Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

  • Duarte, Daniel Pereira (2016)
    Mitochondrion is an essential organelle capable to produce high amounts of energy from oxidative phosphorylation (OXPHOS). The organelle counts on its own set of mitoribosomes and quality control (QC) factors to efficiently translate the OXPHOS components encoded by the mitochondrial DNA. Organelle dysfunction leads to development of mitochondrial diseases, which show a wide variety of symptoms and poor prognosis. ybeY is a highly conserved gene amongst prokaryotes that acts as factor for maturation and QC of bacterial ribosome. The ybeY-homolog C21orf57 is found remarkably conserved in eukaryotes, but its role in mammalian cells is completely unknown. In this study we characterised the mouse gene C21orf57 (mYBEY) in mammalian cells. mYBEY is transcribed at low levels in mouse tissues, where nervous tissue, skeletal and cardiac muscle show relatively higher amounts of mYBEY transcript. Endogenous mYbey protein could not be detected immunoblot due to its low expression level and/or rapid protein turnover. In parallel, mYBEY was cloned and successfully expressed in mammalian cells using transient and stable expression methodologies. We discovered that mYbey is imported into mitochondria and not covalently associated with mitoribosomes. Interestingly, protein translation stress and mitoribosome decay promoted by actinonin treatment is accompanied by a decrease in mYbey protein. In addition, depletion of mYbey using iRNA promotes the accumulation of mitoribosome proteins. We hypothesise a model in which mYbey is part of a QC mechanism for mitoribosome, and possibly involved with mitoribosome turnover. Although we successfully deleted mYBEY gene in mouse embryonic fibroblasts using the CRISPR/Cas9 approach, the isolation of viable mYBEY knock-out cells was not possible due to the possible deleterious and/or suppressive effects. In conclusion, we verified for the first time that mYbey is located within mammalian mitochondria and may be involved in a possible QC mechanism as a factor recruited for mitoribosome turnover. Further studies are necessary to fully elucidate the role of mYbey in the mitochondrial context.
  • Koivula, Juho (2021)
    Kirjallisuuskatsauksessa käydään läpi erilaisia menetelmiä C3-substituoitujen indolien synteeseihin 2-alkenyylianiliinityyppisistä lähtöaineista, joiden bentsyylinen asema oli substituoitu. Erityistä huomiota kiinnitetään menetelmiin, joiden reaktiomekanismeiksi ehdotettiin radikaalimekanismeja. Myös näitä ehdotettuja radikaalimekanismeja esitellään tutkielmassa. Kokeellisessa työssä tutkittiin C3-subsituoitujen indolien hapettavaa synteesiä hiilikatalyytin avulla. Lähtöaineina käytettiin bentsyylisesti aryylisubstituoituja 2-alkenyylianiliinijohdannaisia. Joidenkin lähtöaineiden typpeen oli kiinnitetty metoksipyridiini, jonka kiinnitystä varten kehitettiin Buchwald-katalyysi. Hiilikatalyysit tuottivat hyviä saantoja. Korkea elektronitiheys, etenkin aniliinin bentseenirenkaan ja/tai typen aromaattisen substituentin korkea elektronitiheys, oli eduksi. Reaktion mekanismin ehdotetaan alkavan hapettumisella radikaalikationiksi, ja näitä hapetuspotentiaaleja laskettiin aiemmin raportoidun menetelmän mukaisesti. Mikäli indolin 5-renkaan substituutiot (N1, C2, C3) olivat tarpeeksi samankaltaisia, korkea elektronitiheys, matala hapetuspotentiaali ja hyvä saanto korreloivat. Indolin 5-renkaan substituutio on kuitenkin merkittävämpi tekijä kuin hapetuspotentiaali ja/tai korkea elektronitiheys. Pyridiini typen suojaryhmänä toimi katalyysissä ja se onnistuttiin poistamaan helposti. Metoksipyridiini toimi katalyysissä hyvin, mutta sen kvantitatiivinen poistaminen ei onnistunut.
  • Uuksulainen, Pasi (2013)
    Tutkielma on rakenteeltaan kaksiosainen. Kirjallisuustutkimus on tehty Helsingin yliopistossa ja kokeellinen tutkimus Espanjassa (Universidad Complutense de Madrid). Tästä johtuen ensimmäinen osa on kirjoitettu suomeksi ja toinen osa englanniksi. Kirjallisuuskatsauksessa perehdytään C6-substituoitujen pyrimidiininukleosidien valmistukseen. C6-substituoiduilla pyrimidiininukleosideilla on havaittu olevan monia erilaisia biologisia vaikutuksia. C6-substituoiduista pyrmidiininukleosideista ei ole kovin paljon julkaisuja johtuen synteettisten keinojen vähäisyydestä. C6-substituoituja pyrimidiininukleosideja voidaan valmistaa joko yhdistämällä C6-substituoitu silyloitu emäs ja suojattu sokeri tai muokkaamalla suoraan valmiin nukleosidin C6-asemaa. Happamissa olosuhteissa glykosylaatioreaktiolla valmistettujen C6-substituoitujen pyrimidiininukleosidien saantoa voidaan parantaa käyttämällä Friedel-Crafts-katalyyttejä ja suojaamalla emäksen N3-asema. Glykosylaatioreaktiolla valmistettujen pyrimidiininukleosidien C6-asemassa olevat substituentit ovat yleensä pieniä ryhmiä. Valmiin pyrimidiininukleosidin C6-aseman muokkaukseen on useita keinoja, joista palladiumkatalyytit tarjoavat yhden tehokkaimmista keinoista liittää esimerkiksi aryyliryhmiä C6-asemaan. Muokkaamalla valmista nukleosidia vältetään myös glykosylaatioreaktiossa syntyvien N3-isomeerien muodostuminen. Joidenkin substituenttien kohdalla havaittiin N-glykosidisidoksen hajoamista. Kokeellisen tutkimuksen tavoitteena oli valmistaa uusia asymmetrisessä katalyysissä käytettäviä kiraalisia kamferijohdannaisia ligandeja. Kahden kamferijohdannaisen ligandin valmistuksessa saatiin valmistettua lupaavia välituotteita. Kolme polyhydroksyloitunutta norbornaani- johdannaista eivät toimineet kiraalisina ligandeina vaan tuottivat raseemisen seoksen.
