton antibioottien käyttö valikoi mikrobilääkkeille vastustuskykyisiä bakteerikantoja ja antaa niille kilpailuetua elinympäristössä. Runsaan antibioottien käytön takia sairaalat ovat otollisia paikkoja MRSA:n leviämiselle ja selviytymiselle. MRSA aiheuttaa tyypillisesti leikkaushaavainfektioita, mutta se pystyy aiheuttamaan samoja sairauksia kuin mikrobilääkkeille herkkä muotonsakin. MRSA voi aiheuttaa yksittäisten tulehdusten lisäksi myös epidemioita, ja se onkin 2000-luvulla aiheuttanut jo kolme taudinpurkausta Helsingin Yliopistollisessa hevossairaalassa. Lisäksi MRSA on zoonoottinen bakteeri, eli se voi tarttua eläimistä ihmisiin ja toisinpäin. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, leviääkö metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus hevosten välillä talliolosuhteissa ja mitkä tekijät talleilla ja hevosissa tähän mahdollisesti vaikuttavat. MRSA:n leviämistä on tutkittu sairaalaolosuhteissa, mutta sairaalaympäristön ulkopuolisista tartunnoista hevosilla on vähemmän tutkimustietoa. Hypoteesina oli, että MRSA leviää talleilla heikommin kuin sairaalaolosuhteissa, sillä talleilla MRSA:n tartuntapaine on pienempi kuin sairaalaympäristöissä. Tutkimuksen tallit (n = 11) valittiin siten, että niiltä oli kuluneen vuoden aikana ollut Yliopistollisessa hevossairaalassa hoidossa vähintään yksi sellainen hevonen, joka oli kotiutuessaan antanut positiivisen MRSA-näytteen. Näistä niin sanotuista nollahevosista (n = 13) lähtöisin olevia tartuntoja talleilla yritettiin saada kiinni MRSA-seulontanäytteillä. Ennen näytteenottoa talleille lähetettiin kyselylomakkeet talleista ja hevosista. Kyselylomakkeiden avulla kartoitettiin MRSA:n leviämiseen liittyviä riskitekijöitä, kuten hevosten turpakontaktin mahdollisuutta, karsinaratkaisuja, hevosten määrää, ikää ja rotua, saatuja antibioottikuureja, kirurgiaa sekä aiempia sairaalahoitoja. Tutkimuksessa havaittiin MRSA:n leviävän talleilla hevosten välillä vain tietyissä olosuhteissa. Tilastollisesti merkitseviä tartunnalle altistavia tekijöitä olivat nuori ikä, kirurgiset operaatiot ja tietyntyyppiset, läheisen kontaktin mahdollistavat pitoratkaisut. Ratsuhevosena toimiminen taas osoittautui tilastollisesti tartunnalta suojelevaksi tekijäksi. Virhelähteenä ja epävarmuutta luovana tekijänä tutkimuksessa oli tutkimusasetelma sekä saatujen positiivisten tulosten vähäinen määrä. Tutkimustuloksia ei voi tällaisenaan suoraan yleistää, vaan lisää tutkimuksia tarvittaisiin ainakin tilastollisesti merkitsevien muuttujien osalta isommalla otannalla.

