Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

  • Koskinen, Heli (2001)
    Tutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa MIPSin ja ekologisen selkärepun käyttöön tuotteiden potentiaalisten ympäristövaikutusten vertailun menetelminä liittyviä ongelmia. Näkökulmana oli menetelmäkritiikki ja menetelmänä laadullinen sisällönanalyysi aiemmin esitetystä suoraan ja epäsuorasti MIPSiin ja ekologiseen selkäreppuun kohdistuvasta kritiikistä. Aineisto kerättiin pääasiassa tieteellisistä julkaisuista. Kritiikki lajiteltiin aihepiireittäin, sen pätevyyttä ja epäsuoran kritiikin sovellettavuutta arvioitiin ja sitä täydennettiin paikoin omalla kritiikillä. Analyysissä nousi esiin monentyyppisiä ongelmia, joista osa kyseenalaistaa voimakkaasti MIPSin ja ekologisen selkärepun käyttökelpoisuuden. Indikaattorien jakaminen viiteen luokkaan ei ole tuonut ongelmiin helpotusta. Entropia ei tarjoa MIPSille ja ekologiselle selkärepulle pitävää teoriataustaa, eikä ole perusteita olettaa aineen määrän olevan ratkaisevassa asemassa ympäristövaikutusten suuruuden kannalta, kun muutkin tekijät muuttuvat. Näin aggregoidun massan käytölle potentiaalisten ympäristövaikutusten suuruuden mittarina ei ole teoreettisia perusteita. MIPS ja ekologinen selkäreppu eivät eksplisiittisesti arvioi materiaalivirtojen ympäristövaikutuksia. Ne eivät kykene kuvaamaan tuotteen aiheuttamien ympäristövaikutusten määrää, koska ne käytännössä antavat saman painoarvon kaikille päästöille luontoon ja poistoille sieltä huolimatta niiden yksilöllisistä ja suuruudeltaan toisistaan paljon poikkeavista ympäristövaikutuksista. Koska MIPS ja ekologinen selkäreppu eivät kykene arvioimaan ympäristövaikutuksia suoraan, eikä aggregoidun massan käytölle välillisessä arvioinnissa ole pitävää teoriaperustaa, ne eivät ole tuotteiden ympäristövaikutusten indikaattoreita. Sen sijaan ne indikoivat tuotteiden haitallisuutta dematerialisaatiotavoitteen kannalta. Dematerialisaation nostamiselle tuotelähtöisen ympäristön-suojelun ensisijaiseksi tavoitteeksi ei ole perusteita. MIPS ja ekologinen selkäreppu käyttävät sisäänrakennettua arvottamista, jolloin arvovalinnat on tehty käyttäjän puolesta. Arvovalintoja ei kuitenkaan tulisi piilottaa tai jättää indikaattorien kehittäjille. MIPS ja ekologinen selkäreppu ovat äärimmäisessä yksinkertaisuudessaan menetelmiä, jotka eivät vaadi arvioinnin tekijöiltä tai päätöksentekijöiltä käsillä olevien ongelmien ymmärtämistä tai niiden merkityksen arviointia. Neeivät myöskään mahdollista eturyhmien osallistumista arviointiprosessiin. Dematerialisaation ainoaksi tavoitteeksi asettamisen taustalla oleva käsitys ympäristöongelmista voi jäädä käyttäjälle hämäräksi. Tämä on ongelmallista, sillä MIPS ja ekologinen selkäreppu arvottavat kaikki päästö- ja poistokilogrammat samanarvoisiksi, mikä on järjetöntä ellei käyttäjä ole nimenomaisesti halunnut asettaa dematerialisaatiota ainoaksitavoitteeksi. Näiden merkittävimpien ongelmien lisäksi relevanteiksi ongelmiksi osoittautuivat epävarmuuksien arvioinnin puute, datan keräämisen ja valmiiden tietokantojen käytön ongelmat, rajausten erot ja keinotekoinen rajanveto ihmisen ja luonnon systeemien välillä sekä menetelmien vaatima työmäärä.
  • Tiilikainen, Joni (2018)
    nxiety disorders are the most common psychiatric disorders. Iiris Hovatta’s group (Neurogenomics lab) uses inbred mice to study effects of psychosocial stress. Mice can be divided to susceptible and resilient phenotypes, based on their behavioral response to psychosocial stress. Differences between phenotypes can be examined for example on brain structural or transcriptional levels. These studies have shown changes in brain myelination and expression levels of myelin-related genes between phenotypes. Transcriptomic studies have also revealed differences in microRNA (miRNA) expression profiles. Especially miR-219a, a known regulator of myelination, appears to be differentially expressed. Bioinformatic studies also revealed that many predicted target genes of miR-219a are connected to Wnt/β-catenin signaling pathway, which is also known to regulate myelination. This led to a hypothesis that miR-219a regulates myelination through Wnt/β-catenin signaling pathway in adult mouse brain. Prediction of miRNA target genes is based on algorithms using varying criteria, and their biological significance is uncertain. Assumptions about the biological role of specific miRNA require experimental validation of the silencing interaction between the miRNA and the target gene mRNA. The purpose of this study was to validate five Wnt-signaling related mouse genes (Gsk3b, Esr1, Tcf7l2, Fkbp5 and Acvr1b) as targets for miR-219a-5p or miR-219a-1-3p. For validation a luciferase-reporter assay was used, in which the target sequence of the gene’s mRNA is cloned to a reporter vector, then cotransfected to cultured cells (human HEK293 cells) with a miRNA-mimic. The light emitting luciferase activity is measured to examine the possible silencing effect of the miRNA. Results of this study showed that miR-219a mimics did silence the expression of the target genes. Although some variation was observed in the efficiency of silencing between the genes and based on the mimic concentration. The most efficient silencing was observed between miR-219a-5p and Gsk3b construct. These results implicate that miR-219a regulates several genes related to Wnt/β-catenin pathway, and that stress-related differences in its expression may be associated to differential myelination observed between phenotypes that react differentially to psychosocial stress.
