Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

  • Cauchi, Daniel (2023)
    Alignment in genomics is the process of finding the positions where DNA strings fit best with one another, that is, where there are the least differences if they were placed side by side. This process, however, remains very computationally intensive, even with more recent algorithmic advancements in the field. Pseudoalignment is emerging as a new method over full alignment as an inexpensive alternative, both in terms of memory needed as well as in terms of power consumption. The process is to instead check for the existence of substrings within the target DNA, and this has been shown to produce good results for a lot of use cases. New methods for pseudoalignment are still evolving, and the goal of this thesis is to provide an implementation that massively parallelises the current state of the art, Themisto, by using all resources available. The most intensive parts of the pipeline are put on the GPU. Meanwhile, the components which run on the CPU are heavily parallelised. Reading and writing of the files is also done in parallel, so that parallel I/O can also be taken advantage of. Results on the Mahti supercomputer, using an NVIDIA A100, shows a 10 times end-to-end querying speedup over the best run of Themisto, using half the CPU cores as Themisto, on the dataset used in this thesis.
  • Laanti, Topi (2022)
    The research and methods in the field of computational biology have grown in the last decades, thanks to the availability of biological data. One of the applications in computational biology is genome sequencing or sequence alignment, a method to arrange sequences of, for example, DNA or RNA, to determine regions of similarity between these sequences. Sequence alignment applications include public health purposes, such as monitoring antimicrobial resistance. Demand for fast sequence alignment has led to the usage of data structures, such as the de Bruijn graph, to store a large amount of information efficiently. De Bruijn graphs are currently one of the top data structures used in indexing genome sequences, and different methods to represent them have been explored. One of these methods is the BOSS data structure, a special case of Wheeler graph index, which uses succinct data structures to represent a de Bruijn graph. As genomes can take a large amount of space, the construction of succinct de Bruijn graphs is slow. This has led to experimental research on using large-scale cluster engines such as Apache Spark and Graphic Processing Units (GPUs) in genome data processing. This thesis explores the use of Apache Spark and Spark RAPIDS, a GPU computing library for Apache Spark, in the construction of a succinct de Bruijn graph index from genome sequences. The experimental results indicate that Spark RAPIDS can provide up to 8 times speedups to specific operations, but for some other operations has severe limitations that limit its processing power in terms of succinct de Bruijn graph index construction.
  • Lankinen, Juhana (2020)
    Due to the unique properties of foams, they can be found in many different applications in a wide variety of fields. The study of foams is also useful for the many properties they share with other phenomena, like impurities in cooling metals, where the impurities coarsen similarly to bubbles in foams. For these and other reasons foams have been studied extensively for over a hundred years and continue being an interesting area of study today due to new insights in both experimental and theoretical work and new applications waiting to be used and realized in different industries. The most impactful early work in the study of the properties of foams was done in the late 1800s by Plateau. His work was extended in the early to mid-1900s by Lifshitz, Slyozov, Wagner and von Neumann and by many more authors in recent years. The early work was mostly experimental or theoretical in the sense of performing mathematical calculations on paper, while the modern methods of study have kept the experimental part -- with more refined methods of measurement of course -- but shifted towards the implementation of the theory as simulations instead of solving problems on paper. In the early 90s Durian proposed a new method for simulating the mechanics of wet foams, based on repulsive spring-like forces between neighboring bubbles. This model was later extended to allow for the coarsening of the foam, and a slightly changed version of this model has been implemented in the code presented in this thesis. As foams consist of a very large number of bubbles, it is important to be able to simulate sufficiently large systems to realistically study the physics of foams. Very large systems have traditionally been too slow to simulate on the individual bubble level in the past, but thanks to the popularity of computer games and the continuous demand for better graphics in games, the graphics processing units have become very powerful and can nowadays be used to do highly parallel general computing. In this thesis, a modified version of Durian's wet foam model that runs on the GPU is presented. The code has been implemented in modern C++ using Nvidia's CUDA on the GPU. Using this program first a typical two-dimensional foam is simulated with 100000 bubbles. It is found that the simulation code replicates the expected behaviour for this kind of foam. After this, a more detailed analysis is done of a novel phenomenon of the separation of liquid and gas phases in low gas fraction foams that arises only with sufficiently large system sizes. It is found that the phase separation causes the foam to evolve as would a foam of higher gas fraction until the phases have mixed back together. It is hypothesized that the reason causing the phase separation is related to uneven energy distribution in the foam, which itself is related to jamming and uneven distribution of the sizes of the bubbles in the foam.
  • Vasilev, Nikolay (2016)
    Vuosien 2007–2009 finanssikriisi mullisti isojen rahoituslaitosten riskipolitiikan. Henkivakuutus- ja sijoitustoimintaa harjoittavien konsernien valvontaa on tiukennettu entisestään, ja riskienhallintaan on kiinnitetty entistä paljon enemmän huomiota. Riskianalyysi on kuitenkin pitkä ja laskennallisesti raskas prosessi, johon sisältyy erilaisten riskimittojen arviointi ja mahdollisesti salkun tasapainottaminen. Value at Risk (lyh. VaR) on hyvin suoraviivainen tapa mitata sijoitussalkun kokonaisriskiä – se kertoo salkun pahimman tappion tietyllä luottamustasolla. Tappion arvioiminen voi olla kuitenkin vaikeaa, sillä sijoituspankkien ja henkivakuutusyhtiöiden valtavat salkut tietävät monimutkaisia laskelmia, jotka puolestaan vaativat suurta laskentatehoa ja vievät paljon aikaa. Tämän takia on viime aikoina yritetty tehostaa riskilaskentaan käytettäviä ohjelmia muun muassa näytönohjainten tarjoamaa massiivista rinnakkaisuutta hyödyntämällä. Tässä opinnäytetyössä tutustutaan käsitteeseen VaR sekä numeerisiin menetelmiin sen mittaamiseen, ja tutkitaan rinnakkaislaskennan NVIDIA:n CUDA-ohjelmointikehyksellä saatavia nopeutuksia. Osoitetaan, että joissakin tapauksissa suoritusaika voi pudota murto-osaan entisestään, ja tarkastellaan, kuinka tärkeä rooli tiedonsiirrolla ja muistiviittauksilla voi olla nopeutuksen kannalta. Vähentämällä tiedonsiirtoja ja tehostamalla GPU-laitteen muistinhallintaa tässä työssä saadaan 7,8x-kertainen nopeutus verrattuna tavalliseen prosessoritoteutukseen.
