Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "viljely"

Sort by: Order: Results:

  • Lilja, Liisa (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Kampylobakteerit ovat teollisuusmaissa tavallisimpia diagnosoituja bakteeriperäisen gastroenteriitin aiheuttajia. C. jejuni aiheuttaa noin 90-95 % infektioista ja C. coli tavallisesti 5-10 %. Suomessa sairastuu vuosittain noin 3000 henkilöä kampylobakterioosiin. Infektioiden määrä on vähäinen talvella ja keväällä, jolloin suurin osa tapauksista on ulkomaista alkuperää. Kesäkuukausien aikana kampylobakteeri-infektioiden määrä kasvaa ja tapauksista jopa puolet voi olla kotimaista alkuperää. Yleensä tapaukset ovat yksittäisiä ja epidemioita esiintyy harvoin. Tartuntalähteistä tärkeimpinä pidetään saastunutta juomavettä ja broilerinlihaa. Perinteiset kampylobakteerien tunnistamismenetelmät ruokanäytteistä ovat aikaa vieviä ja hankalia. Ne sisältävät näytteen esirikastuksen, viljelyn selektiivisille alustoille sekä biokemiallisen varmistuksen. Viime vuosina kampylobakteerien tunnistamiseen tarkoitetut nopeat menetelmät, kuten nukleiinihappohybridisaatio, PCR (polymerase chain reaction) ja ELISA (enzyme-linked immuno-sorbent assay) ovat kehittyneet. Näiden pikamenetelmien kehitys avaa uusia mahdollisuuksia mm. teollisuudelle elintarvikevalvontaan. Opinnäytetyössä verrataan EiaFoss-ELISA-kampylobakteerimenetelmää, viljelymenetelmää ja PCR-analyysia C. jejunin ja C. colin toteamiseen ja tunnistamiseen broilertuotteista. EiaFoss-ELISA-menetelmä on kvalitatiivinen määritysmenetelmä C. jejunin ja C. colin tunnistamiseen elintarvikkeista (rikastus 46 h + täysin automatisoitu analyysi 2 h). ELISA-analyysi perustuu "sandwich"-tekniikkaan, jossa kaksi erilaista polyklonaalista vasta-ainetta ovat kampylobakteeriantigeeneja vastaan. Viljelymenetelmä sisältää näytteen rikastuksen, viljelyn CCDA-maljalle (valikoiva kampylobakteerialusta ilman verta), maljojen inkuboinnin mikroaerofiilisissä olosuhteissa, tyypillisten pesäkkeiden jatkoviljelyn ja biokemiallisen varmistuksen. Valittu PCR-menetelmä sisältää rikasteliemen esikäsittelyn BDC (Buoyant Density Sentrifugation) menetelmällä, joka erottelee ominaispainoon perustuen bakteerit ja PCR-inhibittorit rikasteliemestä ja konsentroi bakteerit, sekä C. jejuni spesifisen PCR-analyysin. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 105 tuotetta, joista 60 siipikarjatuotetta oli valittu juuri menetelmien vertailuun. Vaihtelut kaikkien kolmen menetelmän tuloksissa olivat vähäisiä. EiaFoss-positiivisia oli 13, PCR-positiivisia 10 ja viljely-positiivisia näytteitä 10. Varmaksi positiiviseksi tulokseksi määriteltiin sellainen näyte, joka antoi kahdella tai kaikilla kolmella menetelmällä positiivisen tuloksen. Näin ollen varmojen positiivisten määrä oli 12, joista 11 kyseessä oli C. jejuni ja yhdessä C. coli. Sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmissä väärien negatiivisten tulosten osuus oli 1,7 % näytteistä. Viljelymenetelmän väärät negatiiviset (3,3 %) johtuivat todennäköisesti valitusta pitkästä rikastusajasta, eivätkä siksi anna täysin oikeaa kuvaa kampylobakteereiden tunnistamisesta viljelemällä. EiaFoss-menetelmällä esiintyi vääriä positiivisia tuloksia (viljely- ja PCR-negatiivisia) 3,3 %. Viljely- ja BDC-PCR-menetelmissä ei esiintynyt vääriä positiivisia. Tämän perusteella sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmät osoittautuivat helpoiksi ja luotettaviksi pikamenetelmiksi tunnistaa kampylobakteerit broilernäytteistä.
