Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

  • Zhou, Quan (2020)
    Leaf senescence is a developmental and physiological phase in plants to end leaf development. Environment factors such as drought stress, extreme temperature, and pathogen threat and internal factors including age and reactive oxygen species induce leaf senescence. Some phytohormones such as jasmonic acid and salicylic acid play a key function in cell death in plants. WRKY transcription factors is known as one of the largest transcription factor family in plants which regulates a variety of plants processes. WRKY75 which belong to WRKY transcription factors has shown multiple functions in plant development like regulation of Pi starvation responses and root development and flowering. In my thesis, I focused on the role of WRKY75 in senescence and stress responses. WRKY75 was identified as a positive regulator of cell death in Arabidopsis. WRKY75 can promote salicylic acid biosynthesis by promote transcript levels of SID2 and also cause hydrogen peroxide accumulation by suppressing the transcription of CAT2. Hydrogen peroxide and salicylic acid can promote WRKY75 transcription at the same time. To evaluate the function of WRKY75 transcription factor in SA signalling and cell death, three lesion mimic mutants acd5, cat2, dnd1 and their corresponding wrky75 double mutant were used. Interestingly, no different phenotypes were found between acd5, cat2, dnd1 and their corresponding wrky75 double mutants in cell death and hydrogen peroxide accumulation detection in Arabidopsis leaves. Meanwhile, marker genes transcription levels were not different in both short day and long day growth condition. However, different phenotypes were observed in botrytis infection. Based on these results, we formed a hypothesis that gene redundancy could influence genetic characterization of WRKY75. To overcome this problem, SRDX-WRKY75 chimeric repressor transgenic lines were generated. The SRDX domain act as a dominant negative regulator to suppress WRKY75 target genes. In future research, these new lines can be used to test transcript levels for putative WRKY75 target genes.
  • Kuusanmäki, Heikki (2013)
    Recently, our research group together with the Hematology Research Unit Helsinki, found that 31 of 77 patients (40%) with T-cell large granular lymphocytic leukemia have somatic point mutations in the Src Homology 2 (SH2) domain of the STAT3 gene. LGL leukemia is a rare and indolent disease characterized by the clonal expansion of large granular lymphocytes of unknown etiology. The aim of this master's thesis study was to elucidate whether the identified Y640F and D661V mutations can cause hyperactivity of the STAT3 protein and excessive proliferation of T-cells. STAT3 is a transcription factor that is known to have a key role in cell proliferation and apoptosis, and which is activated by the phosphorylation of receptor-associated kinases. The phosphorylation of tyrosine residue 705 in STAT3 induces dimerization and localization of the STAT3 dimer to the nucleus. In several cancers STAT3 protein has been reported to be constitutively active. Furthermore, previously published data strongly support our hypothesis that the mutations identified in LGL patients might cause STAT3 to be hyperactive resulting in inhibition of apoptotic pathways in cytotoxic T cells. In order to evaluate the function of the novel mutations, expression constructs of STAT3 containing the D661V and Y640F mutations were generated. In addition, lentiviral vectors were produced to establish a T-cell line (Jurkat) with stable expression of mutant STAT3. After the successful generation of STAT3 constructs and cell line models, several functional assays were performed. Transcriptional activity of STAT3 was measured by luciferase reporter assay and immunocytochemistry was used to determine whether the mutations promote nuclear localization of STAT3. STAT3 phosphorylation was examined by immunoblotting. In addition, quantitative RT-PCR was used to detect differential expression of five STAT3 target genes from patient samples. The results, particularly the luciferase reporter assay, indicated a significant difference between the mutant and wild type STAT3 providing strong evidence that the STAT3 mutants are transcriptionally more active. The localization assay, imaged by fluorescence microscopy, showed more STAT3 D661V and Y640F protein present in the nucleus when compared to wild type STAT3. However, the proliferation rate of mutant STAT3 expressing Jurkat cells was not increased. In addition, STAT3 target gene expression levels of two patient samples did not show large differences when compared to healthy LGL cells. As a result of these findings, it can be strongly hypothesized that aberrant STAT3 signaling underlies the cause of T-cell LGL leukemia. Understanding the molecular basis of LGL leukemia is important in order to develop diagnostic and therapeutic strategies for patients suffering from the disease. Since constitutively active STAT3 is common amongst many cancers and autoimmune disorders, activating mutations could possibly be found in these diseases. More careful sequencing studies of STAT3 upstream molecules are warranted as well, and will be performed in the future from leukemic LGL samples.
  • Taskinen, Juuso (2019)
    Human umbilical vein endothelial cells are responsible for maintaining and forming new vessels from existing ones, in a biological process called sprouting angiogenesis. Sprouting angiogenesis is a crucial mechanism for the resolution of hypoxia and normal development of tissues. It also plays a key role in internal plague hemorrhages, which can lead to embolisms and other cardiovascular complications. Angiogenesis is also crucial for cancer development. Sprouting angiogenesis is initiated by hypoxic tissue excreted vascular endothelial growth factor gradient, which induces normal endothelial cells into either a proliferative stalk cell or a signal sensing tip cell phenotype. Both of these cell types depend on the rapid flow of lipids to their plasma membrane, either to form plasma membrane protrusions in tip cells or as new plasma membrane material in dividing stalk cells. This flow is envisioned to involve both vesicle-mediated and non-vesicular mechanisms. A major non-vesicular route of lipid transfer occurs at membrane contact sites via lipid transport proteins. Furthermore, lipids can be transported to the plasma membrane by the direct fusion of vesicles or endosomes with the plasma membrane This thesis set out to explore the role of two membrane contact site proteins, oxysterol-binding protein- related protein 2 and protrudin, in angiogenesis and lipid transfer. Their role was examined by RNA-sequencing transient knock-down samples of these proteins in HUVECs. The RNA-sequencing data was examined by differential expression, gene ontology overrepresentation and gene set enrichment analyses. Gene expression analysis provided almost 10 000 significantly changed transcripts (adjusted p-values < 0.05), in each silenced cell type. The distribution of differentially expressed genes in oxysterol-binding protein- related protein 2 silenced cells, is skewed toward negative fold changes, whereas the distribution of differentially expressed genes in protrudin silenced samples is normally distributed. The results also show significant changes in gene ontologies related to proliferation, cell cycle, angiogenesis as well as hypoxia in both sample types. Gene set enrichment analysis showed upregulation in angiogenesis related pathways, such as the PI3K-Akt and MAPK pathways, in both samples. Significant downregulation was present in cell cycle related pathways and cholesterol biosynthesis pathway in both ORP2 and protrudin silenced samples.
