Browsing by Title

Induced pluripotent stem cells (iPSCs) can be derived from somatic cells by transgenically expressing the four transcription factors OCT4, SOX2, KLF4, and C-MYC. This technology has revolutionised the stem cell field, yet cellular reprogramming is still inefficient and slow. To become fully applicable in regenerative medicine, the robust generation of safe and high-quality iPSCs from patient samples is essential. Various methods and potent reprogramming factors have been described to date. Yet, none have been able to circumvent these limitations markedly. The recently published activator-mediated approach (CRISPRa) is considered to be more physiological compared to the forced transgenic expression as the cell’s own genes are activated. Here, guide RNAs (gRNAs) mediate sequence-specific recruitment of non-cutting Cas9 (dCas9) activator proteins to the promoter region. Unlike other methods, it holds great multiplexing capacity and can also target enhancer and non-coding sequences. CRISPRa reprogramming still needs to be optimised since its efficiency is low. Thus, we aimed at enhancing this aspect and the temporal kinetics by targeting the micro RNA (miRNA) clusters 302/367 and miR-371-373, which both have been described as powerful cell fate regulators. We demonstrate successful reprogramming by targeting the miR-302/367 promoter alongside OCT4, SOX2, KLF4, C-MYC, LIN28A, REX1, NANOG, and EEA-motifs with CRISPRa. Activating the miRNA cluster results in a 2.5 fold efficiency increase in human foreskin fibroblast (HFF) reprogramming compared to the published basal CRISPRa system, quantified by staining for alkaline phosphatase. In HFFs, the CRISPRa efficiency is now comparable to the commonly used transgenic approach. Aiming to clarify the molecular mechanisms of these results, we characterised the expression of direct and downstream targets of miR-302/367 at different time points throughout the reprogramming process. Furthermore, validated with immunocytochemical stainings, the generated bona fide iPSCs express pluripotency markers and spontaneously differentiate into the three germ-layers, both signs of high-quality iPSCs. Beyond that, we report that miR-302/367 activation appears to result in earlier iPSC colony formation resulting in faster proliferating stem cell colonies shown with live-cell imaging. Employing a conditionally stabilised activator construct, we further show that with miR-302/367 targeting, the dCas9 activator expression seems to be required for only a short time period, sufficient to induce pluripotency. At the end of the project, the miR-302/367 cluster targeting was optimised and the best-working gRNAs were selected for further studies, which when combined further increase the CRISPRa-induced expression of the miR-302/367 cluster markedly. All in all, this study demonstrates that non-coding genetic elements like the miR-302/367 cluster can be targeted with CRISPRa, and its targeting significantly improves the reprogramming efficiency. Implications of the study for regenerative medicine and future steps are discussed.

