Browsing by department "Soveltavan kemian ja mikrobiologian laitos"
Now showing items 1-10 of 10
-
(2010)3-Chloro-1,2-propanediol (3-MCPD) and its esterified forms are food-borne contaminants. The chemical properties of fatty acid esters of 3-MCPD and their formation in foodstuffs as well as the analytical methods used to detect them were reviewed. The aim of the experimental work was to compare the analytical methods used to detect 3- MCPD esters and to obtain a method for detection of 3-MCPD fatty acid esters in Finnish Food Safety Authority (EVIRA). Synthesised 3-MCPD palmitate esters and palm oil samples were used to detect differences between the methods. Decomposition of 3-MCPD during hydrolysis with sodium methoxide was studied as well as the formation of excess 3- MCPD in palm oil samples during acid hydrolysis. 3-MCPD fatty acid esters were determined as free 3-MCPD by GC-MS after hydrolysis and derivatisation with phenylboronic acid. Free 3-MCPD was cleaved from 3-MCPD esters using acidic hydrolysis with sulphuric acid and methanol or transesterification with sodium methoxide. The amount of 3-MCPD obtained after the hydrolysis of synthesised 3-MCPD esters with sodium methoxide was only 45 % of that obtained after acid hydrolysis. There was a statistical difference between the means at a 95 % level of significance. The formation of excess 3-MCPD during acid hydrolysis was not proven from the results obtained from the palm oil samples. Results showed the opposite, as the amount of 3-MCPD obtained was larger after hydrolysis with sodium methoxide. The precision of the results was poor possibly due to a large systematic error and should be renewed in the future. The results showed there is a significant difference between the two methods of hydrolysis and that the choice between the methods can influence the recovery of the 3-MCPD esters.
-
(2009)Environmental concerns and limited availability of fossil hydrocarbons have boosted the research of renewable feedstocks and their processing into fuels and chemicals. Currently, vast majority of transportation fuels and bulk chemicals are refined from crude oil, but renewable lignocellulosic plant biomass has long been recognised as potential feedstock for liquid fuel and chemical production. Several alternative processes exist for biomass refining, lignocellulose-to-ethanol process being among the most studied processes. First, lignocellulose is pretreated in order to deconstruct the recalcitrant structures of plant cell walls and expose cellulosic fibrils. Subsequently, biotechnical process utilises cellulolytic enzymes of fungal origin to depolymerise cellulose down to glucose monomers and oligomers. Monomeric sugars serve as a source for platform chemicals in further conversions. Lignocellulose consists mainly of cellulose, hemicellulose and lignin. It is generally accepted that lignin has an inhibitory effect during enzymatic hydrolysis of cellulose and part of this effect is caused by irreversible cellulase adsorption on lignin. Fungal cellulase system consists of several enzyme components that contribute to the effective degradation of insoluble cellulosic substrate. Cellulases are traditionally divided to three groups according to enzymatic activity: exoglucanases, endoglucanases and ?-glucosidases. Different enzyme components are shown to have different affinity to lignin which enables screening or engineering of weak lignin-binding enzymes. However, too little is still known about enzyme-lignin interactions and competitive nature of enzyme binding on lignin. In this study, lignin-rich residues were isolated from steam pretreated spruce (SPS) using three different methods: enzymatic hydrolysis, acid hydrolysis and alkali extraction. Lignin residues were characterized and used in adsorption studies with commercial cellulase preparations from Trichoderma reesei (Celluclast 1.5L) and Aspergillus niger (Novozym 188). Enzyme activity measurements and protein analytics were employed to reveal competitive adsorption of cellulases and catalytic activity of solid-bound enzymes. Results showed that T. reesei enzymes had high affinity on lignocellulosic SPS and all SPS-derived lignins, but enzyme activity measurements revealed considerably divergent competitive adsorption patterns. Among all the isolated lignins, lignin-rich residue obtained by enzymatic hydrolysis of SPS and subsequent protease purification was evaluated as most suited adsorption substrate for further adsorption studies and screening purposes. ?-glucosidases from T. reesei and A. niger were shown to have highly distinctive adsorption behaviour on the lignin-rich substrates: A. niger ?-glucosidase lacked affinity to lignin, whereas T. reesei ?-glucosidase adsorbed to all lignin-rich particles. Lignin-bound Trichoderma reesei endoglucanases and CBH I exoglucanase were shown to retained high activity towards soluble substrates used in activity measurements. On the contrary, same enzymes were unable to processively hydrolyze insoluble crystalline cellulose.
-
(2009)Heterobasidion annosum on merkittävä kasvipatogeeni boreaalisella havumetsävyöhykkeellä ympäri maailman. Pelkästään Euroopassa H. annosum aiheuttaa 800 miljoonan euron taloudelliset tappiot vuosittain. Sienen torjumiseksi on käytetty menetelmiä, joiden tehon pelätään laskevan sienen sopeutumisen vuoksi, ja on syntynyt tarve kehittää uusia toimintatapoja sienen torjumiseksi. Sieniviruksia tavataan H. annosumilla. Noin 6–16 % sienistä sisältää partitivirusten perheeseen kuuluvan viruksen, joka koostuu kahdesta n. 2000 bp:n genomisegmentistä. Eri H. annosum sienikantojen virusten toivotaan aiheuttavan toisilla saman lajin edustajilla hypovirulenssia, jolloin niiden patogeenisyys vähenee. Tutkimuksessa sekvensoitiin kiinalaisen H. parviporumin dsRNA-viruksen RNA-riippuvaista RNA-polymeraasia koodaavan geenin osittainen sekvenssi, ja se annotoitiin. Lisäksi kokeiltiin viruksen siirtymistä 18 sienikannan välillä, ja siirtyminen havaittiin kahdella sienikannalla. Tutkimuksessa löydettiin uusi dsRNA partitivirus, jonka RNA riipuvaista RNA polymeraasia koodaavan geenin osittainen sekvenssi selvitettiin. Lisäksi havaittiin viruksen (dsRNA:n) siirtyvän kiinalaisesta H. parviporum sienestä pohjoisamerikkalaiseen H. annosum Nam/P-tyypin sieneen, sekä yllättäen myös kiinalaiseen H. insulare sieneen. Lisäksi kokeiltiin uutta polyvinyylipolypyrrolidonikemikaaliin perustuvaa dsRNA-eristysmenetelmää, joka voitiin osoittaa toimivaksi.
-
(2008)The purpose of this work was to identify some of the genes of the catabolic route of L-rhamnose in the yeast Pichia stipitis. There are at least two distinctly different pathways for L-rhamnose catabolism. The one described in bacteria has phosphorylated intermediates and the enzymes and the genes of this route have been described. The pathway described in yeast does not have phosphorylated intermediates. The intermediates and the enzymes of this pathway are known but none of the genes have been identified. The work was started by purifying the L-rhamnose dehydrogenase, which oxidates L-rhamnose to rhamnonic acid-gamma-lactone. NAD is used as a cofactor in this reaction. A DEAE ion exchange column was used for purification. The active fraction was further purified using a non-denaturing PAGE and the active protein identified by zymogram staining. In the last step the protein was separated in a SDS-PAGE, the protein band trypsinated and analysed by MALDI-TOF MS. This resulted in the identification of the corresponding gene, RHA1, which was then, after a codon change, expressed in Saccharomyces cerevisiae. Also C- or N-terminal histidine tags were added but as the activity of the enzyme was lost or strongly reduced these were not used. The kinetic properties of the protein were analysed in the cell extract. Substrate specifity was tested with different sugars; L-rhamnose, L-lyxose and L-mannose were oxidated by the enzyme. Vmax values were 180 nkat/mg, 160 nkat/mg and 72 nkat/mg, respectively. The highest affinity was towards L-rhamnose, the Km value being 0.9 mM. Lower affinities were obtained with L-lyxose, Km 4.3 mM, and L-mannose Km 25 mM. Northern analysis was done to study the transcription of RHA1 with different carbon sources. Transcription was observed only on L-rhamnose suggesting that RHA1 expression is L-rhamnose induced. A RHA1 deletion cassette for P. stipitis was constructed but the cassette had integrated randomly and not targeted to delete the RHA1 gene. Enzyme assays for L-lactaldehyde dehydrogenase were done similarly to L-rhamnose dehydrogenase assays. NAD is used as a cofactor also in this reaction where L-lactaldehyde is oxidised to L-lactate. The observed enzyme activities were very low and the activity was lost during the purification procedures.