  • Eriksson, Iida-Elina (2023)
    Tutkielma käsittelee Isossa-Britanniassa vuosina 1852–1879 julkaistua naistenlehteä Englishwoman’s Domestic Magazine. Tarkastelun kohteena ovat lehden 1860-luvun aikana ilmestyneet numerot. Tutkimuksessa pohditaan muodin ja kauneuden merkitystä Isossa-Britanniassa julkaistuissa viktoriaanisen aikakauden naistenlehdissä sekä sitä, miten ulkonäköä koskevista aiheista kirjoitettiin. Tutkimus keskittyy valkoihoisiin, englantilaisiin keskiluokan naisiin ja tarkastelee, miten Englishwoman’s Domestic Magazine ylläpiti ja vahvisti ulkonäköön pohjautuvaa feminiinisyyden ideaalia. Aihetta käsitellään lehdessä julkaistujen mainosten, kirjepalstan vastausten ja ulkonäköä käsittelevien artikkeleiden avulla. Englishwoman’s Domestic Magazine oli yksi aikansa suosituimmista naisille osoitetuista lehdistä, joissa kirjoitettiin ulkonäköön ja kodin piiriin liittyvistä aiheista. Lehti halusi toimia lukijoilleen tapana viettää aikaa samalla, kun se rakensi ideaalia käytännöllisestä kotivaimosta. Lehden uudistuminen vuonna 1860 nosti muotiin ja ulkonäköön liittyvät aiheet sekä mainonnan etusijalle. Mainostamalla kauneustuotteita ja muotia feminiinisyys linkitettiin haluttavuuteen, vaikka samalla kritisoitiin kosmetiikan avulla ulkonäköään ehostavia naisia. Kirjoittamalla valmisvaatteista ja tarjoamalla lukijoilleen leikattavia ompelukaavoja mainostamistaan vaatteista lehti halusi tehdä pukeutumisesta helppoa eikä liian kallista, vaikka yhteiskunnan silmissä valmisvaatteita käyttävä nainen oli paheksunnan kohde. Julkaisuillaan Englishwoman’s Domestic Magazine edusti useita ristiriitaisia näkemyksiä feminiinisyydestä.
  • Mäkelä, Mikko (2015)
    Grafeeni ja grafeenioksidi ovat kaksiulotteisia hiilimateriaaleja. Grafeeni koostuu pääosin sp2-hybridisoituneista hiiliatomeista. Grafeenioksidissa sp2-hybridisoituneiden hiiliatomien verkkoon on kiinnittynyt happea sisältäviä funktionaalisia ryhmiä ja osa hiiliatomeista on siten sp3-hybridisoituneita. Grafeenia voidaan erotella grafiitista erilaisin menetelmin tai valmistaa atomi kerrallaan. Grafeenioksidin valmistuksessa grafiitti hapetetaan esimerkiksi kloraateilla. Sekä grafeenia että grafeenioksidia voidaan muokata kovalenttisesti tai supramolekulaarisesti. Muokkauksella tavoitellaan usein materiaalin parempaa käsiteltävyyttä tai uudenlaisen toiminnallisuuden, kuten katalyyttisen aktiivisuuden tai sensoriominaisuuksien, saavuttamista. Katalyyttisissä prosesseissa muokkaamattoman grafeenin ja grafiitin sovelluksia ei ole monia. Sen sijaan grafeenioksidia on käytetty happokatalyytin tavoin sekä hapettimena monissa kemiallisissa prosesseissa, kuten alkyynien hydrauksissa, bentsyylialkoholien hapetuksessa aldehydiksi ja amiinien hapettavassa kytkennässä. Aktiivihiili on kolmiulotteinen huokoinen grafiitin kaltainen materiaali. Siitä on mahdollista valmistaa eri tavoin hapettuneita aktiivihiiliä typpihapon tai kuningasveden avulla. Hapetusolosuhteet vaikuttavat paljon syntyvän tuotteen funktionaalisten ryhmien jakaumaan. Eri tavoin valmistetuilla aktiivihiilillä on myös toisistaan poikkeava katalyyttinen aktiivisuus 2-aryyli-indolien homokytkentäreaktiossa.