  • Chandrakusuma, Angga (2016)
    There is a need to find more sustainable sources of protein due to increasing demand and population growth. Dry milling and air classification yields oat protein concentrate (OPC, 45.5% protein) from defatted oat kernels. However, applications of oat protein in foods require improved technological functionalities. The literature review of this study discusses the chemical composition of oats, and modifications of plant protein through thermal treatment, microfluidizer, and high hydrostatic pressure (HHP). The experimental work aimed to understand the effect of heat treatment (40, 60, 80 °C), microfluidization (50 MPa), and high hydrostatic pressure (HPP, 300 and 600 MPa) on the applicability of OPC in semi-solid food matrices. The treatments were performed on OPC suspensions with 2.4, 4.6, 8.5, 12, or 20 % protein. Changes in particle size, protein solubility, surface hydrophobicity, and rheological properties were measured. Stability of OPC dispersion was improved by microfluidizer treatment while HHP at 600 MPa accelerated sedimentation. Viscosity increased significantly by thermal treatment at 80 °C and HHP at 600 MPa. Gel formation occurred at 12 and 20% protein concentration with 80 °C heat treatment. Highest increase in particle size was shown by HHP at 600 MPa resulting in volume mean diameter, d4,3 of 32-38 µm. On the other hand, microfluidizer reduced d4,3 to 3.3-3.4 µm. Protein solubility increased from 13 to 23% by increasing protein concentration from 2.4% to 20%. Protein solubility was improved by 1-1.7% at 2.4-8.5% protein concentration by thermal treatment at 60 °C, homogenization, and HHP at 300 MPa. Protein solubility was reduced by HHP at 600 MPa by 1.4-1.5 %. Protein surface hydrophobicity was increased by thermal treatment at 60 and 80 °C and HHP. Microfluidizer showed slight increase in solubility at 4.6% protein concentration (1.1-1.6 %) and lowered surface hydrophobicity at 8.5% protein concentration. Thermal treatment showed best result in achieving gel-like structure, whereas microfluidization showed potential for stabilising dispersion.
  • Turkki, Tuomas (2020)
    Constant increase in protein consumption is global trend and can be seen in consumer behavior of Finnish markets. Consumers are interested in replacing meat proteins with plant proteins, and therefore, it is important to develop locally grown-domestic products and invest in local crop research. Due to this, the current study focuses on the domestic vegetable protein (faba bean and oat) texturing by extrusion cooking and on their functionality when included in burgers. The literature section presents an overview of previous studies on extrusion of vegetable proteins and the functionality of textured vegetable proteins (TVP). In the experimental work the research materials were faba bean protein concentrate and oat concentrate with high β-glucan content. The flour concentrates were texturized with high-moisture extrusion, in different mixtures. Mixtures were prepared in the ratio of: 3:1 (FO) and 1:3 (OF) and soy protein concentrate (S) was used as a reference sample. Moisture content and water absorption capability of TVP samples were measured instrumentally. TVPs were later on applied to develop burgers based on a mixture of meat and vegetable sources. Burgers were prepared for instrumental analysis with seven different recipes, where TVP inclusion, water addition and meat content varied. TVP was included in three different percentages: 0, 25 and 50% and water was added in 0, 12.5 and 25%. In relation to TVP inclusion and water addition, the meat content varied between 25-100%. Sample with 100% meat was used as control sample (0-sample) and burgers with S inclusion as reference samples. Samples were analyzed for cooking loss, shear force and texture profile (hardness, fracturability, springi-ness, cohesiveness, gumminess, chewiness and resilience) which was measured with a compression method. Based on the results of the instrumental analysis, five different burger samples were selected and evaluated for sensorial properties (chewiness, biting force, juiciness and pasty mouthfeel). The highest TVP moisture content was in OF and lowest in FO, hence the difference between S and FO was not significant. The highest water absorption was in S and lowest in OF. 25% TVP inclusion in burgers reduced the cooking loss (p<0.05) and 50% inclusion reduced it even more (p<0.05). With 25% TVP inclusion S had higher (p<0.05) cooking loss compared to FO and OF. With 50% TVP inclusion the difference was eliminated. Water addition increased cooking loss significantly (p<0.05) with each type of TVP. The FO and OF inclusion showed to weaken (p<0.05) the textural properties of burgers and reduced (p<0.05) the shear force. The reference sample S was found to maintain the structure similar as from the meat control sample. Water addition, while replacing meat, weakened also the textural properties and shear force in each TVP included sample. Based on the results, the inclusion of FO and OF in burgers reduces the cooking loss compared to the 0-sample and the reference sample S. The texture of burgers became weaker with FO and OF inclusion, however sensory evaluation revealed them to be similar to S included sample. Therefore additional studies focusing on improving the textural properties of these TVPs are needed. Faba bean and oat concentrates with higher protein contents could be needed to obtain a texture closer to meat.
