Browsing by Subject "diagnostiikka"

Vuonna 1995 kehitettiin DNA-mikrosiruihin perustuva menetelmä tutkia yhtäaikaisesti tuhansia geenejä. Menetelmää on siitä lähtien sovellettu monilla tieteenaloilla mm. syöpätutkimuksessa, lääkkeiden kehittämisessä ja genomiikan tutkimuksessa. Viimeisen kymmenen vuoden aikana on ilmestynyt lukuisia julkaisuja, jotka käsittelevät DNA-mikrosirutekniikan sovelluksia eri biotieteen aloihin. Tässä työssä luodaan yleiskatsaus DNA-mikrosirutekniikan perusperiaatteisiin sekä esitellään sen käyttöä elintarvikepatogeenien tutkimuksessa. Elintarvikepatogeenitutkimuksissa DNA-mikrosirutekniikkaa on käytetty lähinnä viiteen tarkoitukseen: diagnostiikkaan, genotyypitykseen, evolutiivisen genomiikan tutkimuksiin, geeniekspressiotutkimuksiin ja isäntä-patogeeni-vuorovaikutuksen tutkimiseen. DNA-mikrosirutekniikalla on nykyään useita variaatioita, mutta periaate on kaikissa sama: lastumaiselle tukimateriaalille, esimerkiksi mikroskooppilasille, on erittäin tiheään asetettu tutkittavia geenejä edustavat koettimet. Näytteen DNA-juosteet kiinnittyvät emäspariperiaatteen mukaisesti (A-T ja G-C) kukin omalle koettimelleen. Tämän pariutumistapahtuman tuloksia luetaan mikrosirulta ja analysoidaan. Näyte-DNA saadaan eristämällä tutkimuskohteesta DNA:ta tai RNA:ta, joka käännetään käänteistranskriptiolla komplementaariseksi DNA:ksi. DNA-mikrosirukokeeseen liittyy monia eri vaiheita: 1. Mikrosirun valmistus 2. Näytteen valmistus ja leimaus 3. Hybridisaatio 4. Tulosten lukeminen mikrosirulta 5. Tulosten käsittely ja analyysi 6. Koetulosten tulkinta DNA-mikrosirutekniikan suurimmat edut ovat sen tarkkuus ja nopeus. Geenit pystytään tunnistamaan ja erottamaan toisistaan tarkasti niiden spesifisen emäsjärjestyksen perusteella ja yhdellä kokeella saadaan tietoa koko genomista. Tekniikan ongelmat liittyvät toisaalta juuri valtavaan tietomäärään, jota on vaikea käsitellä ja tulkita sekä kokeen monivaiheisuuteen, mikä lisää virhemahdollisuutta. Lisäksi menetelmä on monilta osin vielä hyvin kallis.

Hengitystiesairauteen viittaava oireilu on yksi yleisimmistä syistä hevosen tutkimiselle. Erilaiset hengitysteistä otetut näytteet helpottavat diagnoosin tekoa. Jo pitkään on yritetty selvittää, kumpi näytteenottomenetelmä, trakealima- vai keuhkohuutelunäyteenotto, olisi diagnostisempi. Useimmissa tutkimuksissa on kuitenkin päädytty siihen, että diagnostisinta olisi ottaa molemmat näytteet. Tässä lisensiaatin tutkielmassa on esitetty trakealima- ja keuhkohuutelunäytteiden kerääminen, laboratoriotutkimukset ja tulosten tulkintaa. Lisäksi kirjallisuuskatsauksessa on vertailtu näitä kahta menetelmää. Tutkimusosuuden tarkoituksena oli pyrkiä selvittämään, kumpi näytteenottomenetelmä olisi diagnostisempi yliopistollisen hevossairaalan potilasmateriaalissa. Potilastiedostosta etsittiin 51 yliopistolliseen hevossairaalaan hengitystiesairauteen viittaavan oireilun takia tutkittavaksi tullutta hevosta, joilta oli otettu sekä trakealima- että keuhkohuuhtelunäyte. Hevosilta oli arvioitu hengitysteiden liman määrä. Näytteiden solukuva tutkittiin yliopistollisen eläinsairaalan