  • Mäenpää, Jenni (2020)
    Wines are treated to ensure their quality and preservation in the winemaking process. Treatments also have their drawbacks. Premium winemakers have often avoided filtration because it is supposed to cause a loss of taste. Sulfurization of wine is important, for example, for microbiological quality, but it is assumed to reduce the fruity aroma of wines. The purpose of the literature section was to investigate in general the effects of the wine-making process on the volatile compounds of wines. The interest was to find out what happens in winemaking and what compounds are formed at different stages of the process. The literature section also looked at volatile compounds, their analytics and SPME technology. The aim of the experimental part of the work was to develop a research method using headspace-solidphasemicroextraction-gaschromatography-massspectrometry (HS-SPME-GC-MS) technology and to find out the aroma composition and possible differences of the receiving sample and the bag-in box (BIB) -packaged wine. Indicator compounds for volatile compounds were determined from Chardonnay and Cabernet Sauvignon wines using the HS-SPME-GC-MS method developed for the study of Cabernet Sauvignon wine. In the optimization of the method, the functionality of SPME fibers, the GC temperature program and the sample preparation were studied. Receipt, tank, and BIB packaging samples were collected for examination of the wines. The samples were analyzed by HS-SPME-GC-MS and the results were processed by principal component analysis (PCA) as well as other statistical methods. Receipt and BIB packaging samples from Cabernet Sauvignon wine were not divided into clear groups based on PCA. The model best describing the changes in the compounds was achieved with the profile of volatile compounds: ethyl acetate, 1-propanol, isoamyl alcohol, 2-methylbutanol, butanoic acid ethyl ester, isoamyl acetate, hexanol, hexanoic acid, octanoic acid ethyl ester and octanoic acid. In Cabernet Sauvignon wine, almost all the amounts of volatile compounds remained fairly constant as the process progressed. In 1-propanol, ethyl ester of butanoic acid and ethyl ester of octanoic acid, a decrease in the amount was observed between the receipt sample and the BIB packaging sample. In contrast, the amount of 2-methylbutanol and octanoic acid increased when receiving and BIB packaging samples were compared. Receipt and BIB packaging samples of Chardonnay wine were distinguished by PCA. The model best describing the changes in the compounds was achieved with the profile of volatile compounds: ethyl acetate, isoamyl alcohol, 3-methylbutanol, 2-methylbutanol, butanoic acid ethyl ester, isoamyl acetate, hexanol, hexanoic acid, benzene alcohol, octanoic acid ethyl ester, octanoic acid ethyl ester, octanoic acid ethyl ester. The amounts of volatile compounds studied in Chardonnay wine remained fairly constant. Octanoic acid ethyl ester, benzyl alcohol and decanoic acid decreased as the process. The results of the study show that the wine processing process affects the flavorings of Cabernet Sauvignon and Chardonnay wine. The HS-SPME-GC-MS method showed a reduction in several compounds, but previous studies have shown that this change has not been detected by sensory evaluation.
  • Raatikka, Vilho (Helsingin yliopistoUniversity of HelsinkiHelsingfors universitet, 2004)
  • Ng, Kim (2012)
    In analysis of structural information for transmembrane (TM) proteins it is ideal to work with a three-dimensional (3D) structure. This is not always possible as determining an accurate 3D structure can be challenging and expensive as pursuing one can take large amounts of time. Sequence analysis is often used as a surrogate to determine a subset of information regarding secondary and tertiary protein structure given the primary structure (an amino acid sequence). Using Equilibrative Nucleoside Transporter member 1 (ENT1) as a model, the objective of predicting secondary and tertiary structure given primary structure is attempted through computational (in silico) methods. The in silico methods include the use of a pipeline of programs spanning both custom made and ready built software. A set of 2034 homologous protein sequences are first obtained from the initial human ENT1 (hENT1) sequence through a BLASTp. This sequence information is then processed to acquire information on variation, conservation, and hydrophobicity through topology prediction, hydropathic moment plots and variation moment plots. Comparing these results with data acquired from Glycerol-3-Phosphate Transporter (GlpT), a protein with a known 3D structure of 3.3 Angstrom resolution is done to assess evidence of evolutionary origin. This in turn allows estimation on the reliability of predictions to be made on aspects of the secondary and tertiary structure for hENT1. The results show that within predicted TM alpha helical regions that there is some level of correlation between the variation of the amino acids within the alpha helical TM region and its orientation towards the membrane. This can be further refined by gathering statistics on other known proteins with a 3D structure for their relationships in TM regions to hydrophobicity and variability. This will aid in secondary and tertiary structure predictions of other TM proteins given further refinement and additional data. In addition, the sequence conservation information obtained should prove to be robust and allow for a large number of sequences to be analyzed to determine conservation of amino acids given a reference protein. Ideally this information will provide aid in determining interesting amino acids for experiments to be done on hENT1.
  • Colin, Darius Franck Arkadius (2018)
    Parisian cycling increased importantly in the past twenty years. Reviewing fifty years of Parisian transport planning and details of the bike-sharing programme Vélib’, I argue in the background research that municipal biking planning and the public bicycles Vélib’ can explain this development of urban biking (1997-2015). The city also has high ambitions for the biking modal share, aiming for fifteen per cent of all Parisian transport by 2020. I want to discover what the determinants of Parisian biking are, and if the latter can be modelled and predicted; thereby, I can verify if predictions match municipal objectives for 2020. I calculate correlations between the Parisian cycling index and its possible determinants with annual values on biking and other variables from 1997 to 2015 in the first part of the analysis (chapter V). This analysis shows that cycling infrastructure, Vélib’ memberships and gasoline price are the strongest positive biking determinants, while car traffic is the strongest negative determinant. In the second part of the analysis, knowing these determinants, I can find multiple linear regression models with high R-squared values (around 0,97 and 0,98) and low standard errors. The best regression model combines linear infrastructure, car traffic volume and Vélib’ memberships. The predictions in the last part of the analysis chapter reveal that in the current tendencies, the Parisian biking modal share will reach about 7 per cent by 2020, instead of the 15 per cent aimed. But I illustrate how the objective can be accomplished, by either improving drastically one of the determinants or the three of them simultaneously to reach a modal share of 15 per cent. The results and the models found appear to be more satisfactory and accurate than the ones of previous researches, presented in the literature review. The findings may be useful for public authorities and decision-makers during processes of biking planning, and it might contribute to future research in this topic.
  • Vainikainen, Tommi (2019)
    Tutkin tässä työssä mahdollisuutta laskea paineistetussa vesiputkistossa virranneen veden määrää muinaisessa Pompejissa säilyneiden arkeologisten jäännösten perusteella ja teen huomioita Pompejin vesijärjestelmän eri osien toiminnasta. Kuvailen soveltuvin osin antiikin kirjallisia alkuperäislähteitä sekä modernia tutkimushistoriaa. Teen yleiskatsauksen vesijärjestelmään Pompejissa ja esitän omia tulkintojani järjestelmän joidenkin osien toiminnasta. Näitä osia ovat päävesitorni, toissijaiset vesitornit ja lyijystä tehdyt vesiputkistot. Esitän perustelut virtauslaskujen tekemiseen sopivien testikohteiden valinnalle. Testikohteita ovat korttelit V1, IX 3 ja kaksi taloa korttelissa VII 4. Esitän yleisen kuvauksen kustakin korttelista ja yksityiskohtaisen kuvauksen taloista ja huoneista, joissa on vesiputkia. Kuvailen myös lyhyesti testikohteisiin liittyvät toissijaiset vesitornit, joita ovat vesitornit numero yksi, kaksi, kolme ja seitsemän. Kuvaan yksityiskohtaisesti mahdollisia putkilinjoja toissijaisista vesitorneista testikohteisiin ja esitän perustelut putkilinjojen valinnalle. Kuvailen lyhyesti fysikaalisia virtausopin kaavoja ja ainoastaan putkivirtauslaskelmien kannalta katsottuna. Esitän myös kaavan neljännen asteen yhtälölle, jonka kuvaaja, kun se on piirretty koordinaatistoon muistuttaa roomalaisten vesiputkien muotoa ja esitän syyt miksi tätä yhtälöä voi käyttää roomalaisten vesiputkien yhteydessä. Esitän kuvauksen putkivirtauslaskelmien kulusta ja esitän tuloksia edustavin osin. Lopuksi puhun laskelmiin liittyvistä ongelmista ja esitä suosituksia mahdollisia jatkotutkimuksia varten.
  • Keskinen, Matti (2012)
    Tässä tutkielmassa esitellään algebrallisen ryhmän käsite sekä hieman tavallisesta poikkeava tapa ymmärtää permutaatioita. Työn tärkeimpinä kohtina voi pitää Caleyn lausetta, joka yhdistää permutaation ja ryhmän käsitteet, sekä p-ryhmän käsitettä. Työssä käsitellään myös pintapuolisesti suoraan tuloon liittyviä ryhmiä. Varsinaisia esitietovaatimuksia työn ymmärtämiseksi ei ole, mutta tietynlainen matemaattinen yleissivistys on toivottavaa. Kenen tahansa kandidaattitasoisen matematiikan opiskelijan kuitenkin pitäisi pystyä ymmärtämään tämän tutkielman oleellinen sisältö. Esitelmäni perustuu Joseph J. Rotmanin kirjaan An Introduction to the Theory of Groups [2]. Tukena olen käyttänyt Tauno Metsänkylän ja Marjatta Näätäsen teosta Algebra I [1]. Permutaatioita käsittelevässä luvussa olen tukeutunut Pekka Tuomisen Todennäköisyyslaskenta I- kirjaan [3]. Permutaatioita oli tutkittu jo aikaisemminkin, mutta ryhmien teorian tutkimuksen aloitti varsinaisesti Galois (1811-1832). 1800-luvun lopussa ryhmäteoriaa tutkittiin lähinnä kahdessa päähaarassa. Nämä päähaarat olivat algebralliset ryhmät, erityisesti Lien ryhmät, sekä äärelliset ryhmät. 1900-luvulla ilmaantui kuitenkin kolmas päähaara, äärettömät ryhmät. Nykyään ryhmät esiintyvät monilla matematiikan aloilla, esimerkiksi geometriassa, topologiassa ja logiikassa.