  • Carpelan, Mathilda (2022)
    Studerande i början av sina akademiska studier har en varierande nivå av förhandskunskaper och det är väl rapporterat inom pedagogisk forskning att den tidigare kunskapen påverkar studerandens inlärning av olika koncept. Den konstruktivistiska inlärningsteorins grundprincip är att all ny kunskap byggs ovanpå den tidigare kunskapen och därför kan den tidigare kunskapen i stor mån förutspå hur väl inlärningen sker. Teorier kring konceptuell förändring bygger vidare på den konstruktivistiska inlärningsteorin och förklarar konceptuell förändring som den delen av inlärningen där mottagningen av den nya kunskapen leder till en omorganisering av den tidigare erfarna kunskapen, så att den tidigare kunskapen bearbetas och revideras så att den passar in med den nya kunskapen. De olika teorierna kring konceptuell förändring lyfter också fram att den tidigare kunskapen kan stå i strid med den nya kunskapen, och att det i dessa fall kan leda till att inlärningen av den nya kunskapen försvåras. I denna avhandling används begreppet missuppfattningar då man avser förståelse av koncept där tidigare kunskap står i strid med den nya kunskapen. Missuppfattningar kan delas in i faktuella och robusta missuppfattningar baserat på hur grova de är och i fyra olika kategorier enligt deras typ: felaktiga antaganden, bristfälliga mentala modeller, misskategorisering och avsaknad av schema. Denna studie undersökte utvecklingen av studerandes förståelse mellan det första, andra och tredje akademiska studieåret och förekomsten av missuppfattningar under det tredje akademiska studieåret. Studerandena som deltog i studien började studera i kandidatprogrammet i miljövetenskaper år 2019 och har besvarat studien under hösten i tre år i rad: år 2019 (N = 46) , 2020 (N = 37) och 2021 (N = 34). Studerandena besvarade ett frågeformulär med åtta öppna frågor som gällde centrala biologiska koncept: fotosyntesen, cellandningen, växternas roll ur näringskedjans perspektiv, växternas roll ur atmosfärens perspektiv och evolutionen. Svaren analyserades sedan kvantitativt för att undersöka utvecklingen av studerandenas förståelse mellan det första, andra och tredje akademiska studieåret. Dessutom analyserades svaren från det tredje (N = 34) akademiska studieåret kvalitativt för att undersöka vilka (miss)uppfattningar som förekom hos studerandena. Resultaten visar att studerandena klarade sig bättre i de uppgifter som mätte förmågan att ange fakta och sämre i de uppgifter som mätte förmågan att tillämpa kunskap. Det var en större variation mellan studerandenas svar i de faktabaserade uppgifterna, vilket överensstämmer med tidigare studiers resultat. I de tillämpade uppgifterna var studerandenas svar ganska korta och ytliga. Studerandenas prestationer under det tredje året varierade beroende på uppgift, och som förväntat baserat på tidigare studiers resultat hade den största utvecklingen skett i uppgiften som handlade om växternas roll ur näringskedjans perspektiv, medan studerandena i uppgiften om evolutionen presterat sämre under tredje året än under andra året. Evolutionen var också det koncept som hade flest grova missuppfattningar av typen avsaknad av schema, vilket indikerar att det finns en bristfällig förståelse för evolutionen. Då man känner till hur viktig roll den tidigare kunskapen har för inlärningen och hur väl kunskapen i början av de akademiska studierna kan förutspå studerandens inlärningsförmåga och prestationer i fortsatta akademiska studier förstår man hur viktigt det är att förstå sig på konceptuell förändring.
  • Salminen, Pihla (2018)
    Luontosuhde on noussut tärkeäksi tutkimuskohteeksi muun muassa ympäristövastuullisen käyttäytymisen ja ihmis-ten hyvinvoinnin tutkimuksessa. Ihmisen ja luonnon suhteeseen liittyvä käsitteistö on kuitenkin vielä hyvin haja-naista, ja itse termi ”luontosuhde” voi viitata useampiin eri asioihin. Tämän työn tärkeimpänä tavoitteena on muo-dostaa yhtenäinen, kokonaisvaltaiseen tarkasteluun ohjaava käsitteellinen kehys luontosuhdetutkimuksen käyttöön ja toisaalta työkaluksi ympäristökasvatukseen. Työssä tarkastellaan tieteidenvälisesti sitä, miten luontosuhde käsitetään luontosuhdetutkimuksessa. Työssä etsitään Galtungin-Kuitusen tiedekäsityksen mukaisesti vastauksia kysymyksiin “Miten asioiden pitäisi [luontosuhdetutki-muksessa] olla?”, “Miten asiat ovat nyt?” ja “Miten asioita tulisi kehittää?” Näiden kolmen kysymyksen mukaan muotoiltiin kolme tutkimustehtävää, joita ratkotaan kokonaisvaltaisen lähestymistavan, hermeneuttisen kehän ja ab-duktiivisen päättelyn tuella. Vastauksena kysymykseen ”miten asioiden pitäisi olla?” muodostetaan käsitteellis-teoreettisesti kokonaisvaltaisen luontosuhdekäsityksen