Browsing by Title

Viime vuosina Yersinia enterocolitican bioserotyypin 2/O:9 esiintyminen on lisääntynyt Euroopassa. Bioserotyyppi 4/O:3 on pitkään ollut yleisin ihmisten yersinioosia aiheuttava kanta, mutta myös bioserotyypin 2/O:9 on todettu olevan patogeeninen ihmisille. Bioserotyypin kantoja on eristetty sioista, lampaista ja naudoista, mutta ne eivät pääosin aiheuta tautia eläimillä. Suomessa tätä bioserotyyppiä on erittäin harvoin eristetty eläimistä. Y. enterocolitican tunnistus on pitkään tapahtunut pääosin bio- ja serotyypityksen avulla. Näiden menetelmien heikkous on kuitenkin herkkyys ympäristön vaikutuksille. Multilocus sequence typing (MLST) – menetelmän avulla bakteereita voidaan tunnistaa sekvensoimalla bakteerin ylläpitogeenejä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tutkia eri lähteistä peräisin olevia Y. enterocolitica - kantoja MLST-menetelmällä, joka perustuu seitsemään ylläpitogeeniin (Hall ym. 2015), ja tämän avulla vertailla suomalaisten ja eurooppalaisten kantojen eroavaisuuksia. Lisäksi tavoitteena oli pystyttää toimiva seitsemään ylläpitogeeniin perustuva Yersinia MLST-menetelmä Elintarvikehygienian- ja ympäristöterveyden osastolle. Yhteensä tutkittiin 10 Y. enterocolitica –kantaa, joiden oletettiin alustavien bioserotyypitystulosten perusteella kuuluvan biotyppiin 2 ja serotyyppiin O:9. Suomalaiset kannat oli eristetty lampaiden (4/10), myyrän (1/10) ja ihmisen ulosteesta (1/10). Suomalaisia kantoja verrattiin Sveitsissä ja Saksassa eristettyihin kantoihin, jotka oli eristetty sian nielurisasta (1/10), villisian nielurisasta (1/10) ja ihmisen ulosteesta (2/10). Kantojen puhtaus varmistettiin veri- ja selektiivilevyllä, ja tyypitettiin kaupallisella testillä sekä bio- ja serotyypitysmenetelmillä. MLST-menetelmää varten tutkittavien kantojen DNA eristettiin kaupallisella menetelmällä ja lisäksi DNA:n laatu ja määrä optimoitiin. Kannoista monistettiin MLST-karakterisointia varten PCR:n avulla seitsemän ylläpitogeeniä (aarf, dfp, galR, glnS, hemA, rfaE ja speA). Ennen tutkimusta, PCR-ajo optimoitiin kaikille geeneille. Saadut PCR-tuoteet sekvensoitiin ja sekvenssejä vertailtiin Yersinia MLST-tietokantaan sekä aiempiin tutkittuihin sekvenssityyppeihin. Kaikkien suomalaisista lampaista eristettyjen kantojen MLST-sekvenssityypit muistuttivat toisiaan. Yksi ulkomaalaisista kannoista osoittautui tyypityksessä bioserotyypiksi 1A/O:5, joka näkyi myös poikkeavana MLST-sekvenssityyppinä. Suomalaisesta myyrästä eristetty kanta muistutti profiililtaan lampaista eristettyjen kantojen MLST-tyyppejä. Pääosin kaikki yhdeksän bioserotyypin 2/O:9 kantaa muistuttivat huomattavasti toisiaan. Eroavaisuudet olivat pääosin ihmisistä eristettyjen kantojen välillä. Myös MLST-profiilit vastasivat tietokannan O:9 -serotyypin kantoja. Seitsemästä tutkitusta geeneistä geenin rfaE osalta emme saaneet luotettavia tuloksia. Geenin galR kohdalla saimme laadukasta sekvenssiä vain yhteen suuntaan sekvensoidessa. Muiden geenien kohdalla MLSTmenetelmän pystyttäminen onnistui odotetusti. Suomesta eläimistä eristettyjen kantojen profiilit olivat hyvin samankaltaisia, viitaten niiden olevan läheistä alkuperää. Tämä on tärkeä tekijä selvitettäessä bioserotyypin leviämisreittejä Suomessa. Villieläinten on epäilty olevan bioserotyypin 2/O:9 reservuaari. Tutkimuksemme lampaiden, villisian ja myyrän samankaltaiset MLST-profiilit tukevat tätä hypoteesia edelleen. Tuloksia arvioitaessa tulee myös huomioida MLST-menetelmän mahdollinen heikko kyky erottaa geneettisesti läheisiä kantoja.

Suomessa raportoidaan vuosittain noin 1000 sairastumistapausta, jonka aiheuttajana on Yersinia enterocolitica. Tärkeimpänä tartunnanlähteenä ihmisille pidetään saastuneita elintarvikkeita, etenkin huonosti kypsennettyjä sianlihatuotteita. Patogeenista Y. enterocoliticaa on voitu säännöllisesti eristää kliinisesti terveiden sikojen tonsilloista ja suolistosta. Tämä aiheuttaa erityisiä vaatimuksia teurastushygienialle, jotta ei tapahtuisi ruhojen ja tuotteiden kontaminaatiota. Y. enterocolitica on ongelmallinen bakteeri elintarviketeollisuudessa myös siksi, että se kykenee lisääntymään matalissa lämpötiloissa ja säilyy pitkiä aikoja pakastettuna. Bakteerien kiinnittymisen on todettu olevan merkittävä tekijä elintarviketeollisuudessa pintahygienian kannalta. Pinnoille kertyy jatkuvasti orgaanista materiaalia. Konsentroituneet ravinteet toimivat bakteerien kiinnittymis- ja kasvualustana ja mahdollistavat sitkeästi pintaan takertuvan biofilmin muodostumisen. Kiinnittyneet bakteerit ja biofilmi sietävät hyvin pesu- ja desinfektioaineita, ja ne voivat olla vaikeasti poistettavissa pinnoilta tavanomaisella siivouksella. Näin pintoihin kiinnittyneet bakteerit toimivat jatkuvana kontaminaatiolähteenä elintarvikkeita käsiteltäessä ja valmistettaessa. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli määrittää neljän eri Y. enterocolitica -kannan kasvu ja verrata kantojen välistä eroa kasvunopeudessa sekä kiinnittymisessä ruostumattomalle teräspinnalle 12 °C:ssa ja 25 °C:ssa. Patogeenisen Y. enterocolitican tiedetään kykenevän kiinnittymään elintarviketeollisuudessa yleisesti käytettyihin pintamateriaaleihin kuten teräkseen, kumiin ja tefloniin. Kantojen välistä vertailua ei ole aikaisemmin tehty Y. enterocoliticalla. Tutkimuksessa käytettiin plasmidillisia eli patogeenisia kantoja (2 kpl) sekä plasmidittomia, apatogeenisia kantoja (2 kpl). Plasmidissa sijaitsee kiinnittymisgeeni (yadA), joka vastaa bakteerin invaasiosta ja adheesiosta elimistössä. Plasmidittomalla apatogeenisella kannalla on kromosomaalisia adheesio-invaasio-geenejä (inv ja ail). Tutkimuksessa kantojen välillä voitiin nähdä eroja sekä kasvunopeudessa että kiinnittymisessä. Plasmiditon, apatogeeninen kanta kasvoi muita kantoja nopeammin molemmissa tutkituissa lämpötiloissa. Kasvunopeus ja kiinnittyminen eivät kuitenkaan korreloi keskenään, koska toinen plasmidillinen kanta kiinnittyi muita kantoja huomattavasti paremmin. Muiden kantojen välillä kiinnittymisessä oli vain pieniä eroja kiinnittymisen alkuvaiheessa 1 ja 4 tunnin kuluttua. Vuorokauden kuluttua erot olivat tasoittuneet lähes kokonaan kantojen välillä. Vain alusta asti runsaimmin kiinnittynyt plasmidillinen kanta säilytti etumatkansa. Koska myös apatogeeniset kannat kiinnittyivät hyvin, ei kiinnittymisestä vastaava tekijä voi sijaita pelkästään plasmidissa. Arvioitaessa bakteerien kiinnittymisen ja biofilmin muodostumisen merkitystä teurastamotiloissa ja lihankäsittelylaitoksissa voi erityisesti alkuvaiheessa nopeasti kiinnittyvä kanta valikoitua ja aiheuttaa ongelmia puhtaanapidolle.

Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis are common zoonoses, which cause mainly enteritis for humans, but also serious sequalae such as reactive arthritis. Both species have a wide range of host species, and especially Y. enterocolitica is commonly isolated from swine. Swine is the major reservoir for human pathogenic strains of Y. enterocolitica. Yersinia is an interesting research target for antimicrobial resistance because of its high prevalence and ability to cause zoonoses. A straight connection between the use of antimicrobial drugs and antimicrobial resistance has been proven, and the amount of antimicrobial drugs used and the way they are used differs among different countries. Because antimicrobial resistance is a growing problem, it is important to examine and compare its occurence among different countries. The purpose of this research was to determine the MIC-values (Minimal Inhibitory Concentration) for Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis strains isolated from Europe and Nigeria for 13 antimicrobial drugs using microtitration plates. The research involved 93 Belgian, 61 Russian, 105 Italian, 183 Finnish and 47 Nigerian Y. enterocolitica strains. From the 11 Y. pseudotuberculosis strains one was Belgian, four were Russian, one Italian and four Nigerian. All the Y. enterocolitica strains were bioserotype 4/O:3 and Y. pseudotuberculosis strains type 2/O:3 apart from the ones from Nigeria. From the Nigerian Y. enterocolitica strains 45 were bioserotype 2/O:9 and two type 4/O:3, all the Y. pseudotuberculosis strains were type 1/O:1. All the examined strains were resistant to ampicillin, which can be explained with the production of β-lactamases characteristic to Gram-negative bacteria. Some of the Y. enterocolitica strains were resistant to streptomycin, tetracycline, sulfamethoxazole, trimethoprim and chloramphenicol. From Belgian Y. enterocolitica strains 48 (52%) strains were resistant to two antimicrobial drugs and four (4%) to three different drugs including ampicillin. Five (8%) Russian Y. enterocolitica strains were resistant to two antimicrobial drugs including ampicillin. From Italian Y. enterocolitica strains 63 (61%) strains were resistant to 4–6 different drugs including ampicillin, 2 (2%) strains were resistant to 2–3 different drugs and 40 (38%) strains were resistant to only ampicillin. One (1%) of the Finnish strains was resistant to sulfamethoxazole. Two (4%) Nigerian Y. enterocolitica strains were resistant to four and one (2%) strain to two different antimicrobial drugs including ampicillin. Belgian and one of the Russian Y. pseudotuberculosis -srains were resistant to streptomycin. Of the Nigerian Y. pseudotuberculosis strains one strain was resistant to five and two strains to two different drugs. They showed resistance to streptomycin, sulfamethoxazole, trimethoprim and tetracycline. Statistically significant differences were seen especially between Italian and other countries strains. Resistant strains were concentrated to certain farms, which might reflect the effect of antimicrobial drugs use to the occurence of resistance.

Yersinia pseudotuberculosiksen aiheuttamia epidemioita on raportoitu Suomessa useita 1990-luvun loppupuolella, ja bakteeria pidetäänkin merkittävänä infektioiden aiheuttajana. Ihminen voi saada tartunnan kontaminoituneen elintarvikkeen tai veden välityksellä. Tartuntareitti on feko-oraalinen. Vaikka Y. pseudotuberculosiksen varsinaisena reservuaarina pidetään jyrsijöitä, voivat muutkin eläimet kuten jänikset, linnut, siat, kissat ja koirat toimia bakteerin oireettomina kantajina. Y. pseudotuberculosis muodostaa elintarvike- ja teurastushygieenisen riskin, koska se kykenee kasvamaan alle 4°C:ssa ja bakteeria on eristetty kliinisesti terveiden sikojen nielurisoista. Y. pseudotuberculosiksen eristämistä on pidetty hankalana, koska se kasvaa muita enterobakteereja hitaammin ja on huono kilpailija jääden helposti kilpailevan bakteerikasvun peittoon. Y. pseudotuberculosiksen eristämisessä on käytetty Yersinia enterocoliticalle ja muille enterobakteereille tarkoitettuja menetelmiä. Elintarvikkeista on löytynyt vähän patogeenista Y. pseudotuberculosista. Tämä saattaa johtua käytettyjen menetelmien epäherkkyydestä ja runsaasta taustakasvusta. Y. pseudotuberculosiksen tutkimiseen elintarvikkeista ei ole omaa virallista menetelmää vaan eristämisessä on käytetty Y. enterocoliticalle tarkoitettuja ISO- ja NMKL-menetelmiä. Tutkimuksessa määritettiin kolmelle Y. pseudotuberculosis -kannalle kasvukäyrät 25 °C:ssa ja 30 °C:ssa maljaamalla ja spektrofotometrillä. Sikakanta oli eristetty suomalaisten sikojen tonsillanäytteistä ja kuului serotyyppiin O:3. Tyyppikanta saatiin Ruotsista Göteborgin yliopiston tutkimuslaboratoriosta ja ihmiskanta oli eristetty Suomessa 1990-luvun lopussa esiintyneen Y. pseudotuberculosis -epidemian yhteydessä sairastuneiden ihmisten ulostenäytteistä. Ihmiskanta kuului serotyyppiin O:3. Lisäksi tutkimuksessa haluttiin selvittää Y. pseudotuberculosiksen puhdaskantojen kasvua ilman kilpailevaa bakteerikantaa selektiivisissä rikasteissa, ja onko bakteeria mahdollista löytää käytetyillä menetelmillä (ISO ja NMKL). Tutkimuksessa kokeiltiin myös anaerobi-inkuboinnin vaikutusta kasvuun. Tutkimuksen tulosten perusteella voidaan todeta, että kantojen kasvussa ei juurikaan ollut eroa 25 °C:ssa ja 30 °C:ssa. Myöskään aerobisella ja anaerobisella olosuhteella ei ollut vaikutusta bakteerin kasvuun. Y. pseudotuberculosis ei rikastunut hyvin selektiivisissä irgasaani-ticarcilliini-kaliumkloraatti -liemissä (ITC) ja modifioidussa Rappaportin liemissä (MRB), mutta muut tutkitut rikastusliemet (peptoni-sorbitoli-sappisuola- (PSB), peptoni-mannitoli-sappisuola- (PMB), tryptoni-soija-liemi (TSB) ja peptonivesi) soveltuivat bakteerin rikastamiseen. ISO- ja NMKL-menetelmiä on mahdollista käyttää bakteerin eristämiseen, mutta menetelmiä täytyy kuitenkin muunnella ottamalla huomioon Y. pseudotuberculosiksen kasvuvaatimukset. Menetelmistä soveltuivat parhaiten rikastus PMB:lla, johon lisättiin emäskäsittely sekä kylmärikastus PSB:lla, PMB:lla ja peptonivedessä.

Yersinia pseudotuberculosis aiheuttaa yhdessä Yersinia enterocolitican kanssa yersinioosia, joka on kolmanneksi yleisin bakteeriperäinen suolistotulehdus sekä Suomessa että EU:ssa. Y. enterocolitica aiheuttaa suurimman osan kaikista yersinioositapauksista, mutta Y. pseudotuberculosis on aiheuttanut useita laajoja ruokamyrkytysepidemioita Suomessa etenkin kasvisten, kuten porkkanoiden ja jäävuorisalaatin, välityksellä. Y. pseudotuberculosis on aiheuttanut taudinpurkauksia lähinnä pohjoisella pallonpuoliskolla kuten Suomessa, Japanissa, Kanadassa ja Venäjällä. Y. pseudotuberculosis -infektion yleisimmät oireet ovat kuume ja vatsakipu, jota voidaan erehtyä luulemaan umpilisäkkeen tulehdukseksi. Useita turhia umpilisäkkeenpoistoleikkauksia on tehty Y. pseudotuberculosis -infektioon sairastuneille. Sairastumisiin liittyy usein vakavia jälkitauteja, kuten kyhmyruusua (erytema nodosum) ja niveltulehdusta (reactive arthritis). Japanissa ja Venäjällä tavataan myös Y. pseudotuberculosiksen aiheuttamaa vakavaa systeemisairautta (FESLV, Far-East scarlet-like fever). Y. pseudotuberculosista on eristetty useista eri villieläimistä, tuotantoeläimistä ja lemmikkieläimistä sekä vesistöistä ja maaperästä. Sen pääasiallisena reservuaarina luonnossa on pidetty jyrsijöitä, mutta kattavaa tutkimustietoa reservuaareista ei juuri ole saatavilla. Y. pseudotuberculosiksen