Browsing by Subject "ribotyypitys"

Salmonella Newport on yleensä harvinainen salmonelloosin aiheuttaja Suomessa, vuonna 1996 niitä oli vain 1,3 % kaikista ihmisten salmonellooseista. Joulukuun 1997 ja tammikuun 1998 välisenä aikana kuitenkin havaittiin selvä nousu kotimaisten ihmistapausten määrässä. Tapaukset ilmaantuivat kahtena hautajaisiin liittyneenä Etelä- ja Pohjois-Suomessa, sekä useina yksittäisinä tapauksina ympäri Suomea. Epidemian selvittämiseksi kaikkiaan 56 kantaa valittiin tähän tutkimukseen. Näistä 22 oli epidemia-ajalta (joulukuu 1997 – tammikuu 1998). Vertailukannoiksi valittiin 27 ihmisperäistä kantaa vuosilta 1995–1998 (epidemia-ajan ulkopuolelta) KTL:n samonella-kantakokoelmasta. Viisitoista näistä kannoista oli kotimaisia ja kaksitoista ulkomaisia (eristetty henkilöistä, jotka olivat oleskelleet ulkomailla ennen sairastumistaan). Lisäksi EELA:sta oli saatavissa seitsemän ulkomaisesta tuontilihasta tai lihatuotteesta eristettyä kantaa. Tutkimuksessa epidemiologisina menetelminä käytettiin pulssikenttäelektroforeesia (PFGE) ja ribotyypitystä. Tutkituista 56 kannasta 49 tyypittyi perus-PFGE-menetelmällä. Loput seitsemän vaativat sovelletun menetelmän, jossa elektroforeesin Tris-pitoinen ajopuskuri korvattiin HEPES-puskurilla. Kannat jakautuivat 29 erilaiseen PFGE-tyyppiin. Suurin osa (21/22) epidemiakannoista antoi täysin identtisen PFGE-kuvion. Muut kannat erosivat täysin epidemiatyypistä. Ribotyypityksessä kannat jakautuivat 14 erilaiseen tyyppiin. Kaikki epidemiakannat kuuluivat samaan tyyppiin, johon kuuluivat lisäksi seitsemän ei-epidemiakantaa. Epidemiakantojen identtisyys sekä PFGE:ssa että ribotyypityksessä, yhdessä ei-epidemiakantojen suuren geneettisen vaihtelevuuden kanssa, viittaa voimakkaasti epidemiakannoille yhteiseen kontaminaatiolähteeseen. Epidemiologiset tutkimukset kahdesta hautajaisiin liittyneestä ryppäästä osoittivat assosiaation sianlihaan, mutta valitettavasti epäiltyjä ruoka-aineita ei ollut saatavissa viljeltäviksi eikä lähdettä pystytty varmistamaan.