  • Kulmala, Kirsi (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2006)
    Ihosieni-infektio eli dermatofytoosi on kissojen yleisin ihoinfektio. Sen prevalenssista Suomessa ei ole tarkkaa tietoa. Dermatofytoosin aiheuttajista yleisin on Microsporum canis, muita lajeja ovat muun muassa Trichophyton mentagrophytes ja Microsporum gypseum. Oirekuva kissalla on hyvin vaihteleva oireettomista yksilöistä, vähäisestä karvankatkeilusta, hilseilystä tai muutamista paljaista laikuista hyvin laajoihin ja vaikeisiin ihottuma-alueisiin. Diagnoosimetodiksi suositellaan sieniviljelyä. Diagnostisina apuvälineinä voidaan käyttää Woodin lamppua ja karvojen mikroskopointia. Ihosieni tarttuu herkästi ihmisiin ja eläimiin. Sen herkän leviämisen vuoksi hoito ja ennaltaehkäisy ovat aikaavieviä ja vaikeita toteuttaa. Hoitona käytetään systeemisen lääkityksen, paikallishoitojen sekä ympäristön itiösaneerauksen yhdistelmää. M. canis -sientä vastaan on kehitetty rokote, joka ei kuitenkaan torju infektiota vaan lieventää oireita. Sen käyttö on järkevää lähinnä hoitovaiheessa oireiden lieventämiseksi ja siten ympäristön kontaminoitumisen rajoittamiseksi. Tutkimuksessa pyrittiin kartoittamaan suomalaisten kissaloiden ihosieni-infektioprevalenssia. Näytteitä saatiin 210 kissalta 70 kissalasta. Tutkimuksessa löydettiin kaksi positiivista kissaa, joiden näytteistä eristettiin T. mentagrophytes . M. canis -sientä ei todettu. Positiiviset tapaukset saattoivat johtua siitä, että kissat ulkoilivat ulkotarhassa näytteenottohetkellä, sillä uusittaessa näytteenotto myöhemmin syksyllä kissojen lopetettua ulkoilu kaikki kyseisen kissalan kissat todettiin negatiivisiksi. Sieninäytteen pakkaustapa ja säilytystapa todettiin tilastollisesti merkitseviksi tekijöiksi viljelytulokselle: epävarmojen, kontaminanttihomeiden ylikasvusta johtuvien tulosten määrä lisääntyi, kun näyte pakattiin hengittämättömään pakkaukseen lähetyksen ajaksi tai kun näytettä säilytettiin jääkaapissa. Koska kosteus edesauttaa ympäristökontaminanttien kasvua, saattaa jääkaapin kosteus ollakin lämpötilaa tärkeämpi määräävä tekijä kontaminanttien runsaan kasvun taustalla. Säilytyslämpötilan ja -kosteuden vaikutuksia näytteen viljelytulokseen tulisi tutkia tarkemmin. Tämän tiedon valossa Kissaliiton käytäntö panna näytteenottohammasharja suoraan käyttämättömään kirjekuoreen, joka puolestaan pannaan lähetteen kera toiseen kirjekuoreen, on järkevä eikä vaikuta lisäävän epävarmojen vastausten määrää. Tutkimuksen alkuperäinen tarkoitus eli sieniprevalenssin selvittäminen suomalaisissa kissaloissa jäi saavuttamatta, koska tutkimukseen ei osallistunut riittävän monta kissalaa ja koska epäselviä viljelytuloksia oli paljon. Todellinen prevalenssi on välillä 0 - 71 %, kun oletetaan, että epäselvien tulosten joukossa on positiivisia. Luku riippuu epäselvien tulosten tarvittavan määrän valinnasta: kuinka monta epäselvää tulosta tarvitaan, jotta kyseessä olisi positiivinen kissala. Prevalenssin toteamiseksi tarvitaan 200-300 kissalaa. Näytteiden keruun yhteydessä tehtiin kysely, jonka avulla saatiin tietoa suomalaisten kissaloiden tavoista sieni-infektion torjunnan kannalta. Karanteenin tai muiden vastaavien ennaltaehkäisevien toimenpiteiden käyttö suomalaisissa kissaloissa oli vähäistä. Useiden kissaloiden karanteeni- ja muut ennaltaehkäisevät toimenpiteet olisivat kirjallisuuteen perustuen riittämättömät suojaamaan dermatofytoosin leviämiseltä, mikä olisi syytä ottaa huomioon tiedotuksessa, jos suomalaiset kissalakissat halutaan suojella dermatofytoosilta.