keskuslaboratoriossa. Hevosilta oli määritetty lisäksi veren fibrinogeenipitoisuus ja valkosolujen määrä. Hevoset olivat iältään 2-25 vuotiaita, ja mukana oli tammoja, ruunia ja oreja. Rodultaan hevoset olivat puoliverisiä, lämminverisiä, suomenhevosia ja poneja. Yleisin oire oli alentunut suorituskyky. Muita oireita olivat yskä, räkäisyys, nenäverenvuoto ja kuume. Näytteenottomenetelmien välillä havaittiin riippuvuus neutrofiilien, lymfosyyttien ja makrofagien prosenttiosuuksissa. Hengitysteiden liman määrän ja neutrofiilien prosenttiosuuksien välillä havaittiin riippuvuus. Fibrinogeenipitoisuuden ja liman määrän välillä, sekä fibrinogeenin ja trakealimanäytteiden neutrofiilien välillä havaittiin myös riippuvuus. 30/51 määriteltiin sairaiksi jomman kumman näytteen perusteella käytetyillä neutrofiilien raja-arvoilla, mutta 9/51 hevosella (18 %) trakealima- ja keuhkohuuhtelunäytteen tulkinta erosi toisistaan. Tulokset viittaavat siihen, että tässä potilasaineistossa trakealima- ja keuhkohuuhtelunäytteet olisivat sairauden havaitsemisen suhteen melko vertailukelpoisia keskenään tämänhetkistä näytteiden tulkintatapaa käytettäessä. Tutkimuksen aineisto oli hyvin valikoitunutta; kaikilla hevosilla oireilu oli ollut kroonista tai uusiutuvaa. Tutkimuksessa ei ollut mukana oireetonta vertailuryhmää. Tässä tutkimuksessa menetelmien herkkyyttä ja tarkkuutta sairauden havaitsemisen suhteen ei voitu määrittää, sillä sairautta ei pystytty toteamaan ilman, että näytteiden tulokset olisivat olleet osana diagnoosia. Lisää tutkimuksia näytteenottomenetelmien osuvuuden määrittämiseksi tarvitaan.

Kirjallisuuskatsauksessa käydään lävitse koiran lonkkaniveldysplasian tutkimusmenetelmiä. Lonkkanivelen dysplasia eli kasvuhäiriö on monimutkainen sairaus, joka koskettaa sekä ihmistä että useimpia kotieläinlajeja. Vaikka tautia on pyritty kontrolloimaan puhdasrotuisilla koirilla erilaisten valikoivien jalostusohjelmien kautta, on lonkkaniveldysplasia silti yksi yleisimmistä ortopedisistä sairauksista koiralla. Lonkkanivelen löysyyden uskotaan olevan merkittävä degeneratiivisen nivelsairauden syntyyn vaikuttava tekijä. Lonkkanivelen löysyyttä voidaan testata palpatorisesti, mutta dysplasiadiagnoosin varmistamiseksi on lonkat tutkittava röntgenologisesti. Tätä varten on kehitetty useita eri menetelmiä, joilla kaikilla on omat hyvät ja huonot puolensa. Perinteisen kuvantamismenetelmän etuja ovat helppo toteutettavuus ja tunnettuus, heikkoutena sen sijaan arvioinnin subjektiivisuus. Norbergin kulman mittaamisella on lähinnä tieteellisestä mielenkiintoa ja dorsal acetabular rim- eli DAR-tekniikka on käyttökelpoisin harkittaessa lonkkanivelkirurgiaa. Stressikuvilla, kuten PennHIP-tekniikalla, pyritään objektiiviseen arvioon lonkkanivelen löysyydestä. Heikkoutena on kuitenkin suhteellisen hankala toteutus ja lonkkanivelen löysyyden ja lonkkadysplasian suhteen arvioiminen. Tutkimuksessa vertailtiin perinteistä (FCI) ja PennHIP-menetelmää kuvaustekniikkoina ja tulosten osalta. Tutkimukseen osallistui yhteensä 137 koiraa, joista rottweilereita oli 74 ja kultaisia noutajia 62. Röntgentutkimusta