  • Kääriäinen, Anna-Kristiina (2016)
    Latvian pääkaupungissa Riiassa graffitit ovat näkyvä osa kaupunkia. Graffiteilla viestitään ja muutetaan symbolista ja sosiaalista tilaa. Tutkielmassa tarkastellaan, miten luvattomat graffitit esittävät latvialaista yhteiskuntaa Riiassa. Tutkielman tutkimusaineiston muodostavat Riiassa vuosina 2007–2010 valokuvatut graffitit. Tutkimusaineisto käsittää 383 valokuvaa. Tutkielmassa sovelletaan kriittisen diskurssianalyysin kehyksessä seuraavia metodeja luvattomien yhteiskunnallisten lingvististen graffitien analysointiin: sisällönanalyysi, jolla järjestellään ja kategorisoidaan tutkimusaineistoa sekä erotetaan tutkimuskohde, ja representaatioanalyysi, jolla tarkastellaan graffiteissa käytettyä kieltä, sanastoa ja kielen modaalisia piirteitä sekä graffititekstien suhdetta eritasoisiin konteksteihin. Yhteiskunnallisten lingvististen graffitien merkityksiä peilataan sitten laajempaa latvialaista yhteiskunnallista tilaa vasten. Vaikka varsinaisena tutkimuskohteena ovat yhteiskunnalliset lingvistiset graffitit, tutkimusaineistoa tarkastellaan myös kokonaisuutena ja siitä nousevia ilmiöitä nostetaan keskusteluun varsinaisen tutkimuskohteen kanssa. Yhteiskunnallisten graffitien osuus koko tutkimusaineistosta on 12 prosenttia. Tutkimusaineiston yhteiskunnallisten graffitien puheenvuorot noudattavat oikeakielisyyden normeja ja ne on useimmiten kirjoitettu latviaksi. Graffititekstit noudattavat monolingvistisiä normeja, mutta graffitien väliset dialogit on usein käyty eri kielillä. Yhteiskunnallisten lingvististen graffitien tempuksena on usein preesens, jolla kuvataan käsiteltävien asioiden todenmukaisuutta ja ajankohtaisuutta. Tutkimusmateriaalin graffitit ovat paikkasensitiivisiä ja niiden yhteiskunnalliset merkitykset muodostuvat eritasoisissa konteksteissa: tekstit rakentavat toisilleen kontekstin, tekstit on asetettu dialogisiin suhteisiin toisiinsa nähden tai fyysinen tila tai hallinnollinen alue rakentaa kontekstin tekstille. Graffiteilla nimetään ja osoitetaan valtiota ja kaupunkia sekä Latgalen esikaupunkialuetta. Graffiteilla kiinnitetään kaupunkiin ja valtioon erilaisia ominaisuuksia ja määritellään arvoja. Tutkimusmateriaalin yhteiskunnallisten graffitien viestit eivät ole voimakkaasti polarisoituneita, esimerkiksi selvästi vastakkaisia ideologioita ajavia. Yhteiskunnalliset graffitit ovat teemoiltaan hajanaisia. Graffiteilla kiinnitetään huomiota yhteiskunnallisiin epäkohtiin kuten seksiturismiin, mutta usein graffitien viestit jäävät yksittäisiksi ilmauksiksi vailla taustalla vaikuttavaa organisoitunutta yhteiskunnallista liikettä tai selkeää ideologiaa. Tutkielmalla tavoitetaan yhteiskunnallisesti marginaalisia puheenvuoroja vallasta.
  • Pohjankyrö, Aki (2020)
    Tutkimukseni kohteena on helsinkiläisen graffitin ensimmäisen vaiheen suhde taiteen instituutioihin. Pyrin selvittämään, millaisia yhteyksiä graffitilla ja taiteen instituutioilla oli 1980-luvun Helsingissä. Pääasiallisena aineistonani on Helsingin Sanomien ja Ilta-Sanomien graffiti-termin sisältävät artikkelit vuosilta 1984–1989 sekä Taide-lehden graffitiaiheiset artikkelit 1980-luvulta. Tutkin graffiti-termin käyttötapoja ja merkityksen muuttumista, kun ns. New York -tyylinen graffiti saapuu Suomeen. Lisäksi analysoin artikkeleissa esitettyjä väitteitä graffitista ja tulkitsen kuuluvatko ne graffitin hyväksyvään diskursiiviseen käytäntöön tai graffitin hylkäävään diskursiiviseen käytäntöön. Toisin sanoen tarkastelen, esitetäänkö artikkeleissa väitelauseita, joissa todetaan graffitin olevan taidetta tai graffitin olevan töhryä (tai rikollisuutta, ilkivaltaa). Metodinani on ruotsalaisen graffititutkijan Jakob Kimvallin käyttämä diskurssiteoreettinen analyysi, joka pohjautuu Michel Foucault’n Tiedon arkeologiassa esittämään käsitteistöön. Yhdistän foucault’laisen diskurssianalyysin taidehistorialliseen, kontekstualisoivaan kriittiseen lähilukuun. Havaintoni noudattavat aiemmassa tutkimuksessa esitettyä kehitystä, jossa New York -graffiti saapuu Suomeen ja Helsinkiin 1984, mutta 1980-luvun loppua kohden graffitivastainen keskustelu lisääntyy voimakkaasti. Taidekontekstissa graffitiin suhtaudutaan pääosin hyväksyvästi, mutta taideinstituutioiden toimijat ovat ajoittain enemmän kiinnostuneita graffitin taide- ja yhteiskuntakriittisestä potentiaalista kuin graffitin nuoriso- tai alakulttuurisista ilmentymistä. Kuitenkin ensimmäiset julkiset graffitidokumentaatiot tehdään taideinstituutioiden piirissä ja Helsingissä vierailee graffititaiteilijoita New Yorkista. Ars Metro -näyttelyssä 1987 on helsinkiläistä New York -tyylistä graffitia ensimmäistä kertaa esillä taiteen kontekstissa, mutta aikalaiskritiikki suhtautuu siihen enemmän nuorisokulttuurina kuin vakavana taiteena. Graffitikulttuurin sisällä on havaittavissa myös jännite tilaustöinä tehdyn graffitin ja alakulttuurisemman graffitin välillä, kun taiteellisia tai teknisiä aspekteja korostavat graffitintekijät suhtautuvat katugraffitiin töhrynä. Samalla alakulttuurisemmin suuntautuneet graffitintekijät, erityisesti 1980-luvun lopussa, tuntuvat hylkäävän ensimmäisen graffitisukupolven auktoriteettiaseman. Foucault’n käsitteistöä seuraten helsinkiläisen 1980-luvun graffitin diskursiivisessa muodostelmassa on nähtävissä sekä graffitin hyväksyviä diskursiivisia käytäntöjä että graffitin hylkääviä diskursiivisia käytäntöjä. Aineistosta löytyy myös kolmas positio: graffitin statuksen problematisoiva näkökulma, jossa graffiti esitetään samanaikaisesti luvattomana ilkivaltana ja arvokkaana toimintana. New York -graffiti on ainoa graffitityyppi, joka synnyttää tällaisia ambivalentteja positioita.
