Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "taksonomia"

Sort by: Order: Results:

  • Aeromonas-lajien tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla 
    Juntunen, Pekka (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2002)
    Aeromonas-bakteerit ovat gram-negatiivisia, sauvamaisia ja fakultatiivisia anaerobisia bakteereita. Tällä hetkellä tunnetaan jo 16 tai 17 Aeromonas-lajia (genospecies=GS tai hybridization/homology group=HG), mutta aeromonaksille ei ole olemassa yleisesti hyväksyttyä luokittelua. Taksonomia muuttuu jatkuvasti uusien tutkimusten ja tunnistamismenetelmien perusteella. Nykyään luokittelussa yleisesti käytetyt hybridisaatioryhmät ovat toisinaan ristiriidassa perinteisten biokemiallisten ja fysiologisten ominaisuuksien perusteella luokiteltujen lajien kanssa. HSP60 (heat shock protein 60, GroEL tai Cpn60) on yleinen ja konservoitunut lämpösokkiproteiini, jota esiintyy kaikissa mikrobeissa. Tämän vuoksi HSP60-geenifragmentin polymorfiaa on käytetty apuna eri bakteerisukujen ja -lajien taksonomian tutkimisessa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää eri Aeromonas-lajien tunnistamiseen sopiva menetelmä, joka perustuu HSP60-geenin polymorfiaan, jota tutkitaan restriktiofragmenttien pituuspolymorfian (RFLP) avulla. Ensin monistettiin polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla osa HSP60-geenistä 76 Aeromonas-kannalta (HG 1 - HG 12 ja HG 16). Geenifragmenttien pilkkomista kokeiltiin useilla restriktioentsyymeillä. Parhaiten eri lajit erotteleviksi entsyymeiksi osoittautuivat HhaI ja MboI, joilla pilkottiin kaikki monistuneet HSP60-geenifragmentit. RFLP:llä saadut fragmentit kuvattiin UV-valossa ja analysoitiin Bionumerics-ohjelmalla. Lopuksi analyysituloksia tulkittiin visuaalisesti. Tutkimus osoitti, että nyt kehitetty Aeromonas-lajien tunnistamismenetelmä onnistuu tutkituista 13 genotyypistä erottelemaan toisistaan kahdeksan genotyyppiä: A. hydrophila (HG 1), A. bestiarum (HG 2), A. caviae (HG 4), A. veronii (HG 8/10 ja 10), A. jandaei (HG 9), A. sp. HG 11, A. schubertii (HG 12) ja A. encheleia (HG 16). Aeromonasten tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla on nopea ja luotettava menetelmä, jonka kehittämistä kaikkien tunnettujen Aeromonas-lajien tunnistamiseksi kannattaa jatkaa.
  • Streptokokkien taksonomia ja virulenssifaktorit 
    Valkjärvi, Laura (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)
    Streptococcus-suku käsittää suuren joukon grampositiivisia, katalaasinegatiivisia, ketjuja muodostavia kokkeja. Ryhmän bakteereja tavataan ympäristössä ja ne ovat osa ihmisten ja eläinten ihon ja limakalvojen mikrobistoa. Kommensaalien lisäksi ryhmään kuuluu useita merkittäviä taudinaiheuttajia, kuten Streptococcus pyogenes ja Streptococcus pneumoniae, sekä hapateorganismina tunnettu Streptococcus thermophilus. Molekyylibiologiset menetelmät, merkittävimpänä 16S rRNA geenin sekvensointi, ovat viime vuosikymmeninä vaikuttaneet huomattavasti Streptococcus-suvun taksonomian kehittymiseen luomalla perusteet sukuun kuuluvien lajien fylogeneettiselle luokittelulle. Sukuun kuuluu nykyään yli 50 lajia, jotka jaetaan 16S rRNA geenien sekvenssien homologian perusteella seitsemään ryhmään: "pyogenic", "anginosus", "mitis", "salivarius", "bovis/equinus" ja "mutans" -ryhmään sekä epätyypillisiin streptokokkeihin. Myös muita ryhmittelyjä on käytössä. Kliinisessä mikrobiologiassa streptokokkien tunnistamiseen käytetään bakteerien fenotyyppisiä ja biokemiallisia ominaisuuksia, kuten hemolyyttisyys ja Lancefeltin seroryhmitys, eikä kantoja välttämättä tunnisteta lajitasolle. Bakteerien virulenssifaktorit ovat patogeenien taudinaiheutusmekanismeja. Ne voidaan mekanisminsa perusteella jaotella karkeasti neljään ryhmään: 1) kiinnittyminen ja kolonisaatio, 2) tunkeutuminen, 3) isännän puolustusmekanismien välttäminen ja 4) raudansitomismekanismit. Streptokokeilta on löydetty paljon erilaisia virulenssifaktoreita. Niiden tutkimus on painottunut vahvasti tärkeimpiin ihmispatogeeneihin. Työni käsittelee kaikista neljästä ryhmästä joitakin esimerkkejä ja pyrkii selvittämään niiden esiintymistä streptokokeissa ja mahdollista yhteyttä taksonomiaan. Uusia streptokokkeja kuvataan jatkuvasti ja myös vanhat lajijaot muuttuvat. Eri tutkimusyhteisöt käyttävät streptokokkien taksonomisessa ryhmittelyssä toisistaan poikkeavia ryhmittelyperusteita, jolloin ryhmien lajikoostumus ei välttämättä ole sama. Streptokokkien taksonomia elää näin koko ajan. Näistä syistä nykyisen kirjallisuuden perusteella on hyvin vaikea tehdä johtopäätöksiä streptokokkien virulenssifaktoreiden esiintyvyyden ja suvun taksonomisen jaon yhteydestä.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO