Browsing by Subject "Yersinia enterocolitica"
Now showing items 1-8 of 8
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2017)Yersinia enterocolitica on merkittävä bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja Suomessa. Y. enterocoliticasta esiintyy kuutta eri biotyyppiä (1A, 1B, 2 - 5), joista biotyyppiä 1A pidetään ei-patogeenisena. Biotyypiltä 1A puuttuvat virulenssiplasmidi pYV ja merkittävät kromosomaaliset virulenssigeenit kuten inv ja ail. Y. enterocolitican biotyypin 1A kantoja eristetään kuitenkin säännöllisesti suolistotulehduksen oireista kärsiviltä potilailta. Biotyypin 1A kantojen on myös satunnaisesti havaittu kantavan ail-geeniä. Yersinia kristensenii on ei-patogeenisena pidetty ympäristölaji, jonka ei myöskään kuuluisi kantaa ail-geeniä. Y. enterocolitican biotyypin 1A kantojen ail-geenejä on aiemmin sekvensoitu vain muutamia ja näiden kantojen ailgeeneissä on ollut vain pieniä eroja patogeenisten kantojen ail-geeneihin verrattuna. Tämän tutkimuksen tavoitteena on tutkia ei-patogeenisten ail-positiivisiksi todettujen Y. enterocolitica 1A- ja Y. kristensenii –kantojen ail-geenejä. Olettamuksena oli, että tutkittujen Y. enterocolitica 1A -kantojen ail-geenien sekvenssit ovat lähes identtisiä, mutta että eroja löytyy verrattuna patogeenisten kantojen ail-geeneihin. Y. kristenseniin ja Y. enterocolitican patogeenisten kantojen ail-geenien välillä odotettiin löytyvän selkeitä eroja. Tutkimuksessa tutkittiin 26 jo aiemmin reaaliaikaisella PCR:llä ail-positiiviseksi todettua kantaa, jotka oli eristetty useasta eri lähteestä: lampaasta, villisiasta, kanasta, luonnonvaraisista linnuista, ihmisestä, siasta, salaattisekoituksesta, jyrsijöistä, peurasta ja hirvestä. Kannat tunnistettiin bio- ja serotyypityksen avulla. Kannoista 22 oli Y. enterocolitican biotyppiä 1A ja neljä ympäristölajia Y. kristensenii. Kannoista eristettiin DNA, jota monistettiin ail-geenille spesifisillä alukkeilla. Kannoista 21 lähetettiin sekvensoitavaksi Helsingin yliopiston Biotekniikan instituuttiin. Tutkimuksen kantojen ail-geenien sekvenssejä verrattiin toisiinsa ja tietokannasta (NCBI) valittuihin referenssikantoihin 486 emäsparin pituiselta alueelta. Tutkimuksen kannat jakautuivat ail-geenin sekvenssin perusteella kahteen profiiliin. Profiilit erosivat toisistaan kahden eri kohdassa olevan emäksen verran. Profiilit olivat hyvin samanlaisia Saksassa eristetyn Y. enterocolitican biotyypin 1A kannan ail-geenin kanssa (99,6 – 100 %). Profiilit vastasivat myös melko hyvin korkeapatogeenisen biotyypin 1B kantaan 8081 (99,0 – 99,4 %). Kiinassa eristetystä Y. enterocolitican biotyypin 1A kannasta ja biotyyppien 2 ja 4 kannoista profiilit erosivat selkeämmin (95,5 – 96,3 %). ail-geeniä käytetään yleisesti kohdegeeninä PCR-tutkimuksissa erottamaan patogeenisia kantoja ei-patogeenisista. Niin tämä kuin aikaisemmatkin tutkimukset osoittavat, että ail-geeniä esiintyy satunnaisesti myös ei-patogeenisilla kannoilla. Näin ollen ail-geeniin perustuva patogeenisten kantojen havaitseminen saattaa antaa virheellisiä positiivisia tuloksia. Ei-patogeenisten kantojen ail-geeneistä tarvitaan lisää tutkimusta. Kannoilta tulisi tutkia myös muita virulenssitekijöitä. Olisi myös syytä selvittää onko ei-patogeenisten kantojen ail-geeni toimiva. Kokogenomisekvensointia kyseisille kannoille voitaisiin harkita, jotta myös ail-geenin ympärillä olevat alueet saataisiin sekvensoitua.