aiheuttamien ruokamyrkytysepidemioiden yhteydessä on saatu vahvoja viitteitä villieläinten ulosteiden saastuttaneen tartuntojen välittäjäelintarvikkeina toimineita kasviksia. Kokoavaa tutkimusta, jossa Y. pseudotuberculosiksen esiintymistä ja kulkeutumista elintarvikeketjussa tarkasteltaisiin pellolta pöytään, ei tiettävästi ole tehty. Työ tehtiin kirjallisuuskatsauksena ja selvitettiin saatavilla olevan tutkimustiedon avulla Y. pseudotuberculosiksen esiintymistä ja kulkeutumista luonnossa ja elintarvikkeissa. Useiden aikaisempien tutkimusten perusteella on saatu selville, että jyrsijät voivat kantaa Y. pseudotuberculosista suolistossaan ja erittää sitä ulosteisiinsa. Ulosteet voivat saastuttaa kasvisten kasvatusympäristön, eli maaperän tai kasteluveden, ja päätyä sitä kautta kasviksiin, jotka ovat usein toimineet välittäjäelintarvikkeena Y. pseudotuberculosis -tartunnoille. Tutkittua tietoa bakteerin kasvusta ja selviytymisestä ympäristössä ja elintarvikkeissa, etenkin kasviksissa, tarvitaan lisää. Myöskään Y. pseudotuberculosiksen mahdollisesta kulkeutumisesta kasvisten sisään ei vielä ole tutkittua tietoa. Y. pseudotuberculosiksen muita reservuaareja on tutkittu vain vähän. Bakteeria on saatu eristettyä useilta eri eläinlajeilta, mutta tutkitut näytemäärät ovat olleet niin pieniä, että luotettavia johtopäätöksiä Y. pseudotuberculosiksen esiintyvyydestä ei voida tehdä. On kuitenkin mahdollista, että Y. pseudotuberculosiksella on jyrsijöiden lisäksi muitakin tärkeitä reservuaareja luonnossa, joita olisi syytä tutkia vielä lisää. Myös tietoa bakteerin esiintymistä maaperässä ja vesistöissä kaivataan lisää.

Suomessa oli 90-luvulla viisi Yersinia pseudotuberculosis -epidemiaa. Vuosittain Y. pseudotuberculosis aiheuttaa Suomessa n. 50 yksittäistä tautitapausta. Y. pseudotuberculosis aiheuttaa ihmisissä suolistoinfektion, jonka oireita ovat mm. suoliliepeen imusolmukkeiden tulehdus, pahoinvointi ja kuume. Jälkitautina Y. pseudotuberculosis aiheuttaa mm. niveltulehduksia. Eläimet ovat pääasiallisesti oireettomia Y. pseudotuberculosiksen kantajia, mutta Y. pseudotuberculosis voi aiheuttaa eläimissä mm. suolisto-oireita ja abortteja. Kuolemantapauksia on raportoitu jonkin verran. Vain kannat, joissa on plasmidi aiheuttavat tautia. Y. pseudotuberculosis -kantojen ominaisuuksissa on eroja ja kannat voidaan tyypittää serologisten ja biokemiallisten ominaisuuksien mukaan. Sioissa yleisin serotyyppi on O:3, ja johon liittyy biotyyppi 2. Y. pseudotuberculosiksen taudinaiheutuskyky riippuu virulenssiplasmidista. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää Y. pseudotuberculosiksen esiintymistä sioissa ja sikalaympäristössä, karakterisoida eristetyt Y. pseudotuberculosis -kannat ja vertailla kahden eri elatusaineen (CIN- ja SMAC-agarit) tehokkuutta Y. pseudotuberculosiksen eristämisessä. Plasmidin esiintyminen Y. pseudotuberculosis -kannoissa tutkittiin PCR:lla. Tutkimus osoitti, että Y. pseudotuberculosista esiintyy sioissa ja sikalaympäristössä. Tutkituista tiloista 57% oli Y. pseudotuberculosis -positiivisia. Sioista löydettiin Y. pseudotuberculosis -kantoja, jotka ovat serotyyppiä O:3 ja biotyyppiä 2 ja 3. Kaikissa tutkituissa isolaateissa oli plasmidi. Y. pseudotuberculosis -isolaattien biokemialliset ominaisuudet vaihtelivat. Y. pseudotuberculosis voidaan erottaa eskuliini-, lipaasi-, PYZ- ja ksyloosi-, trehaloosi- ja salisiinitesteillä Y. enterocoliticasta, mutta ei muista yersinioista. Parhaiten Y. pseudotuberculosista saadaan eristettyä kylmärikastuksen ja emäskäsittelyn (KOH) jälkeen CIN-agarilta. CIN-agar on SMAC-agaria tehokkaampi Y. pseudotuberculosiksen eristämisessä kylmärikastusvaiheessa. SMAC-agar on liian epäselektiivinen Y. pseudotuberculosiksen eristämiseen suoraviljelystä.