  • Fransberg, Malin (2013)
    Avhandlingens bakgrund ligger i ett intresse för graffitisubkulturens genusperspektiv och hur den med olika kriminal politiska åtgärder legat i en konflikt i samhället. Dessutom är det en subkultur främst för män. Forskningsfrågan för studien är hur graffiti konstruerar identiteter bland unga män i en nolltoleransmiljö. En begreppsutredning görs mellan graffitikultur och graffitisubkultur, där den senare termen är den som används för studien. Avhandlings metodologi är etnografisk, där man samlat in observationsanteckningar genom att observera tågmålare i huvudstadsregionen under ett års tid mellan året 2011 och året 2012. Underobservationstiden samtalades med cirka 20 olika graffitimålare, var av en var en kvinna. Under fältarbetets gång kom fem olika graffitimålare att ha en betydande roll i undersökningen. Ett sekundärt material i studien är bilderna av tåggraffitin som kom att spela en viktig roll i integreringen till graffitisubkulturen. Genom materialet kom graffitisubkulturens kunskapsproduktion att ha en betydande roll i analysen. Den kunskap som hjälpte graffitimålarna att förstå det komplexa tågsystemet med dens möjligheter att måla den värdesattes allt mera inom subkulturen. Undersökningens resultat visar att nolltoleransen har haft en effekt på statussystem i graffitisubkulturen, där speciellt den synliga statusen, som består av famet, har påverkats. Eftersom graffiti tvättas snabbt bort har subkulturen börjat forma alternativa sätt att skapa fame genom graffitimedier. Samtidigt har graffitisubkulturen motsatt sig kommersialiseringen av graffitin, vilket speciellt kan uttryckas genom graffitimedier. Slutligen, har kontrollen av subkulturellt kunskap blivit betydande för graffitimålarens identitet och status, där man kan genom vetskapen om hur man kan måla tåg minimera riskerna för själva graffitimålandet.
  • Komonen, Pauli (2010)
    Graffiti on viime vuosikymmenten kiistanalaisimpia nuorisoilmiöitä. Suomessa toiminta alkoi 1980-luvun puolivälissä ja vakiintui nopeasti. Varhaisista vuosistaan alkaen graffiti on ollut kiivaan kaupunki- ja kontrollipoliittisen väittelyn aihe, joka herättää moraalipaniikinomaisia reaktioita. Vähän on ollut puhetta siitä, miten maalarit itse kokevat toimintansa. Tämä tutkimus paikkaa kyseistä tietovajetta. Käsiteltävinä ovat toiminnan ajallinen kehityskulku alakulttuurin sisällä, toiminnan motiivit ja graffitin suhde nykyalakulttuureista käytyyn sosiologiseen keskusteluun. Miksi maalaaminen aloitetaan? Millaista toiminta on intensiivisimmillään? Miksi kulttuurista siirrytään sivuun? Tutkimusta varten on haastateltu 15 maalaria. Aineiston perusteella graffitikulttuuri luo vahvan elämäntavallisen kokemuksen, jossa on niin esteettisiä, vastakulttuurisia, yhteisöllisiä, yksilöllisiä kuin destruktiivisiakin piirteitä. Osallisten suhtautuminen sanktioihin on pragmaattista, eikä idealistisia käsityksiä täysin vapaasta kaupunkitilasta esiinny. Laittomuus koetaan toiminnan olennaisena osana, vaikka se herättääkin ambivalentteja tuntemuksia. Sosiologisessa alakulttuurikeskustelussa niin sanottu jälkialakulttuurinen paradigma - 'post-subkulturalismi' - on problematisoinut alakulttuurin käsitteen. On ehdotettu, että alakulttuurien sijaan pitäisi puhua esimerkiksi 'elämäntyyleistä'. Aikalaisdiagnostisen keskustelun tapaan paradigma korostaa identiteettien sirpaleisuutta ja alati kiihtyvää kommunikaatiota eri medioiden välityksellä, mikä johtaa myös alakulttuurien hajaannukseen. Tutkimuksen perusteella graffiti sijoittuu kahden paradigman välimaastoon. Graffitissa on piirteitä kiinteistä, resistanteista ja homogeenisistä vanhemmista alakulttuureista, mutta samalla se sijoittuu globaaliin mediaympäristöön, jossa alakulttuurien rajat hämärtyvät. Graffititoiminta on yleensä laitonta ja ajallisesti sekä paikallisesti marginaalista. Maalarit eivät korosta alakulttuurisidonnaisuutta esimerkiksi vaatetuksella, vaan jäävät alakulttuurin ulkopuolisille tuntemattomiksi. Samalla graffitin kulttuuriset sisällöt leviävät medioiden ja maalareiden matkustelun välityksellä. Graffiti koetaan itsenäisenä alakulttuurina, vaikka sillä onkin pitkäaikainen sidos hiphop-kulttuuriin. Osa haastatelluista sukkuloi myös muissa alakulttuureissa. Toiminnan keskeisiä motivoijia on eritelty neljä: kaveriporukka, henkilökohtainen näkyvyys, esteettinen tarve luoda jotain omaa ja tuhovimma. Oma maalariporukka on tärkeä yhteisö, mutta samalla yksilöllistä mainetta tavoitellaan levittämällä omaa nimimerkkiä mahdollisimman laajalti. Adrenaliinista päihtynyt tuhovimma usein laimenee ajan myötä, kun esteettis-taiteelliset pyrkimykset korostuvat.