Mahasyövän ainoa kuratiivistavoitteinen hoito on gastrektomia formaalilla imusolmukedissektiolla. Yksi tärkeimmistä mahasyövän ennusteeseen vaikuttavista tekijöistä on sen levinneisyysluokitus. Selvitimme vaikuttaako imusolmukealueiden preparoiminen erillisiin näytteisiin tutkittujen imusolmukkeiden lukumäärään verrattuna ns. en bloc -preparaattiin, ja vaikuttaako tämä ennusteeseen. Aineistoon valittiin Meilahden sairaalassa vuosina 2016-2019 leikatut potilaat, joille oli tehty D1- tai D2-imusolmukedissektio distaalisen- tai totaaligastrektomian yhteydessä, yhteensä 130 potilasta. Kaikille potilaille tehtiin kuratiivistavoitteinen gastrektomia mahalaukun adenokarsinooman vuoksi. Leikkauskertomuksista, patologin lausunnoista, sekä seurantatiedoista poimittiin relevantit muuttujat. Data analysoitiin IBM SPSS -ohjelmalla (versio 27). Imusolmukkeiden lukumäärän ja muiden muuttujien välisiä assosiaatioita testattiin Mann-Whitneyn U-testillä, Kruskall-Wallisin testillä ja χ2 -testillä. P-arvo <0,05 tulkittiin merkitseväksi. Coxin regressioanalyysiä käytettiin ennusteeseen vaikuttavien muuttujien tunnistamiseen. Preparoitujen imusolmukealueiden ryhmässä tutkittiin enemmän imusolmukkeita kuin en-bloc ryhmässä koko kohortissa (mediaani 34,5 vs. 21,0), D1 imusolmukedissektioissa (mediaani 42,0 vs. 15,5), D2 imusolmukedissektioissa (mediaani 34,0 vs. 23,5), totaaleissa gastrektomioissa (mediaani 46,0 vs. 21,5), subtotaaleiss gastrektomioissa (mediaani 32,0 vs. 17,5), avoleikkauksissa (mediaani 34,0 vs. 22,0), ja laparoskooppisissa leikkauksissa (mediaani 35,0 vs. 19,0). Kaikki erot todettiin tilastollisesti merkitseviksi (Mann-Whitneyn U-testin p-arvo kaikissa em. ryhmissä <0,001). Coxin regressioanalyysissä ennusteeseen vaikuttaviksi tekijöiksi tunnistettiin syövän levinneisyysluokitus ja imusolmukedissektion laajuus. Imusolmukealueiden preparoiminen erillisiin näytteisiin lisää tutkittujen imusolmukkeiden lukumäärää, mikä voi johtaa luotettavampaan N-luokitukseen, ja voi vaikuttaa jatkohoidon valintaan. Coxin regressioanalyysin tulokset vahvistavat aiempien tutkimuksien tuloksia. (204 sanaa)

Forskningens syfte var att utreda vilka egenskaper läkemedelsbiverkningar på sjukhusjouren har. Patientjournaler från 1600 jourbesök i Helsingforsregionens universitetscentralsjukhus lästes igenom retrospektalt och eventuella biverkningar identifierades. Vi tog i beaktande patientens egenskaper samt orsakssamband mellan sjukdomar, läkemedelsintag och biverkningar. Vidare definierade vi biverkningarnas svårighetsgrad och preventabilitet samt farmakogenetikens roll i fallen. Sammanlagt identifierade vi 125 fall där en eller flera biverkningar förekom, vilket motsvarar 7,8% av fallen. Läkemedlen som orsakade flest bivekningar var varfarin, acetylsalicylsyra, apixaban och docetaxel, medan de vanligaste biverkningarna var blödning samt neutropeni och/eller allvarlig infektion. Endast två fall kunde möjligen ha förebyggts med hjälp av farmakogenetiska tester med hänsyn till Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium guidelines. Antitromboter och cytostatika orsakade flest biverkningar bland ATC läkemedelsklasserna. Enligt en tidigare studie från samma universitetssjukhus är samma ATC klasser bakom flest dödsfall orsakade av läkemedel. Dessa biverkningar är svåra att förebygga, då riskerna och nyttan av dessa läkemedel har utvärderats genomförligt. (150 ord av 150)

Barn med korrigerad gomspalt kan utveckla velofaryngeal insufficiens (VPI), vilket kännetecknas av ett hypernasalt tal och artikulationssvårigheter. Ibland utförs talförbättrande operationer (VPI-kirurgi) då den konservativa vården inte korrigerar VPI. Syftet med studien var att utreda incidensen för talförbättrande operationer hos barn med isolerad gomspalt, kartlägga eventuella skillnader mellan svårighetsgraden av spalt och granska barnens ålder vid VPI-kirurgi. Studien är en retrospektiv patientjournal undersökning av 686 barn med isolerad gomspalt som vårdats på Helsingfors Universitets Sjukhus Läpp- och gomspaltcenter (Husuke) åren 1990 - 2016. Totala incidensen för VPI-kirurgi var 33%. Kombinerad spalt av både den hårda och mjuka gommen hade en incidens på 37.3%, spalt av enbart den mjuka gommen 23.6%. Kön och primäroperationsteknik var inte en statistiskt signifikant variabel beträffande sekundäroperationer. Majoriteten av VPI-kirurgin utfördes innan skolåldern. Incidensen för talförbättrande operationer är beroende av spaltens svårighetsgrad, vilket överensstämmer med tidigare studier. En betydlig del av VPI-kirurgin utförs vid skolålder, vilket bör beaktas med långvariga uppföljningstider.