Niveltulehdus on monisyysairaus, joka heikentää sikojen hyvinvointia. Niveltulehdus on yleisin osaruhohylkäysten aiheuttaja teurastamoilla Suomessa. Puolet hylkäyksistä johtuu niveltulehduksista. Niveltulehdusten esiintyvyys on lisääntynyt huomattavasti teurastamoilla. Nivel hylätään Lihantarkastuksessa, jos siinä havaitaan akuutti tai krooninen serofibrinoosi tai fibrinopurulentti niveltulehdus, krooninen seroosi niveltulehdus, nivelrikko tai osteokondroosimuutoksia Niveltulehdus voi olla mikrobien aiheuttama eli tartunnallinen tai ei-tartunnallinen. Tulehdustyyppiä on vaikea erottaa kliinisesti toisistaan. Lihasioilla tartunnallisia niveltulehduksia aiheuttavat pääasiassa Erysipelothrix rhusiopathiae, Streptococcus spp, Haemophilus parasuis, Arcanobacterium pyogenes, Fusobacterium necrophorum ja mykoplasmat, viimeisistä erityisesti Mycoplasma hyosynoviae. Noin kahdessa kolmasosassa tulehtuneista nivelistä ei löydetä bakteerikasvua viljelyssä. Yleisimpiä ovat ei-tartunnalliset niveltulehdukset, joista tavallisin on osteokondroosi. Osteokondroosi ei aiheuta aina kliinisiä oireita ja oireet saattavat ilmetä vasta myöhemmällä iällä. Osteokondroosille altistavat mm. trauma, iskemia, perinnölliset tekijät ja nopea kasvu. Useiden ympäristötekijöiden on raportoitu vaikuttavan lihasikojen teuraslaatuun. Ympäristötekijöiden vaikutus eri sairauksien esiintyvyyteen vaihtelee. Porsas- ja välikasvatuksen olosuhteiden vaikutusta lihasikojen sairastavuuteen on tutkittu hyvin vähän. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli kuvata yhdistelmäsikaloiden olosuhteita, hoitokäytäntöjä ja tuotannonhallintaa ja tutkia niiden mahdollista yhteyttä teurassikojen nivelhylkäyksiin. Tutkimustilat valittiin LSO:n asiakkaista (yhdistelmäsikaloista). Nivelhylkäysprosenttien todettiin vaihtelevan tilojen välillä. Tapaustiloiksi valittiin 24 tilaa, joilla oli teurastamon listan korkein niveltulehdusprosentti ja kontrollitiloiksi 25 tilaa, joilla oli alhaisin niveltulehdusprosentti. Keskimääräinen niveltulehdusprosentti tapaustiloilla oli 5,7 % (keskihajonta 1,3, vaihteluväli 3,7–12,4 %) ja kontrollitiloilla 2,0 % (keskihajonta 0,6, vaihteluväli 0,3–2,8 %). Tiedot kerättiin kesän 2002 aikana haastatteluilla, olosuhdemittauksilla ja havainnoilla yhden tilakäynnin aikana. Aineisto testattiin tilastollisesti kolmessa eri ryhmässä: porsitus-, välikasvatus- ja liha-sikaosasto. Tuotantoympäristö, olosuhteet ja tuotannonhallinta eivät olleet kaikilla tiloilla optimaalisia. Yleisesti eläinten hyvinvoinnista huolehdittiin hyvin. Pienen otoskoon vuoksi joidenkin muuttujien vaikutusta ei mahdollisesti saatu esiin tilastollisessa käsittelyssä. Useimpien sairauksien mikrobilääkevalinnat ja lääkekuurin pituudet vastasivat muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta hyvin mikrobilääkkeiden käyttösuosituksia. Hoitotiheys oli huolestuttavan alhainen monessa sairaudessa. Porsaiden kastrointi-iän kasvaessa, tilan riski kuulua korkean nivelhylkäyksen ryhmään pieneni. Imettävien emakoiden, alle viikon ikäisten porsaiden ja lihasikojen korkeat oiresummat lisäsivät monimuuttujamallissa tilan riskiä olla korkean nivelhylkäyksen ryhmässä. Eri sairaudet saattavat toimia toisilleen altistavina tekijöinä tai niillä saattaa olla samoja altistavia tekijöitä. Suuri välikasvatusosaston osastokoko lisäsi monimuuttujamallissa tilan riskiä olla korkean nivelhylkäyksen ryhmässä. Sairaskarsina lihasikalassa lisäsi monimuuttujamallissa tilan riskiä olla korkean nivelhylkäyksen ryhmässä, mutta se saattoi olla merkki yrityksestä vähentää jo havaittua ongelmaa. Sairaskarsinat olivat pääasiassa puutteellisia, minkä vuoksi sairaskarsinasta ei ehkä ollutkaan hyötyä. Likaisten ja märkien karsinoiden suuri osuus ja karsinoiden desinfiointi lihasikalassa lisäsivät monimuuttujamallissa tilan riskiä olla korkean nivelhylkäyksen ryhmässä. Karsinoiden desinfiointi saattoi olla yritys vähentää korkeaa sairastavuutta. Ennen desinfiointia tehty karsinan pesu ja/tai mekaaninen puhdistus saattoi olla huonosti tehty, jolloin desinfioinnista ei ollut hyötyä.

