Browsing by Subject "fox"

Ruuansulatuskanavan sairaudet ovat yksi merkittävimmistä turkiseläinten tautiryhmistä. Suolistotulehdukset heikentävät eläinten hyvinvointia ja aiheuttavat taloudellisia tappioita tilalliselle mm. eläinten menetyksinä, lääkekustannuksina, eläinten kasvun hidastuessa, turkin laadun huonontuessa ja hedelmällisyyden heikentyessä. Tässä työssä on tavoitteena määrittää virusten merkitystä ripulin aiheuttajana osana ”Minkkien ja kettujen ruuansulatuskanavan ongelmat, niiden ennaltaehkäisy ja kohdennettu hoito” -projektia. Projektissa kerättiin näytteitä sekä terveiltä että ripuloivilta eläimiltä eri turkistiloilta, ja näistä selvitettiin uuden sukupolven sekvensointimenetelmällä (next generation sequencing, NGS) koko virusten kirjo ulostenäytteistä. Ulostenäytteitä kerättiin yhteensä 30 minkistä ja 42 ketusta 12 eri tilalta Suomessa syyskuussa 2015. Tutkitun datan perusteella selvitetään virusten rooli ruuansulatuskanavan taudinaiheuttajina, pyritään kehittämään diagnostisia menetelmiä virusten tunnistamiseen ja ehkäisemään turha turkiseläimien lääkitseminen antibiooteilla tulevaisuudessa. Kirjallisuuskatsauksessa tutustutaan tarkemmin minkeillä ja ketuilla todettuihin virusryhmiin, jotka ovat tiedettävästi aiheuttaneet ruoansuolatuskanavan sairauksia. Kirjallisuuskatsauksessa käsiteltyjä virusryhmiä olivat parvovirukset, koronavirukset, astrovirukset, kalikivirukset, pikornavirukset, reovirukset ja pikobirnavirukset. Työn tutkimusosuudessa varmistettiin NGS-menetelmällä saadut tulokset minkkien ja kettujen ulostenäytteistä geenimonistuksella parvovirusten osalta. Positiiviset tulokset sekvensoitiin ja niitä vertailtiin NGS menetelmällä saatuihin tuloksiin. Hypoteesina kliinisesti sairailla, eli ripuloivilla eläimillä odotettiin löytyvän useammin parvovirusta ulosteesta kuin terveillä ja parvoviruksen esiintyminen sekatiloilla odotettiin olevan todennäköisempää kuin minkki- tai kettutiloilla. Minkkien ja kettujen 72 näytteestä yhteensä 40 todettiin Sangerin sekvensointimenetelmällä parvoviruspositiiviseksi. Minkeillä esiintyi vähemmän viruksia kuin ketuilla, ja kettutiloilla jopa 100 % ripuloivilta eläimiltä eristettiin parvoviruksia ulosteesta. Kliinisesti terveiltä minkkitiloilta ei eristetty parvovirusta. Minkeillä esiintyi enemmän parvovirusta sekatiloilla ja ketuilla vähemmän. Kaikki positiiviset näytteet sekvensoitiin ja pääosassa positiivisista näytteistä löydöksenä todettiin minkin enteriittivirus (MEV). Kaikki sekvensoinnissa löydetyt virukset kuuluivat Carnivore protoparvovirus 1 -lajiin. NGS-menetelmän tulokset vastasivat PCR-tuloksia vain 43 %. Taudinaiheuttajien selvittäminen on olennainen osa virustautien tunnistamisessa ja mahdollisen ehkäisyn, lääkityksen tai rokotuksen kohdentamisessa. Etenkin ketuilla parvovirukset esiintyvät tämän työn tutkimusosuuden perusteella potentiaalisena taudinaiheuttajana, joten ketuille tulisi kehittää diagnostiikkaa ja mahdollisesti oma MEV-rokote. Ripulin ilmenemiseen vaikuttaa virusten lisäksi useita muita tekijöitä, mutta virusten rooli taudinaiheuttajana saattaa olla alidiagnosoitu. Jatkotutkimuksien kannalta olennaista on turkistuottajien ja ammattiliiton sitoutuminen hyvinvoinnin edistämiseen suunnattuihin tutkimusprojekteihin. Myös turkistalouden tulevaisuus Suomessa on epävarmaa, jonka vuoksi eläinten hyvinvointi on tärkeää taloudellisen kannattavuuden kannalta. Tämän tutkimuksen tulosten liittäminen osaksi projektikokonaisuutta antaa suuntaviivoja turkiseläinten hyvinvointiin liittyviin hankkeisiin, toimenpiteisiin ja tutkimuksiin ja tuottajien tulisi aktiivisesti pyrkiä parantamaan eläinten hyvinvointia.