Browsing by Title

Tarkastelen tässä tutkielmassa hiilijalanjälkitestien ja hiilijalanjäljen pienentämiseen tähtäävien kokeilujen kehittäjien näkemyksiä parhaista tavoista suomalaisten ohjaamiseen kestävämpiä elämäntapoja kohti. Etsin tutkielmassa vastauksia seuraaviin tutkimuskysymyksiin: 1. Minkälaisiin käsityksiin kuluttajista hiilijalanjälkitestit ja hiilijalanjäljen pienentämiseen liittyvät kokeilut perustuvat? 2. Millä tavoilla testin kehittäjien mielestä kuluttajia voi parhaiten ohjata kohti kestävämpiä elämäntapoja? Perustan tutkielman vihreän kuluttajuuden käsitteeseen sekä aiempaan hiilijalanjälkitesteistä ja ruohonjuuritason kokeiluista, erityisesti energiakokeiluista ja älykkäistä sähköverkoista tehtyyn tutkimukseen. Hiilijalanjälkitestien kehittäjiä on tutkittu vähän, mutta energiakokeilujen yhteydessä kehittäjien näkemyksiä kokeilujen osallistujista on tutkittu enemmän. Käytän tutkielmassa asiantuntijahaastattelujen vastauksista tehtyä sisällönanalyysia. Haastattelut on tehty talven 2018-2019 aikana. Tuloksena oli, että parhaita keinoja ohjaamisessa olivat henkilökohtainen apu asiantuntijoiden sekä vertaisryhmien muodossa, erilaisten elämänvalintojen ja -tilanteiden kuten asuinpaikan tai rahatilanteen tunnistaminen ja huomioiminen, erilaisten kulutusvalintojen suhteellisten vaikutusten vertailu ja vaikutuksista viestiminen sekä kestävien elämäntapojen hyväksyttävyyden lisääminen niiden trendikkyyttä kasvattamalla. Ohjausvastuun koetaan olevan ennen kaikkea julkisella sektorilla ja yrityksillä, mutta yksityishenkilöillä on vastuu vaatia uudenlaisia ratkaisuja.

Achieving the global 1,5 degrees Celsius climate target requires the contributions of several societal actors to reduce emissions. Several actors have started to work to untangle the emissions of their operations and abate them. The Turku and Kaarina parish union, which operates in Southwest Finland, has also set a personal goal to reduce its emissions, aiming to be a carbon-neutral organization by 2029. The purpose of this thesis is to find out the carbon footprint and the forests’ carbon sinks of Turku and Kaarina parish union and make the carbon neutrality roadmap with some examples of how to achieve the parish union’s carbon neutrality goal of 2029. In addition, the thesis examines through the selected case study the organization’s methodology of the carbon footprint and the realization of the carbon neutrality goals. Both the parish union’s carbon footprint and the forests’ carbon sinks are calculated for the year 2022. The materials of carbon footprint consist of the activity data of the parish union and the emission factors. The calculation of the carbon footprint is carried out based on the international standards, Greenhouse Gas Protocol, and ISO 14046. The forests’ carbon sinks are calculated based on the parish union’s information on its forestry management of 2022 and the research of Natural Resources Institute Finland about the carbon sinks and stocks of local parishes of the Evangelical Lutheran Church of Finland of 2021. The estimate of gross emissions of Turku and Kaarina parish union for 2022 is approximately 4985 tCO2e. The biggest emission groups are procurements, real estate, and travel. The size of the forests’ carbon sinks is approximately 1176 tCO2e, offsetting about 24–29 % of the gross emissions depending on the parish union’s carbon neutrality targets. Based on the union’s carbon neutrality goal, the net emissions should still be reduced by about 2261 tCO2e and offset by about 551 tCO2e. The realization of Turku and Kaarina parish union’s carbon neutrality goal would require significant emission reductions, especially from the biggest emission groups. Because the union has already executed a major portion of the easiest emission reductions of the union’s operations, the realization of new and large emission reductions is challenging to implement only in six or seven years. In addition, the realization of the carbon neutrality goal is hampered for instance the different limitations and uncertainties related to the carbon footprint calculation, stability of forests’ carbon sinks, and the practical implementation of the roadmap. However, the carbon neutrality goal of the Turku and Kaarina parish union will be progressing particularly with the successfully implemented sustainability transformation and transition and the Church’s environment diploma, supporting the Church’s environmental education, and promoting wide-scale societal transformation towards the climate-neutral life.

HIV-1 is a lentivirus causing a serious immunodeficiency disease called AIDS to almost 38 million people in the world. Like all retroviruses, HIV has an ability to insert a copy of its genome into the host cell DNA thus having a lifelong effect on the host cell. Two identical copies of single-stranded RNA are first reverse transcribed, and then a protein called integrase inserts the DNA into the genome of T-cells of the human immune system. Studies have shown that in some retroviruses the integrase protein has a unique integration pattern favoring certain areas of the host cell genome. For example, active transcription units or promoter units are found to attract integration activity. On the other hand, with nuclear localization signals in its structure and an ability to attach to the human genome, it raises a question if the integrase could have additional functions. Regulating certain gene expression levels could support viral replication and the survival of the virus. The aim of the study was to determine whether integration sites differ from integrase genomic contact sites, which could be an indication of integrase’s additional role. Study was started by method optimization. Two chromatin fragmentation methods, sonication and endo-exonuclease treatment, were tested in order to achieve optimal sized DNA fragments for ChIP-sequencing. Two cell lines were infected with HIV-1. Genomic DNA was collected for integration site sequencing. Integrase genomic contact sites were studied with ChIP-sequencing. Next generation sequencing for both, integration sites and integrase genomic contact sites, was carried out by an outsource biotechnology company. Sequences were processed with bioinformatics platforms, such as Galaxy and Homer. Study of the effects of transfected integrase was also initiated by transfection method optimization. Treatment with endo-exonuclease resulted in correctly sized DNA fragments when DNA was first purified. In a cell lysate, a correct ratio of MNase and cells was not found, although several cell lysis methods and buffers were tried. This is why actual integrase genomic contact site samples were fragmented by sonication. In MRC-5 cell line, integration site sequencing resulted in over 2 M reads with 289 aligned, unique integration sites. Integrase genomic contact site sequencing resulted in 1.8E+6 Bowtie mapped reads. A brief analysis of the sequences including sequence visualization, comparison of localization in the genome and GO terms, showed that integrase genomic contact sites have certain patterns that differ from integration sites. Therefore, it was confirmed that the study is repeatable, as the results were in line with the study conducted several years earlier. These results also suggest that method optimization had been successful. As bioinformatics methods were used with default parameters only, more attention should be payed when sequences are analyzed more deeply. This will offer a more thorough understanding of the functions of integrase.

Kosteikot ovat biodiversiteetiltään yksi maailman rikkaimmista habitaateista. Kosteikkojen ja niillä elävien vesilintujen tuottamien ekosysteemipalvelujen laajuuteen ja tärkeyteen on havahduttu vasta viime aikoina. Kosteikkoja ja niiden linnustoa uhkaavat maailman laajuisesti maankäyttö sekä makeiden vesistöjen pilaantuminen. Viimeisen vuosisadan aikana maailman kosteikkojen määrä on vähentynyt puoleen ja niiden tila on heikentynyt. Kosteikkolinnuston elinolot ovat heikentyneet ja linnusto on taantunut. Kosteikkoja rakentamalla ja kunnostamalla on voitu parantaa linnuston elinolosuhteita. Etenkin keinotekoisten kosteikkojen merkitys on ollut suuri luontaisten kosteikkojen tilan heikkenemisen myötä. Vain vähän tiedetään miten luonnollisten kosteikkojen hoitotoimet vaikuttavat linnustoon paikallisella tasolla. Niukasti tietoa on myös saatavilla päättäjille hoitotoimien kustannustehokkuudesta. Tässä työssä tutkittiin Etelä-Suomen kosteikkojen hoitotoimien vaikutuksia levähtävään ja pesivään linnustoon. Työn tarkoituksena oli selvittää eri hoitotoimien vaikutuksia ravinnonhankinnaltaan erilaisiin lintukiltoihin ja -ryhmiin. Yhtenä tutkimuksen päätavoitteena oli luoda käsitys hoitotoimien kustannustehokkuudesta sekä mihin resurssit kannattaa käyttää. Tutkimusalue käsitti 21 Etelä-Suomen linnustollisesti arvokasta kosteikkoa. Kosteikkoja kunnostettiin vuosina 2004–2012 kahdessa hoitojaksossa. Hoitojaksoja ennen ja niiden jälkeen kosteikkojen pesivä ja levähtävä linnusto selvitettiin. Suomen ympäristökeskus vastasi hoitotoimista ja linnustolaskennoista Uudenmaan ja Kymenlaakson ELY-keskusten kanssa. Kosteikkoja kunnostettiin pääasiassa avoimuutta lisäämällä laidunnuksen, puustonraivauksen, niiton ja äestyksen sekä ruoppauksen avulla. Muutolla levähtävä linnusto selvitettiin läpi muuttokauden noin viiden päivän välein suoritettujen laskentojen avulla ja pesivä linnusto selvitettiin viiden käyntikerran kartoitusmenetelmällä. Kohteiden linnut eriteltiin hoidettuihin osa-alueisiin sekä niiden ulkopuolelle jääviin hoitamattomiin osa-alueisiin. Kontrollialueina toimivat hoitamattomat kohteet ja osa-alueet. Lasketut linnut yhdistettiin ravinnonhankintansa perusteella kymmeneen kiltaan, jotka olivat puolisukeltajasorsat, sukeltajasorsat, kalansyöjävesilinnut, joutsenet, hanhet, kahlaajat, naurulokki, rantakanat ja kaulushaikara, avomaavarpuslinnut sekä pensaston ja ruovikon varpuslinnut. Kolmea viimeksi mainittua kiltaa tarkasteltiin vain pesimäaikana. Erikseen tarkasteltiin kansallisesti uhanalaisia sekä lintudirektiivin liitteen I lajeja. Hoitotoimien sekä niihin käytettyjen kokonaiskustannusten vaikutuksia kiltakohtaisiin lintumääriin tarkasteltiin lineaarisilla sekamalleilla. Syysmuuttoaineistossa kaikkien lintukiltojen määrät kasvoivat niitto- ja äestysalan myötä; laidunnuspinta-ala lisäsi hanhien ja kahlaajien lukumääriä. Kaikkien kiltojen lukumääriä lisäsi laidunala keväällä, lisäksi niitto- ja äestys - sekä ruoppausala lisäsivät kahlaajien lukumääriä. Kalansyöjien lukumäärät vähenivät ruoppausalan kasvun myötä, mutta yhteys oli tilastollisesti vain suuntaa antava. Pesimäaineistossa ruoppausala x kilta-interaktio osoittautui tilastollisesti merkitseväksi, mutta kiltakohtaisesti tarkasteltuna vaikutukset olivat suuntaa antavia; rantakanat ja kaulushaikara runsastuivat ja kalansyöjävesilinnut vähenivät. Sekä uhanalaisten että lintudirektiivin liitteen I lajien lukumääriä kasvatti laidunnus keväällä ja syksyllä. Hoitotoimiin käytettyjen kokonaiskustannusten suhteen runsastuivat syksyllä puolisukeltajasorsat, hanhet ja kahlaajat. Keväällä kokonaiskustannuksilla oli positiivinen yhteys puolisukeltajasorsien, kahlaajien ja naurulokin lukumääriin. Pesimäaineistossa kokonaiskustannukset kasvattivat naurulokin lukumääriä. Suuntaa-antavasti kokonaiskustannukset lisäsivät rantakanojen ja kaulushaikaran määriä sekä vähensivät kalansyöjävesilintujen määriä. Erityisesti huomioitavaa on, että hoitotoimilla havaittiin vain positiivisia merkitseviä tuloksia lintukiltoihin. Laidunnus oli tärkein yksittäinen hoitotoimi, mikä liittynee sen ympäristöä monipuolistavaan vaikutukseen. Hoitotoimista eniten hyötynyt kilta oli kahlaajat, mutta kaikki killat hyötyivät jostain hoitotoimesta. Hoitotoimien positiiviset vaikutukset liittynevät avoimuuden lisääntymiseen sekä karjan läsnäoloon, jotka voivat parantaa lintujen ruokailuolosuhteita sekä lisätä turvallisuutta. Kokonaiskustannukset paljastivat että naurulokki ja puolisukeltajasorsat hyötyivät hoitotoimista kokonaisuutena, sillä ne eivät poikenneet muista killoista yksittäisiä hoitotoimia tarkasteltaessa. Vähiten hyötyivät sukeltajasorsat sekä kalansyöjävesilinnut. Tutkimus osoittaa, että hoitotoimilla voidaan parantaa taantuneiden kosteikkolintujen elinolosuhteita. Koska hoitokohteet ovat Etelä-Suomen parhaimpia lintuvesiä, on hoitotoimien biologinen merkitys suuri. Vaikutukset eivät ole pelkästään kansalliset, vaan kunnostuksesta hyötyvät Suomenlahden muuttoreittiä pitkin pohjoiseen muuttavat kosteikkolinnut –aina Siperiaan asti. Yksi tärkeimmistä huomioista on, että hoidon loputtua kosteikkojen tila heikkenee. Hoitoa tulisi jatkaa, jottei saatuja hyötyjä menetettäisi. Tulevaisuudessa olisi tärkeää suunnitella mittavat hoitotoimet myös tutkimuksen kannalta, jolloin hoitotoimien vaikutuksia voitaisiin tutkia tarkemmin. Tärkeää olisi löytää keinot sukeltajasorsien ja kalansyöjien elinolojen parantamiseksi.

Antimicrobial resistance is an emerging concern at the global scale, threatening the effectiveness of antibiotics in treating bacterial infections. Among anthropogenically impacted environments, wastewater treatment plants have been indicated as possible reservoirs of antibiotic resistance genes, putative hotspots for their horizontal gene transfer, and a source of their dissemination to the environment. Generally, the abundance of antibiotic resistance genes is reduced during the wastewater treatment process. However, some genes were shown to be enriched in purified effluent water and dried sludge, which are then released to the environment, compared to influent water. Also, the taxonomy of the hosts carrying antibiotic resistance genes could change as a result of horizontal gene transfer events. The aim of this study was to analyse and compare the host range of a series of antibiotic resistance genes in influent water, effluent water and dried sludge collected from the Viikinmäki wastewater treatment plant in Helsinki, Finland, by applying Emulsion, Paired Isolation and Concatenation PCR (epicPCR). EpicPCR is a method that can link a gene of interest to the 16S rRNA gene from the genome of the host bacterium, without any cultivation step. The abundance of the hosts was also evaluated by sequencing the 16S rRNA gene from the whole bacterial community. In several cases, the target antibiotic resistance genes (blaIMP, blaNDM, ermB, ermF, sul1 and strB) were carried in effluent water and dried sludge by taxa that were not hosting them in influent water, suggesting that horizontal gene transfer events might have occurred during the treatment. All the examined genes were detected both in abundant and in rare taxa, including genera that also comprise pathogenic species, such as Arcobacter and Acinetobacter. Some of the detected hosts were not previously known to show resistant phenotypes, namely members of the family Methylophilaceae. These results corroborate the idea that wastewater treatment plants might be hotspots for the horizontal gene transfer of resistance determinants, and potentially disseminate antibiotic resistant pathogens to the environment. However, in order to ensure the accuracy of the results, the limits of epicPCR as a method need to be identified and addressed.

During this study I examined the roles that resource diversity and trophic complexity play in the emergence and maintenance of biodiversity (ecological complexity) via the use of the evolutionary software Avida. I found a positive relationship between resource diversity and ecological complexity as would be expected from previous studies. However, a trade off was observed between ecological complexity and resource diversity, following the principle of diminishing returns. I also showed that trophic complexity exhibited a positive relationship with ecological complexity echoing what was described in previous studies. However, this increase in ecological complexity resulted in an increase in competition which slowed down the accumulation of higher resources which in-turn affected the emergence of higher-level functions. This study further suggests that an increase in ecological complexity results in an increase in ecosystem stability, however more rigorous measures are needed to fully establish this link. Despite, the inherent abstractions that are present in the Avida system, it has provided valuable insights into the relationships between these ecological factors. The findings suggest that there is need for more future studies possibly looking at the resilience and recovery of these ecosystems as this would be critical for understanding and addressing the current biodiversity crisis.