Hevosten hengitystiesairaudet ovat merkittävä terveysongelma sekä Suomessa että maailmanlaajuisesti. Hengitystiesairaudet ovat tärkeässä roolissa etenkin urheiluhevosilla, sillä kovan rasituksen aikana hevosen hengitysteiden on toimittava moitteettomasti. Hengitystiesairaudet voivat kohdistua joko ylä- tai alahengitysteihin. Ongelmat voivat johtua rakennevioista, rappeumasairauksista tai niiden taustalla voi olla tulehdus, joka voi olla joko infektio tai steriili tulehdus. Ylähengitysteiden sairauksista kurkunpään ongelmat kuten hemiplegia (hinkukurkku) sekä kurkunkannen ja pehmeän kitalaen virheasennot ovat yleisimpiä rakenteellisia ongelmia. Ylähengitysteitä vaivaa myös nenäontelon sekä ilmapussien tulehdukset. Alahengitysteiden infektiivisistä patogeeneistä C-ryhmän streptokokit ovat yleisimpiä. Yleisiä ei-infektiivisiä sairauksia ovat inflammatorinen hengitystiesairaus (inflammatory airway disease, IAD) ja pukuri. Tähystys on jo pitkään ollut tärkeä väline hevosten hengitystiesairauksien tutkimisessa ja sitä käytetään rutiinisti pienemmilläkin klinikoilla. Tähystyksen avulla saadaan visuaalinen kuva hengitysteiden kunnosta ja voidaan havaita epänormaaleja löydöksiä. Tähystyksen avulla voidaan myös ottaa näytteitä hengitysteistä, jolloin voidaan määrittää hengitysteiden sytologia ja viljellä mahdolliset taudinaiheuttajabakteerit. Yleisesti käytössä olevat näytteenottomenetelmät ovat henkitorvesta otettava trakealimanäyte sekä alveoleja peittävästä nesteestä huuhtelemalla otettava keuhkohuuhtelunäyte. Tässä kirjallisuuskatsauksessa esitellään ensin anatomiaa sekä tekstin että kuvien avulla, lukijan on näin helpompi seurata tutkielman kulkua. Työssä esitellään myös vhevosten hengitystietähystyksen kulkua ja tähystyksen aikana otettuja näytteitä sekä niiden käsittelyä. Työn tärkeänä osana on neljän eri hengitystiesairauden vakavuusasteen luokittelu, joka on havainnollistettu kuvien avulla. Luokitellut muutokset ovat hemiplegia, trakealiman määrä, keuhkoverenvuodon määrä ja bifurkaation pyöristyminen. Nämä ovat yleisiä hengitystiemuutoksia, joita tavataan hengitystieongelmista kärsivillä hevosilla. Tämän kirjallisuuskatsauksen tavoitteena on toimia suomenkielisenä oppaana ja tukena hevosten hengitysteiden tähystyksiä aloitteleville eläinlääkäreille ja etenkin eläinlääketieteellisen tiedekunnan opiskelijoille. Luokittelua pyritään havainnollistamaan kuvasarjoin, jotta eläinlääkäreillä olisi matala kynnys alkaa kirjaamaan tähystyslöydöksiä systemaattisesti ja luotettavasti.