Mikrobilääkeresistenssi on merkittävä maailmanlaajuisesti lisääntyvä ongelma, joka uhkaa ihmisten ja eläinten terveyttä kaikkialla maailmassa. Yli puolet maailmalla käytetyistä antibiooteista on käytössä ruoantuotantoon käytettävillä elämillä. Mikrobilääkkeiden säännöllinen käyttö eläintuotannossa kuitenkin lisää bakteerien todennäköisyyttä tulla mikrobilääkkeille vastustuskykyisiksi. Moniresistentit bakteerit aiheuttavat vaikeahoitoisia infektioita ja lisääntynyttä kuolleisuutta mikrobilääkehoitovaihtoehtojen vähentyessä. Aikaisemmissa tutkimuksissa on todettu, että resistenttien mikrobien tutkiminen jätevedestä voisi tarjota nopean ja tehokkaan menetelmän mikrobilääkeresistenssin arvioimiseen. Tähän lisensiaatin tutkielmaan sisältyvän alkuperäistutkimuksen tavoitteena oli kartoittaa Etelä-Afrikan teuraseläinten mikrobilääkeresistenssiprofiilia tutkimalla eteläafrikkalaisten teurastamoiden jätevesissä esiintyviä zoonoottisia mikrobilääkkeille resistenttejä bakteereja. Työssä selvitettiin, mitä nämä bakteerit ovat ja mille mikrobilääkkeille ne ovat resistenttejä. Lisäksi työssä haluttiin selvittää, onko teurastamoiden lattiakaivoista ja jätevesitankeista otetuissa näytteissä eroja, ja miten eri teurastamoilta otetut näytteet eroavat toisistaan. Tutkimusprojekti (SAAW, South African Abattoir Wastewater) toteutettiin yhteistyössä Pretorian yliopiston kanssa. Työssä tutkittiin kuudelta eteläafrikkalaiselta teurastamolta toukokuussa 2022 kerätyt jätevesinäytteet (n=18) ja lattiakaivoista otetut pyyhkäisynäytteet (n=15). Näytteistä etsittiin laajakirjoisia beetalaktamaasientsyymejä (ESBL) tuottavia bakteereja, karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja, metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus - bakteereja, vankomysiiniresistenttejä enterokokkeja sekä Candida auris -hiivasieniä viljelemällä näytteet mikrobilääkeresistenttejä kantoja seuloville maljoille. ESBL-entsyymejä tuottavia kantoja seulovalta maljalta eristettiin Escherichia coli (n=60) - ja Klebsiella pneumoniae (n=24) -bakteereja. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta eristettiin Acinetobacter baumannii (n=16) -, Acinetobacter pittii (n=3) - ja Acinetobacter nosocomialis (n=2) -bakteereja. Tutkimuksessa ei havaittu yhtään S. aureus -bakteeria, vankomysiiniresistenttiä Enterococcus faecalis - tai Enterococcus faecium -bakteeria tai C. auris -hiivasientä. Isolaattien mikrobilääkeresistenssiä tutkittiin kiekkoherkkyys- ja liemilaimennosmenetelmällä. Kaikki ESBL-maljalta eristetyt E. coli - ja K. pneumoniae -kannat osoittautuivat ESBL:n tuottajiksi. Näistä kannoista suurin osa (76,2–100 %) oli resistenttejä kefotaksiimille, keftatsidiimille ja kefepiimille. Vastaavasti 0,0–1,2 % niistä oli resistenttejä kefoksitiinille, meropeneemille, kolistiinille, piperasilliini-tatsobaktaamille ja keftolotsaani-tatsobaktaamille. Tutkimuksessa havaittiin yksittäinen meropeneemiresistentti E. coli -kanta ja yksittäinen kolistiiniresistentti K. pneumoniae -kanta. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta kaikki tunnistetut Acinetobacter -suvun bakteerit olivat herkkiä meropeneemille. Kaikki A. baumannii -kannat olivat herkkiä myös kolistiinille. Tutkimuksen tulokset antavat lupaavia viitteitä jätevesiseurannan soveltuvuudesta zoonoottisten moniresistenttien bakteerien havaitsemiseen teuraseläimistä. On mahdollista, että tulevaisuudessa eläimissä esiintyvät taudinaiheuttajat voitaisiin havaita samasta jätevesinäytteestä sen sijaan, että näytteitä joudutaan ottamaan yksittäisistä eläimistä. Tämä edellyttää sitä, että teurastamolla eläimistä peräisin oleva jätevesi kerääntyisi yhteen samaan paikkaan. Lisätutkimusta kuitenkin tarvitaan esimerkiksi näytteenottopaikan ja näytetyypin optimoimiseksi.