  • Kuivala, Tea (2023)
    Lynch syndrome (LS) is the most common cancer predisposition disease caused by dominantly inherited pathogenic variant (PV) of a mismatch repair (MMR) gene leading to a defective gene allele. The four major MMR genes encode MMR proteins – MSH2, MSH6, MLH1 ja PMS2 – that participate in the proofreading and repairing of the daughter strand for mismatches after every replication. The inherited PVs predispose to cancer development as only one somatic allele loss is required for biallelic loss according to the Knudson’s “two-hit” hypothesis. The biallelic loss of an MMR-gene leads to disrupted protein function altering the MMR process. When mismatches are left unrepaired, genomic instability is caused, which can eventually lead to tumorigenesis. Especially, the risk of colorectal cancer (CRC) and endometrial cancer (EC) is increased in LS. The predisposition syndrome, LS, is important to detect as early as possible to decrease the risk of cancer by prevention and surveillance. The MMR genes and their defects vary in their consequences to the repair process considerably, and thus, it is crucial to know the different characteristics and functional effects of them when estimating the level of cancer risk. Variants of uncertain significance (VUS) are especially prevalent among LS variants. More information about their impact to the disease can be acquired by in vitro and in silico methods, for instance. The main goal of the efforts for early detection and prevention is to reduce cancer morbidity and mortality. In this thesis, the pathogenicities of MSH2 and MSH6 variants were studied with DiagMMR assay, which has been developed for studying the protein function of these genes. In addition to the traditional agarose gel electrophoresis (AGE), the samples were also analyzed by a fragment analyzer, Labchip, that bases its function on capillary electrophoresis. This way the MMR detection efficiency of the methods could be compared. Samples were collected as skin biopsies from controls and LS patients with known MMR gene variants by Helsinki University Central Hospital (HUCH). InSiGHT database, that collects the different MMR-gene variants and their pathogenicity classification, was used to ensure that different kinds of variations, both pathogenic (class 5) and currently internationally unlisted variants, were analysed. The skin samples were cultured to acquire primary fibroblasts for nuclear protein extraction. The level of pathogenicity was revealed by MMR-protein activity when substrate DNA with a mismatch was added to the extract. Then, restriction enzymes were used for producing fragments of different lengths, depending on the repair action, and the MMR efficiency was visualized by both electrophoretic methods. Additionally, MAPP-MMR tool was used for studying the MSH2 mismatch variants in silico. By comparing the results from these two methods, we show that the more quantitative Labchip brings diagnostic value to DiagMMR suggesting 100% specificity (n=10) and 90,9% (n=11) sensitivity in reference to the variant information. For example, MSH6 c.3103C>T, which is listed as pathogenic in InSiGHT, was more consistent in giving a MMR deficient (dMMR) result with Labchip. Difference in the functional detection could be seen particularly with the MSH6 variants, but the differences were less notable when Labchip results were compared to the previous interpretations of the samples made based on the validated DiagMMR protocol. With the unlisted MSH6 variants, c.3139dupT was detected as dMMR by Labchip which was in unison with the previous interpretation. Another one, MSH6 c.551delA, was seen as MMR proficient (pMMR) in all the results by both the methods, and with the previous interpretation being unclear, which highlights the importance of further testing of this variant. There was also one unlisted variant (c.1805T>C) among MSH2 for which we got uniform dMMR results in two patients. The high MAPP-MMR score (25.150) for the MSH2 p.Leu602Pro amino acid change also supported the evidence gained of the pathogenic nature of this variant. As a conclusion, DiagMMR can be used reliably for MMR efficiency analysis, especially when performed together with a more quantitative analysis method.
  • Paajanen, Santeri (2022)
    NMDA receptors are ionotropic glutamate receptors (iGluRs), tetrameric proteins, mediating synaptic transmission in the brain and the whole nervous system. Together with another type of iGluRs, AMPA receptors, they are considered essential for neuronal plasticity and memory. Understanding their dynamics and different kinetics is vital for studying various neurological diseases. The relatively slow dynamics, where the time scales of related processes range up to hundreds of milliseconds, make studying them with Molecular Dynamics (MD) simulations challenging. We developed the Functional Sampling Tool (FST), a novel method for enhancing the sampling of a function of interest. Compared to existing enhanced sampling schemes it strikes a balance between generality and simplicity, minimising the need of user input, while allowing for maximal customisability. Using FST, we studied two processes of the NMDA receptor. By keeping all four ligands bound we simulated a desensitisation pathway, and by removing all four we simulated an inactivation pathway. The tool sampled both, giving a good distribution between open and closed states. The tool also allowed us to change the function in the middle of sampling. With the new function we were able to produce more data, focusing on a certain value range.
  • Ärmänen, Anna (2016)
    Objectives. Functioning impairments as an outcome for severe mental disorders have been well established. There is also growing evidence for early functioning impairment being a vulnerability marker for psychotic disorders. Recent findings suggest that especially early social functioning impairment may predict later psychotic disorders. However previous studies are few and they are limited to pre-selected psychosis risk samples. In addition, little is known about early functioning in other severe mental disorders. The aim of this study is to determine the level of functioning in adolescents at entry to general psychiatric services and to examine whether early functioning impairment predicts later psychosis or psychiatric hospitalizations directly, and when controlling for the effect of psychosis risk symptoms. Methods. This study is a part of the larger Helsinki Prodromal Study conducted in the National Institute for Health and Welfare. The sample consists of 154 treatment-seeking adolescents aged 15–18 years, recruited at the first visit to psychiatric services in Helsinki. Semi-structured psychiatric interviews were conducted for all participants at baseline. Functioning was assessed with validated and reliable functioning measures for social (Global functioning: social) and role functioning (Global functioning: role) and an experimental functioning measure for psychological functioning (Global functioning: psychological). Information about hospitalizations was extracted from the Finnish hospital discharge register during a 2.8–8.9 year follow-up until the end of 2011. A Cox regression survival analysis was used to examine whether functioning domains predicted later hospitalization for psychosis or psychiatric hospitalizations overall. Positive and general psychosis risk symptoms as well as psychosis risk status were controlled for the analyses. Results and conclusions. The functioning of adolescents at entry to psychiatric services was mildly impaired and the impairment was greater for individuals in psychosis risk and those with a mental disorder diagnosis. 7 transitions to psychosis and 26 psychiatric hospital admissions emerged during the follow-up. The level of psychological functioning was the only significant predictor of increased risk of hospitalizations whereas the level of positive symptoms was the only significant predictor of increased risk of psychosis. Neither social nor role functioning predicted the outcomes. The results concerning social functioning are in contrast with previous finding, which may be attributable to the low incidence of psychosis in the sample or the treatment received by the participants. Overall the results emphasize the importance of interventions for early symptoms to prevent these severe outcomes.