kehys, jolla pyritään tavoittamaan luontosuhteen monet eri puolet ja ilmenemistavat. Kehys koostuu kolmesta tasosta, joilla luontosuhdetta voidaan tarkastella. Lähtökohtana ja kehyksen ensimmäisenä tasona on näkemys luontosuhteesta ihmisen suhteena luonnon kokonaisuuteen, jonka osa hän systeemeineen itsekin on. Kehyksen toisella tasolla tarkastellaan käsityksiä ihmisen ja todellisuuden inhimillisen ulottuvuuden (esim. kaupun-git, tietokoneet, ajatusrakennelmat) kuulumisesta luontoon sekä ihmisen oman ekologisen ulottuvuuden, sisäisen luontomme, roolia osana luontosuhdetta. Kolmannella tasolla luontosuhde jäsennetään neljään eri ulottuvuuteen: ekologinen, tajunnallinen, toiminnallinen ja sosiokulttuurinen. Kehyksen avulla analysoidaan systemoidun kirjallisuuskatsauksen keinoin luontosuhdetutkimusten käsityksiä luon-tosuhteesta (vastauksena kysymykseen ”miten asiat ovat?”). Aineistoksi rajattiin 28 luontosuhdetutkimusta rapor-toivaa artikkelia. Tutkimuksista tunnistettiin neljä erilaista luontosuhdekäsityksen tyyppiä. Kokonaisuudessaan luon-tosuhdetutkimuksissa painottui luontosuhteen tajunnallisen ulottuvuuden sekä ihmisen ja muun luonnon suhteen tut-kiminen. Ihmisen omaa ekologista ulottuvuutta käsiteltiin hyvin harvassa tutkimuksessa. Todellisuuden inhimillinen ulottuvuus taas asetettiin läpi aineiston luonnon ulkopuolelle, ja useissa tutkimuksissa se kuvattiin ihmisen luonnosta eriyttävänä tekijänä. Systemoituun kirjallisuuskatsaukseen sisältyi teoriaohjaava sisällönanalyysi, jossa selvitettiin luontosuhdekäsitysten lisäksi luontosuhdetutkimusten kehityskohtia vastauksena kysymykseen “miten asioita tulisi kehittää?” Luontosuh-detutkimuksen käyttöön ehdotetaan kolmea, työssä muodostetun kokonaisvaltaisen luontosuhdekäsityksen mukaista välinettä, joista yksi soveltuu erityisen hyvin myös ympäristökasvatuksen välineeksi. Työn tulosten perusteella luon-tosuhdetutkimuksessa tulisi nostaa selvemmin esiin erityisesti luontosuhteen ilmeneminen myös todellisuuden inhi-millisen ulottuvuuden kautta sekä ihmisen oman ekologisen ulottuvuuden rooli luontosuhteen kokemisessa.
  • Lundqvist, Eveliina (2005)
    Tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa, millaiset puitteet Suomen eläinsuojelulainsäädäntö ja käytännön kanojen pito antavat kanojen lajityypilliselle käyttäytymiselle. Työ on tehty pääasiassa kirjallisiin lähteisiin tukeutuen, mutta osittain myös haastattelujen avulla. Pohjustuksena on käyty läpi kanojen domestikaatio punaisesta viidakkokanasta (Gallus gallus) nykyiseen kesykanaan (Gallus gallus domesticus). Tarkasteluun on otettu mukaan sekä munijakanat että broilerit. Tutkimuksen perusteella villin viidakkokanan ja kesykanan käyttäytymisessä on vain vähäisiä eroavaisuuksia. Kanojen lajityypillistä käyttäytymistä on tutkittu seuraamalla villien ja villiintyneiden kanojen käyttäytymistä luonnossa. Tämän avulla on saatu selville kanojen keskeisimmät käyttäytymistarpeet, kuten pesiminen, hiekkakylpeminen, nukkuminen oksalla/orrella ja eläminen parvessa, jossa on arvojärjestys. Jos kanat eivät pysty toteuttamaan lajityypillisiä käyttäytymistarpeitaan, ilmenee niillä käyttäytymishäiriötä, kuten kannibalismia ja höyhenten nokkimista. Voimassa oleva eläinsuojelulainsäädäntö määrittelee kasvatusolosuhteet kananpoikasille, broilereille ja emoille sekä kanoille, jotka kasvatetaan varustelemattomissa tai varustelluissa häkeissä ja avokanaloissa. Varusteltu häkki on vähimmäisvaatimuksena häkkikanalan pidossa vuodesta 2012 lähtien. Varustellussa häkissä ja uusimmissa avokanaloissa kanoilla on pesä, orret ja pehkupaikka. Aikuisella kanalla on tilaa eläinsuojelulainsäädännön mukaan kasvatusmuodosta riippuen 543-2000cm². Osa säädöksistä on suosituksia, jotka eivät sido kasvattajaa. Verrattaessa kanojen lajityypillistä käyttäytymistä eläinsuojelulainsäädäntöön ja käytännön kanojen pitoon voidaan huomata, että useimmat kanojen lajityypilliset käyttäytymistarpeet vaikeutuvat nykyisenlaisissa tuotanto-oloissa. Kananpoikasten lainturva on todella pieni, vaikka poikasvaihe on hyvin tärkeä osa kanan elämää ja se heijastuu kanan käyttäytymiseen vielä aikuisenakin. Emobroilereille ei ole mitään sitovaa lainsuojaa vaan kaikki säädökset ovat vain suosituksia, joita ei ole pakko noudattaa. Kanoilla ei yleensä ole riittävästi tilaa puhdistaa kehoaan esteettä, eivätkä linnut pysty muodostamaan kiinteää arvojärjestystä suurissa halleissa. Broilereiden kohdalla intensiivinen jalostus ja liian lyhyt lepoaika ovat tuoneet linnuille mm. luustovaurioita ja askiittitapauksia. Kanat saavat kuitenkin säännöllisesti ja riittävästi ruokaa ja vettä. Useimmissa tuotanto-olosuhteissa kanoilla on pesä ja orret sekä munijakanoille tarpeeksi lepoaikaa.