After drastic declines in large carnivores’ populations globally, conservation efforts have been successful, and predators’ populations are in recovery. However, their comeback has led to new interactions with locals, generating different conflicts. Two main approaches have been considered to mitigate these conflicts, those being the land sparing and land sharing models, however, the land sparing model requires great extents of protected areas, areas that in Europe are missing, therefore forcing a call for the land sharing model. In Finland, this approach has generated debates among different stakeholders, the outcomes of this debate shaping the fate for the four species: brown bear (Ursus arctos), grey wolf (Canis lupus), Eurasian lynx (Lynx lynx) and wolverine (Gulo gulo). Attitudes towards those species can be used to explore the drivers of the conflicts, however, only few studies have explored this context, considering the ecological and social dimension separately. In addition, the ecotourism industry has been recently recognized as a new stakeholder in the Finnish large carnivore’s context, but the effects of its activities were assessed only ecologically. Therefore, with this study I aimed to explore the attitudes of locals from a specific region of Finland towards the four large carnivores’ species, and to assess the different drivers of those species, through a combination of field questionnaires, social variables and large carnivores’ population data. I explored potential correlates of the differences in attitudes, adding also the spatial effect of ecotourism over the socio-ecological factors. I predicted attitudes to vary among species, having on one side the brown bear with positive attitudes, in contrast the wolf with negative attitudes, while neutral attitudes towards the lynx and wolverine. I also expected to find more negative attitudes in smaller localities rather than in localities with a greater human population density. Also, I explored whether the ecotourism activities have a positive or negative effect over the locals’ attitude towards carnivores, expecting the ecotourism industry to bring positive attitudes in nearby localities. As result, attitudes towards the four different species varied significantly, the attitudes towards each different species having different drivers, with the human population size being important for wolverines and wolves, while the status for bear and lynx populations. The ecotourism had an effect only on bear attitudes, being positively correlated (closer the ecotourism activities were, more positive the attitudes are). To mitigate the large carnivores-human conflict in Finland, a community approach is not the solution, since the different origins of the attitudes ‘drivers. However, the attitudes among species are positively correlated, consequently, by ameliorate the attitudes towards one species, also the others will benefit. Finally, by inducing a proper management within the ecotourism industry and promoting more the respective activity on a national level, the ecotourism can have a positive impact and get a positive role in the Finnish conflict.

Abstract: Northern boreal peatlands form one of the biggest carbon pools in the biosphere, thus having great potential to cause major changes to the global carbon cycle. The ongoing recent warming may affect the carbon dynamics though factors, such as, vegetation, hydrology and permafrost balance. As the future is still uncertain there are no definitive answers on how the peatlands will react in the future. Fortunately, moisture sensitive organisms such as, bryophytes and testate amoeba is preserved in the peat and can therefore be used to reconstruct past climatic shifts. In this thesis I studied palaeohydrology and peat accumulation over the last two millennia, from three peat cores originating in a permafrost peatland in Rogovaya, Russia. I used testate amoeba as a proxy of past moisture conditions and plotted the taxa composition of each core against 14C and 210Pb dated samples, to reconstruct past moisture shifts. The results were also supplemented by plant macrofossil and carbon accumulation data for more robust results. Of the three cores, Rog11 provided the oldest testate amoeba dataset by reaching the Dark Ages Cold Period. During this period there were indications of dry moisture conditions followed by a wet Medieval Warm Period. The Little Ice Age gave indications of a drying trend, while toward the end of the LIA Rog8 indicated opposite moisture conditions. From the end of the LIA onwards a general trend of drying and increased carbon accumulated is noted. Yet, during the last decade the trend has turned. The wet shift might indicate that the threshold for the peatland has been reached and the amount of melting permafrost has exceeded the evapotranspiration rate. As a conclusion my result indicates that the dynamics of both hydrology and carbon are complicated processes affected by both autogenic and allogenic factors, therefore causing large variability even on a local scale. The absence of widely spread observations of the most recent wet shift also indicates that the response of the peatland to the recent warming might be unequal. To rectify this situation, continued research is crucial, so that we can increase our understanding of climate-peatland interactions.