  • Muranen, Sampo (2019)
    Tree shoot architecture research is important due to its significance in fields such as timber production, fruit and nut production and aesthetics of common areas. Also, research on genetic factors that regulate shoot and root system architecture might provide novel methods to store more carbon in forests and, hence, mitigate global warming in the future. LAZY1 is one of the major genes that affects branch and tiller angle in herbaceous and woody species such as Arabidopsis, rice and peach tree. LAZY1 has been under scrutiny over a decade but its molecular function remains unknown. However, it is known that lazy1 mutation affects polar auxin transport. Here it is studied how LAZY1 affects initial branch angle, fiber length and reaction wood development in silver birch (Betula pendula). Also, transcript levels of few shoot architecture related genes were analyzed. LAZY phylogenetic analysis provided evidence of a duplication of LAZY1 in three studied tree species (Betula pendula, Prunus persica, Populus trichocarpa), duplicated genes are here named LAZY1a and LAZY1b. Plant material employed in this study was a segregating population (50:50) of back-cross 1 of weeping birch (B. pendula ´Youngii´) which has a truncated lazy1a. Histological samples of branches were prepared by cryo-sectioning, stained with carbohydrate binding Alcian Blue and lignin binding Safranin dyes to reveal patterns of tension wood development. Due to the large size of branch sections, samples were imaged with a microscope and the images were merged together in a Photoshop application. Branch angles were measured manually with a protractor (angle) tool from stem to the middle of a branch. The data was analyzed using mixed linear models due to the nature of used plant material. We could not use clones because of major issues in in vitro propagation. Branch samples were macerated, fibers imaged and measured by ImageJ software. LAZY1a gene expression levels were analyzed by RT-qPCR method. RNA-sequence analysis indicated that the expression pattern of LAZY1a and LAZY1b is similar in B. pendula. However, one should construct a promoter-reporter line to study with better resolution if their expression is spatially analogous. Initial branch angle was significantly different in wild type compared to lazy1a mutant. For future, one could generate single and double knock out lines of lazy1a/b to study if they have cumulative effect on the branch angle, an important factor in timber quality. Tension wood formation was difficult to quantify with the employed method, due to issues in segregating G-layered tension wood from thick-walled reaction wood. A chemical analysis of cellulose content might provide a more objective method to observe tension wood in branches. RT-qPCR method indicated that LAZY1a transcript levels are higher in wild type compared to mutant. A complementation or knock down experiment would provide sound evidence that lazy1a induces the weeping phenotype. X-ray diffraction method could be employed to study the orientation of cellulose microfibril angle in branches of the wild type vs. mutant. Generation of effective tensional stress requires a cellulose microfibril angle less than 10 and this angle is affected by auxin concentration. It is possible, that this angle is larger in lazy1a due to defect in polar auxin transport.
  • Björk, Maija (2016)
    Tutkielman tavoitteena on selvittää, mitä erilaisia funktioita koodinvaihdolla on tansanialaisissa blogeissa. Aineisto koostuu 55 blogikirjoituksesta, jotka on kerätty viidestä eri blogista aikaväliltä 2014–2016. Tutkielmassa tutkitaan koodinvaihtoa swahilin ja englannin välillä. Tutkimuksessa tarkastellaan koodinvaihdon funktioita tansanialaisissa blogeissa ja verrataan niitä Gumperzin esittämiin funktioihin, joita esiintyy konversationaalisessa koodinvaihdossa. Hypoteesina on, että koodinvaihdon funktiot blogeissa ja puheessa ovat hyvin saman tyyppisiä, sillä kielenkäyttö blogikirjoituksissa on spontaania ja puheenomaista. Tutkielman teoriaosuudessa käsitellään koodinvaihdon terminologiaa ja tutustutaan erilaisiin lähestymistapoihin koodinvaihdon tutkimuksessa. Teoriaosuudessa perehdytään myös Gumperzin koodinvaihdon funktioihin, joita sovelletaan aineistoa analysoidessa. Lisäksi tutustutaan kielenkäyttöön internetissä ja erityisesti blogeissa. Tutkimuksessa havaitaan, että viisi kuudesta Gumperzin konversationaalisen koodinvaihdon funktiosta esiintyy myös aineistona käytetyissä blogikirjoituksissa. Näiden lisäksi aineistosta löydetään myös neljä uutta funktiota. Lisäksi analyysissa käsitellään yleisiä havaintoja koodinvaihdosta blogeissa sekä esitellään funktioiden lisäksi muita syitä koodinvaihdon esiintymiselle tansanialaisissa blogeissa. Tutkimuksen tulokset osoittavat, että koodinvaihto puheessa ja blogeissa on monin tavoin samanlaista, mutta myös eroja näiden kahden genren väliltä löytyy. Ainoastaan yhtä Gumperzin esittämistä funktioista ei esiinny blogikirjoituksissa blogien ja puheen eriävien ominaisuuksien vuoksi. Aineistosta löydettävät uudet funktiot ovat: tärkeiden seikkojen korostaminen (emphasis), lyhempien sanojen ja rakenteiden suosiminen (speech economy), tiettyyn ryhmään kuulumisen ilmaiseminen (expressing fellowship) ja tunteiden ilmaiseminen (expressing emotions).