Stafylokokit ovat yleisimmät utaretulehduksen aiheuttajat naudalla. Koagulaasipositiivinen Staphylococcus aureus on perinteisesti käsitelty erikseen ja koagulaasinegatiiviset stafylokokit (KNS) yhtenä ryhmänä. Utaretulehdusta aiheuttavia KNS-lajeja on useita ja ne eroavat toisistaan taudinaiheutuskyvyltään, epidemiologialtaan ja mikrobilääkeresistenssiltään. Mikrobilääkkeitä käytetään bakteeritulehduksien hoitamiseen. Bakteerien resistenssi mikrobilääkkeille on maailmanlaajuinen ongelma ja vaikeuttaa infektioiden hoitamista eläimillä ja ihmisillä. Stafylokokeilla yleisin mikrobilääkeresistenssi on beetalaktamaasin tuottoon perustuva penisilliiniresistenssi. Penisilliini on Suomessa yleisin eläinlääkintään myytävä mikrobilääke ja sitä suositellaan penisilliiniherkkien stafylokokkien aiheuttamien utaretulehduksien hoitamiseen. Stafylokokit ovat yleisiä taudinaiheuttajia myös ihmisillä. Lähikontaktissa stafylokokit voivat siirtyä nautojen ja ihmisten välillä. Metisilliiniresistentit stafylokokit, kuten MRSA (metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus) ja MRSE (metisilliiniresistentti Staphylococcus epidermidis), voivat naudalla esiintyessään muodostaa uhan myös ihmisten terveydelle. Stafylokokkibakteerit voivat mahdollisesti toimia resistenssigeenien reservuaarina. Monet resistenssigeenit voivat siirtyä stafylokokeilla bakteerikannasta toiseen, stafylokokkilajista toiseen sekä myös stafylokokkien ja muiden bakteerisukujen välillä. Tähän lisensiaatintutkielmaan sisältyy kirjallisuuskatsaus ja tutkimusosuus. Kirjallisuuskatsauksessa perehdytään aiempiin tutkimuksiin utaretulehdusmaidosta eristettyjen stafylokokkien mikrobilääkeresistenssistä Suomessa ja maailmalla sekä penisilliiniresistenssin mekanismeihin ja penisilliiniresistenssin toteamiseen stafylokokki-isolaateilta. Tutkimusosuudessa tavoitteena oli selvittää Suomessa vuonna 2017 otetuista utaretulehdusmaitonäytteistä eristettyjen stafylokokkien mikrobilääkeresistenssi sekä KNS-isolaattien lajijakauma. Lisäksi tavoitteena oli tilastollisten analyysien avulla arvioida kaupallisella PCR-testillä (PathoProof™ Mastitis PCR Complete-16 Assay, Thermo Fisher Scientific, Waltham, Yhdysvallat) todetun blaZ-geenin sekä kiekkodiffuusiomenetelmällä todetun ilmiasullisen penisilliiniresistenssin välistä yhteyttä. Stafylokokkilajien tunnistamiseen käytettiin massaspektrometristä MALDI-TOF MS -menetelmää (Bruker Maldi Biotyper, Bruker Daltonics Scandinavia AB, Solna, Ruotsi). Mikrobilääkeherkkyys tutkittiin kiekkodiffuusiomenetelmällä. Tilastollisissa analyyseissä beetalaktamaasigeenin ja ilmiasullisen penisilliiniresistenssin yhteydestä käytettiin McNemarin-testiä ja Kappa-arvoa. Yleisimmät maitonäytteistä eristetyt KNS-lajit olivat S. epidermidis, Staphylococcus simulans, Staphylococcus haemolyticus ja Staphylococcus chromogenes. Yleisin mikrobilääkeresistenssi oli penisilliiniresistenssi. S. aureus -isolaateista noin 11 % ja KNS-isolaateista noin 30 % oli resistenttejä penisilliinille. S. aureus -isolaateilla penisilliiniresistenssiä esiintyi vähemmän ja KNS-isolaateilla lähes saman verran kuin aiemmissa tutkimuksissa Suomessa. KNS-lajien välillä oli suuria eroja penisilliiniresistenssin yleisyydessä. Eniten penisilliiniresistenttejä isolaatteja esiintyi S. epidermidis -lajissa. S. aureus -isolaateista 3 % ja KNS-isolaateista 10 % oli resistenttejä oksasilliinille. Kefoksitiiniresistenttejä isolaatteja esiintyi vähemmän kuin oksasilliiniresistenttejä isolaatteja. Resistenssi muita tutkittuja mikrobilääkkeitä kohtaan oli vähäistä. PCR-menetelmällä blaZ-geenin kantajiksi todettujen S. aureus- ja KNS-isolaattien lukumäärät erosivat tilastollisesti merkitsevästi kiekkodiffuusiomenetelmällä penisilliiniresistenteiksi todettujen isolaattien lukumäärästä. Negatiivisten tulosten yhtenevyys oli parempi kuin positiivisten. PCR-testissä blaZ-geenin kantajiksi todetuista S. aureus -isolaateista puolet ja KNS-isolaateista kolmasosa oli penisilliiniherkkiä kiekkodiffuusiomenetelmässä.