  • Lindgren, Jasmina (2019)
    Kaupungistumisen myötä yhä suurempi osa ihmisistä on yhä harvemmin yhteydessä luontoon arkielämässään. Tätä ilmiötä vahvistaa yhä tiivistyvä kaupunkirakenne, jolloin viheralueet ovat jatkuvan rakentamispaineen alla ja uhkaavat vähetä ja pirstaloitua. Ihmisten vähentyneet mahdollisuudet kokea luontoa voivat johtaa luonnosta etääntymiseen. Ihmisen ja luonnon välisen kuilun kasvaessa vähenee myös luonnonsuojeluhalukkuus, mikä voi johtaa välinpitämättömiin asenteisiin luonnonsuojelua kohtaan. Yksi tämän päivän tärkeimpiä ympäristökysymyksiä on luonnon monimuotoisuuden kato. Ihmisten luontoyhteyden katoaminen sekä sen myötä vähenevä luonnonsuojeluhalukkuus uhkaa luonnon monimuotoisuuden säilymistä, sillä välinpitämätön asenne luontoa kohtaan heijastuu myös luonnonsuojelullisiin toimenpiteisiin. Julkiset viheralueet ovat tärkeimpiä paikkoja tarjoamaan kaupunkilaisille arkielämän luontokokemuksia. Tässä tutkielmassa selvitetään, voivatko rakennetut kaupunkipuistot tarjota luonnon monimuotoisuuden kokemuksia kaupunkilaisille, sekä löytyykö eroavaisuuksia väestöryhmien kokemuksissa luonnon monimuotoisuudesta puistoympäristössä. Puistot julkisina viheralueina tuottavat kaupunkilaisille luontokokemuksia, jotka taas edistävät niin psyykkistä kuin fyysistäkin hyvinvointia. Aiemman tutkimuksen perusteella koettuun hyvinvointiin liittyy vahvemmin kokemus luonnon monimuotoisuudesta kuin viheralueen todellinen luonnon monimuotoisuus. Eri väestöryhmien erot koetussa luonnon monimuotoisuudessa voivat siten antaa osviittaa siitä, että puistot voivat tuottaa erilaisia hyötyjä eri väestöryhmille. Tutkielmassa luonnon monimuotoisuutta käsitellään lajirikkauden kautta. Tavoitteena oli selvittää, miten lajirikkaiksi puistot koetaan eri lajiryhmien osalta (puut ja pensaat, putkilokasvillisuus, koristekasvillisuus, perhoset, linnut, jäkälät ja sienet), eroaako kokemus luonnon monimuotoisuudesta eri sosioekonomisten ryhmien kesken, sekä vaikuttaako puistoon liitettävät ominaisuudet, kuten puiston todellinen lajirikkaus tai puiston pinta-ala, kokemukseen. Tutkielman aineisto on kerätty EU:n rahoittaman GREEN SURGE -tutkimushankkeen puitteissa. Tutkimusryhmässämme keräsimme haastattelu- ja lajistoaineistot kahdestatoista helsinkiläisestä puistoista, joille tutkimushanke asetti tietyt kriteerit. Haastattelut toteutettiin paikan päällä ja niitä kertyi yhteensä 596. Lajistoinventoinnit tehtiin kussakin puistossa neljälle lajiryhmälle: puut ja pensaat, putkilokasvillisuus, linnut ja jäkälät. Aineistoa analysoitiin kvantitatiivisesti, pääasiallisina tilastollisina menetelminä ANOVA ja korrelaatioanalyysit. Puistot koettiin ylipäänsä melko lajirikkaiksi ympäristöiksi. Eroja löytyi kuitenkin eri lajiryhmien välillä: puut ja pensaat sekä muu kasvillisuus koettiin kaikkein lajirikkaimmiksi lajiryhmiksi, mikä voi viitata siihen, että nämä lajiryhmät ovat puistokävijöille helpommin havaittavia muihin tässä tutkielmassa mukana oleviin lajiryhmiin verrattuna. Perhosten, jäkälien ja sienten lajirikkautta vastaajien oli vaikein hahmottaa. Myös puistojen välillä oli eroja siinä, miten lajirikkaiksi ne koettiin. Puiden ja pensaiden todellisella lajirikkaudella ei näyttänyt olevan yhteyttä siihen, miten paljon eri puu- ja pensaslajeja puistoissa koettiin olevan, vaan merkittävämpää näytti olevan puiden korkeus. Sen sijaan putkilokasvien todellisen ja koetun lajirikkauden välillä löytyi yhteys, mikä viittaa siihen, että ihmiset huomaavat kasvillisuuden lajirunsauden. Lisäksi vastaajat kokivat puiston kasvien lajirikkauden sitä suuremmaksi, itä monimuotoisempi puisto oli rakenteeltaan. Eri sosioekonomisten ja -kulttuuristen ryhmien välillä ei ollut juurikaan eroja siinä, miten monimuotoisiksi puistot koettiin, joskin iäkkäät vastaajat kokivat lintulajirikkauden suuremmaksi kuin nuoremmat vastaajat. Sen sijaan koettuun monimuotoisuuden vaikutti ennemminkin puiston käyttöaste, mikä viittaisi siihen, että osa tekijöistä, jotka vaikuttavat kokemukseen puiston luonnon monimuotoisuudesta, liittyvät itse puistoon tai alla piileviin puistoon liitettyihin arvostuksiin, jotka näyttäytyvät suurempana puiston käyttöasteena. Tämän tutkielman perusteella ei voida vetää suoria johtopäätöksiä siitä, mitkä tekijät vaikuttavat luonnon monimuotoisuuden kokemukseen rakennetuissa kaupunkipuistoissa, mutta tulokset antavat viitteitä siitä, että puiston ominaisuuksilla sekä puiston käyttöasteella on jonkinlainen vaikutus kokemukseen luonnon monimuotoisuudesta. Tämä taas osoittaa sen, että puistot tulee nähdä sosio-ekologisina kokonaisuuksina, jotka yhtäältä edistävät kaupunkilaisten hyvinvointia ja luontoyhteyttä, ja samalla ylläpitävät kaupungin luonnon monimuotoisuutta ja sopeutumiskykyä ympäristömuutoksille, sekä toisaalta taas puistot itse muokkautuvat jatkuvasti yhteiskunnassa esiintyvien toiveiden ja vaatimusten mukaisesti.