  • Tantarimäki, Mika (2015)
    Grafiikkaprosessorin avustama järjestäminen on hyödyllistä tilanteissa, joissa keskusyksikkö ei pysty järjestämään syötettä riittävän nopeasti, tai jos syöte on jo valmiiksi grafiikkaprosessorin muistissa muun laskennan yhteydessä. Tässä työssä käydään läpi pikajärjestämisen, kantalukujärjestämisen ja lomitusjärjestämisen peräkkäin toimivat algoritmit ja selitetään uusimpien tutkimusten perusteella, kuinka niitä sovelletaan grafiikkaprosessorille rinnakkain suoritettavaksi. Lomitusvaihtojärjestäminen toteutettiin CUDA-alustalle ja sen suorituskykyä verrattiin Thrust-kirjaston lomitus- ja kantalukujärjestämistoteutuksiin. Mittausten mukaan lomitusvaihtojärjestäminen on keskusyksikössä toimivaa pikajärjestämistä nopeampi, mutta se ei pärjää suorituskyvyssä kirjaston toteutuksiin, kun syötteen alkioiden lukumäärä kasvatetaan. Lisäksi mitattiin, miten syötteen alkioiden koon muuttaminen vaikuttaa mainittujen kolmen toteutuksen järjestämisnopeuksiin. Kokeiden mukaan kantalukujärjestäminen on nopein, kun alkiot ovat muutaman tavun kokoisia, mutta alkioiden koon kasvaessa lomitusjärjestäminen menee suorituskyvyssä edelle.
  • Röman, Linda (2020)
    Intercropping is an old agricultural practise to produce food and could be an interesting option to be utilized today. Use of legumes in mixtures can be a way to produce food more sustainably and minimize negative environmental impacts of current food production. Cultivation area of legumes have declined over recent years, due instability in yields and problems with pests and diseases. Intercropped systems can optimize use of land recourses and reduce issues with pest and disease. Furthermore, legumes could provide a more sustainable source for nitrogen than fossil fuels and more options for both feed and food production, especially for organic farming. Intercropping could also benefit diversity and add more options in crop rotations. In this field experiment intercropping with different mixtures of legumes and other non-legume crops were studied. This experiment by Swedish University of Agricultural Sciences was a part of the project Legumes for the agriculture of tomorrow (LEGATO). Project purpose was to promote and find solutions for increased and sustainable production of grain legumes in Europe. The main objectives of this thesis were to compare different crop mixtures and find benefits with intercropping, this thesis focused on peas and faba bean. Does intercropping add yield potential and can it have benefits for yield stability or pest damage. Results showed that intercropping did not benefit pea yields, but instead barley yields. Faba bean Gloria did benefit from intercropping, as did cereals. Yields indicate that more could be produced on the same area of land. Pest damage by pea moth (Cydia nigricana) had some statistical differences between treatments, but there were no similar effects on damage on faba bean by Broad bean weevil (Bruchus rufimanus).
  • Lavikka, Kari (2020)
    Visualization is an indispensable method in the exploration of genomic data. However, the current state of the art in genome browsers – a class of interactive visualization tools – limit the exploration by coupling the visual representations with specific file formats. Because the tools do not support the exploration of the visualization design space, they are difficult to adapt to atypical data. Moreover, although the tools provide interactivity, the implementations are often rudimentary, encumbering the exploration of the data. This thesis introduces GenomeSpy, an interactive genome visualization tool that improves upon the current state of the art by providing better support for exploration. The tool uses a visualization grammar that allows for implementing novel visualization designs, which can display the underlying data more effectively. Moreover, the tool implements GPU-accelerated interactions that better support navigation in the genomic space. For instance, smoothly animated transitions between loci or sample sets improve the perception of causality and help the users stay in the flow of exploration. The expressivity of the visualization grammar and the benefit of fluid interactions are validated with two case studies. The case studies demonstrate visualization of high-grade serous ovarian cancer data at different analysis phases. First, GenomeSpy is being used to create a tool for scrutinizing raw copy-number variation data along with segmentation results. Second, the segmentations along with point mutations are used in a GenomeSpy-based multi-sample visualization that allows for exploring and comparing both multiple data dimensions and samples at the same time. Although the focus has been on cancer research, the tool could be applied to other domains as well.