Tämä lisensiaatin tutkielma on kirjallisuuskatsaus Staphylococcus aureus -bakteerin (S. aureus) kapselipolysakkarideista. S. aureus -bakteeri on maailmanlaajuisesti tunnettu taudinaiheuttaja, joka aiheuttaa monia vakavia sairauksia niin ihmisille kuin eläimille. Mikrobilääkkeiden käyttö ei ole auttanut, vaan lisännyt mikrobilääkeresistenssiä. Tästä hyvänä esimerkkinä on MRSA (metisilliinille resistentti S. aureus), joka on useimmille mikrobilääkkeille resistentti S. aureus -kanta. MRSA tunnetaan yleisimmin sairaalabakteerina, mutta sitä tavataan myös tuotantoeläimissä. Useimmissa maissa yleisin S. aureus -bakteerin aiheuttama sairaus naudoilla on utaretulehdus eli mastiitti. Mastiitti on sekä tuotannollisesti että taloudellisesti tärkeä tauti. Nautojen S. aureus mastiittiin on kehitetty muutamia kapseleihin perustuvia rokotteita, mutta niiden tehosta ei ole varmuutta. Kapselipolysakkaridit (capsular polysaccharide, CP) ovat yksi S. aureus -bakteerin virulenssitekijöistä, ja niiden pääasiallisena tehtävänä on suojata bakteereja isännän fagosytoosilta eli solusyönniltä. Kapseli sijaitsee bakteerisolun ulkopuolella kiinnittyen bakteerin soluseinään. Biokemiallisesti kapseli on muodostunut yksittäisistä sokeriyksiköistä, monosakkarideista, jotka muodostavat pitkän polysakkaridiketjun, polymeerin. S. aureus -bakteerilta on tunnistettu 11 erilaista kapselityyppiä, jotka jaetaan kahteen ryhmään: mukoidi- ja mikrokapseleihin. CP1 ja CP2 ovat mukoidikapseleita, koska näitä kapseleita tuottavat S. aureus -isolaatit muodostavat viljelyalustalla limaisia pesäkkeitä ja niiden kapseli on rakenteeltaan paksu. Loput (CP3-CP11) ovat mikrokapseleita ja niiden kapseli on ohut. Ainostaan neljän kapselityypin (CP1, CP2, CP5 ja CP8) biokemiallinen rakenne on tiedossa ja näiden tunnistamiseen tarvittavat antiseerumit ovat saatavilla. Niitä CP-isolaatteja, jotka eivät reagoi edellä mainittujen neljän antiseerumin kanssa kutsutaan ei-tyypitettäviksi (non-typeable, NT) isolaateiksi. Kemialliselta rakenteeltaan tunnetuista CP-tyypeistä ei löytynyt kirjallisuudesta selventäviä kuvia, joten tässä lisensiaatin tutkielmassa nämä rakenteet on piirretty auki aikaisempiin rakennetutkimuksiin perustuen. CP-geenit sijaitsevat kromosomaalisessa DNA:ssa ryppäinä eli klustereina. Ainoastaan kolmen CP-tyypin (CP1, CP5 ja CP8) geenialueet tunnetaan. CP-synteesiä säätelevät useat erilaiset ympäristötekijät ja geneettiset säätelijät. CP-tyypitykseen on käytössä useita erilaisia menetelmiä, kuten: kaksinkertainen immunodiffuusiomenetelmä (DID), entsyymiavusteinen immunomääritysmenetelmä (ELISA), immunoblottaus (western blot), polymeraasiketjureaktiomenetelmä (PCR) ja Fourier transorm infrared spectrometer (FTIR) sekä edellinen yhdistettynä keinotekoiseen neuroverkkoanalyysiin (FTIR-ANN). Näistä FTIR-ANN on spektrometrimenetelmä, jonka spektrin tulkitsee tekoäly (ANN).