Eläinten hyvinvoinnin parantamiseen tarvitaan paljon tieteellistä tutkimusta tunteista, älykkyydestä ja lajikohtaisista tarpeista. Tiedon pohjalta pystytään vertaamaan ja kehittämään eläinten tarpeisiin soveltuvia olosuhteita, kuten esimerkiksi virikkeitä ja hoitomuotoja eläintarhoissa. Eläintarhaolosuhteissa eläimen hyvinvoinnin saavuttaminen vaatii kompromisseja tilan ja resurssien rajallisuuden vuoksi. Parhaimman kompromissin löytämiseen vaaditaan tieteellistä tietoa lajikohtaisesta hyvinvoinnista. Maisterintutkielman tarkoituksena oli tuottaa tieteelliseen tietoon perustuva arvio Korkeasaaren eläintarhassa valittujen lajien hyvinvoinnista, jotka olivat huulipekari (Tayassu pecari), pikkumarmosetti (Cebuella pygmaea), punaniskakenguru (Macropus rufogriseus) ja sinikurkkuara (Ara glaucogularis). Tavoitteena oli tunnistaa tekijät, jotka vaikuttavat kyseisten eläinten hyvinvointiin luonnossa, ja verrata niitä eläintarhassa olevien yksilöiden olosuhteisiin. Tämän avulla pystyttiin arvioimaan lajikohtaiset tarpeet, joita tarvitaan eläinten hyvinvoinnin saavuttamiseksi. Vertasin hyvinvointiarvioitani tutkittavien lajien hoitajien tekemiin arvioihin, minkä tarkoituksena oli ymmärtää, riippuuko hyvinvoinnin arvio arvioijan näkökulmasta, ja onko lajien välillä eroja siinä, mihin seikkoihin arvioitsijat kiinnittävät huomiota. Arviointeja vertailemalla oli myös tarkoitus löytää tekijöitä, joilla on vaikutusta lajikohtaiseen hyvinvointiin Korkeasaaressa, minkä pohjalta voidaan ymmärtää ja kehittää mahdollisia hyvinvointia edistäviä toimenpiteitä. Toteutin tutkielman eri osioissa. Ensin suoritin kirjallisuuskatsauksen, jonka tarkoituksena oli määrittää tutkittavien lajien käyttäytyminen ja hyvinvoinnin tarpeet tieteellisten tutkimuksien avulla. Seuraavaksi selvitin eläinten olosuhteet Korkeasaaressa aitauksien kuvaamisen, tarkastelun ja hoitajien haastattelujen avulla. Tämän jälkeen tein hyvinvointikartoitukset, joita verrattiin tutkittavien eläinten hoitajien vastaaviin tilastollisesti. Hoitajat arvioivat lajien hyvinvoinnin aina paremmaksi kuin minä, ja erot arvioinneissa olivat suuria. Johtopäätöksenä voidaan pitää, että suora vertailu luonnonympäristöön voi johtaa huomattavasti alhaisempiin hyvinvointiarvioihin. Tällainen on esimerkiksi trooppisen ilmaston vertailu Suomen vuodenaikaisvaihteluun, vaikka eläimillä olisi aina mahdollisuus suotuisiin lämpö- ja valaistusolosuhteisiin. Hyvinvoinnin osa-alueiden välillä ei ollut merkittäviä eroja. Huomattavaa on, että hoitajat arvioivat samalla myös paitsi eläimen olosuhteita, myös omaa onnistumistaan niiden hoidossa. Tämä voi vaikuttaa siihen, että yksikään laji ei saanut hoitajilta yhtään 1-arviota, kun taas minulla oli objektiivisempi ote arviointiin, sillä kritiikki ei kohdistunut minuun edes välillisesti.

Protein kinases are signaling molecules that regulate vital cellular and biological processes by phosphorylating cellular proteins. Kinases are linked to variety of diseases such as cancer, immune deficiencies and degenerative diseases. This thesis work aimed to identify direct substrates for protein kinases in the CMGC family, which consists of the cyclin-depended kinases (CDK), mitogen activated protein kinases (MAPK), glycogen synthase kinase-3 (GSK3) and CDC-like kinases (CLK). CMGC kinases have been identified as cancer hubs in interactome studies, but large-scale identification of direct substrates has been difficult due to the lack of efficient methods. Here, we present a heavy-labeled 18O-ATP-based kinase assay combined with LC-MS/MS analysis for direct substrate identification. In the assay, HEK and HeLa cell lysates are treated with a pan-kinase inhibitor FSBA which irreversibly blocks endogenous kinases. After the removal of FSBA, cell lysates are incubated with the kinase of interest and a heavy-labeled ATP, which contains 18O isotope at the γ-phosphate position. Resulting phosphopeptides are enriched with Ti4+- IMAC before the LC-MS/MS analysis, which distinguishes the desired phosphorylation events based on a mass shift caused by the heavy 18O. With this pipeline of methods, we managed to quantify and identify direct substrates for 26 members of CMGC kinase family. A total of 1345 substrates and 3841 interacting kinase-substrate pairs were identified in cytosolic cell lysates, from which 165 were annotated in the PhosphoSitePlus® database. To identify substrates for kinases with nuclear localization, ten kinases were tested with nuclear HEK cell lysate. We identified 194 kinase-substrate pairs, 141 of which were unique to the nuclear fraction and 27 annotated in the PhosphoSitePlus® database. Finally, kinases with outstandingly high amounts of novel substrates were subjected to gene ontology analysis. We were able to link the gene ontology classifications of novel substrates to the biological processes regulated by the kinase of interest. These results indicate that heavy-labeled 18O-ATP-based kinase assay linked LC-MS/MS is a useful tool for large-scale direct kinase substrate identification.