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2006)Yersinia enterocolitica on Suomen kolmanneksi yleisin ihmisille suolistotulehdusta aiheuttava zoonoottinen bakteeri, jota yleisempiä ovat Campylobacter- ja Salmonella-sukujen bakteerit. Yersiniat voidaan luokitella biokemiallisten ominaisuuksiensa perusteella kuuteen biotyyppiin ja pintarakenteidensa perusteella lukuisiin eri serotyyppeihin. Vain tietyt Y. enterocolitican bioserotyypit ovat patogeenisia. Euroopan yleisin patogeeninen bioserotyyppi on 4/O:3, jota esiintyy yleisesti lihasikojen nielurisoissa, ja joista se voi teurastuksen yhteydessä levitä muihin elimiin, ruhoon ja teurastamoympäristöön. Yleisyytensä vuoksi Yersinia enterocoliticalla olisi hyvät mahdollisuudet toimia mikrobilääkeresistenssigeenien varastona sikapopulaatiossa, jolloin vaarana olisi resistenttien bakteerien leviäminen elintarvikkeiden välityksellä ihmisiin, ja myöskin resistenssitekijöiden siirtyminen toisiin bakteerilajeihin. Tässä tutkimuksessa kartoitettiin 50 suomalaisen, 143 virolaisen, 98 saksalaisen ja 185 espanjalaisen sioista eristetyn Yersinia enterocolitica -isolaatin herkkyys 13 mikrobilääkkeelle. Kaikki kannat olivat patogeenista bioserotyyppiä 4/O:3. Tutkimuksessa käytettiin nestelaimennusmenetelmää, jossa jokaiselle bakteerikannalle määritettiin lääkeainekohtainen MIC (minimum inhibitory concentration) eli pienin konsentraatio, jossa bakteerin lisääntyminen estyy. Kaikki 476 Yersinia enterocolitica -kantaa olivat ampisilliiniresistenttejä, mikä selittyy gramnegatiivisille bakteereille ominaisella beetalaktamaasituotannolla. Suomalaiset isolaatit eivät olleet resistenttejä muille testatuille lääkeaineille. Yksi virolainen isolaatti oli resistentti trimetopriimille. Saksalaisista isolaateista 6 (6,1 %) oli resistenttejä trimetopriimille, 5 (5,1 %) streptomysiinille, 4 (4,1 %) sulfametoksatsolille ja 1 (1,0 %) sekä streptomysiinille että trimetopriimille. Espanjalaisista isolaateista 10,2 % oli resistenttejä 1–3 lääkeaineelle ja 89,8 % 4–6 lääkeaineelle. Ampisilliinin jälkeen yleisintä oli resistenssi sulfametoksatsolille (98,9 %), streptomysiinille (97,8 %), kloramfenikolille (89,1 %), tetrasykliinille (27,6 %), nalidiksiinihapolle (10,3 %) ja trimetopriimille (2,7 %). Suomessa, Virossa ja Saksassa resistenttien Yersinia enterocolitica -kantojen kehittyminen on toistaiseksi onnistuttu estämään melko hyvin. Espanjassa nalidiksiinihappo- ja tetrasykliiniresistenssi olivat keskittyneet tietyille tiloille, mistä voi päätellä, että tilan mikrobistoon on todennäköisesti kohdistunut jatkuvaa näiden lääkeaineiden aiheuttamaa valintapainetta. Tuloksissa oli hämmästyttävää Espanjan korkea kloramfenikoliresistenssin aste, sillä lääkeaine on ihmiselle luuydintoksinen ja sen käyttö on kokonaan kielletty tuotantoeläimille EU:ssa. Onkin mahdollista, että espanjalaisten Y. enterocolitica -kantojen resistenssin taustalla on integroni, resistenssitekijöitä sisältävä geneettinen elementti, jonka tiedetään välittävän muun muassa kloramfenikoliresistenssiä. Integroni tekee tyypillisesti kantajabakteeristaan multiresistentin.