varten koirat rauhoitettiin käyttämällä yhtä kuudesta eri rauhoitusaineyhdistelmästä (medetomidiiniin tai dexmedetomidiiniin yhdistettiin buprenorfiini, butorfanoli tai diatsepaami). Sedaation laatu arvosteltiin asteikolla yhdestä viiteen. Koirat kuvattiin sekä perinteisellä että PennHIP-menetelmällä lonkkadysplasian toteamiseksi. Perinteisellä menetelmällä otetut kuvat lähetettiin arvioitavaksi Suomen Kennelliittoon ja PennHIP-kuvat Yhdysvaltoihin (PennHIP Administrative Center, Pennsylvania, USA). Suomen Kennelliitossa kuvat arvosteltiin FCI:n (Federation Cynologique Internationale) asteikon mukaan, jolloin tulokset olivat A, B, C, D tai E molemmille lonkille erikseen jossa A on terve ja E sairain. PennHIP-tulokset olivat yksiköttömiä distraktioindeksi-arvoja nollan ja ykkösen väliltä, jossa nolla on tervein ja ykkönen sairain. Tulokset käsiteltiin tilastollisesti studentin T-testillä. Numeroiksi muunnettujen Suomen Kennelliiton tulosten (A=1, B=2 ja E=5) keskiarvo koko aineistossa oli 2,37. Rottweilereiden keskiarvo (2,19) oli tilastollisesti merkittävästi parempi kuin kultaisten noutajien (2,59). Sukupuolten välillä ei ollut eroja. PennHIP-tulosten mediaani oli 0,44. Rottweilereiden PennHIP-tulosten keskiarvo (0,429) oli tilastollisesti merkittävästi parempi kuin kultaisten noutajien (0,498). SKL ja PennHIP-tulosten välillä oli kohtalainen positiivinen korrelaatio. PennHIP-tuloksen ja koiran painon välillä havaittiin kohtalainen negatiivinen korrelaatio, sen sijaan sedaation laadun ja painon välillä ei ollut korrelaatiota. PennHIP-tekniikkaan täytyy lisensoitua maksullisella kurssilla. Sen lisäksi kuvia täytyy ottaa useita ja kuvausvaiheessa kiinnipitäjiä tarvitaan enemmän, jolloin säteilyrasitus tulee suuremmaksi ja aikaa kuluu enemmän kuin perinteisessä menetelmässä. Toisaalta perinteinen kuvaustapa ei välttämättä tuo esiin lonkkanivelen passiivista löysyyttä, joka voi olla merkittävä nivelrikolle altistava tekijä.

Työ jakaantuu kirjallisuuskatsaukseen ja oman tutkimustyön esittelyyn. Penikkataudin diagnostiikkaa selvitellään, sekä esitellään kliinisen diagnoosin kannalta oleellisia taudin muotoja ja oireita. Laboratoriodiagnostiikkaan perehdytään silmälläpitäen erilaisia mahdollisuuksia ja esitellään kunkin menetelmän etuja ja rajoituksia. Lisäksi kerrotaan ruumiinavauslöydöksistä ja avauksessa otetuille näytteille sopivia tutkimusmenetelmiä. Taudin oireiston moninaisuuden vuoksi perehdytään joihinkin erotusdiagnooseihin. Penikkataudin hoitoa esitellään lyhyesti. Taudin ennaltaehkäisemisessä rokotus on ehdottoman tärkeällä sijalla. Kappaleessa penikkataudin vastustus käsitellään rokotukseen liittyviä seikkoja, muunmuassa eri rokotussuosituksia rokotuksen onnistumiseen vaikuttavia tekijöitä, sekä rokotuskomplikaatioita. Osassa oma tutkimus esitellään esitellään penikkataudin käytännön laboratoriodiagnostiikkaan sopivia näytteenotto, käsittely sekä tutkimustapoja ja -menetelmiä. Oman tutkimuksen aineisto ja tulokset esitellään sekä pohditaan tulosten merkitystä lähinnä pitäen silmällä käytettyjen menetelmien sopivuutta käytännön olosuhteisiin.