Fragiili-X-oireyhtymä (FXS) on yleisin periytyvän kehitysvammaisuuden aiheuttaja ja tunnettu geneettinen autismin kirjon häiriöiden syy. FXS taustalla on X-kromosomissa sijaitsevan FMR1-geenin CGG-toistojaksoalueen monistumisen aiheuttama metylaatio ja geenin inaktivoituminen, johtaen FMR1-proteiinin (FMRP) puutokseen. FMRP liittyy normaaliin aivojen kehitykseen ja aivosolujen välisten yhteyksien muodostumiseen. Kalsiumsignaalit säätelevät hermosolujen kehitykseen liittyviä prosesseja kuten kypsymistä, erilaistumista ja synapsien muodostumista, ja kalsiumkanavien säätelyn ongelmat on yhdistetty autismin kirjon häiriöihin. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää L-tyypin kalsiumkanavien myötävaikutus FXS hermosoluesiasteiden erilaistumisen häiriöihin. Osoitamme, että solun depolarisaatiosta aiheutuvat solunsisäiset kalsiumvasteet korostuvat FXS-potilaiden indusoiduista pluripotenteista kantasoluista (iPCS) ja FMR1-poistogeenisten hiirten aivokudoksesta tuotetuissa hermosolujen esiasteissa. Kalsiumin lisääntynyt sisäänvirtaus nifedipiiniherkkien jänniteriippuvaisten kalsiumkanavien (Cav) kautta myötävaikuttaa liiallisiin depolarisaation ja tyypin 1 metabotrooppisen glutamaattireseptorin (mGluR) aktivaation vasteisiin. FXS patofysiologiaan liittyy tunnetusti tyypin 1 mGluR poikkeava toiminta. L-tyypin/T-tyypin Cav-kanavien ekspression suhde on suurentunut FXS-esiasteissa ja korreloi esiasteiden erilaistumiseen glutamaattiherkiksi soluiksi. Aivoista peräisin olevan hermokasvutekijän (BDNF) vähentäminen FXS-hiirten esiasteissa vähentää Cav-kanavien ilmentymistä ja aktivaatiovasteita, mitkä liittyvät lisääntyneeseen fosfolipaasi C-γ1 -lokaation fosforylaatioon TrkB-reseptoreissa ja erilaistuvien esiastepopulaatioiden muutoksiin. Tuloksemme osoittavat, että lisääntyneellä kalsiumin sisäänvirtauksella L-tyypin Cav-kanavien kautta FXS-hermosolujen esiasteissa on kehityksellisiä vaikutuksia.

Biometalleilla on merkittävä rooli solujen ja kudosten toiminnassa. Ne ovat monen entsyymin toiminnassa elintärkeitä, mutta toisaalta solut pyrkivät pitämään niiden pitoisuudet tarkoissa rajoissa. Metallin yli- tai alimäärä voi joko itsessään vaikeuttaa solujen normaalia toimintaa tai olla merkki epätavallisesta metaboliasta. Fragile X-oireyhtymä on monogeeninen kehitysvammaisuutta aiheuttava perinnällinen sairaus, joka johtuu FMRP-proteiinin puutoksesta. Oireyhtymä on mahdollisesti yleisin periytyvän autismin syy. 23 metallin kudospitoisuudet mitattiin Fragile X-oireyhtymää mallintavan hiirimallin ja kontrollihiirten pikkuaivoista, isoaivokuorelta, maksasta, sydämestä ja pernasta induktiivisesti kytketty plasma -massaspektrometrillä. Seitsemän metallin – Cu, Fe, K, Mg, Mn, Na ja P – pitoisuudet olivat mittausrajan yläpuolella. Hiirimallin sydämen ja pikkuaivojen rautapitoisuudet olivat korkeampia kuin kontrollihiirten vastaavista kudoksista mitatut arvot. Löydösten merkitsevyydet olivat kuitenkin statistisesti raja-arvoisia. PCA-analyysi vahvisti käsitystä muuttuneesta metallihomeostaasista hiirimallin sydämessä, ja toisaalta Fragile X-oireyhtymän aiheuttavan FMRP-proteiinin mutaatiot on aiemmin liitetty ihmisillä pikkuaivojen rautakertymiin. Tutkimus kärsii pienen näytemäärän takia alhaisesta voimasta, mutta rautamuutokset sopivat aiemmin kuvattuun FMRP-proteiiniin liitettyyn inflammaatioon. Tässä tutkimuksessa sekä aiemmissa julkaisuissa kuvattu biometallien epätasapaino edellyttää lisätutkimusta aiheesta, sillä metalleja sisältäviä lisäravinteita kokeillaan usein hoidoksi hermoston kehityshäiriöissä.