  • Koskiaho, Tuuli (2022)
    Tutkimukseni käsittelee kielikylpyoppilaiden ja oppilaiden, jotka eivät ole käyneet kielikylpyä, välisiä eroja ruotsin kieliopin hallinnassa. Tutkimukseni tarkoituksena on selvittää, kuinka oppilaat hallitsevat kieliopin prosessoitavuusteorian kehitystasojen mukaan ja ilmeneekö kyvyssä hallita kielioppi eroja kielikylpyoppilaiden ja ei-kielikylpyoppilaiden välillä. Kieliopin mahdollista vaikutusta myöhempään menestykseen ruotsin kielessä on tarpeen tutkia, jotta lapsille löydettäisiin varhaisessa vaiheessa mahdollisimman tehokas tapa opettaa kieltä. Tutkimuksen taustana toimiikin aiempi tutkimus toisen kielen oppimisesta, kielikylvystä ja sen vaikutuksesta koulumenestykseen. Tutkimus koostuu yhteensä neljästäkymmenestä lyhyehköstä tekstistä, joissa oppilaat kuvailevat unelmien matkaansa. Puolet teksteistä on kielikylpyoppilaiden, puolet ei-kielikylpyoppilaiden kirjoittamia. Tutkimuksen perusteella kielikylpyoppilaat hallitsivat lausetasolla kieliopin paremmin, kuin ei-kielikylpyoppilaat, mutta ei-kielikylpyoppilaat hallitsivat kieliopin hiukan paremmin sanatasolla. Eniten ongelmia prosessoitavuusteorian mitattavista osa-alueista tuotti sivulauseen sanajärjestys kummallekin ryhmälle.
  • Mäkkylä, Heidi (2017)
    Bacteria can communicate with each other using phenomenon called quorum sensing (QS). In QS the bacteria produce and release small signaling molecules which they use to communicate. Bacteria use QS in situations where it is beneficial to act on population level. QS has an important role e.g. in the formation of virulence factors and biofilms. There are several different QS systems. Gram-negative bacteria use i.a AI-1, AI-2, AI-3, and CAI-1 systems to communicate. All QS systems are based on the accumulation of signaling molecules when the bacterial concentration increases. When the concentration of signal molecules reaches the threshold level, the system activates. The activation of the signaling system then activates the expression of the genes controlled by the QS system. AI-2 signaling is assumed to be universal. That means that bacteria can use AI-2 signaling system in interspecies communication. In AI-2 signaling bacteria produce and release 4,5-dihydroxy-2,3-pentanedione (DPD) which works as a signaling molecule in the AI-2 system. Escherichia coli and Salmonella typhimurium use an ATP binding cassette ABC-type transporter to transport DPD molecules into the cell where LsrK kinase phosphorylates the DPD molecules. The phosphorylated DPD molecules bind to the LsrR regulator protein which acts as a suppressor of the lsr operon. The binding of the phosphorylated DPD molecules releases the LsrR from the lsr promoter region enabling the expression of the lsr genes. In Vibrio harveyi the surface proteins LuxP and LuxQ form a protein complex that recognizes DPD molecules. When the DPD concentration increases, the LuxPQ complex transform from kinase to phosphatase and the reaction chain, where LuxU phosphate transfer protein transfers a phosphate group from LuxO regulator protein, activates. The dephosphorylation of of LuxO releases the LuxR transcription factor and activates the expression of QS controlled genes. The aim of this thesis was to optimize two assays which can be used to screen for compounds that disrupt AI-2 signaling. The first assay was a bioreporter based assay where V. harveyi BB120 bioreporter strain was used. The second assay was protein based LsrK assay where the LsrK activity was monitored using assay kit which measures the concentration of ATP or ADP. The concentrations of bacteria, LsrK, and DPD used in the assays were optimized. The dimethyl sulfoxide (DMSO) tolerance of both assays were tested, the stability of the kits used in the LsrK assays was tested and the reaction buffer for the LsrK assay was selected from the two tested buffer options. The selected bacterial concentration for the V. harveyi BB120 assay was 100000 CFU/ml and DPD concentration 1 µM. The selected enzyme concentration for the LsrK assay was 300 nM and DPD concentration 300 µM. The tested DMSO concentrations had no effect on the kit measuring ATP but the highest concentrations tested had a small effect on the kit measuring ADP. A buffer containing triethanolamine, magnesium chloride, and bovine serum albumin was selected as the reaction buffer for the LsrK assay. Using the optimized LsrK assay, a screening was performed for a synthesized compound library. None of the compounds showed any LsrK inhibiting activity. The optimized assay was also used to make dose-response experiment to one LsrK inhibiting compound, named FIMM000642, which was found in a separate screening. The FIMM000642 dose-response as-say was also done against glycerol kinase to see if the compound would inhibit another enzyme from the same protein family or if the compound was a specific inhibitor to LsrK. FIMM000642 inhibited also the activity of glycerol kinase.