Ympäristöstä peräisin olevien mykobakteerien eristykset ihmisten keuhkoista ovat lisääntyneet länsimaissa huomattavasti. Suomessa löytyy vuosittain n. 400 ympäristömykobakteerin aiheuttamaa humaanimykobakterioosia. Eläinten mykobakteeritartunnat ovat yleisimpiä sioilla; vuosittain teurastamoissa Suomessa löytyy n. 6000 ympäristömykobakteeritartuntaa. Jätevedenpuhdistamoissa syntyneeseen lietteeseen mykobakteereja pääsee ihmisten ja eläinten ulosteista. Aiemmin liete on loppusijoitettu kaatopaikoille, mutta lainsäädännön muuttuessa lietteen loppusijoittaminen kaatopaikalle tulee kielletyksi. Tämän vuoksi lietteen käyttö kompostoituna tulee todennäköisesti lisääntymään maataloudessa ja viherrakentamisessa. Lietteelle on kehitettävä sijoitusvaihtoehtoja, joissa terveysriski on mahdollisimman vähäinen. Puhdistamoliete voi aiheuttaa suoran tai epäsuoran terveysriskin, mikäli lietteenkäsittely jätevedenpuhdistamoissa jää jostain syystä epätäydelliseksi. Lannoitteena käytettävän lietteen ihmisille ja eläimille aiheuttamat terveysriskit tunnetaan huonosti. Mykobakteerien säilymistä lietteen kompostointikäsittelyssä ei tiedetä. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli selvittää mykobakteerien säilymistä suomalaisissa kompostointikäsittelyissä Tutkimukseen osallistui 22 puhdistamoa ympäri Suomea, joiden tuottamasta lietteestä otettiin näytteitä käsittelyn eri vaiheissa. Käytetty menetelmä on ensimmäinen julkaistu menetelmä mykobakteerien eristämiselle lietteestä. Esikäsittelyn ja dekontaminaatiokäsittelyn jälkeen näytteet viljeltiin mykobakteeri-selektiivisille maljoille ja putkiin. Mykobakteereiksi epäillyt pesäkkeet puhdistettiin ja värjättiin Ziehl-Neelsen -happovärjäyksellä. Eristetyt kannat pakastettiin ja tunnistetaan lajitasolle saakka 16S rDNA -sekvenoinnilla. Tutkituista näytteistä 88,6% (93 kpl) sisälsi mykobakteereja. Mykobakteerit säilyivät hengissä kaikissa muissa lietteenkäsittelymenetelmissä paitsi niissä, jotka käyttivät termistä kuivausta. Muiden lietteenkäsittelymenetelmien teho mykobakteereiden poistamisessa jäi epävarmaksi. Lisätietoa tarvitaan säilyvien mykobakteerien pitoisuuksista ja lajeista. Työn kirjallisuusosassa on käsitelty mykobakteerien rakennetta, kasvuvaatimuksia sekä taudinaiheutusta ihmisillä ja eläimillä. Puhdistamoiden käyttämät käsittelymenetelmät on esitelty lyhyesti.

Lihavuus on lisääntynyt räjähdysmäisesti viime vuosikymmenten aikana. Lihavuutta havaitaan lisääntyneissä määrin kehitysmaissa, pienillä lapsilla ja eläimillä. Lihavuutta on perinteisesti selitetty elintavoilla, mutta viime aikoina on herännyt epäilys, voisiko ympäristön vierasaineilla olla osuutta lihavuusepidemian kehittymisessä. Hormonihäiriköt ovat normaalia hormonitoimintaa häiritseviä vierasaineita. Rasvakudoksella on hormonaalisen elimen ominaisuuksia ja täten se voi olla altis hormonihäiriköiden vaikutuksille. Rasvakudokseen vaikuttavia hormonihäiriköitä kutsutaan obesogeeneiksi ja ne voivat häiritä normaalia aineenvaihduntaa ja edistää lihavuutta. Obesogeeneiksi on kuvattu monia kemikaaleja kuten organotinayhdisteet, ftalaatit ja pysyvät orgaaniset haitta-aineet (POP-yhdisteet). Lihavuuden ja ympäristön synteettisten vierasaineiden välisestä yhteydestä on positiivista tutkimusnäyttöä, mutta tutkimustulokset hieman vaihtelevat. Tutkimusnäyttöä ei ole vielä tarpeeksi, jotta voitaisiin tehdä johtopäätöksiä vierasaineiden ja lihavuuden välisestä yhteydestä. Tämän tutkielman tarkoituksena on selvittää kirjallisuuskatsauksen muodossa, millaista näyttöä ympäristön synteettisten orgaanisten vierasaineiden ja liikalihavuuden välisestä yhteydestä on olemassa ja mikä on tutkimuksen tämänhetkinen käsitys asiasta. Aihe rajataan niihin synteettisiin ympäristön vierasaineisiin, joista löytyy tutkimustietoa liikalihavuuteen liittyen. Muihin lihavuuteen vaikuttaviin tekijöihin ei tässä tutkielmassa syvennytä.