  • Lampsijärvi, Eetu (2020)
    The feasibility of quantitatively measuring ultrasound in air with a Schlieren arrangement has been demonstrated before, but previous work demonstrating calibration of the system combined with computation to yield the 3D pressure field does not exist. The present work demonstrates the feasibility of this both in theory and practice, and characterizes the setup used to gain the results. Elementary ray optical and Schlieren theory is exhibited to support the claims. Derivation of ray optical equations related to quantitative Schlieren measurements are shown step by step to help understand the basics. A numerical example based on the theoretical results is then displayed: Synthetic Schlieren images are computed for a theoretical ultrasonic field using direct numerical integration, then the ultrasonic field is recovered from the Synthetic Schlieren images using the inverse Abel transform. Accuracy of the inverse transform is evaluated in presence of synthetic noise. The Schlieren arrangement, including the optics, optomechanics, and electronics, to produce the results is explained along with the stroboscopic use of the light source to freeze ultrasound in the photographs. Postprocessing methods such as background subtraction and median and Gaussian filtering are used. The repeatability and uncertainty of the calibration is examined by performing repeated calibration while translating or rotating the calibration targets. The ultrasound fields emitted by three transducers (100 kHz, 175 kHz, and 300 kHz) when driven by 5 cycle sine bursts at 400 Vpp are measured at two different points in time. The measured 3D pressure fields measured for each transducer are shown along with a line profile near the acoustic axis. Pressure amplitudes range near 1 kPa, which is near the acoustic pressure, are seen. Nonlinearity is seen in the waveforms as expected for such high pressures. Noise estimates from the numerical example suggest that the pressure amplitudes have an uncertainty of 10% due to noise in the photographs. Calibration experiments suggest that additional uncertainty of about 2% per degree of freedom (Z, X, rotation) is to be expected unless especial care is taken. The worst-case uncertainty is estimated to be 18%. Limitations and advantages of the method are discussed. As Schlieren is a non-contacting method it is advantageous over microphone measurements, which may affect the field they are measuring. As every photograph measures the whole field, no scanning of the measurement device is required, such as with a microphone or with an LDV. Suggestions to improve the measurement setup are provided.
  • Hakala, Jani (2012)
    The most important parameters describing the aerosol particle population are the size, concentration and composition of the aerosol particles. The size and water content of the aerosol particles are dependent of the relative humidity of the ambient air. Hygroscopicity is a measure to describe the water absorption ability of an aerosol particle. Volatility of an aerosol defines how the aerosol particles behave as a function of temperature. A Volatility-Hygroscopicity Tandem Differential Mobility Analyzer (VH-TDMA) is an instrument for size-selected investigation of particle number concentration, volatility, hygroscopicity and the hygroscopicity of the particle core, i.e. what is left of the particle after the volatilization. While knowing these qualities of aerosol particles, one can predict their behavior in different atmospheric conditions. Volatility and hygroscopicity can also be used for indirect analysis of chemical composition. The aim of this study was to build and characterize a VH-TDMA, and report the results of its field deployment at the California Nexus (CalNex) 2010 measurement campaign. The calibration measurements validated that with the VH-TDMA one can obtain accurate volatility and hygroscopicity measurements for particles between 20 nm and 145 nm. The CalNex 2010 results showed that the instrument is capable in field measurements at varying measurement conditions; and valuable data about hygroscopicty, volatility and the mixing state of several types of aerosols were measured. The data obtained was in line with the observations based on the data measured with other instruments.
  • Larkiala, Taru (2020)
    Calsyntenin-3 is a type I transmembrane protein, that is mainly expressed on the post-synaptic cell membranes. It belongs to the calsyntenin family that is part of the cadherin superfamily. Calsyntenin-3 consists of a cytosolic C-terminal region, a transmembrane domain and an extracellular N-terminal part, that consists of a laminin G-like domain (LNS) and two cadherin domains (CAD). Calsyntenin-3 is mainly expressed in the brain, but it can also be found in the heart, liver, pancreas, lung, skeletal muscle and placenta. Calsyntenin-3 has an effect on neurogenesis by affecting the development of excitatory and inhibitory synapses. It might also play a role in Alzheimer’s disease, as it has been found to be able to bind β-amyloid peptide, that is known to play a key role in the development of Alzheimer’s disease. Calsyntenin-3 acts as a synaptic adhesion protein, that binds to the post-synaptic neurexins with its extracellular region. However, the previous studies have contradicting results regarding the calsyntenin-3 domains that mediate the interaction between the calsyntenin-3 and neurexins. There is also disagreement whether calsyntenin-3 binds neurexin-α, neurexin-β or both. Because of these discrepancies, the aim of this master’s thesis study was to produce the calsyntenin-3 ectodomain constructs that contained either the two CAD domains, the LNS domain or all three domains, using baculovirus mediated protein production in insect cell cultures. These purified protein constructs were meant to be used for the determination of the binding domains. Unfortunately, only the purification of the calsyntenin-3 LNS domain was successful and the purification of the constructs, containing the CAD domains, was unsuccessful. A SEC-MALLS experiment, that was performed for the calsyntenin-3 LNS domain, revealed that it forms dimers in a solution, which is consistent with experiments performed with the LNS domain of human sex hormone‐binding globulin. The second aim of this master’s thesis study was to express the calsyntenin-3 ectodomain constructs on the surface of HEK293T cells and to test the binding between calsyntenin-3 and neurexins in a cell surface binding assay. The results of the cell surface binding assay indicated that the binding is mediated by the calsyntenin-3 CAD domains and that calsyntenin-3 binds to neurexin-α, but the binding to neurexin-β was not detected. However, the results from the cell surface binding assay were conflicting: the binding between the calsyntenin-3 full ectodomain construct and neurexin-α was not detected, but the binding was detected between calsyntenin-3 CAD ectodomain construct and neurexin-α. Therefore, the cell surface binding assay cannot be considered entirely reliable and should be repeated before making further conclusions.