Lämpökuvantaminen on non-invasiivinen ja fysiologinen kuvantamismenetelmä, jonka avulla voidaan esittää kohteen pintalämpötiloja kuvan muodossa. Lämpökamera muodostaa kuvan kohteesta emittoituvan lämpömäärän perusteella. Lämpökuvantamisen käyttö eläinlääketieteessä on lisääntynyt viimeisten kahdenkymmenen vuoden aikana. Aiemmin eläinlääketieteen saralla tehdyissä tutkimuksissa lämpökameran on todettu olevan hyödyllinen apuväline mm. hevosten ontumien diagnostiikassa. Menetelmän on todettu olevan tehokas etenkin tulehduksellisten tilojen havaitsemisessa sekä vammojen lokalisaation paikallistamisessa. Lonkkadysplasian eli lonkkanivelen kehityshäiriön diagnosoiminen aikaisessa vaiheessa on tärkeää, koska se aiheuttaa jopa 30% kaikista ortopedisista sairastapauksista koirilla. Sairaus on lisäksi hyvin yleinen sen esiintyvyyden ollessa rodusta riippuen jopa 70,5%. Tällä hetkellä lonkkadysplasian diagnosointi tapahtuu kliinisten ja ortopedisten tutkimusten sekä röntgendiagnostiikan avulla. Sairauden vähentämiseksi on maailmanlaajuisesti käytössä erilaisia jalostusohjelmia, koska sairaudella on merkittäviä taloudellisia ja emotionaalisia vaikutuksia koirien kasvattajiin sekä omistajiin. Tämän työn tarkoituksena oli selvittää voidaanko lämpökuvantamista käyttää apuna lonkkadysplasian diagnostiikassa koirilla. Tutkimuksessa verrattiin koirien lonkanseudun lämpökuvien lämpötilakeskiarvoja sekä Suomen Kennelliiton antamia lonkkalausuntoja. Lisäksi haluttiin saada lisätietoa lämpökameran käyttömahdollisuuksista osana kliinistä pieneläinlääketiedettä. Vastaavaa koirien lonkan aluetta käsittelevää lämpökameratutkimusta ei ole aikaisemmin julkaistu. Tutkimuksen hypoteesina oli, että lämpötilakeskiarvot korreloivat lonkkalausuntojen arvosanojen kanssa. Tutkimukseen osallistui yhteensä 49 koiraa. Koirien lonkkien alueet kuvattiin FLIR T425 -infrapunakameralla. FLIR QuickReport 1.2 -ohjelman mittaustyökalujen avulla määritettiin sekä vasemman että oikean lonkkanivelen alueen lämpötilakeskiarvot. Lämpötilanmittaustyökaluna käytettiin kahta samankokoista suorakulmiota, jotka piirrettiin kuvassa lonkkanivelten alueille. Kolme eri henkilöä suoritti lämpötilakeskiarvojen mittaamisen itsenäisesti kustakin kuvasta. Lämpötilakeskiarvojen perusteella laskettiin vasemman ja oikean puolen välinen lämpötilaero vähentämällä oikeanpuoleisen lonkan lämpötilakeskiarvo vasemmanpuoleisesta. Suomen Kennelliiton lonkkalausunnot (A-E) muutettiin numeroarvoiksi yksi-viisi siten, että arvosana A vastasi numero yksi, B numeroa kaksi jne. Tämän jälkeen laskettiin vasemman ja oikean lonkka-arvosanan erotus. Lämpötilakeskiarvojen ja lonkkalausuntojen erotusten välinen lineaarinen riippuvuus määritettiin laskemalla Spearmanin järjestyskorrelaatiokerroin, (rho), käyttämä SPSS 16- ohjelmaa. Tutkimuksessa lämpökuvien lämpötilakeskiarvojen ja Suomen Kennelliiton lonkka-arvosanojen erotusten välillä ei havaittu tilastollisesti merkitsevää korrelaatiota. Muuttujien välinen Spearmanin korrelaatiokerroin, rho, oli -0.006 (p=0,968). Tämän tutkimuksen tulosten perusteella menetelmää ei voida suoraan käyttää apuna koirien lonkkadysplasian diagnostiikassa. Vaaditaan lisätutkimuksia ennen kuin lämpökuvantamista voidaan käyttää apuna koirien lonkkadysplasian diagnostiikassa. Tarvitaan tutkimuksia, jotka kohdistuvat lonkkanivellausunnon lisäksi koiran kliiniseen kuvaan. Tutkimuksia tulisi tehdä etenkin lämpökuvantamisen käytettävyyden osoittamiseksi sairailla ja kivuista kärsivillä koirilla.