  • Asikainen, Virpi (2022)
    Chemoresistance is a significant contributor to the lethality of high-grade serous ovarian cancer (HGSOC). Treatment response to traditional platinum-based chemotherapy is poor, and the need for improvement is urgent, as more than 50% of the patients pass within 5-years from diagnosis. Mitochondrial metabolism has emerged as a potential target in HGSOC, and enhanced capacity in mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS) has been shown to correlate with a better chemoresponse. The vital metabolic cofactor for mitochondrial enzymatic reactions, during e.g. OXPHOS, is nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+). It is now well-established that NAD+ precursor supplementation can boost intracellular NAD+ content and, consequently, mitochondrial function. In cancer, NAD+ boosting shows mitochondrial activation mediated anticancer and chemosensitizing effects and presents an intriguing route to modulate cancer metabolism and treatment response. In HGSOC, NAD+ metabolism and its association with tumours’ metabolic profile is poorly understood. Also, the impact of mitochondrial activation on HGSOC chemoresponse remains unexplored. This thesis aimed to evaluate patient-derived HGSOC tumour NAD metabolite content and its association with OXPHOS. Also, the aim was to explore whether in vitro NAD+ boosting promotes mitochondrial function and subsequently enhances chemosensitivity to platinum-based treatment. Thus, I measured the NAD metabolite concentrations in HGSOC tumours and two HGSOC cell lines, OVCAR-5 and COV318. The impact of NAD+ boosting on HGSOC cells OXPHOS and chemoresponse was assessed with respirometry and cell viability assays. I found that the HGSOC tumours presented alterations in NAD metabolite content, with an increase in the reduced forms and a decrease in the metabolite redox ratios. Also, the change in the NAD metabolite seemed to be impacted by the tumours’ anatomical location and OXPHOS capacity. In vitro HGSOC cells differed in their OXPHOS capacity, with the OXPHOS-high cell line exhibiting enhanced sensitivity to chemotherapy. The NAD+ boosting increased intracellular NAD+ content and mitochondrial OXPHOS without impacting the cells’ chemoresponse or growth. In conclusion, the altered NAD+ metabolism in HGSOC tumours presents potential target pathways for the disease with poor treatment response. The NAD+ boosting mediated metabolic modulation increased the OXPHOS capacity independently of the cell lines’ OXPHOS-status. In OXPHOS-low cells’ mitochondrial activation enhanced OXPHOS to the level of chemosensitive OXPHOS-high cells but did not alter the cell lines’ chemoresponse within a short-term treatment period. These observations have increased the understanding of NAD+ metabolism. Also, as a proof-of-principle, NAD+ boosting was presented as a tool for mitochondrial activation and metabolic modulation in HGSOC cells, opening an intriguing approach to explore HGSOC mitochondrial function and chemoresponse.
  • Väätäinen, Senja (2005)
    Tutkielmassa tarkastellaan makrotason kehityksen ja hyvinvoinnin mittaamiseksi kehitettyjä mittareita, ja tuodaan yhteen niistä sekä 70-luvulla että nykypäivänä käytyä keskustelua. Erityisesti keskitytään neljän esimerkkimittarin avulla mittareiden ympäristömuuttujissa viimeisen neljänkymmenen vuoden aikana tapahtuneeseen muutokseen. Tarkasteltu keskustelu pohjautuu talouskasvun arvostuksen ja kansantalouden tilinpidon keskeisten indikaattoreiden kuten bruttokansantuotteen (BKT) kritiikkiin. Aate- ja tieteenhistorialle ominaisin tavoin tutkin ympäristön käsitteelle annettuja merkityksiä mittareiden historiallisessa kontekstissa. Luokittelen esimerkkimittarit kahteen ryhmään: rahamääräisiin taloudellisen hyvinvoinnin mittareihin sekä sosiaalista ja ekologista hyvinvointia monipuolisesti yhdistäviin kokonaishyvinvointi-indekseihin. Esimerkkimittarit eli James Tobinin ja William Nordhausin kehittämä Measure of Economic Welfare (MEW), Redefining Progress -kansanlaisjärjestön Genuine Progress Indicator (GPI), Jan Drewnowskin Level of Living -indeksi (LLI) ja Robert Prescott-Allenin luoma Wellbeing-indeksi (WI) käsittelevät ympäristöä eri tavoin johtuen sekä mittareiden kehittämisen ajankohdasta ja aikakauden tavasta lähestyä ympäristökysymyksiä sekä siitä, millaisia metodologisia valintoja mittareiden kohdalla tehtiin. Sekä GPI että WI edustavat nykypäivän kehityksen mittaamisesta käytyä keskustelua ja pyrkivät korostamaan ympäristön tärkeyttä inhimilliselle hyvinvoinnille nyt ja tulevaisuudessa. Ne käsittelevät monipuolisesti erilaisia ympäristötekijöitä. Toisaalta 70-luvun alussa kehitettyjen MEW:n ja LLI:n huomioima lähiympäristön viihtyisyys ei saa GPI:ssä ja WI:ssä enää merkittävää sijaa. MEW ja LLI edustavatkin yleisen ympäristökeskustelun heräämisen aikaa ja antavat ympäristölle vielä melko vähäisen merkityksen hyvinvoinnin ja kehityksen tekijänä. Yleisesti on todettava, että hyvinvoinnin ja kehityksen mittaamiseen liittyy monia ongelmia. Samoja ongelmia, joita koettiin 70-luvulla pohditaan nytkin. Toisaalta mittarit voivat kriittisesti esiteltyinä ja tarkasteltuina tarjota hyvää materiaalia sosiaalisen ja ympäristön hyvinvoinnin ja niiden kehitysvaikutuksien määrittelyyn liittyvään arvokeskusteluun.