  • Schwenk, Cindy Emilia (2022)
    Breeding-dispersal and philopatry are important life-history traits when it comes to the ecology of animals. A number of factors such as sex, age, habitat stability, population density, predation and various environmental factors influence the movement patterns of species. Philopatry, in general, can be used by organisms as a predator avoidance strategy and to improve feeding efficiency. Dispersal on the other hand has been shown to help avoid inbreeding and competition within groups or between kin. Among the different types of dispersal and philopatry, breeding dispersal and site fidelity to breeding sites have been studied in many vertebrates. Many birds and some ungulate species have been the focus of these studies and have shown that breeding success influences site fidelity. Among ungulates, the reindeer genus (Rangifer tarandus spp.) however, has received little attention for this topic. A species of special conservational value is the wild forest reindeer (Rangifer tarandus fennicus), which is a rare, and near-threatened subspecies of reindeer living in Finland. Knowledge of factors influencing the dispersal and site fidelity for this species is lacking but has important implications for the conservation and management of this and other vulnerable species. In my thesis I investigated the philopatry of wild forest reindeer females from eastern Finland and tested if the calving site fidelity was influenced by breeding success, predator pressure and the female’s age. Given the high densities of predators in the study area (Kainuu) and thus high predator pressure on reindeer, I expected (i) the philopatry of the wild forest reindeer female’s to be stronger in areas with higher predator pressure but (ii) higher dispersal movement when wild forest reindeer females had no breeding success the previous year. Additionally, I expected (iii) the dispersal distances of wild forest reindeer females to be negatively correlated with their age. For this study I used long-term GPS monitoring data of 53 collared wild forest reindeer females, which were followed for varying periods (2-6 years) between 2010-2021 from Eastern Finland. I found that the inter-year distances between calving sites per female had a median distance of 2.84 km, confirming that female wild forest reindeer show philopatry to calving sites, as do other reindeer subspecies. Even though the movement ranged from 4.8 m to 36.99 km, showing substantially longer dispersal for some individuals. The model outcomes indicate some association between predation pressure and site fidelity, and reduced philopatry following calf mortality, although none of these associations were significant. The age of the mother did also not show any significant influence on a female’s site fidelity. Nonetheless, these results would suggest that a mother's choice to leave or return to the same calving site might be influenced by the previous year's calf mortality but more complex variables like anthropogenic disturbances, environmental factors, as well as intrinsic factors and the physical condition of the mother most likely also play a role in this.
  • Varis, Maiju (2022)
    Suomessa on tarvetta uusille kotimaisille valkuaislähteille. Öljyntuotannosta ylijäävä camelinapuriste vastaa aminohappokoostumukseltaan melko hyvin lypsykarjan ruokinnassa yleisesti käytettyä ryp-siä, joten se voisi sopia hyvin valkuaisrehuksi. Camelina ei tarvitse paljon ravinteita ja sitä pystytään kasvattamaan monenlaisissa ilmasto-oloissa, koska se kestää hyvin vaikeita ympäristöoloja, kuten kuivuutta, sekä tauteja ja tuholaisia. Tutkimuksen tavoitteena oli tutkia camelinan soveltuvuutta valkuaisrehuksi lypsylehmillä. Tutkimus koostui kahdesta osakokeesta, joissa mitattiin ohutsuoleen virtaavan käyttökelpoisen valkuaisen määrää in vitro. Osakokeessa 1 verrattiin kahta eri camelinalajiketta rypsiin ja osakokeen 2 koe-dieetti sisälsi camelinaa nousevina tasoina siten, että camelinavalkuainen korvasi rypsivalkuaista 0, 1/3, 2/3 ja 3/3. Hypoteesi oli, että camelina voi korvata rypsin täysin ilman ohutsuoleen virtaavan käyttökelpoisen valkuaisen määrän vähenemistä. Tutkimuksessa koerehuista analysoitiin perusanalyysien lisäksi aminohappokoostumus ja Cornellin typpifraktiot. Typpifraktioiden perusteella camelinalla ja rypsillä on samankaltainen hajoavuuspoten-tiaali pötsissä. Ohutsuoleen virtaavan käyttökelpoisen valkuaisen määrää mitattiin laboratoriossa Bioprocess control’in Gas Endeavor in vitro –laitteella inkuboimalla rehuja naudan pötsinesteessä. Osakokeiden tulokset olivat keskenään ristiriitaisia. Osakoe 1:n mukaan ohutsuoleen virtaavan käyt-tökelpoisen valkuaisen määrässä ei ollut merkittäviä eroja valkuaisrehujen välillä. Osakoe 2:ssa ohutsuoleen virtaavan käyttökelpoisen valkuaisen määrä yllättäen väheni camelinan annostasoa nostettaessa. Tässä tutkimuksessa hypoteesi ei toteutunut kaikkien tulosten osalta, mutta sekä osakoe 1:n että typpifraktioiden mukaan camelinan pitäisi soveltua rypsin korvaajaksi valkuaisrehu-na. On epäselvää, miksi osakoe 2:ssa tämä ei toteutunut. Tulevaisuudessa tarvitaan lisää tutkimuk-sia camelinan soveltuvuudesta valkuaisrehuksi, ja in vitro -menetelmä on hyvä tutkimuskeino ennen in vivo -kokeita.