Tutkielman tavoitteena on alustavasti selvittää Mycoplasma bovis -tartunnalle altistavat ja tartunnan leviämisen riskitekijät lypsykarjatilalla Suomessa. Tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja tapaus-verrokkikyselytutkimuksesta. Kirjallisuuskatsauksessa tarkoituksena on M. bovis -tartunnan sekä suomalaisen lypsykarjan järjestelmällinen kuvaaminen. Lisäksi kuvataan tunnetut riskitekijät ja tartunnan vastustamisen toimenpiteet. Kyselytutkimuksessa tarkoituksena on kuvata tapaustilat ja selvittää tapaus- ja kontrollitilojen eroavaisuudet. Kyselytutkimus toimii myös kyselylomakkeen pilottitutkimuksena. M. bovis -bakteeri on maailmalla yleinen naudan taudinaiheuttaja. Sen tärkeimmät taudinaiheutukset ovat vasikoiden hengitystiesairaudet ja lehmien utaretulehdukset. Lisäksi tartunta aiheuttaa mm. korvatulehdusta, niveltulehdusta ja silmätulehdusta. Tartunnan hoito on haastavaa heikon hoitovasteen vuoksi. Tartunta leviää tyypillisimmin tilalta toiselle oireettomien kantajien välityksellä sekä tilatasolla suorien ja epäsuorien kontaktien välityksellä. Tartunta on vaikea saneerata tilalta pois, sillä se säilyy hyvin niin isännässä kuin ympäristössä. Nautataloudelle tartunta aiheuttaa suuria ongelmia mm. lehmien poistojen ja lisääntyneen lääkkeiden käytön vuoksi. Lakisääteisesti M. bovis -tartunta on Suomessa ilmoitettava eläintauti, joten sitä vastustetaan elinkeinon toimin Eläinten terveys ry:n (ETT) ollessa pääasiallinen toimija. Suomessa tartunta todettiin ensimmäisen kerran vuoden 2012 lopulla. Vuoden 2016 alkuun mennessä tartuntaa on todettu yhteensä 57: ltä tilalta, joista suurin osa on vasikkakasvattamoja ja lypsykarjatiloja. Tapaustiloina kyselytutkimuksessa toimi 10 lypsykarjatartuntatilaa ja konrollitiloina 10 vähäriskistä, ETT:n seurantaohjelman A-tason lypsykarjatilaa. Muuttujia verrattiin yksi kerrallaan vastemuuttujiin (tapaus- vs. kontrollitilat). Bonferronikorjattuja tilastollisesti merkitseviä eroja saatiin vain muutamia riittämättömästä otoskoosta johtuen. Tartuntatiloilla bioturvallisuus oli heikompaa kontrollitiloihin verrattuna, mikä osaltaan johtuu jo siitä, että kontrollitlat kuuluivat ns. A-tasolle. Esimerkiksi tartuntatiloilla teurasautonkuljettaja tuli useammin navettaan (p=0,027). Tartuntatiloista useampi oli myös laajennettuja tai peruskorjattuja. Tartuntatiloilla esiintyi enemmän tartuntaan viittaavia tyypillisiä oireita (p=0,033), oireita esiintyi useammalla kuin yhdellä eläinryhmällä ja oireita esiintyi joko yksittäisillä tai useammilla eläimillä (p=0,017). Vasikoiden silmäoireet ja riippuvat korvat antoivat näyttöä tartunnalle (p= 0,033). Eläinliikenne (esim. välitystoiminta, eläinostot) sekä riittämätön bioturvallisuus näyttäisivät olevan Suomessa tärkeimpiä tartunnan leviämisen riskitekijöitä. Keinosiemennyksen merkitystä ei tartunnan leviämiselle vielä tiedetä, mutta se saattaa olla yksi mahdollinen riskitekijä ja vaatii lisätutkimusta. Huomattavaa on kuitenkin, että Suomen tilanteessa leviämisreittejä näyttäisi olevan useita ja eri tartuntatiloilla useat eri tekijät ovat altistaneet tartunnalle. Tartunnan kontrolloinnissa tärkeitä keinoja ovat useiden eri stressitekijöiden poistaminen, eri-ikäisten eläinryhmien ryhmittely ja ryhmien välisten lähikontaktien estäminen sekä eläintiheyden pienentäminen. Tietouden lisääminen on olennaista tartunnan leviämisen estämiseksi ja kontrolloinnin parantamiseksi.