  • Vanhanen, Anne (2016)
    Tutkielman tarkoitus on selvittää mitä pieni savituotetehdas Grankullan Saviteollisuus Oy, vuodesta 1936 Kera Oy pystyi tarjoamaan siellä työskennelleille taiteilijoille. Lähtökohtana on tieto siitä, että yritys tavoittelee toiminnassaan voittoa ja että Kera Oy:n tuotannollinen toiminta lopetettiin vuonna 1958 taloudellisesti kannattamattomana. Tehtaassa työskenteli vuosien 1926–1958 aikana noin yksitoista eri taitelijaa. Yrityksen tuotanto voidaan jakaa kolmeen päätuoteryhmään, jotka olivat kukkaruukut, talous- ja koristekeramiikka. Tutkimuskohdetta tarkastellaan myös laskentatoimen näkökulmasta ja tärkeän rungon tutkimukselle muodostavat yrityksen johtokunnan kokousten pöytäkirjat. Keskeisenä lähteenä tutkimuksessa ovat yrityksessä työskennelleiden taiteilijoiden, Ritva Karpion, Viola Lindroth-Grönmarkin, Marita Lybeckin ja Valentina Modig-Manuelin haastattelut. Nämä haastattelut ovat tehty 1980-luvun loppupuolella ja ne ovat lähteinä muistitietoa. Tutkielmassa lähestytään yrityksen tarjoamia mahdollisuuksia kolmesta eri näkökulmasta, jotka ovat tuotannossa käytetty materiaali, punasavi, yrityksen johtaja-omistaja Valto Aarnio ja yrityksessä työskennelleet taiteilijat. Punasavi oli koko tuotannon perus raaka-aine ja sitä saatiin tehtaan omalta tontilta. Taitelijat saivat massat ja lasitteet sekä muotit valmiina tehtaan ammattilaisten tekeminä, eivätkä he oppineet niiden valmistusta tehtaassa. Siitä oli haittaa, kun he myöhemmin työskentelivät omissa savipajoissaan. Se, ettei tehdas pystynyt tarjoamaan muita massoja, rajoitti taiteilijoiden taiteellista ilmaisua. Omistaja-johtaja Valto Aarniolla oli kauppiastausta ja kaupallisen alan koulutus. Hän pyrki tuotannossa huomioimaan lähinnä ostavan yleisön maun, eikä taide- ja koristekeramiikassa niinkään muuttamaan sitä kuten Arabiassa tehtiin. Aluksi hän ei pitänyt koulutettuja taiteilijoita edes tarpeellisen tehtaassa. Aarnion suhtautuminen muuttui suopeammaksi, kun sisäänostajat pitivät taiteilijoiden muotoilemista tuotteista. Lopullisen päätöksen tuotantoon otettavista tuotteista teki kuitenkin Valto Aarnio. Taiteilijat saivat Taideteollisuuden keskuskoulutuksessa koulutuksen, joka tähtäsi studiokeramiikan tekoon. Koulun henki oli tehdastyön vastainen. Tehdas tarjosi taiteilijoille mahdollisuuden punasaven kanssa työskentelyyn ja he pääsivät osalliseksi ja näkemään tehtaan tuotantoprosessin saven nostosta sen polttamiseen asti. Tehdas tarjosi taiteilijoiden työskentelylle puitteet, mutta miten se ilmeni taiteilijan muotoilussa ja työurassa tehtaassa ja myöhemmin, riippui paljolti taiteilijan luovuudesta ja omista tavoitteista.
  • Ekman, Veronika (2019)
    The study explores the educational debate in Sweden by analysing how Finnish education and the Finnish school is discussed in the Swedish daily newspaper Dagens Nyheter. The aim is to investigate how education is discussed in Dagens Nyheter and in what way Finland is highlighted in the debate and what is said. The purpose is to clarify what Finland's function in the debate is. Is Sweden compared to Finland and if so, in what way? Is Finland seen as a role model or as something antiquated or something completely different? The dissertation is based on a general theory, Niklas Luhmann's systems theory and on the research theories, externalization, reference society and the role of the media in education policy by opening the contemporary diagnostic phenomenon, the Finnish school in Swedish media commentary. Previous studies have shown that it is common in today's globalized world to look at other countries in education policy and that large-scale international comparisons of education systems such as PISA (Programme for International Student Assessment) have led to other countries' results becoming reference points and legitimizing arguments in global education policy. For the empirical study, data was collected from Dagens Nyheter's digital service and archive. The material consisted of a total of 38 articles published between 2010-2018 and the news source's own search engine was utilized by using the keywords "education", "school" and "Finland". During this period, two PISA results were published in 2012 and 2015, which also significantly "heated up" the debate. After the material collection, a thematic content analysis was performed of the identified articles. The articles that highlighted Finland and Finnish education could be categorized according to three different main themes that were recurring and central to the Dagens Nyheter debate. The articles covered in Theme 1: Swedish school policy and reform debate, Theme 2: Teachers, teacher training and teacher salaries and Theme 3: PISA, learning outcomes and assessment. In addition, the function of Finland in the debate could be categorized by subcategories in which Finland's function was seen as either 1) a role model, 2) something antiquated or 3) a reference but not an influence. The study's results suggest that when Finland is seen a role model, Finland's function is a positive reference in which various good aspects of the Finnish educational system are presented and projected against the Swedish system. In addition the results show that when Finland is seen as something antiquated, it is not about Finland's function being a negative reference but more about how Sweden makes excuses to Finland's PISA success in legitimizing its own decisions. Finally, the results show that Finland's function can also be seen as a reference but not an influence when observing Finland and comparing but neither in a positive or negative sense or that Finland is seen as one among other reference countries. One can also distinguish that the education debate was "heated up" especially when new PISA results have been published and that the debate in Dagens Nyheter has been most lively during the years 2011-2012. In summary, the study results indicate that Finland is raised in the debate and has a function as a reference but that the degree of intensity varies and that it is always linked to the ever-changing dynamic between countries and who is the one referred to at that particular moment.
  • Haataja, Johnny (2015)
    Den centrala forskningsfrågan för pro gradun är: Hur påverkar boendemiljön och grannskapet det subjektiva välbefinnandet och hur starkt är sambandet? Syftet med studien är att bidra till en större förståelse inom socialt arbete för socialpolitiska frågor som stadsplanering och segregation. Genom olika kvantitativa metoder försöker jag belysa svårfångade fenomen som välbefinnande och grannskapseffekter. Materialet som jag använder är fritt tillgängligt på nätet och innehåller 54673 observationer och 586 variabler från 23 olika länder. Centrala teman jag använde i studien var en bred definition på välbefinnande, som innefattade vitalitet, själförtroende, emotionellt välbefinnande, positiv handlingsförmåga, livsnöjdhet och fysisk hälsa. Grannskapskontexten mättes med hjälp av tillit till grannar och hur man uppskattade och märkte sin omgivning och om man var rädd att vistas ute efter mörkrets intåg i sitt bostadsområde. Jag studerade också hur variationen ser ut mellan de nordiska länderna och om det finns skillnader inom Finland och Sverige. Slutligen så undersökte jag profiler på olika grupper med skilda grader av välbefinnande och trygghet i grannskapet. Jag testade för olika attityder till olika samhällsfrågor som immigration, politisk orientering och tillit till olika statliga och europeiska institutioner. Den slutsats som har kunnats dras från de olika analyserna av materialet är att grannskapet samvarierar kraftigt med det subjektiva välbefinnandet, ju högre tillit och trygghetskänsla till sin boendemiljö, desto högre känsla av välbefinnande. Variationerna mellan de nordiska länderna, visade att framför allt Danmark låg högst både vad gälde personligt och socialt välbefinnande, medan Finland hade lägsta värden. Variationer mellan regioner i Finland och Sverige. Profilerna uppvisade stora skillnader, tilliten till institutioner som parlament, polis, partier och europaparlamentet var större ju högre värden man hade på välbefinnande och garnnskapskontext. Den politiska orienteringen vänster-höger var starkt polariserad.