  • Salomaa, Sini (2014)
    The aim of this study was to investigate the effects of graded amounts of camelina oil on milk fatty acid composition in lactating cows fed diets based on a mixture of grass and red clover silages. The experiment was carried out at the University of Helsinki research farm in Viikki 30th January 2009 – 23th April 2009. Eight multiparous Finnish Ayrshire cows participated in this experiment and four of them were rumen fistulated. Experimental design used was 4 x 4 Latin square. Treatments consisted of concentrate supplements containing various levels of camelina oil (0%, 2%, 4% and 6% on air-dry basis). All concentrates contained camelina expeller (20% on air-dry basis). The cows were offered daily 12 kg of experimental concentrate and silage ad libitum. The experimental periods lasted for 21 days. The first 14 days were adaptation period and the last 7 days formed sampling period. Increase of camelina oil level in the diet linearly decreased forage and whole diet dry matter intake (P?0,002). Camelina oil level did not affect organic matter, NDF and nitrogen whole-tract digestibility (P>0,10). Milk yield and milk protein- and lactose content linearly decreased when camelina oil level increased (P<0,001). Camelina oil level did not affect milk fat yield (P>0,100). Milk fat content (P=0,014) linearly increased and protein content (P=0,032) and urea content (P<0,001) linearly decreased when camelina oil level increased. Camelina oil level did not affect milk lactose content (P>0,100). Increase of camelina oil level linearly worsened milk taste panel scores (P=0,018). Camelina oil level did not affect plasma metabolite concentrations except that of total free fatty acids that linearly increased with camelina oil supplementation (P<0,001). Effects of camelina oil supplementation on rumen pH and rumen fermentation pattern were numerically negligible. Increase of camelina oil level linearly decreased the concentration of saturated fatty acids in milk fat (P<0,001) and linearly increased those of monounsaturated (P<0,001) and polyunsaturated (P<0,002) fatty acids. Increase of camelina oil level linearly decreased the content of mammary de novo synthesised short- and medium-chain 6-14-carbon fatty acid in milk fat (P?0,028). Camelina oil level had no effect on alphalinolenic acid content in milk fat (P>0.100). Increase of camelina oil level linearly increased trans fatty acids and CLA content in milk fat (P?0,008). Camelina oil supplementation did not affect neither the milk fat content of the final product of ruminal biohydrogenation of 18-carbon unsaturates stearic acid nor that of oleic acid (P>0,10). This is possibly due to biohydrogenation not proceeding to the end, ceasing to the last step before stearic acid. Milk fat trans-11 18:1 and cis-9, trans-11 CLA contents linearly increased at remarkably high levels when camelina oil level in the diet increased (P?0,008). This is possibly due to incomplete ruminal biohydrogenation of 18-carbon unsaturated fatty acids. Camelina oil supplement improved milk fat composition by decreasing saturated and increasing the trans-11 18:1 and cis-9,trans-11 CLA content in milk. However, giving camelina oil at high levels decreased silage and whole diet dry matter intake and affected milk production negatively.
  • Fredrikson, Linda (2019)
    The consumption of omega (n-) 3 polyunsaturated fatty acids (PUFA) from fish has been associated with lower rates of cardiovascular diseases with one mechanism being lowering LDL cholesterol levels in blood. When incorporated into LDL particle n-3 PUFAs can modify the lipid composition and reduce atherogenicity of the particle, e.g. by influencing inflammatory processes. The effects of n-3 PUFA of plant origin are less studied. This study investigated the effects of Camelina sativa oil (CSO), a rich source of alpha-linolenic acid (ALA), on lipid species of human LDL including phosphatidylcholines (PC), lysophosphatidylcholines (LPC), sphingomyelin (SM), triacylglycerols (TAG) and cholesterol esters (CE). A total of 38 subjects with a history of impaired fasting glucose, were randomly divided into two groups; CSO (ALA 10 g/day) and the control group (limited fish and ALA intake) for 12 weeks. Blood samples were collected from the subjects at the beginning and at the end of the experiment after 12 weeks. LDL particles were isolated from blood and the lipids were analyzed by mass spectrometry. The CSO affected more the LDL core lipids (TAG and CE) than lipid species of the shell (PC, LPC, SM). CSO is high in ALA and linoleic acid (LA). Thus, the diet reduced mole fractions of lipid species containing saturated acyl chains while acyl chains in the core lipids with ALA, LA and EPA, that is formed in the body from ALA, were increased. Based on the results, having CSO in the diet changed the LDL particle lipid composition in a favorable direction for cardiovascular health.
  • Lilja, Liisa (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Kampylobakteerit ovat teollisuusmaissa tavallisimpia diagnosoituja bakteeriperäisen gastroenteriitin aiheuttajia. C. jejuni aiheuttaa noin 90-95 % infektioista ja C. coli tavallisesti 5-10 %. Suomessa sairastuu vuosittain noin 3000 henkilöä kampylobakterioosiin. Infektioiden määrä on vähäinen talvella ja keväällä, jolloin suurin osa tapauksista on ulkomaista alkuperää. Kesäkuukausien aikana kampylobakteeri-infektioiden määrä kasvaa ja tapauksista jopa puolet voi olla kotimaista alkuperää. Yleensä tapaukset ovat yksittäisiä ja epidemioita esiintyy harvoin. Tartuntalähteistä tärkeimpinä pidetään saastunutta juomavettä ja broilerinlihaa. Perinteiset kampylobakteerien tunnistamismenetelmät ruokanäytteistä ovat aikaa vieviä ja hankalia. Ne sisältävät näytteen esirikastuksen, viljelyn selektiivisille alustoille sekä biokemiallisen varmistuksen. Viime vuosina kampylobakteerien tunnistamiseen tarkoitetut nopeat menetelmät, kuten nukleiinihappohybridisaatio, PCR (polymerase chain reaction) ja ELISA (enzyme-linked immuno-sorbent assay) ovat kehittyneet. Näiden pikamenetelmien kehitys avaa uusia mahdollisuuksia mm. teollisuudelle elintarvikevalvontaan. Opinnäytetyössä verrataan EiaFoss-ELISA-kampylobakteerimenetelmää, viljelymenetelmää ja PCR-analyysia C. jejunin ja C. colin toteamiseen ja tunnistamiseen broilertuotteista. EiaFoss-ELISA-menetelmä on kvalitatiivinen määritysmenetelmä C. jejunin ja C. colin tunnistamiseen elintarvikkeista (rikastus 46 h + täysin automatisoitu analyysi 2 h). ELISA-analyysi perustuu "sandwich"-tekniikkaan, jossa kaksi erilaista polyklonaalista vasta-ainetta ovat kampylobakteeriantigeeneja vastaan. Viljelymenetelmä sisältää näytteen rikastuksen, viljelyn CCDA-maljalle (valikoiva kampylobakteerialusta ilman verta), maljojen inkuboinnin mikroaerofiilisissä olosuhteissa, tyypillisten pesäkkeiden jatkoviljelyn ja biokemiallisen varmistuksen. Valittu PCR-menetelmä sisältää rikasteliemen esikäsittelyn BDC (Buoyant Density Sentrifugation) menetelmällä, joka erottelee ominaispainoon perustuen bakteerit ja PCR-inhibittorit rikasteliemestä ja konsentroi bakteerit, sekä C. jejuni spesifisen PCR-analyysin. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 105 tuotetta, joista 60 siipikarjatuotetta oli valittu juuri menetelmien vertailuun. Vaihtelut kaikkien kolmen menetelmän tuloksissa olivat vähäisiä. EiaFoss-positiivisia oli 13, PCR-positiivisia 10 ja viljely-positiivisia näytteitä 10. Varmaksi positiiviseksi tulokseksi määriteltiin sellainen näyte, joka antoi kahdella tai kaikilla kolmella menetelmällä positiivisen tuloksen. Näin ollen varmojen positiivisten määrä oli 12, joista 11 kyseessä oli C. jejuni ja yhdessä C. coli. Sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmissä väärien negatiivisten tulosten osuus oli 1,7 % näytteistä. Viljelymenetelmän väärät negatiiviset (3,3 %) johtuivat todennäköisesti valitusta pitkästä rikastusajasta, eivätkä siksi anna täysin oikeaa kuvaa kampylobakteereiden tunnistamisesta viljelemällä. EiaFoss-menetelmällä esiintyi vääriä positiivisia tuloksia (viljely- ja PCR-negatiivisia) 3,3 %. Viljely- ja BDC-PCR-menetelmissä ei esiintynyt vääriä positiivisia. Tämän perusteella sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmät osoittautuivat helpoiksi ja luotettaviksi pikamenetelmiksi tunnistaa kampylobakteerit broilernäytteistä.