Utaretulehdus on lypsylehmien yleisin ja taloudellisesti merkittävin sairaus ympäri maailman. Utaretulehdusten tunnistaminen nopeasti ja luotettavasti on tärkeää, jotta lehmän hoito ei viivästy ja tarttuvien tautien leviäminen saadaan ehkäistyä ajoissa. Perinteistä bakteeriviljelyä on pidetty utaretulehdusbakteerien tunnistuksessa "gold standardina". Nyt sen rinnalle on noussut polymeraasiketjureaktiota hyödyntävä menetelmä, joka tunnistaa maitonäytteessä mahdollisesti olevien taudinaiheuttajien DNA:ta. PCR-menetelmällä on saatu lupaavia tuloksia utaretulehdusdiagnostiikassa. PCR-testillä voidaan tunnistaa utaretulehdusta aiheuttavien bakteerien DNA:ta suoraan maidosta ilman eri välivaiheita, kuten viljelyä. Testin tekemiseen laboratoriossa kuluu noin 4 tuntia ja tuloksen saa yleensä samana päivänä suoraan puhelimeen tekstiviestillä. Testiä voidaan hyödyntää myös seurantanäytteiden tutkimisessa ja niissä mahdollisesti piilevät tarttuvat utaretulehdusbakteerit saadaan kiinni ajoissa, ennen niiden leviämistä muuhun karjaan. PCR on herkkä tunnistamaan bakteerien DNA:ta, minkä vuoksi aseptiseen maitonäytteenottoon tulee kiinnittää erityisesti huomiota. PCR-tulosten tulkinta ei kuitenkaan ole helppoa ja menetelmään tulee tutustua ennen kuin sitä alkaa käyttää utaretulehdusdiagnostiikan apuvälineenä. PCR-menetelmän käyttö yhdessä lehmän taustatietojen ja kliinisen tilan kanssa antaa hyvät edellytykset utaretulehduksen tunnistukseen ja hoitoon. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään utaretulehdusta ja vertaillaan sen diagnostiikassa käytettävää viljelyä sekä PCR-menetelmää. Lisäksi siinä kerrotaan PCR-menetelmän perusperiaatteet sekä käydään läpi markkinoilla olevia utaretulehdusbakteerien tunnistuspaneeleja. Tutkimusosassa vertaillaan kahden eri laboratorion samoista maitonäytteistä saamia PCR-tuloksia. Tuloksia vertaillaan löytyneiden bakteerilajien määrän, positiivisten tulosten ja saatujen Ct-arvojen perusteella. Yleisimpien taudinaiheuttajien (Staphylococcus spp. ja Staphylococcus aureus) osalta vertailu on tehty erikseen. Näytteiden analysointiin käytettiin PathoProof™ Mastitis PCR Assay-sovellusta. Näytteitä oli yhteensä 294 ja ne tutkittiin Valio Oy:n sekä Thermo Fisher Scientific Oy:n laboratoriossa käyttäen samaa testipaneelia.

Clostridium botulinum on ehdottoman anaerobinen gram-positiivinen sauvabakteeri ja vaarallinen ruokamyrkytyspatogeeni. Sen tuottama hermomyrkky, botulinumtoksiini, aiheuttaa hengenvaarallista botulismia ihmisillä ja eläimillä. C. botulinum muodostaa itiöitä, jotka säilyvät äärimmäisissäkin ympäristöolosuhteissa. C. botulinum -kannat jaetaan metabolisten ominaisuuksiensa perusteella ryhmiin I-IV, joista ryhmät I ja II ovat ihmisille vaarallisia neurotoksiineja tuottavia. Ryhmän I kannat ovat proteolyyttisiä ja ryhmän II kannat ei-proteolyyttisiä. Bakteerin tuottaman toksiinin tyypin perusteella kannat jaetaan toksinotyyppeihin A-G, joista ryhmään I kuuluvat tyypit A, B ja F sekä ryhmään II tyypit B, E ja F. Koska samaa toksinotyyppiä olevia kantoja esiintyy sekä ryhmässä I että ryhmässä II, pelkän toksinotyypin perusteella kantojen erottelu ryhmiin ei ole mahdollista. Samaa toksinotyyppiä olevissa eri metabolisiin ryhmiin kuuluvissa kannoissa ainoa yhteinen tekijä on tuotetun toksiinin tyyppi. C. botulinum -kantojen tyypittämiseksi ryhmiin on tällä