-
(2009)Methylation analysis by Ciucanu and Kerek (1984) and Hakomori (1964) and the meaning of circumstances in the reaction, reaction parameters and structure of the sample were reviewed in this study. The experimental work consisted of methylation analysis of glucose, cellobiose, isomaltose, pullulan, commercial dextran and dextrans produced by lactic acid bacteria Weissella confusa and Leuconostoc citreum. The success of the methylation was controlled using the IR-method. Methylated samples were treated by methanolysis and acid hydrolysis. The structure analyses were carried out with GC-MSspectra. Two different columns: DB-1 and HP-5 were compared in the GC-analysis. Two hours methylation in the ultrasonic bath gave good methylation results. It was easy to control the methylation by IR-method. OH-peak (3400 cm-1) was absent and CH3- peaks (2900 and 2800 cm-1) were high after successful methylation. IR-spectroscopy is a valuable tool to check if methylation has been successful. Samples could be remethylated before hydrolysis and derivation if necessary. After methanolysis there were ?- and ?-pyranose forms from each methylated monosaccharides. Due to reduction after the acid hydrolysis method, there was only one methylated form from each product. The structures of glucose, cellobiose, isomaltose and pullulan were solved by both hydrolysis methods. Recovery of these samples was good but the deviation was large. The structure of commercial dextran and dextran produced by W. confusa were solved by methanolysis method and partly by acid hydrolysis method. Recovery of these samples was poor. The methylation succeeded only in one of the dextran samples produced by L. citreum. The methylation analysis of dextrans could be developed in the future by increasing the temperature and the time of mixing and by adding some glycerol.
-
(2006)Johdanto Korkeat aterianjälkeiset veren glukoosipitoisuushuiput ovat haitallisia verisuonille jo ennen varsinaisten diabeteskriteerien täyttymistä. Valitsemalla alhaisen glykemiaindeksin (GI) hiilihydraatteja ruokavalioon, voidaan veren glukoosipitoisuutta alentaa diabeetikoilla. Tyypin 2 diabeteksen lisääntymisen takia on tarpeellista etsiä keinoja ehkäistä sairauden puhkeamista riskiryhmissä. Glukoosimonitorilla on mahdollista seurata aiempaa tarkemmin glykemiaindeksin vaikutusta veren glukoosipitoisuuteen. Tavoitteet Selvittää, miten korvaamalla ruokavalion tavanomaiset hiilihydraatit joko korkean tai alhaisen GI:n hiilihydraateilla voidaan vaikuttaa vuorokauden keskiglukoosipitoisuuteen. Lisäksi tavoitteena oli selvittää, voidaanko vain hiilihydraattien laatua muuttamalla, puuttumatta niiden määrään tai muuhun ruokavalioon, vaikuttaa glukoosiaineenvaihduntaan henkilöillä, joilla on heikentynyt glukoosin sieto. Tutkittavat ja menetelmät