  • Ylänen, Meeri (2020)
    Kampylobakteerit ovat gramnegatiivisia, pääosin mikroaerobisia bakteereja, joita esiintyy monien eläinten suolistossa. Ihmisille kampylobakteerit ovat erityisesti suoliston taudinaiheuttajia ja kampylobakteerit ovatkin yleisimpiä bakteeriperäisiä ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajia kehittyneissä maissa, myös Suomessa. Suolistotulehduksen lisäksi kampylobakteerit voivat aiheuttaa ihmisille esimerkiksi Guillain-Barré -hermostosairautta ja pitkäkestoisiakin niveloireita aiheuttavaa reaktiivista niveltulehdusta. Ihmisen tyypillisimmät taudinaiheuttajat kampylobakteereista ovat Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Näistä kahdesta selvästi yleisempi taudinaiheuttaja on C. jejuni. Sekä C. jejuni että C. coli ovat termofiilisiä kampylobakteereja. Kampylobakteeritartunta on yleensä ulosteperäinen ja erityisesti ulosteella saastunut broilerinliha on tärkeä kampylobakterioosin lähde. Maatilojen ympäristössä olevien jyrsijöiden on todettu olevan yksi kampylobakterioosin riskitekijöistä ja kampylobakteereja on havaittu jyrsijälajeilla, esimerkiksi metsähiirillä ja vesimyyrillä. Suomessa jyrsijöiden kantamia kampylobakteereja ei ollut tutkittu ennen tämän tutkielman aloittamista. Päästäisiä koskevia tutkimuksia kampylobakteerien osalta on maailmanlaajuisestikin hyvin vähän. Tutkimusosiossa tutkittiin termofiilisten kampylobakteerien yleisyyttä suomalaisissa pienjyrsijöissä ja päästäisissä. Tutkimuksen hypoteesina oli, että suomalaisista piennisäkkäistä löytyy kampylobakteereja. Tutkimuksessa tutkittiin yhteensä 372 eläintä 12:sta eri lajista, jotka oli pyydystetty 24:ltä paikalta eri puolilta Suomea. Tutkituista eläimistä 342 oli jyrsijöitä ja 40 päästäisiä. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää isäntälajien välisiä eroja kampylobakteerien yleisyyden suhteen sekä esimerkiksi kampylobakteerien yleisyyttä eri puolilla Suomea. 76 metsämyyrää oli pyydetty keväällä ja kesällä vuonna 2017, kun taas vuodelta 2015 oli 82 metsämyyrää. Näitä kahta vuotta verrattiin toisiinsa mahdollisten vuosittaisten kampylobakteerierojen havaitsemiseksi metsämyyrissä. Tutkimus suoritettiin viljelemällä eläinten ulostetta selektiivisille kasvatusmaljoille, joita inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille otollisissa olosuhteissa. Bakteerikasvustoa viljeltiin tämän jälkeen epäselektiivisille maljoille puhdasviljelmiksi, joista tehtiin DNA-eristys. DNA:ta monistettiin PCR-menetelmän avulla ja PCR-tuotteet tutkittiin geelielektroforeesin avulla bakteerilajien tunnistamiseksi. Tulokset olivat hypoteesin mukaiset. Tutkimuksessa todettiin C. jejunia 17,7 %:lla tutkituista eläimistä. Kampylobakteereja havaittiin neljällä jyrsijälajilla: metsähiirillä, punamyyrillä, metsämyyrillä ja peltomyyrillä. Suurinta esiintyvyys oli punamyyrillä, joista 63,6 % oli kampylobakteeripositiivisia. Kaikki tutkitut päästäisnäytteet olivat kampylobakteerinegatiivisia. Metsämyyrillä ja metsähiirillä todettiin paikkakunnan vaikuttavan kampylobakteerien yleisyyteen. Metsämyyrillä oli kampylobakteereja merkittävästi enemmän vuonna 2017 kuin 2015, mikä voi liittyä metsämyyrien vuosittaisiin kannanvaihteluihin. Tutkimustulosten perusteella jyrsijät voivat mahdollisesti toimia kampylobakteerien reservuaarina ja mahdollisesti myös ihmisten kampylobakterioosin lähteenä. Jyrsijät voivat mahdollisesti esimerkiksi tartuttaa ihmisiä tai maatilan eläimiä tai saastuttaa toimintatiloja tai vesilähteitä. Jatkotutkimuksia kuitenkin tarvitaan esimerkiksi selvittämään sitä, ovatko suomalaisten jyrsijöiden kantamat kampylobakteerit ihmiselle patogeenisiä kantoja. Campylobacters are gram negative, mostly microaerobic bacteria that live in the intestines of many animal species. Campylobacters are the most common cause of human bacterial enteritis in developed countries, including Finland. The most common human pathogens of Campylobacter spp. are Campylobacter jejuni and Campylobacter coli. Campylobacter infection happens usually via fecal contamination. Especially contaminated, undercooked broiler meat is an important source of campylobacteriosis. Rodents near farms are noted as a risk factor for campylobacteriosis, and Campylobacter spp. have been detected in some rodent species. Studies regarding campylobacters in shrews are minimal worldwide. In this thesis, the Campylobacter occurrence in Finnish small rodents and shrews was studied. The hypothesis was that Finnish small mammals do carry Campylobacter spp. 342 rodents and 40 shrews from 12 species trapped from 24 locations throughout Finland were studied. The purpose of the study was to detect differences in Campylobacter occurrence between host species and for example to compare the occurrence