  • Takolander, Antti (2013)
    Climate change has been predicted to cause extinctions and range shifts in European flora. Two common methodologies assessing climate impact on vegetation are statistical bioclimatic envelope models (BEMs) and process-based dynamic vegetation models. BEMs are relatively easy to implement, but have been criticized for being unreliable, because they assume equilibrium between species' observed ranges and climate. Dynamic models can be considered biologically more sound, but require large quantities of detailed input data, which is often not available. The aim of this study is to investigate the effects of climate change on common tree species ranges in Europe and in Scandinavia, and to find out whether two commonly used modeling strategies, dynamic and statistical models, produce similar estimates of future ranges. To address these questions, I first built statistical models (bioclimatic envelope models) for five common European trees: Pedunculate Oak (Quercus robur, L.), Common Hazel (Corylus avellana L.), European Beech (Fagus sylvatica, L.), Scots Pine (Pinus sylvestris, L.) and Norway Spruce (Picea abies (L.) H. Karst.). All species are widely distributed and characteristic species in their ecosystems and thus their possible range shifts would indicate larger shifts in ecosystem structure and function. I then compare the projections produced with the statistical models to outputs of a tree speciesparameterized dynamic global vegetation model LPJ-GUESS, obtained from another study. The statistical model predictions are compared with dynamic model results for entire European distributions, while the statistical model predictions for Scandinavian area are examined in further detail. Input distribution data had great influence in future predictions of statistical models. Statistical models and the dynamic model produced very different future predictions, statistical models predicting increasing contractions on the southern edge of distribution towards the end of the century, indicating larger climatic impacts. The role of biological interactions, successional processes and modeling relationship between distribution and climate are discussed. I propose a way to assess the possible causes of differences between statistical and dynamic models to produce more robust future predictions on plant species distributions. Statistical model predictions in the Scandinavian area indicated substantial northward shift of hemiboreal vegetation zone by 2050.
  • Iacoviello, Francesco (2022)
    Neurodevelopmental disorders (NDDs) are disabilities in which the formation and development of the central nervous system is altered. NDDs severely impact the quality of life of the individuals that are affected by them, however little is known about the causes or the molecular mechanisms that are behind their onset. For this reason, being able to model them is pivotal to our society since, by understanding the mechanisms underlying such disorders, we could develop possible treatments. Previous research has suggested that disturbances in the early neuronal development could be at the basis of NDDs onset. Therefore, in this work, I have modeled neuronal differentiation in Kabuki syndrome (KS), a known NDD, assaying the expression of key early neurodevelopmental markers at four specific timepoints, using induced pluripotent stem cell (iPSC) technology. By concurrently differentiating three KS patient-derived and three control iPSC lines to neural precursor cells (NPCs) and profiling them with immunocytochemistry (ICC) and quantitative real-time PCR (RT-qPCR), I was able to identify differences in the early developmental trajectories of NPCs between the two conditions. The ICC data suggested that differentiating KS cell lines incur in precocious differentiation when compared to control cell lines, suggesting that the disease-causing mutations could lead to accelerated neuronal maturation of early NPCs. However, RT-qPCR analysis of the expression patterns of key neurogenesis markers was unable to statistically confirm the observed trend between the two phenotypes, likely due to limitations in statistical power. Despite this, the expression of four out of seven NPC markers was higher in early KS cells than in control cell lines, supporting the hypothesis of accelerated neuronal maturation. Taken together, this work highlighted some of the challenges related to iPSC-based disease modelling studies, and the need to further confirm the inferred mechanisms of asynchronous neuronal development observed in this work.
  • Lehtiniemi, Heidi (2020)
    Computing complex phenomena into models providing information of the causalities and future scenarios is a very topical way to present scientific information. Many claim models to be the best available tool to provide decision making with information about near-future scenarios and the action needed (Meah, 2019; Schirpke et al., 2020). This thesis studies global climate models based on objective data compared to local ecosystem services models combining ecological and societal data offer an extensive overview of modern environmental modelling. In addition to modelling, the science-policy boundary is important when analyzing the societal usefulness of models. Useful and societally-relevant modelling is analyzed with an integrative literature review (Whittemore & Knafl, 2005) on the topics of climate change, ecosystem services, modelling and science-policy boundary, n=58. Literature from various disciplines and viewpoints is included in the material. Since the aim is to create a comprehensive understanding of the multidisciplinary phenomenon of modelling, the focus is not on the technical aspects of it. Based on the literature, types of uncertainty in models and strategies to manage them are identified (e.g. van der Sluijs, 2005). Characteristics of useful models and other forms of scientific information are recognized (e.g. Saltelli et al., 2020). Usefulness can be achieved when models are fit for purpose, accessible and solution-oriented, and sufficient interaction and trust is established between the model users and developers. Climate change and ecosystem services are analyzed as case studies throughout the thesis. The relationship of science and policy is an important discussion especially important when solving the sustainability crisis. Because modelling is a boundary object (Duncan et al., 2020), the role of boundary work in managing and communicating the uncertainties and ensuring the usefulness of models is at the center of the analysis.
  • Lehto, Anne-Mari (2019)
    Tiivistelmä gradun pdf-tiedostossa.
  • Larsson, Aron (2021)
    The science of fish stock assessment is one that is very resource and labor intensive, with stock assessment models historically being based on data that causes a model to overestimate the strength of a population, sometimes with drastic consequences. The need of cost-effective assessment models and approaches increases, which is why I looked into using Bayesian modeling and networks as an approach not often used in fisheries science. I wanted to determine if it could be used to predict both recruitment and spawning stock biomass of four fish species in the north Atlantic, cod, haddock, pollock and capelin, based on no other evidence other than the recruitment or biomass data of the other species and if these results could be used to lower the uncertanties of fish stock models. I used data available on the RAM legacy database to produce four different models with the statistical software R, based on four different Bayes algorithms found in the R-package bnlearn, two based on continuous data and two based on discrete data. What I found was that there is much potential in the Bayesian approach to stock prediction and forecasting, as our prediction error percentage ranged between 1 and 40 percent. The best predictions were made when the species used as evidence had a high correlation coefficient with the target species, which was the case with cod and haddock biomass, which had a unusually high correlation of 0.96. As such, this approach could be used to make preliminary models of interactions between a high amount of species in a specific area, where there is data abundantly available and these models could be used to lower the uncertanties of the stock assessments. However, more research into the applicability for this approach to other species and areas needs to be conducted.