Tutkimus toteutettiin satunnaistettuna vaihtovuorokokeena, jossa tutkittavina oli 56 51-73-vuotiasta henkilöä, joista naisia oli 41 ja miehiä 15. Tutkittavilla oli heikentynyt glukoosinsieto tai ruokavaliohoitoinen tyypin 2 diabetes. Tutkittavat korvasivat ruokavalionsa päähiilihydraatit 7-10 vuorokauden ajaksi glykemiaindeksiltään joko alhaiseksi (GI = 38) tai korkeaksi (GI = 72) arvioiduilla tutkimushiilihydraateilla. Kolmen viimeisen vuorokauden ajaksi tutkittaville asennettiin glukoosimonitoriin kytketty ihonalainen sensori, joka mittasi kudosnesteen glukoosipitoisuutta ja tutkimusjaksojen lopuksi tutkittaville tehtiin oraalinen glukoosirasituskoe. Tulokset Alhaisen GI:n ruokavaliolla kahden vuorokauden glukoosikäyrien alainen pinta-ala oli pienempi kuin korkean GI:n ruokavaliolla (16487 vs. 17270 mmol/l*48h; p = 0,009, n = 47). Vastaavasti kahden vuorokauden keskiglukoosipitoisuudet olivat 5,7 mmol/l ja 6,0 mmol/l, p = 0,009, n = 47. Glykosyloitunut hemoglobiini oli alhaisen GI:n ruokavalion jälkeen pienempi (5,33% vs. 5,38 %, p = 0,017, n = 53). Tutkittavien paino pieneni kummallakin ruokavaliolla; alhaisen GI:n ruokavaliolla 1,02 kg ja korkean GI:n ruokavaliolla 0,31 kg (p alle 0,001, n = 56). Vaikutusta plasman paastoglukoosiin ja seerumin paastoinsuliiniin ei ollut. Johtopäätökset Korvaamalla ruokavalion päähiilihydraatit alhaisen GI:n hiilihydraateilla, voidaan pitkäaikaista glukoositasoa pienentää ja näin ollen mahdollisesti ehkäistä heikentyneen glukoosinsiedon kehittymistä tyypin 2 diabetekseksi. Koska paastoglukoosipitoisuus ja paastoinsuliinipitoisuus eivät muuttuneet, lienee erityisesti aterianjälkeisillä glukoosihuipuilla merkitystä elimistön pitkäaikaiselle glukoositasolle henkilöillä, joilla on heikentynyt glukoosinsieto.
-
(2009)Työn tarkoituksena oli pystyttää reaaliaikainen PCR-menetelmä enterohemorraagisten Escherichia coli (EHEC) seroryhmien O26, O55, O91, O111, O113, O145 ja O157 sekä H7-antigeenin ja virulenssigeenien stx1, stx2 ja hlyA nopeampaa havaitsemista varten. Työssä testattiin menetelmän soveltuvuutta EHEC-bakteerien havaitsemiseen 45 puhdasviljelmäkannan lisäksi myös seitsemästä sekaviljelmästä, joista yksi oli Nokian vesiepidemian vesinäyte. Puhdasviljelmäkannat ja kuusi muuta sekaviljelmää olivat peräisin sairaaloista vuosien 1996-2007 välisenä aikana lähetetyiltä sekaviljelmämaljoilta. EHEC-bakteerit kuuluvat suolistotulehduksia aiheuttaviin E. coli-bakteereihin. Ne ovat suolistotulehduksia aiheuttavista E. coli-ryhmistä tärkein elintarvikevälitteisten ripulien aiheuttaja Suomessa ja muissa länsimaissa. EHEC-bakteerit leviävät pääasiallisesti elintarvikkeiden ja juomaveden kautta, vaikkakin alkuperäinen kontaminaatio on aina saanut alkunsa ihmisen tai eläimen ulosteesta. EHEC-infektion voi saada jo 10–100 bakteerista ja sen