  • Tiainen, Antti Henrik (2016)
    Tarkastelen tässä työssä yleisestä, ”metaontologisesta” näkökulmasta fundamentaaleja ontologisia kategorioita ja kategoriasysteemejä. Lähtökohtana toimii ennen kaikkea ”ontologisen muodon” idea (josta ovat puhuneet mm. E. J. Lowe ja Barry Smith) ja ajatus ontologiasta ”formaalina ontologiana”. Pyrin aluksi selventämään ”ontologisen muodon” ideaa ja formaalin ontologian yhteydessä esiintyvää muoto/aine –erottelua. Päädyn toteamaan että ”aiheneutraalius” (topic-neutrality), johon usein viitataan tehtäessä erottelua ”muodollisen” ja ”aineellisen” välillä niin logiikassa kuin ontologiassakin, on riittämätön erottelemaan ontologista muotoa ”aineesta”. Perustelu tälle on se että kategoriaerotteluita ei tulisi sulkea pois ontologisesta muodosta. Tämän jälkeen siirryn tarkastelemaan ”formaali-ontologisen relaation” ideaa. Ajatus on että ontologisen muodon voitaisiin nähdä koostuvan tietynlaisista relaatioista olioiden välillä. Tarkastelen lähemmin kolmea piirrettä jotka on liitetty ”formaali-ontologisiin” tai ”formaaleihin relaatioihin”: taipumusta synnyttää regressioita, ”internaalisuutta” (ns. internal relations) ja ”ontologisen statuksen” puutetta (ts. että nämä relaatiot eivät ole omia erillisiä olioitaan). Totean näiden tarkastelujen lopuksi että sekä ”ontologiselle muodolle” että ”formaali-ontologiselle relaatiolle” kirjallisuudesta löytyvät karakterisoinnit ovat puutteellisia. Seuraavaksi tarkastelen formaali-ontologisten relaatioiden mahdollista roolia kategoriasysteemeissä ja merkitystä kategoriaerotteluille. Käyttäen esimerkkinä eri tapoja tulkita Aristoteleen ns. ontologista neliötä erottelen kaksi erilaista tapaa joilla kategorioiden voisi nähdä määräytyvän olioiden välisistä relaatioista. Ensimmäisen tavan mukaisesti kategoriat muodostavat hierarkian jossa vain osa kategorioista määräytyy relationaalisesti. Toisen tavan mukaisesti kaikki kategoriat taas määräytyvät yhtälailla relaatioiden perusteella. Tämä jälkimmäinen tapa, jonka katson sopivan paremmin yhteen sen fundamentaalisuuskäsityksen kanssa jota olen päätynyt kannattamaan työn johdannossa, tuottaa eräässä mielessä strukturalistisen kuvan ontologisista kategorioista. Kategorioiden relationaalisen määräytymisen kohdalla hyödynnän myös ”reaalimääritelmän” ideaa josta on viime aikoina puhunut mm. Kit Fine. Käsiteltyäni lyhyesti E. J. Lowen versiota ontologisesta neliöstä tarkastelen vielä lähemmin ajatusta kategorioiden puhtaasti relationaalisesta määräytymisestä. Yritän vastata eräisiin kirjallisuudesta löytyviin vasta-argumentteihin ja puolustaa yleisesti ”kategoriastrukturalismin” mahdollisuutta, mutta viittaan myös lyhyesti joihinkin metafyysisiin seurauksiin joita tällaisella kategoriakäsityksellä mahdollisesti voisi olla.
  • Hirviniemi, Olli (2017)
    In this thesis we examine the properties of Wigner matrices. We will give proofs for two fundamental limit theorems of random Hermitian matrices. One of them is Wigner's semicircular law which states that the distribution of the eigenvalues approaches the Wigner's semicircular distribution when the size of the matrix increases. The other, Bai-Yin theorem, tells that the operator norm of such n × n matrix is almost surely (2+o(1))\sqrt{n}. In Chapter 1 we begin by introducing Wigner matrices and deduce the proper normalizing factor. We will also consider what does it mean for the distribution of the eigenvalues to converge by demanding that the empirical spectral distribution should converge almost surely in weak topology. In Chapter 2 we introduce the Stieltjes transform, a useful tool for finding the limit measure. We prove some basic properties and prove that the weak convergence of measures is equivalent to the convergence of their Stieltjes transforms. In Chapter 3 we prove the Wigner's semicircular law. The proof is based on using the Stieltjes transform, and contains several steps. First we find the pointwise expectation of the Stieltjes transform by deriving a polynomial equation for it. While deriving this equation we use several techniques and theorems from both probability theory and linear algebra, covered in the appropriate Appendix. After deducing that the expectation converges, we see quite straightforwardly that the pointwise limit is in fact almost sure. From this we deduce that the empirical spectral distribution of the Wigner matrix converges to the Wigner's semicircular distribution. We begin Chapter 4 by concluding the lower bound in Bai-Yin theorem directly by the semicircular law. For upper bound, we can split the matrix into three parts and use triangle inequality. The diagonal part is easily seen to grow slower than \sqrt{n}. The part with smaller elements is estimated using even moments and combinatorics to see that it has the wanted upper bound. Finally the part containing all large elements is almost surely sparse, and therefore its operator norm grows slower than \sqrt{n}.