  • Metso, Saana (2023)
    Lethal congenital contracture syndrome 1 (LCCS1) is a severe developmental disorder that is part of the Finnish disease heritage. The affected foetuses die in utero and show a lack of motor neurons accompanied by severe atrophy of the ventral spinal cord and muscles and severe contracture of joints, which result in a lack of involuntary movements. Other associated symptoms include hydrops, micrognatia (small jaw), pulmonary hypodysplasia and small size. The syndrome leads to prenatal death before 32nd gestational week, but the cause remains elusive. LCCS1 is caused by a homozygous mutation, FINmajor, in GLE1 RNA export mediator (GLE1) -gene. The mutation is a c.432- 10A > G substitution at the border of intron three and exon four, resulting in a new splice acceptor site 10 nucleotides upstream of the intron-exon junction. This results in aberrant splicing and nine extra nucleotides in the mRNA, corresponding to three extra amino acids in the GLE1 protein of the affected individuals. GLE1 is an important player in RNA biology in cells. In humans it has two isoforms, GLE1A and GLE1B, that have distinct roles. While GLE1A plays a role in cells’ stress response by mediating the formation and disassembly of stress granules in the cytoplasm, GLE1B is found at the nuclear envelope where it mediates mRNA transport from the nucleus to the cytoplasm. Earlier studies using HeLa cells and zebrafish have demonstrated that FINmajor in GLE1 knock-down background disrupts the mRNA export from nucleus to cytoplasm and leads to apoptosis in neural precursors and abnormal arborization of motor neurons, thus mimicking some of the phenotypic features observed in human patients. Kuure group has generated a mouse model with endogenous FINmajor, but it fails to morphologically phenocopy the human disorder (unpublished data). Importantly, human-origin non-cancerous models with endogenous FINmajor mutation have not yet been used in the studies of GLE1 and LCCS1. My aim in the thesis was to create a human embryonic stem (hES) cell line carrying homozygous FINmajor mutation in its genome. A relatively new tool, CRISPR/CAS -system allows for precise genetic engineering in a variety of model organisms. By optimizing the system to efficiently edit the GLE1 gene, I was able to introduce FINmajor mutation in hES cells, creating a new model system to study this disorder. While previous models had relied on temporary silencing of the gene with morpholinos or siRNAs, the hES cell line with GLE1 FINmajor mutation will for the first time give insights on how the mutation affects cellular functions, mRNA biology and cell differentiation in LCCS1. This way the hES cell line I have generated will yield new information on the development, progression and manifestation of the syndrome to better understand its mechanisms.
  • Riitakorpi, Johanna (2020)
    Ecosystem modelling gives us a tool to understand the complicated processes in an ecological system. When studying the changes in an ecosystem, the system health is one of the main characteristics to define. Healthy ecosystem can endure stress and is in stable state. Ecological network analysis and different ecological indices have been used as a basis for measuring the state of an ecosystem, characterizing the dynamics of marine environments, and quantifying the impacts of fishing. The Archipelago Sea, located in Northern Baltic Sea, is characterized by large gradients in salinity and numerous islands. The area is greatly affected by human impact and climate change. However, no broad research on ecosystem changes has been carried out, hence, there is a need for holistic models both scientifically and societally to understanding the changing ecosystem thoroughly and to provide contribution in the decision-making processes of environmental management actions. The aim of this study was to find out how the state of the Archipelago Sea food web has changed from 1990 to 2014. Three steady-state trophic models of the study area for three different years (1990, 2000 and 2014) were constructed using the Ecopath modelling software and approach. The changes in the study area were measured comparing the calculated ecological indices and fishing impact indicators. The models captured changes in the system such as before and after the invasion of non-indigenous species, increase of cormorants, increase of seals, and decrease of cod. The models consist of 23 (1990), 25 (2000) and 27 (2014) different functional groups from predators to producers and detritus. The quality of the models was tested and according to three different approaches, the models can be said to adequately represent the Archipelago Sea food web and ecosystem. The ecosystem indices calculated showed that there had been system wide changes. The state of the Archipelago Sea food web had changed during the study period to a less mature but more resilient condition. This was due to the increase in number of predator species and higher primary production and flow to detritus. The fishing impact on ecosystem changed as fishery practice experienced a change into a more industrialized direction. Changes in trophic levels and ecosystem composition were observed. The invasion of non-indigenous species and the increase in top predators such as seals and the great cormorant affected the structure of the food web. In Addition, the decrease of flounder and unsuccessful recovery of cod have had an impact on the ecosystem and its maturity. Further research on the Archipelago Sea food web is needed. The ecosystem is stressed and does not show recovery; hence, management actions may become necessary. Future simulations based on these Ecopath models would facilitate the selection of the most suitable ecosystem management application. Knowledge of the whole ecosystem and its health is required, and this can be achieved with the help of ecosystem modelling.
  • Sundaresh, Adithi (2022)
    Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) are an important in vitro model of disease and development. iPSCs can be differentiated in culture into cell types which are difficult to access from patients, such as neurons. Applying iPSC-derived cellular models to disease studies requires a thorough characterization of the derived cell types, as well as assessing reproducibility across cell lines or differentiation batches. With the aim of providing such a comprehensive molecular characterization at an early stage of cortical neuronal differentiation in vitro, six iPSC lines from four donors were differentiated to cortical neural progenitors using a modification of an established protocol (Shi et al., 2012a). The protocol successfully produced neural progenitors, with over 75% of the differentiated cells aligning with a cortical identity, as confirmed via qPCR and immunocytochemistry of established markers such as PAX6, NES and SOX1. To further classify the cell types produced as well as identify potential differences between cell lines, gene expression of the obtained cells was profiled with single cell RNA sequencing of ~22,000 cells, which uncovered the heterogeneity of neural progenitors produced. Further, although two differentiation batches produced similar cell-type compositions on a whole, a fraction of the lines showed inter-individual differences in cell type composition, which correlated with expression variability of known marker genes. Additionally, the cell types produced in vitro were compared to those produced in vivo by mapping our dataset to a reference fetal brain dataset (Polioudakis et al., 2019). It was observed that the in vitro dataset represented a subset of the cell types present at mid-gestation. Overall, the single cell characterization of differentiated cells allowed greater resolution in understanding cell-type heterogeneity of cortical neurogenesis, which is of key relevance for future applications such as disease modeling.