onkin todettu tarttuneen ihmisestä toiseen. Bakteerin tärkein reservuaari on nautakarjan ja muiden märehtijöiden suolistossa. EHEC-infektioita tavataan yleensä n. 10–20 tapausta vuosittain Suomessa. Suomessa, kuin myös maailmanlaajuisesti, yleisin epidemioita aiheuttanut EHEC-kanta on tähän mennessä kuulunut O157:H7-serotyyppiin. Muita tärkeitä epidemioita aiheuttaneita O-seroryhmiä Suomessa ja muualla maailmalla ovat olleet seroryhmät O26, O103, O111 ja O145. EHEC-bakteeri aiheuttaa vesiripulia, mutta potilaat voivat kärsiä myös vatsakivuista ja oksentelusta. Osalla ihmisistä vesiripuli voi muuttua myös veriripuliksi (Hemorragic Colitis, HC). Jotkut voivat olla myös oireettomia kantajia. EHEC-bakteerin aiheuttama ripuli voi kehittyä hemolyyttis ureeminen oireyhtymä (haemoltyic uremic syndrome, HUS- jälkitaudiksi, jonka oireina ovat akuutit munuaisvaurioit, mikroangiopaattinen hemolyyttinen anemia ja trombosytopenia. Aikuisilla voi esiintyä myös HUS:n tromboottiseksi trombosytopeeniseksi purppuraksi (trombotic trombocytopenic purpura, TTP) kutsuttua muotoa. HUS:n riskiryhmään kuuluvat alle viisivuotiaat lapset ja vanhukset. EHEC-bakteerin aiheuttama tauti luokitellaan Suomessa yleisvaarallisiin tartuntatauteihin. EHEC-bakteerin virulenssitekijöihin lukeutuu shigatoksiinin tuottogeenien (stx1- ja stx2-geenit) lisäksi myös Enterohemolysiinin tuottogeeni (hly-geeni) ja LEE (Locus of Enterocyte Effacement)-patogeenisuus saareke, joka sisältää mm. tir- ja eae-geenit, jotka määräävät proteiineja, joiden välityksellä EHEC-bakteeri kiinnittyy suolen epiteeliin. Shigatoksiineja pidetään oireiden pääasiallisena aiheuttajana. Tässä työssä testattu reaaliaikainen PCR-menetelmä (Real-Time PCR) on uusimpia EHEC-bakteerin tunnistamiseen käytetyistä menetelmistä. Menetelmä hyödyntää fluoresoivia koettimia, jotka toimivat fluoresenssi resonanssilla eli energian siirtymisellä (Fluorescense Resonance Energy Transfer, FRET) kahden fluoresoivan leiman kesken. Menetelmä mahdollistaa PCR-tuotteen analysoimisen monistamisen yhteydessä ja vähentää analysoimisen aikana syntyvän kontaminaatioriskin lisäksi myös turvallisuusriskiä, kun tulosten visualisoinnissa ei tarvitse käyttää karsinogeenista Etidiumbromidia (EtBr). Tässä työssä menetelmällä saadut tulokset olivat toistettavia ja vastasivat aiemmin monialukkeisella PCRmenetelmällä ja agglutinaatiotekniikalla saatuja tuloksia. Sekaviljelmiä testatessa reaaliaikaisen PCR-menetelmän kanssa samanaikaisesti rinnakkain tehty monialukkeinen PCR-menetelmä antoi myös yhtenevät tulokset. Reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui monialukkeista PCR-menetelmää ja agglutinaatiotekniikkaa huomattavasti nopeammaksi menetelmäksi, joka mahdollistaa nopeamman diagnoosin, joka on tärkeää HUS-jälkitautia sairastavien potilaiden hoidon kannalta.