  • Tuppurainen, Stiina (2014)
    This is a case study of archaeology of religion. Bronze Age and Pre-Roman Iron Age beliefs are studied through the cairns on Sammallahdenmäki and a settlement site on Huilu2, which is contemporary with the youngest cairns. Archived reports of excavations and surveys of the area are used to ponder the meanings of the structure, location, form, and content of the cairns, and whether this data reveals signs of past beliefs and rituals. Other source materials are later written sources about the beliefs from this area, Finno-Ugrian and Indo-European ethnographies, folklore poetry and spells, and comparison to archaeological material on surrounding areas. Sammallahdenmäki is located on the southwestern coast of Finland, which was clearly connected to Southern Scandinavia and to Baltic areas. For this reason research history has been gathered from these areas as well. The Early Metal Period of the inland Finland gathered influences from the east, and the effects of connections between different groups on the religious beliefs are also considered. Methods used are ethnographic analogies and phenomenology. The Bronze Age stone cairns differ remarkably from the earlier burial customs. Connections between cremation and sun worship and fertility rituals are discussed. Only a small amount of bones are found from the cairns. Most of the deceased bodies were deposited elsewhere. These differences in the treatment of bodies likely indicate social differences even within a fairly uniform religious belief tradition. There are also many variations on the structure of the cairn, even between cairns built during same time periods. Not all of the cairns were necessarily graves, and a small amount of human bones doesn't prove that a grave was the primary function of the cairn. There may have been other rituals, in addition to burials, although these would be impossible to prove archaeologically.
  • Mustaniemi, Tuomas (2022)
    The thesis gives an overview of indoor air pollution sources, health effects, and the detection of the fungal markers in indoor environment. In the experimental part of the thesis, solid phase extraction-liquid chromatography-tandem mass spectrometry method was developed for the quantitative analysis of 23 fungal secondary metabolites. The method was used to analyze the condensate water in indoor air from two sick houses in the Southern part of Finland. Furthermore, the practice was used to find other possible fungal marker compounds. The concerns of the indoor air pollution have been steadily increasing for the past couple decades since the prevalence of the irritative symptoms, such as skin, eye and respiratory track problems, that have been increasing without any clear reasoning. These symptoms are therefore being referred as building related symptoms since no other functionality have been discovered to be responsible for those. The general sources that could be linked to the cause of these symptoms are comfort parameters, material and burning related sources, and microbial metabolism products. From the microbes, the fungal species exhibit biggest concerns related to the indoor air quality since the growth of the fungus in the suitable conditions can lead to sizeable emissions of the particles and secondary metabolites which might be toxic, irritating or otherwise unhealthy. The traditional way of detecting the fungal contamination has required highly trained professional who investigates the interiors of the suspected contaminated house with the help of a moisture detector. When the contaminated spot is detected, the expert would conduct a visual inspection, and take a sample of the fungal growth for the microscopic analysis. Since then, methods focusing on the detection of the fungal particles and compounds have been developed. These include the collection of the bioaerosols and the detection of the volatile organic compounds originating from the fungal metabolism. However, there are challenges and limitations on these methods such as dependencies on time, low concentrations, and other pollution sources having similar chemical profiles than the fungal sources. Therefore, diverse ways to analyze the chemical profile of the sick houses is needed. Consequently, in the experimental part of this thesis, the method was developed to analyze fungal secondary metabolites from the condensate of the indoor air. The investigation consisted of the two fungal contaminated sick houses and from the one reference laboratory air sample. The results revealed twelve compounds to be elevated in the indoor air compared to the outdoor air and seven of these compounds were not detected in the reference sample. From these seven compounds, the studied amino acids and caffeine were the most promising fungal marker compounds since these compounds had consistently larger concentrations indoors than outdoors. Furthermore, the precursor ion scan revealed nine more potential marker compounds.
  • Salminen, Jessica (2013)
    Aikaisempi kokemus matematiikkakuvatutkimuksesta ja funktio-oppimateriaalin luominen englanniksi yhdeksäsluokkalaisille johdatti tutkijan pohtimaan, miten oppilaat olivat lopulta käsittäneet funktion ja onko matematiikkakuvalla yhteyttä oppilaan funktiokäsitykseen tai ylipäätänsä menestymiseen matematiikassa. Inspiraation lähteenä tälle tutkimukselle toimi Vinnerin ja Dreyfusin (1989) tutkimus funktiokäsityksestä ja Pietilän (2002) matematiikkakuvatutkimus. Yläkoululaisten funktiokäsityksen vertailukohteena käytettiin Hannulan ja Tuomen (2012) samana keväänä keräämää lukiolaisaineistoa ja heidän tutkimuksensa tuloksia. Tutkimuksessa kartoitetaan Middle Years Programmen Espoossa läpikäyneiden yhdeksäsluokkalaisten funktiokäsitystä ja matematiikkakuvaa. Aineisto kerättiin paperisella kyselylomakkeella luokkahuonetilanteessa keväällä 2012 Espoolaisessa Middle Years Programme -koulussa kevään viimeisenä koulupäivänä. Tutkimukseen osallistui 49 koulun 63:sta yhdeksäsluokkalaisesta. Tutkimusaineiston analysoinnissa käytettiin sekä laadullisia että määrällisiä menetelmiä. Aineiston määrällisessä analysoinnissa käytettiin apuna SPSS-ohjelmaa ja tilastollisia merkitsevyystestejä. MYP-yläkoululaisten funktion eri representaatioiden hallinta ei eronnut tilastollisesti merkitsevästi lukiolaisten vastauksista. Parhaiten funktion eri representaatiot hallitsivat ne yläkoululaiset, jotka määrittelivät funktion vastaavuuden tai algebrallisen esityksen kautta. Ne oppilaat, jotka jättivät funktion kokonaan määrittelemättä, olivat aineiston heikoimmin matematiikkaa opiskelemaan motivoituneita, heidän asenteensa oli huonoin ja käsitykset matematiikasta negatiivisimmat. Sen sijaan ne oppilaat, jotka määrittelivät funktion vastaavuuden kautta, olivat hyvin motivoituneita opiskelemaan matematiikkaa, heidän asenteensa matematiikan opiskeluun oli aineiston positiivisin, heillä oli vähiten uskomuksia matematiikasta ja heidän käsityksensä matematiikan luonteesta olivat aineiston selvästi positiivisimmat.