Objective: Anxiety disorders are among the most common groups of mental disorders, and one of the leading causes of disease burden globally. Anxiety disorders are associated with many general medical conditions (GMCs), but little studies of the wide-ranging associations over multiple GMC categories have been conducted. This study aims to examine whether people with an anxiety disorder have more lifetime GMCs compared to people without anxiety disorders, and whether they have a higher risk of developing subsequent GMCs, across multiple GMC categories. Methods: The participants were a part of the FinnGen study sample, totaling 519 841 individuals. Lifetime comorbidity analyses were conducted with an anxiety disorder group (N = 63 695) consisted of all individuals who had any ICD-10 phobic anxiety disorder or other anxiety disorder diagnosis, or corresponding ICD-9 or ICD-8 diagnosis. A sex and age (±2 years) matched control group (N = 127 390) of individuals who had no phobic anxiety disorder or other anxiety disorder diagnoses was created. Proportions of GMCs from 11 different categories (allergy, gastrointestinal, urogenital, hematological, neurological, dermatological, musculoskeletal, endocrine, pulmonary, oncological, and cardiovascular) in anxiety disorder group and matched control group were compared with each other with χ2-test. Next, Cox regression was used to calculate whether having an anxiety disorder increases the risk of developing a subsequent GMC. The whole FinnGen sample was used as a basis for the Cox regression analyses, and for each analysis, the individuals who had a diagnosis in the corresponding GMC category before the start of follow-up period (1.1.2000–31.12.2020) were removed from the analysis, leading to samples whose sizes varied between 451 523 and 508 804. Four Cox regression models were created for each GMC category: Model A, which was adjusted for sex, age, and calendar time, Model B that was further adjusted for other GMC comorbidities, and time-lagged versions of Models A and B. Results: Individuals with anxiety disorders had higher lifetime prevalence rates of all GMCs, except for cancers. Having a prevalent anxiety disorder diagnosis increased the risk of a subsequent GMC in all 11 GMC categories, most notably gastrointestinal and hematological conditions. The hazard ratios ranged between 1.21 for cancers and 2.59 for hematological conditions. Conclusions: There are wide-ranging associations between anxiety disorders and GMCs. For most GMCs, individuals with an anxiety disorder had about two-fold risk to develop a subsequent GMC. The associations were especially strong for gastrointestinal and hematological conditions, and clearly the weakest for cancers. This study provides evidence of temporal associations across a range of GMCs, also including ones that have hardly been studied previously, such as hematological conditions and allergies. Further study with separate anxiety disorders and GMCs, as well as genetic connections, is still needed.