  • Jalava, Katri (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1994)
    Tarkoituksena oli tutkia kissoilla ja koirilla esiintyviä spiraalinmuotoisia mahalaukun bakteereita ja kehittää niiden in vitro viljelymenetelmiä. Ihmisellä esiintyvä Helicobacter pylori on tärkeä tekijä gastriitin ja mahahaavan etiologiassa, mutta H.pylori ei kolorisoi normaaliolosuhteissa kuin ihmisen mahalaukussa. Tästä syystä on ollut tärkeä löytää eläinmalleja infektion tutkimiseksi. Lisäksi spiraalibakteereiden patogeenisuus koiralle ja kissalle on ollut epäselvä. Näytteinä käytettiin lopetetuista koirista ja kissoista otettuja mahalaukun limakalvonäytteitä, jotka viljeltiin helikobakteereille soveltuvissa olosuhteissa. Bakteerit osoittautuivat hankaliksi eristää, erityisenä vaikeutena oli primaariviljelmien saastuminen kontaminanteilla ja pitkä inkubointiaika. Koiran mahalaukun limakalvosta on kuvattu kolme eri spiraalinmuotoista mikroaerofiilistä bakteerilajia, Helicobacter felis, "Gastrospirillum" (Helicobacter heilmannii) ja "Flexispira rappini". Näistä ainoastaan H. felis on kuvattu tarkemmin, koska se on pystytty viljelemään in vitro. Tässä tutkimuksessa eristetyt bakteerit erosivat kuvatusta H. feliksestä, tämä antaa viitteitä että kyseessä olisi jokin muu helikobakteeri laji (Helicobacter heilmannii?). Usein oli myös viitteitä, että viljelmissä olisi kasvanut useampi kuin yksi organismi. Osasta näytteistä tehtiin lisäksi ennen viljelyä suora gram-värjäys, joka osoittautui hyväksi menetelmäksi mahdollisten positiivisten koirien ja kissojen toteamiseksi. Lisäksi tutkittiin eristettyjen bakteerien kykyä kasvaa eri inkubointilämpötiloissa, eri elatusaineilla, eri ikäisillä elatusainealustoilla ja katalaasi- ja ureaasipositiivisuus. Eristetyt kannat pakastettiin jatkotutkimuksia varten.
  • Hintukainen, Joanna (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2009)
    Utaretulehdus on lypsylehmillä yleisin ja taloudellisesti merkittävin sairaus. Sen aiheuttaa tavallisesti bakteeri-infektio. Perusmenetelmänä utaretulehduksen aiheuttajabakteerin eristämisessä ja tunnistamisessa on toistaiseksi ollut maitonäytteen viljely. Yli neljäsosassa viljellyistä näytteistä ei kuitenkaan havaita kasvua. Negatiiviset viljelytulokset ovat ongelmallisia ja turhauttavia sekä tuottajien, eläinlääkärien, että laboratorioiden kannalta. Aikaa ja rahaa kuluu hukkaan, työmäärä lisääntyy ja utaretulehdusten hoitojen sekä ennaltaehkäisyn suunnittelu vaikeutuu. Negatiivisia viljelytuloksia saadaan sekä subkliinisistä eli piilevistä utaretulehdustapauksista että kliinisistä utaretulehdustapauksista otetuista näytteistä. Subkliiniset utaretulehdukset todetaan jonkin tulehdusta kuvaavan testin avulla. Tällainen on esimerkiksi tilatasolla käytössä oleva, maidon solujen määrään perustuva, puhekielessä lettupannutestiksi kutsuttu California mastitis test (CMT) –testi. Kliinistä utaretulehdusta sairastavilla lehmillä on aina näkyviä oireita. Negatiivinen viljelytulos voi johtua useista tekijöistä. Maidossa on bakteereja tappavia ja niiden kasvua estäviä tekijöitä. Maitonäytteen käsittely ja säilytys sekä näytteeseen joutuneet antibiootti- tai kemikaalijäämät voivat estää bakteerien kasvua. Joillakin bakteereilla on tyypillisiä ominaisuuksia, joiden takia ne ovat ongelmallisia viljelyyn perustuvassa diagnostiikassa. Infektion spontaani paraneminen on yksi mahdollinen syy sille, että näytteestä ei enää kasva bakteereita. Tässä tutkimuksessa pyrittiin polymeraasiketjureaktioon (PCR) perustuvaa menetelmää käyttäen selvittämään, löytyykö kliinisistä utaretulehdustapauksista otetuista, mutta viljelyssä negatiivisista näytteistä utaretulehdusbakteerien DNA:ta ja jos, niin minkä bakteerien. Tutkittavia näytteitä oli 79. Käytetty menetelmä tunnistaa 11 bakteeria tai bakteeriryhmää, jotka ovat esiintymistä kartoittavien tutkimusten perusteella yleisimpiä utaretulehduksen aiheuttajia. Menetelmä tunnistaa myös stafylokokkien penisilliiniresistenssiä koodaavan β-laktamaasigeenin. Lähes puolesta tutkituista näytteistä löytyi tavallisimpien utaretulehdusbakteerien DNA:ta. Tutkimuksen perusteella voidaan todeta, että PCR:ään perustuvalla diagnostiikalla saadaan taudinaiheuttaja selville myös useissa tapauksissa, joissa viljelytulos on negatiivinen. Tällä hetkellä näytteiden tutkiminen on PCR:llä kalliimpaa kuin viljelyllä. PCR-menetelmä voisi olla taloudellisesti kannattava ainakin sellaisissa tapauksissa, joissa on syytä epäillä bakteerien kasvun estyvän. Sitä voi suositella myös sellaisissa tapauksissa, joissa negatiivisen viljelytuloksen saaminen olisi erityisen turhauttavaa tai tieto aiheuttajabakteerista halutaan saada nopeasti.