hetkellä käytössä erilaisia molekyylibiologisia menetelmiä, sekä perinteinen mikrobiologinen menetelmä jolla saadaan selville kannan proteolyyttisyys tutkimalla sen kykyä hajottaa kaseiinia. Molekyylibiologisista menetelmistä mainittakoon AFLP ja ribotyypitys. Menetelmien ongelmina ovat mm. niiden hitaus ja työläys sekä perinteisessä mikrobiologiassa epätarkka tulkinta. Tässä tutkimuksessa etsittiin ryhmien I ja II C. botulinum -kantoja erottelevat geenialueet DNAmikrosirutekniikan avulla. Ryhmien I ja II kaikista eri toksino-tyyppisistä (ryhmä I: A, B, F; ryhmä II: B, E, F) C. botulinum -kannoista eristetyt puhtaat DNA-näytteet leimattiin fluoresoivalla merkkiaineella ja hybridisoitiin C. botulinum ATCC 3502 DNA-mikrosirulle kilpailevaa hybridisaatiota käyttäen. Kontrollina käytettiin C. botulinum ATCC 3502 -kannan DNA:ta. DNA-mikrosirulla oli koettimina PCR-tuotteet ATCC 3502 -kannan kaikista geeneistä. Siten kaikkien näiden geenien läsnäoloa näytteessä pystyttiin tutkimaan yhdellä DNA-mikrosirukokeella. DNA:n hybridisaatioastetta koetinkohtaisesti tutkimalla etsittiin suurimman logaritmisen intensiteettieron ryhmien I ja II välillä antaneet geenialueet. Tunnistettujen alueiden perusteella suunniteltiin kuusi ryhmän I kannoille spesifistä alukeparia, joista kahden (CBO0250F/R ja CBO1073F/R) toimivuus testattiin 60 ryhmän I ja II eri toksinotyyppisellä C. botulinum -kannalla. PCR-menetelmä ryhmien I ja II erottamiseksi toisistaan optimoitiin käyttäen alukeparia CBO0250F/R, joka erotteli tarkasti kaikki 60 testattua C. botulinum -kantaa ryhmiin I ja II. Kehitetyllä PCR- menetelmällä voidaan erotella C. botulinum -kannat ryhmiin I ja II aikaisempiin molekyylibiologiin menetelmiin verrattuna huomattavasti nopeammin ja perinteisiin menetelmiin verrattuna luotettavammin. Menetelmä soveltuu rutiinikäyttöön C. botulinum -kantojen ryhmiin I ja II tyypittämiseen. Yksinkertaisten ja nopeiden tyypitysmenetelmien käyttö osana C. botulinumin diagnostiikkaa olisi tärkeää tautitapausten epidemiologisessa selvitystyössä, ja niitä tulisikin ottaa mahdollisimman paljon rutiinikäyttöön.

Lymen taudiksi tai borrelioosiksi kutsutun zoonoosinaiheuttaja on spirokeettabakteereihin kuuluva Borreliaburgdorferi. Tartunnan vektoreina toimivat vertaimevät niveljalkaiset, ja erityisesti Ixodes -sukuun kuuluvat puutiaiset. Meillä tautia esiintyy ihmisillä Ahvenanmaan ja lounaissaariston lisäksi Itä-Suomen puutiaisalueella. Tartunnan tai taudin esiintymisestä herkillä koti- tai villieläinlajeilla ei sen sijaan ole tutkimustietoa. Tässä työssä sovellettiin humaanidiagnostiikkaan tarkoitettu serologinen valmismenetelmä (ELISA) borrelia-vasta-aineiden määrittämiseen koirien seeruminäytteistä. Menetelmää käyttäen tutkittiin pieni, osaksi Itä Suomen puutiaisalueelta ja osaksi vertailualueelta Helsingistä ja sen ympäristöstä kerätty aineisto. Lappeenrannan alueelta kerätyn osa-aineiston keskiarvo erosi merkitsevästi- vertailuaineiston keskiarvosta. Sen sijaan Kuopiosta kerätyn osa-aineiston keskiarvo ei eronnut. Aineistossa on kaksi tapausta (2,1%), molemmat Lappeenrannan alueelta, jotka ovat mahdollisesti positiivisia. Anamnestisten tietojen ja saatujen tulosten voidaan katsoa tukevan sitä käsitystä, että koirat ovat ainakin osalla puutiaisaluetta alttiimpia borrelia-tartunnoille, kuin vertailualueella Helsingissä ja sen ympäristössä.