  • Juntunen, Heikki (2021)
    Pre-eklampsia on istukkaperäinen raskaudenajan häiriö, joka laskee äidin ja lapsen selviytymistodennäköisyyttä raskaudesta. Taudille tyypillisiä oireita ovat odottavan äidin korkea verenpaine ja tämän virtsan proteiinipitoisuus. Monitekijäisen taudin syyt tunnetaan vielä heikosti. Taudin perinnöllisyystutkimuksessa yksi kiinnostava kohde on ollut verisuonten kasvutekijäreseptoria koodaava geeni FLT1, jonka tuottaman proteiinin s-Flt1:n korkeat pitoisuudet assosioituvat tautiin. Geenin läheisyydestä tunnetaan yhden nukleotidin polymorfismi, jonka tietty muoto sitoo p53-proteiinia tehokkaasti. p53:n ilmentymisen tiedetään olevan koholla pre-eklampsiassa. Tutkimuksessa selvitettiin tapaus-verrokkitutkimuksena joukolta pre-eklamptikkoja ja näiden terveiltä verrokeilta genotyypit tutkittavan polymorfismin kohdalta perimän ja sairastavuuden mahdollisen yhteyden varalta. Tutkittavien seeruminäytteistä eristettyä perimäainesta monistettiin PCR-tekniikalla, ja DNA sekvensoitiin tarkan emäsjärjestyksen selvittämiseksi. Genotyyppien ja sairastavuuden sekä sairauden kannalta oleellisten kliinisten muuttujien mahdollisesta yhteydestä suoritettiin assosiaatioanalyysi Fisherin tarkkaa testiä käyttäen. Tuloksista ei löytynyt tilastollisesti merkitseviä assosiaatioita lukuun ottamatta s-Flt1-tasoja, joiden kohdalla kynnysarvon alittavien tasojen ja T-alleelin välillä nähtiin pieni viitteellinen yhteys sekä lasten että äitien kohdalla. Tulokset ovat ristiriidassa aiempien tutkimusten pohjalta luodun tutkimushypoteesin kanssa. Tutkimus aiheesta on vielä varhaista, mikä vaikeuttaa tulosten suhteuttamista.
  • Lantto, Anttijuhani (2015)
    Suuri osa nykyisistä sovelluksista on selaimella käytettäviä web-sovelluksia. Eräs web-sovellusten suurimmista haasteista on tapahtumien käsittely, joka sisältää suuren osan sovelluksen virheistä. Funktionaalinen reaktiivinen ohjelmointi pyrkii selkeyttämään tapahtumienkäsittelyä ja sovelluksen tilan automaattista päivitystä. Funktionaalinen reaktiivinen ohjelmointi tarjoaa tähän kaksi työkalua: signaalit ja tapahtumavirrat. Signaalit ovat automaattisesti päivittyviä arvoja, joiden avulla sovelluksen käyttöliittymä voidaan pitää automaattisesti päivitettynä. Tapahtumavirrat ovat ajan mukaan järjestettyjä kokoelmia tapahtumia. Tapahtuman tapahtuessa se lisätään tapahtumavirtaan ja käsitellään. Tapahtumavirroille voidaan tehdä funktionaalisen ohjelmoinnin kokoelmien käsittelyn tyylisiä operaatioita. Tutkielmassa esitellään funktionaalisen reaktiivisen ohjelmoinnin periaatteet ja käsitellään tarkemmin Javascriptillä tehdyistä funktionaalisen reaktiivisen ohjelmoinnin toteutuksista RxJS ja Bacon.js. Funktionaalinen reaktiivinen ohjelmointi on selvä edistysaskel yksinkertaisista pelkkiin takaisinkutsuihin perustuvista ratkaisuista. Se parantaa sovellusten ylläpidettävyyttä, laajennettavuutta ja selkeyttää ohjelmakoodia. Useimpien sovellusten kehittämisessä käytetään sovelluskehyksiä. Sovelluskehysten tavoitteet ovat usein yhteneväisiä funktionaalisen reaktiivisen ohjelmoinnin kanssa, eli ne pyrkivät selkeyttämään tapahtumien käsittelyä, yhtenäistämään rajapintoja ja selkeyttämään sovellusten rakennetta. Tutkielmassa esimerkkisovelluskehyksenä on AngularJS. AngularJS toteuttaa monia reaktiivisuuden piirteitä ja sitä voidaan käyttää yhdessä Bacon.js:n ja RxJS:n kanssa. Funktionaalista reaktiivista ohjelmointia voidaan käyttää yhdessä sovelluskehysten kanssa, mutta sovelluskehysten kanssa funktionaalisen reaktiivisen ohjelmoinnin hyöty jää pienemmäksi. Monimutkaisen tapahtuman käsittelyn yhteydessä funktionaalisen reaktiivisen ohjelmoinnin käyttö voi olla järkevää, vaikka sovelluksessa olisikin sovelluskehys käytössä.