  • March, Alexander (2016)
    This body of research focuses on establishing a drug screening pipeline for discovering drugs which increase the differentiation of pluripotent stem cells into cardiac myocytes, known as cardiogenic molecules. Cardiomyocytes can be utilized in regenerative medicine by offering a platform for testing molecules or drugs which may increase cardiomyocyte proliferation and for using cardiomyocytes produced outside of the body for clinical transplant, in order to heal the damage caused by heart attacks. Building on known models and developmental pathways three assays were designed and implemented for in vitro cardiogenic molecule screening. A pipeline comprised of three primary screening systems; an embryoid body (EB) model, a cardiomyocyte directed differentiation model, and a magnetic activated cell sort (MACS) model. The MACS model uses the cell surface receptors Fetal Liver Kinase 1 (FLK1) and/or Platelet Derived Growth Factor Receptor alpha (PDGFRα) as the most practical platform for screening drugs against an enriched mesodermal population of cells. The MACS system was confirmed with flow cytometry to ensure the enrichment of Myl2-eGFP+ (ventricular cardiomyocytes) cells in the FLK1+ cells. Furthermore unique known molecules help elucidate the molecular mechanisms governing cardiomyocyte differentiation, measured by cardiomyocyte purity in in vitro models. Also demonstrated are assay controls which decrease purity and acts as negative controls for the MACS assay such as a late stage GSK-3 Inhibitor treatment used to constitutively activate the canonical Wnt/β-catenin pathway and effectively reduce the cardiomyocyte proliferation. Additionally, an early stage Wnt Inhibitor compound IWP-4 was used as a potential positive control effectively blocking late stage activation of canonical Wnt/β-catenin pathway and increase the in vitro purity of cardiomyocytes. These controls provide two important reference points for the many molecules screened over the course of these experiments for the 3i Regeneration project. Additional molecular inhibitors are used to elucidate the mechanism of action within the MACS cells; including a Sonic Hedgehog inhibitor (cyclopamine), an NKX2.5 activator (ISX-9) and a novel small molecule (C1). These models act as an effective pipeline bringing a potential drug through first an EB model, followed by a cardiomyocyte enriched model, to finally a MACS model targeting FLK1. This pipeline tests the molecules against conditions of increasing resemblance to the native microenvironment of a cardiomyocyte.
  • Patrikainen, Linda (2023)
    Breast cancer is globally the leading cause of death in women. ER positive, HER2 negative breast cancer is the most common subgroup, covering two thirds of all breast cancer cases. The different isoforms of ERα, ERα66 and ERα36 are responsible of genomic and non-genomic ER signaling respectively. Tamoxifen is one of the most used drugs in ERα+ breast cancer. As a SERM tamoxifen blocks the activity of ERα66, but plays as an agonist for ERα36, which is associated with tamoxifen resistance. Tamoxifen resistance concerns more than 25% patients with ERα+ breast cancer but the molecular mechanisms that lead to development of resistant disease remain uncovered. Thus, the aim of this thesis was to reveal how two different ERα isoforms are used and regulated in tamoxifen resistance in two commonly used ERα+ breast cancer cell lines MCF7 and T47D. We studied the effect of hormones to tamoxifen sensitivity and to utilization of ERα isoforms. Additionally, we compared the transcriptomics of resistant and parental cells in both cell lines and tested how inhibition of key regulators affect the sensitivity against tamoxifen. In this thesis we report that MCF7 and T47D cell lines obtain different mechanisms of tamoxifen resistance, and that the development of tamoxifen resistance is a parallel process with the cell identity switch from luminal to basal. The EZH2 is involved in maintaining the luminal progenitor type of mammary cells, whereas c-Myc is highly expressed in the resistant cell lines. Hence, EZH2 and c-Myc are key players in development of tamoxifen resistance and could be considered as therapy targets in ERα+ breast cancers.
  • Varis, Saara (2022)
    Climate change and biodiversity loss are some of the most serious challenges the humanity is facing today. Current food systems are a major contributor to both global crises with massive negative impacts on climate and biodiversity, and thus, sustainable food system transition is inevitable in slowing down the further progress of climate change and biodiversity loss. One way to tackle the unsustainabilities of the food systems is through policy interventions, which can guide both food production and consumption to a more climate- and biodiversity-friendly direction. The aim of this thesis was to examine the popularity of different policy instruments in terms of reducing food’s climate and biodiversity impact among Finnish young adults. Moreover, this thesis aspired to find out which areas of food production and consumption Finnish young adults think policy interventions should target. Young adults were chosen as a target group, because they are in an important position in sustainability transitions. This research is based on survey data and the method applied was content analysis with characteristics from both qualitative and quantitative approaches. The data was analyzed in Atlas.ti program by using inductive and deductive content analysis methods. The results indicate that the most popular policy instruments for reducing food’s impact on climate and biodiversity among Finnish young adults were market-based, including taxes as the most popular and subsidies as the second most popular individual measure. This is in contrast to previous literature, where taxation and other market-based policies have been reported to be the least favored policies. Furthermore, information-based policies, of which especially raising awareness, regulatory instruments, of which particularly price regulation, as well as public procurement policies like a vegetarian day in public food services were among the most popular policy instruments. Although not directly examining acceptability, these results offer a glimpse on policy acceptability, which is found to be crucial in successful policy implementation. Further research is needed to study the acceptability of these policies comprehensively. Moreover, policy target areas related to food consumption rather than production were more popular among the respondents. Target areas such as favoring domestic food, reducing or ending animal product consumption and production, transitioning to vegetarian diets, making better (e.g. climate-friendly) choices easier, and converting meat into a luxury product were the most suggested. These results could be scaled up in future studies and then utilized in creating sustainable policies for food consumption and production, and that way reduce the climate and biodiversity impact they cause.