-
(1998)S. milleri -ryhmän bakteerit ovat osa ihmisen suun, nielun, suoliston ja genitaalialueen normaaliflooran bakteeristoa. Kommensaalien lisäksi ryhmään kuuluu myös merkittäviä patogeenejä, jotka esiintyvät varsin runsaina löydöksinä monenlaisissa märkivissä infektioissa. Ryhmään kuuluu kolme lajia: S. anginosus, S. constellatus ja S. intermedius. Lajit ovat varsin samankaltaisia ja raportoidaankin usein vain ryhmänimellä. Lajit ovat kuitenkin erotettavissa, sillä ne eroavat toisistaan tuottamiensa entsyymien suhteen ja esiintyvyydessään kehon eri osissa. Työn tarkoituksena oli tunnistaa erityyppisistä kliinisistä infektioista otetuista näytteistä eristettyjä S. milleri -ryhmään luokiteltuja kantoja lajitasolle ja selvittää niiden esiintymisyleisyyttä näissä infektioissa. Näytteenottopaikat jaettiin viiteen ryhmään: naisten urogenitaalialue (15 kantaa), miesten urogenitaalialue (8 kantaa), oraaliset (28 kantaa), umpisuoli (34 kantaa) ja "muut" (12 kantaa). Lajitunnistuksen lisäksi selvitettiin kantojen hemolyyttisyys ja mahdollinen Lancefield-seroryhmä (A, C, F, G). Lajien erottelu perustuu eroihin bakteerien kyvyissä hajottaa tiettyjä substraatteja (entsyymiprofilointi), hemolyyttisyys määritettiin verimaljalla ja seroryhmitys tehtiin kaupallisella vasta-aine-sakkautumistestillä (Streptex latex Z1- 50). Työssä testattiin käytössä olevia ja kehiteltiin uusia, lähinnä ennalta muodostuneiden entsyymien tunnistamiseen perustuvia erottelumenetelmiä. Vertailtavina oli kolme entsyymiprofiliontimenetelmää, joista yksi on fluorogeeninen (4-Metyyli-umbelliferyyli-subtraatit) ja kaksi kromogeenistä (Weetabs ja RoscoDiagnostic tablets). Kannoilta määritettiin seuraavat aktiivisuudet: ?-fukosidaasi, (?-glukosidaasi, glukosidaasi, ?-galaktosidaaasi, ?-N-asetyyli-galaktosaminidaasi, ?-N-asetyyli-glukosaminidaasi, sialidaasi ja hyaluronidaasi. Työhön sisältyy myös erilaisten kasvatusalustojen sekä pH:n vaikutusten arviointia bakteerienentsyymiaktiivisuuksiin ja testituloksiin. Lisäksi työssä testattiin kromatografisensoluseinärasvahappoanalyysin soveltuvuutta lajien erotteluun. Menetelmiä tarkasteltiin herkkyyden sekäkäytännön suorittamisen ja aiheutuvien kustannusten kannalta. Asetetut tavoitteet saavutettiin. Kaikki käytetyt menetelmät osoittautuivat toimiviksi. Entsyymitestien tuloksetkorreloivat keskenään ja kirjallisuuden kanssa hyvin. Kannat karakterisoitiin, tunnistettiin lajitasolle ja lajiensiintyvyyttä kehon eri osissa voitiin vertailla. Mikään entsyymitesti ei osoittautunut ylivoimaisesti parhaaksi tai huonoimmaksi, vaikkakin yksittäistensubstraattien kohdalla eri testien herkkyydet vaihtelivatkin huomattavasti. Rasvahappoanalyysi ei erotellutkantoja toivotulla tavalla, joten sen käytöstä luovuttiin työn melko varhaisessa vaiheessa. Tutkituista 97 S. milleri -kannasta tunnistettiin 58 S. anginosus-kantaa, 29 S. constellatus-kantaa ja 10 S.ntermedius-kantaa. Eri lajit noudattivat entsyymiprofiiliaan muutamaa poikkeusta lukuunottamatta hyvinkinsäännöllisesti. Lajien sisäinen variaatio hemolyysiominaisuuksissa oli merkittävää ja S. inilleri -ryhmän erilajien sekä hemolyysisltään ja seroryhmältään erilaisten kantojen esiintyvyydessä kehon eri osissa havaittiinselkeitä eroja.