  • Eharand, Anna (2015)
    Tässä tutkielmassa selvitetään, kuinka venäläiset kuluttajat suhtautuvat funktionaalisiin elintarvikkeisiin. Funktionaaliset elintarvikkeet ovat Venäjällä verrattain uusi ilmiö ja kuluttajien asenteet tuotteita kohtaan yhä vakiintumattomia. Tutkimuksen kannalta keskeisiä aiheita ovat kuluttajien asenteet teknologisesti muokattuja elintarvikkeita kohtaan, elintarvikkeen terveysväitteen merkitys tuotteen lisäarvon muodostumisen kannalta sekä venäläisten kuluttajien yleinen suhtautuminen terveysväittämällä varustettuja elintarvikkeita kohtaan. Suhtautumista selvitettiin venäläisille kuluttajille suunnattuna internet-kyselynä. Tutkielman aineisto koostuu 159 vastauksesta, jotka analysoitiin tilastollisia työkaluja apuna käyttäen. Tutkimuksen tulosten perusteella voidaan todeta, että Venäjällä ollaan hyvin kiinnostuneita funktionaalisista elintarvikkeista, mutta käsite ”funktionaalinen elintarvike” ei ole kuluttajille juuri itsessään tuttu. Saatujen tulosten mukaan suurin osa kuluttajien funktionaalisiin elintarvikkeisiin liittyvistä epäilystä kohdistuu hyvin periaatteellisiin kysymyksiin, esimerkiksi uusi valmistusteknologia saattaa saada valintatilanteessa merkittävää painoarvoa. Funktionaalisten elintarvikkeiden omaksumisessa korostuu kuluttajan luottamus niin tieteelliseen tutkimukseen, tuotteiden valmistajiin kuin tuotteiden markkinoijiin. Tulosten mukaan kuluttajat harvemmin luottavat markkinointikampanjoihin, joten erityisesti asiantuntijoiden rooli tiedonvälittäjänä on tärkeä. Terveydenhuollon ammattilaisilla nähdään olevan olennainen rooli kuluttajien tietoisuuden kasvattamisessa Venäjällä, sillä elintarviketeollisuuden yritykset koetaan liian puolueellisina todenmukaisen informaation levittämiseen. Lisäksi tulokset osoittavat, että terveysväitteen nähdään tuovan tuotteelle lisäarvoa. Motivaatio tuotteen käytölle syntyy kuitenkin ainoastaan siinä tapauksessa, mikäli kuluttaja ymmärtää terveysväitteen ja tuotteen terveysvaikutus tuntuu itselle merkitykselliseltä. Venäjällä suomalaisia elintarvikkeita pidetään saatujen tulosten perusteella korkealaatuisina, ja tuotteen suomalainen alkuperä lisää kuluttajien luottamusta funktionaalisen elintarvikkeen toimivuuteen. Hyvin Suomessa menestyneet funktionaaliset elintarvikkeet luovat uskoa alaan kohdistuville suurille odotuksille, ja saadut tutkimustulokset lisäävät toivoa menestystarinoihin myös Venäjällä.
  • Pitkänen, Kaarlo (2014)
    Tietokonepelit on jo pitkään luotu käyttäen lähes yksinomaan imperatiivisia ohjelmointikieliä, kuten C++- ja C#-kieltä. Toisaalta tiedetään, että funktionaalisessa ohjelmoinnissa esimerkiksi rinnakkaisuuden hallinta sekä ohjelmien testaus on usein helpompaa kuin imperatiivisessa ohjelmoinnissa. Tämä on yksi syy, miksi funktionaalisen ohjelmoinnin soveltaminen peliohjelmointiin on herättänyt mielenkiintoa. Tässä pro gradu -tutkielmassa tarkastellaan funktionaalisen ohjelmoinnin soveltamista peliohjelmointiin. Sen jälkeen, kun on selostettu tutkielmassa käytettäviä ohjelmointitekniikoita, esitellään kaksi funktionaalista ohjelmointia hyväksi käyttävää ohjelmointikieltä Yampa ja Casanova. Näillä ohjelmointikielillä toteutetaan esimerkkipelit, joita verrataan imperatiivisella ohjelmointikielellä toteutettuun esimerkkipeliin. Vertailusta voidaan huomata, että funktionaalisia ohjelmointitekniikoita hyväksi käyttävät esimerkkipelit ovat sekä pelaajan että ohjelmoijan näkökulmasta laadullisesti vertailukelpoisia perinteisellä imperatiivisella ohjelmointikielellä toteutetun peliratkaisun kanssa.
  • Borg, Ina (2017)
    Kultakomplekseja on katalyysikemiassa perinteisesti käytetty aktivoimaan alkyynien, alleenien ja alkeenien π-sidoksia nukleofiilistä additiota varten. Kultakomplekseja, joissa on halogeeniligandeja, kutsutaan yleensä esikatalyyteiksi. Näistä voidaan muodostaa aktiivinen katalyytti luomalla kultaioniin vapaa koordinointipaikka vaihtamalla vahvasti koordinoiva halogeeni-anioni ei-koordinoivaan anioniin. Ligandeissa mahdollisesti esiintyvän funktionaalisen osan tarkoituksena on korvata vastaionien käyttö koordinoitumalla heikosti kultaan. Hypoteesin mukaan funktionaalinen ryhmä kykenisi spontaanisti irtautumaan kultaytimestä ja näin ollen luomaan vapaan koord inointipaikan katalysoitavalle substraatille. Kirjallisuuskatsauksessa tarkastellaan alkuun organokultakompleksien toimintaa homogeenisessä katalyysissä sekä vastaionien merkitystä katalyyttiseen aktiivisuuteen. Tämän jälkeen tarkastellaan syvemmin funktionaalisten NHC-kultakompleksien ominaisuuksia, kuten niiden funktionaalisen osan kykyä koordinoitua kultaytimeen katalyyttien aktivoimiseksi. Samalla tarkastellaan myös missä reaktioissa ja minkälaisella menestyksellä funktionalisoituja NHC-kultakomplekseja on käytetty. Muutamassa tapauksessa kultakomplekseja onnistuttiin aktivoimaan NHC-ligandien funktionaalisuuden ansiosta. Kokeellisessa osuudessa syntetisoitiin ksyleeni- ja pyridiinipohjaisilla linkkereillä sekä suojatulla amiinifunktionaalisuudella varustettuja NHC-ligandeja. Vastaavien kulta(I)- ja kulta(III)- kompleksien katalyyttistä aktiivisuutta tutkittiin alkynyylifuraanin toisiintumisreaktiossa, terminaalisen alkynyylihapon ja propargyyliamidin syklisointireaktioissa sekä imiinisynteesissä. Valmistetut katalyytit osoittivat vaihtelevaa aktiivisuutta eri reaktioissa.