  • Mattsson, Josephine (2021)
    Syftet med avhandlingen är att tydliggöra gränsdragningen mellan administrativ process och straffprocess vid överträdelser av skattelagstiftningen genom att använda rättsdogmatisk metod. En överträdelse av skattelagstiftningen kan sanktioneras antingen i en administrativ process genom att påföra skatteförhöjning, eller i en straffprocess genom att utdöma en straffrättslig sanktion. I finsk rätt har en och samma överträdelse tidigare kunnat sanktioneras både på administrativ och straffprocessuell väg i vårt tvåspåriga sanktionssystem. Den allmänna uppfattningen har nämligen varit att de administrativa och straffprocessuella sanktionssystemen fungerar självständigt från varandra, varför en skattskyldig har både kunnat påföras skatteförhöjning och utdömas en straffrättslig sanktion för en och samma överträdelse av skattelagstiftningen. Detta förfaringssätt ändrades i och med utvecklingen i Europeiska människorättsdomstolens rättspraxis och skatteförhöjningsförfaranden började klassificeras som brottmålsförfaranden i den mening som avses i tilläggsprotokoll 7 artikel 4 i Europeiska konventionen om skydd för de mänskliga rättigheterna (EMRK). Det är således inte längre möjligt att både påföra skatteförhöjning och väcka åtal för en och samma överträdelse av skattelagstiftningen utan att strida mot ne bis in idem-förbudet i tilläggsprotokoll 7 artikel 4 i EMRK. Genom lagen om skatteförhöjning och tullhöjning som påförs genom ett särskilt beslut (781/2013) strävar man efter att i nationell rätt samordna påförandet av den administrativa påföljdsavgiften skatteförhöjning med straffrättsliga sanktioner, av respekt för ne bis in idem- förbudet. Efter den ovannämnda lagens ikraftträdande år 2013 har den centrala frågeställningen vid överträdelser av skattelagstiftningen varit när en överträdelse ska dirigeras in på linjen för en behandling i administrativ process och när en överträdelse istället ska dirigeras in på linjen för en behandling i straffprocess. Valet av process åläggs i praktiken Skatteförvaltningen och valet grundar sig sist och slutligen på om skatteförhöjning kan anses vara en tillräcklig påföljd. De kriterier som inverkar på bedömningen av skatteförhöjning som tillräcklig påföljd återfinns i SL 29 kap. 11 § 1 mom. Vid bedömningen fäster man speciellt uppmärksamhet vid gärningens klandervärdhet och man måste vara förutseende i bedömningen gällande vilken påföljd som kan förväntas i en straffprocess. Utgångspunkten i bedömningen är nämligen att en överträdelse alltid ska behandlas i en straffprocess i de fall då påföljden väntas vara fängelsestraff. Utifrån en analys av rättspraxis på området för skattebedrägeri kan konstateras att den viktigaste bedömningsgrunden vid valet av process är beloppet av den undvikna skatten som hänför sig till gärningen, men att också andra bedömningsgrunder i större utsträckning bör beaktas vid valet av process. Andra bedömningsgrunder är exempelvis sådana övriga omständigheter som visar på gärningens allvarlighet och klandervärdhet och därmed dess behov av behandling i en straffprocess. Att beakta också andra grunder än beloppet av undviken skatt är speciellt viktigt vid gränsdragningen gentemot skattebedrägeri av normalgraden (SL 29 kap. 1 §). För skattebedrägeri av normalgraden finns inte någon fastställd penningmässig gräns för beloppet av undviken skatt så som det finns för grovt skattebedrägeri (SL 29 kap. 2 §). Övriga faktorer som inverkar på gärningens grad av allvarlighet och klandervärdhet kan exempelvis vara att gärningen är en del av eller förknippad med en mer omfattande helhet av brottslighet, att det i anknytning till överträdelsen hänför sig ett näringsförbud eller att gärningen har upprepats. Bedömningen av tillräcklig påföljd grundar sig på en helhetsbedömning, i vilken fallets alla omständigheter beaktas. Bedömningen av tillräcklig påföljd och valet av process förutsätter ett effektivt myndighetssamarbete mellan de inblandade myndigheterna. Myndighetssamarbetet vid utredningen och sanktioneringen av överträdelser av skattelagstiftningen innebär i praktiken ett effektivt informationsutbyte, genom vilket en myndighet kan utnyttja sådan information som andra myndigheter besitter i myndighetens eget beslutsfattande. För valet av process vid en överträdelse av skattelagstiftningen förutsätts dessutom ett kommunikativt samarbete myndigheter emellan där gärningens grad av klandervärdhet och den förväntade påföljden i en straffprocess diskuteras med t.ex. Åklagarmyndigheten.