-
(2005)Suomalaisia vegaaniäitejä ja lapsia ei ole aiemmin tutkittu ravitsemustieteen näkökulmasta. Suomalaisilla suosituksissa (Valtion ravitsemusneuvottelukunta, Sosiaali- ja terveysministeriö) lasten ja äitien vegaaniruokavalioon suhtaudutaan varauksellisesti. Pohjois-Amerikassa mm. American Dietetic Association ja American Academy of Pediatrics sen sijaan pitävät vegaaniruokavaliota ravitsemuksellisesti riittävänä myös raskauden ja imetyksen aikana sekä pikkulapsilla. Suomalainen tutkimustieto on tarpeen mm. laadittaessa uusia suosituksia tulevaisuudessa. Tutkimukseen osallistui 14 perhettä. Vegaaniruokavaliota oli noudatettu 11 raskauden ja imetyksen ajan. Syntymästään saakka vegaanilapsia oli 13. Menetelmänä oli kolmeosainen kyselylomake, jonka tutkittavat palauttivat postitse. Raskaus- ja imetysaikaa tarkastellessani käytin vertailuaineistona niitä seitsemää raskautta, jotka eivät täyttäneet vegaaniruokavalion määritelmää, mutta joiden aikana oli syöty tavanomaista sekaruokavaliota kasvispainotteisemmin. Tutkimukseen osallistuneet olivat koulutettuja ja suurin osa asui kaupungissa. Lapset olivat iältään keskimäärin 1 ½-vuotiaita (vaihteluväli pariviikkoisesta 5-vuotiaaseen). Perheet olivat etsineet itse aktiivisesti tietoa ravitsemusasioista ja tietoa oli saatu myös Vegaaniliitosta. Virallinen terveydenhuolto ei ollut juurikaan pystynyt tarjoamaan tietoa: kahdeksan perhettä oli käynyt ravitsemusterapeutin vastaanotolla, mutta vain yksi ilmoitti saaneensa tietoa sitä kautta. Useimmiten perheen ruokavalio oli herättänyt hämmennystä ja epätietoisuutta terveydenhuollossa. Jotkut olivat kokeneet erittäin negatiivista suhtautumista, etenkin lääkärien taholta, mutta myös myönteisiä kokemuksia oli. Vegaaniäitien keskimääräinen painonnousu raskauden aikana oli normaali ja lapset olivat syntyneet normaalipainoisina. Lasten kasvu oli normaalia. Kaikki äidit olivat huolehtineet D- ja B12-saannista. Myös kaikki lapset saivat ko. vitamiinitäydennyksiä lukuun ottamatta yhtä epäselvää tapausta D-vitamiinin suhteen. Vegaaniäidit imettivät pitkään ja olivat lähempänä imetyssuosituksia kuin suomalaiset yleensä. Tämän tutkimuksen perusteella suomalaisissa vegaaniperheissä ollaan tietoisia D- ja B12-vitamiinien tärkeydestä ja ravitsemusasioista yleensä. Sellaisia ongelmia ei noussut esille, etteikö ruokavaliota voisi suositella
-
(2008)Anabaena is a common member of the phytoplankton in lakes, reservoirs and ponds throughout the world. This is a filamentous, nitrogen-fixing cyanobacterial genus and is frequently present in the lakes of Finland. Anabaena sp. strain 90 was isolated from Lake Vesijärvi and produces microcystins, anabaenopeptilides and anabaenopeptins. A whole genome shotgun sequencing project was undertaken to obtain the complete genome of this organism in order to better understand the physiology and environmental impact of toxic cyanobacteria. This work describes the genome assembly and finishing, the genome structure, and the results of intensive computational analysis of the Anabaena sp. strain 90 genome. Altogether 119,316 sequence reads were generated from 3 genomic libraries with 2, 6 and 40 kb inserts from high throughput Sanger sequencing. The software package Phred/Phrap/Consed was used for whole genome assembly and finishing. A combinatorial PCR method was used to establish relationships between remaining contigs after thorough scaffolding and gap-filling. The final assembly results show that there is a single 4.3 Mb circular chromosome and 4 circular plasmids with sizes of 820, 80, 56 and 20 kb respectively. Together, these 4 plasmids comprise nearly one-fifth of the total genome. Genomic variations in the form of 79 single nucleotide polymorphisms and 3 sequence indels were identified from the assembly results. Sequence analysis revealed that 7.5 percent of the Anabaena sp. strain 90 genome consists of repetitive DNA elements. The genome sequence of Anabaena sp. strain 90 provides a more solid basis for further studies of bioactive compound production, photosynthesis, nitrogen fixation and akinete formation in cyanobacteria.
Now showing items 1-10 of 10