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää Meilahden sairaalan endoskopiayksikössä vuonna 2010 tehtyjen paksusuolen tähystysten indikaatioita, löydöksiä, komplikaatioita, onnistumisastetta, tähystysten yhteydessä tehtyjä toimenpiteitä ja esilääkityksen käyttöä. Tutkimus tehtiin käymällä läpi kymmenen prosentin poiminta kaikista vuoden 2010 tähystyksistä sekä kaikki kyseisen vuoden anestesiassa tehdyt tähystystutkimukset. Tähystysten lausunnoista kerättiin tietoa edellä mainituista muuttujista. Tutkimuksessa keskeisimmiksi tähystysindikaatioiksi osoittautuivat tulehduksellisten suolistosairauksien ja leikatun syövän seuranta sekä adenoomapolyyppiseuranta. Erilaisten vatsaoireiden, kuten ripulin ja veriulosteen, osuus indikaationa oli pienempi. Esilääkityksen käyttö oli tutkimuksen mukaan varsin vähäistä, noin kahdessa kolmasosassa tähystyksistä ei käytetty mitään esilääkitystä. Yleisimpiä löydöksiä olivat tulehdukselliset suolistosairaudet, polyypit sekä normaalilöydökset. Kymmenen prosentin poiminnan tähystyksistä noin kolmeen prosenttiin liittyi jokin komplikaatio.

Objectives: Early recognition of developmental challenges in infancy is central for being able to start interventions earlier with possible better outcomes. The aim of this study was to investigate the potential of using eye-tracking at seven months to predict adaptive behavior outcomes at two years. Adaptive behavior implies the child's adaptation to their specific living environment and it includes aspects of conceptual, social and practical adaptation. Here, I studied several eye-tracking based markers of visual attention in infancy for their possible association with adaptive behavior at two years, such as saccadic reaction time (SRT) and measures of attentional preference for faces and emotional facial expressions. SRT has been shown to be a general attentional marker in infancy associated with many developmental and clinical aspects while attentional preference for faces and emotional facial expressions are pronounced at seven months and have been hypothesized to play a role in socio-emotional development. Infants were also studied with respect to attentional behavioral tendencies based on their SRT measures. Methods: This study employed material from the Toibilas-study at BABA center at Helsinki University Hospital. The study consisted of 45 children of either typical development (n=26) or children of high developmental risk (n=19) due to their prior treatment at the neonatal intensive care unit. The high-risk group was assumed to increase variability of the sample. Infants participated in eye-tracking measurements at seven months old using two different eye-tracking paradigms; a SRT task and a task measuring attentional bias for facial vs. non-facial as well as emotional facial expressions vs. neutral facial expressions. The same children were assessed for adaptive behavior at two years of age by a parent filled-questionnaire. Associations between attentional behavioral markers at seven months and adaptive behavior at two years were analyzed using linear models. The models also accounted for behavioral attentional tendency as identified from a set of SRT measures. Results and conclusions: A bigger attentional preference for faces compared to non-faces was associated with better overall adaptive behavior score as well as adaptive behavior composites for conceptual and practical adaptive behavior. This is in line with the hypothesis that attentional bias for faces is important for socio-emotional development. A significant association between identified behavioral attentional tendencies and the conceptual composite score of adaptive behavior was found. This finding suggests that recognizing attentional tendency may be useful for predicting later developmental trajectories. The present work provides preliminary evidence for the proof of principle that eye-tracking based metrics may provide clinically relevant predictions in infants, however novel prospective datasets are needed for clinical validation.

Tutkielman tarkoitus on tuoda tunnettujen riskitekijöiden rinnalle tuore tieteellinen näkemys suuinfektioiden ja syövän yhteydestä. Tavoitteena on myös vahvistaa käsitystä suunterveyden merkityksestä ihmisen yleisterveyteen. Tutkielma on toteutettu kirjallisuuskatsauksena. Tutkielmassa havaittiin tilastollisesti suuinfektioiden lisäävän potilaan riskiä sairastua syöpään. Tutkielmassa tarkastelluista aineistosta voidaan todeta, että tilastollinen yhteys suuinfektioiden ja syövän välillä on havaittu, mutta mahdollisen kausaliteetin osoittaminen vaatii runsaasti lisätutkimuksia. Suuinfektiot ovat hoidettavissa ja ennaltaehkäistävissä, jolloin voidaan mahdollisesti myös alentaa potilaan riskiä sairastua syöpään.