Browsing by Subject "genotyyppi"

Clostridium botulinum on anaerobinen, gram-positiivinen, itiöivä sauvabakteeri, jota esiintyy maailmanlaajuisesti maaperässä, meressä ja meren sedimenteissä. Se tuottaa maailman voimakkainta myrkkyä, botulinumneurotoksiinia (BoNT), joka aiheuttaa botulismina tunnetun velttohalvauksen estämällä asetyylikoliini -välittäjäaineen vapautumisen hermolihasliitoksen synapsiraossa. BoNT on n.150 kDa:n pituinen polypeptidiketju, joka koostuu disulfidisillalla yhdistetystä raskas- ja kevytketjusta. C. botulinum jaetaan kuuteen serotyyppiin A-F, joista C ja D aiheuttavat botulismia vain eläimillä. Linnut, turkiseläimet ja hevoset ovat herkimpiä C-tyypin toksiinille ja naudat ja pikkumärehtijät D-tyypille. Tyypit voidaan jakaa mikrobiologisten ominaisuuksiensa mukaan myös kolmeen ryhmään I-III. C- ja D- tyyppi muodostavat III-ryhmän, jolle on ominaista, että sen toksiinintuottogeeni sijaitsee bakteriofaagissa, toisin kuin muilla ryhmillä, joilla geeni kuuluu bakteerin kromosomiin. Bakteriofaagit ovat bakteerien loisviruksia, joita löytyy kaikkialta ympäristöstämme. Niillä on säännöllinen, usein kuusikulmainen pää ja tupellinen häntä. C- ja D-tyypin faagit sisältävät kaksijuonteista DNA:ta, jossa myös BoNT-geeni sijaitsee. Infektoidessaan bakteerin faagi siirtää DNA:nsa häntää pitkin bakteerin solulimaan. C- ja D-tyypin faagin suhde isäntäsoluunsa on pseudolysogeeninen, mikä tarkoittaa sitä, että faagi pystyy vaihdellen integroitumaan ja irrottautumaan bakteerin kromosomista. Integroiduttuaan kromosomiin faagi-DNA on lysogeenisessa syklissä eli se toimii osana isäntäsolun kromosomia ja periytyy sen mukana solun jälkeläisille. Irrottautuessaan kromosomista faagi-DNA joutuu solulimassa lyyttiseen sykliin, jossa se solun toimintaan puuttumatta monistaa itseään ja rakentaa päitä ja häntiä käyttöönsä. Lopulta uudet faagit rikkovat solun purkautuessaan siitä ulos. C- ja D-tyypit ovat toksigeenisiä ainoastaan infektoiduttuaan faagilla ja menettävät toksiinintuottokykynsä, jos faagi-DNA irrottautuu kromosomista. Faagityypistä riippuu, tuottaako solu C1- vai D-tyypin toksiinia. Kaikki faagit eivät kuitenkaan pysty infektoimaan kaikkia C- ja D-tyypin kantoja antigeenisista ja morfologisista eroista johtuen. Faagin menetykseen johtavia seikkoja ei tarkalleen tiedetä, mutta kasvulle epäedulliset ympäristöolot ja sarjasiirrostukset vähentävät kantojen toksigeenisyyttä. UV-säteilyllä ja erilaisilla kemiallisilla käsittelyillä faagit saadaan irtoamaan keinotekoisesti. Neurotoksiinit syntetisoidaan ei-toksisten proteiinien kanssa osana suurempia, erikokoisia toksiinikomplekseja. Proteiinit osallistuvat BoNT:n suojaamiseen ja kiinnittymiseen. Kompleksin rakentamisesta vastaa kuusi geeniä, joita koodataan kolmessa rykelmässä kahteen eri suuntaan. Osalla proteiineista on hemagglutinaatioaktiivisuutta, jonka mukaan HA-geenit on nimetty. Diagnostiikassa hiirikokeet ovat paljolti väistyneet uusien menetelmien tieltä, vaikka ne ovatkin yhä ainoa varma keino todeta toksiinin aktiivisuus. Immunologisista menetelmistä ELISA:a on paljon hyödynnetty C- ja D-tyypeillä. Detektioon on käytetty PCR:ää, mutta modernimpien geeniteknisten tyypitysmenetelmien osalta ei ole vielä julkaistuja tutkimustuloksia C- ja D-tyypeiltä. Sen sijaan ihmisbotulismia aiheuttavia tyyppejä on paljon tutkittu mm. ribotyypityksellä, PFGE:llä ja AFLP:llä.

Rotaviruses are double-stranded RNA-viruses. They are members of the family Reoviridae and are the cause of severe gastroenteritis in young humans and animals. Primary infection is the most severe and reinfections usually produce only mild symptoms. Worldwide about 600 000 children die every year from rotavirus infection, and this figure represents about 5 % of all deaths in children younger than five years. Virtually all children will be infected by the time they reach one year of age. Because primary infection is so severe, rotavirus vaccines have been developed. Surveillance studies are needed to monitor the vaccine impact on circulating viral strains. It is important to know whether some strains disappear and new strains, possibly from animals, emerge. This rotavirus genotyping study is part of a long-term European surveillance study, which tries to define and monitor rotavirus types circulating in Europe. Proteins VP4, VP6 and VP7 are the primary antigens of rotaviruses. Rotavirus is classified into serogroups A-G based on inner layer protein VP6. Group A-C rotaviruses are human pathogenes. Most human rotavirus diseases are caused by group A rotavirus. The group A rotaviruses are further classified into G and P types based on the outer layer proteins VP4 and VP7. 15 G and 14 P types have been identified in humans. In this study we established G and P types for 200 rotavirus samples by using nested-PCR. Materials consisted of stool samples originated from HUSLAB virology department and Kuopio University Hospital. Rotavirus positive stool samples taken from children during years 2005-2007. RNA was extracted from stool suspensions and it was translated to DNA and amplified by nested-PCR. As first step RNA was transcripted to cDNA by reverse transcription. cDNA was amplified from gene segment areas that code for VP4 and VP7 proteins. As second step these PCR-products were amplified using G and P type-specific primers. Final PCR products were G and P typed by using agarose electrophoresis. We find that most common G types in 2005-2007 were G1 and G9; other G types was also found. Most common P type was P[8], which constituted 90 % of all viruses. The most common G and P combinations were G1P[8] and G9P[8]. In epidemic season 2006-2007 the most common G types in Helsinki were G1 and G9. In Kuopio predominant stains were G2 and G9. The most common G and P combinations in epidemic season 2006-2007 were G1P[8] and G9P[8] in Helsinki and G9P[8] and G2P[4] in Kuopio. In recent years the most common G types in Europe have been G1-G4 and G9. Finnish genotype distribution is mainly congruent with G and P types in other European countries.