in different parts of Finland. Possible annual differences in bank voles were studied with 76 animals from 2017 and 82 animals from 2015. The study was performed by cultivating fecal samples to selective agars that were incubated in conditions suitable for thermophilic Campylobacter spp. Bacterial growth was cultivated to non-selective agars for pure growth and DNA isolation was performed. DNA was multiplied using PCR and gel electrophoresis was used to determine the Campylobacter species. The results were consistent with the hypothesis. Four rodent species were Campylobacter positive: yellow-necked mouse, northern red-backed vole, bank vole and field vole. The occurrence was highest in northern red-backed voles, where 63,6 % of the animals were Campylobacter positive. Al thel studied shrews were Campylobacter negative. Bank voles had campylobacters significantly more in 2017 than in 2015, which may relate to the annual population chances in bank voles. According to the results it is possible that rodents could act as Campylobacter reservoir and source of human campylobacteriosis. Rodents could possibly infect humans or farm animals or contaminate estates or water sources. Further studies are needed to determine for example if the campylobacters in Finnish rodents’ strains are pathogenic for humans.
  • Kukkola, Johanna (2022)
    Can a day be classified to the correct season on the basis of its hourly weather observations using a neural network model, and how accurately can this be done? This is the question this thesis aims to answer. The weather observation data was retrieved from Finnish Meteorological Institute’s website, and it includes the hourly weather observations from Kumpula observation station from years 2010-2020. The weather observations used for the classification were cloud amount, air pressure, precipitation amount, relative humidity, snow depth, air temperature, dew-point temperature, horizontal visibility, wind direction, gust speed and wind speed. There are four distinct seasons that can be experienced in Finland. In this thesis the seasons were defined as three-month periods, with winter consisting of December, January and February, spring consisting of March, April and May, summer consisting of June, July and August, and autumn consisting of September, October and November. The days in the weather data were classified into these seasons with a convolutional neural network model. The model included a convolutional layer followed by a fully connected layer, with the width of both layers being 16 nodes. The accuracy of the classification with this model was 0.80. The model performed better than a multinomial logistic regression model, which had accuracy of 0.75. It can be concluded that the classification task was satisfactorily successful. An interesting finding was that neither models ever confused summer and winter with each other.
  • Nieminen, Mikko (2011)
    Yläruoansulatuskanavan syöpien tärkeimpiä riskitekijöitä ovat tupakointi, alkoholin suurkulutus ja huono suuhygienia. Näiden tekijöiden vaikutuksesta sylkeen erittyy korkeita pitoisuuksia asetaldehydiä, jonka Kansainvälinen syöväntutkimuslaitos (IARC) on luokitellut 1-ryhmän karsinogeeniksi. Suuri osa syljen asetaldehydistä on suun mikrobien tuottamaa. Tiedetään, että suun mikrobiomiin kuuluvat bakteerit ja Candida albicans -hiivat kykenevät tuottamaan mutageenisiä määriä asetaldehydiä. C. albicansin aiheuttaman kroonisen mukosiitin onkin todettu olevan karsinogeeninen. Muiden kandidalajien (non- albicans Candida, NAC) määrän on todettu kasvavan etenkin suusyöpähoitoja saavilla potilailla ja toisinaan osalle näistä potilaista kehittyy uusi primäärikarsinooma kandidamukosiitin läheisyyteen. NAC-lajien kykyä tuottaa asetaldehydiä ei kuitenkaan ole aiemmin tutkittu. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää pystyvätkö NAC-lajit tuottamaan karsinogeenisiä määriä asetaldehydiä etanoli- ja glukoosi-inkubaatiossa in vitro. Kaikkiaan kolmenkymmenen (n=30) kliinisen ja kantapankkiNAC-kannan kyky tuottaa asetaldehydiä etanoli- ja glukoosi-inkubaatiossa mitattiin kaasukromatografilla. Yksi C. albicans kantapankkikanta oli mukana kontrollina. Kaikki kandidahiivat tuottivat merkittäviä määriä asetaldehydiä etanoli-inkubaatiossa in vitro. C. tropicalis –kannat tuottivat eniten (252,3 µM) ja C. krusei –kannat vähiten (54,6 µM) asetaldehydiä etanolista. NAC-lajeista ainoastaan C. glabrata tuotti merkittäviä määriä asetaldehydiä glukoosia fermentoimalla. Suuontelon kolonisoituminen merkittävään asetaldehydituotantoon pystyvällä NAC-lajilla kuten C. glabratalla voi altistaa suun limakalvon paikallisesti korkeille määrille asetaldehydiä, mikä voi johtaa suusyövän kehittymiseen.