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)The main causes for human enteritis in Finland are Yersinia pseudotuberculosis and Yersinia enterocolitica after Salmonella spp. and Campylobacter spp. Registered yersinia infections exceed 700 yearly in Finland. Y. enterocolitica is the main cause for most of these cases. Reported outbreaks and a number of cases of Y. pseudotuberculosis have increased in Finland. Infections caused by Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica transfer mostly via food and water. The epidemiology of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica infections is unclear. The main reservoirs of Y. pseudotuberculosis are rodents and birds. A major reservoir for human pathogenic strains of Y. enterocolitica is a swine. In this study, reservoir of Y. pseudotuberculosis and pathogenic strains of Y. enterocolitica were examined from small mammals caught in Finland. Small mammals examined were European common shrew (Sorex araneus), bank vole (Clethrionomys glareolus) and field vole (Microtus agrestis). One hundred specimens were examined. The second purpose of this study was to determine how a new agar, developed for isolation of Y. pestis, was suited for isolation of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica in practise. BIN-agar was described as a well selective agar. Additionally, colony morphology formed by Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica on BIN-agar were reported to appear recognisable. These colonies distinguished from colonies formed by other gram-negative bacteria tested on BIN-agar. In this study, Yersinia spp. were isolated from 6% specimens examined. Pathogenic yersiniae were not isolated. Prevalence for Y. enterocolitica was 2 %, after isolated from two specimens. Biotype for these two strains was 1A. Biotype 1A is considered as a non-pathogenic biotype. Y. pseudotuberculosis was not isolated. Nonpathogenic Y. kristensenii was isolated from four (4 %) small mammals. BIN-agar did not prove any especially good practical characteristic of use. BIN-agar was not selective enough for isolation of yersiniae. Also the morphology of colonies of yersiniae were not recognisable.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2017)Viime vuosina Yersinia enterocolitican bioserotyypin 2/O:9 esiintyminen on lisääntynyt Euroopassa. Bioserotyyppi 4/O:3 on pitkään ollut yleisin ihmisten yersinioosia aiheuttava kanta, mutta myös bioserotyypin 2/O:9 on todettu olevan patogeeninen ihmisille. Bioserotyypin kantoja on eristetty sioista, lampaista ja naudoista, mutta ne eivät pääosin aiheuta tautia eläimillä. Suomessa tätä bioserotyyppiä on erittäin harvoin eristetty eläimistä. Y. enterocolitican tunnistus on pitkään tapahtunut pääosin bio- ja serotyypityksen avulla. Näiden menetelmien heikkous on kuitenkin herkkyys ympäristön vaikutuksille. Multilocus sequence typing (MLST) – menetelmän avulla bakteereita voidaan tunnistaa sekvensoimalla bakteerin ylläpitogeenejä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tutkia eri lähteistä peräisin olevia Y. enterocolitica - kantoja MLST-menetelmällä, joka perustuu seitsemään ylläpitogeeniin (Hall ym. 2015), ja tämän avulla vertailla suomalaisten ja eurooppalaisten kantojen eroavaisuuksia. Lisäksi tavoitteena oli pystyttää toimiva seitsemään ylläpitogeeniin perustuva Yersinia MLST-menetelmä Elintarvikehygienian- ja ympäristöterveyden osastolle. Yhteensä tutkittiin 10 Y. enterocolitica –kantaa, joiden oletettiin alustavien bioserotyypitystulosten perusteella kuuluvan biotyppiin 2 ja serotyyppiin O:9. Suomalaiset kannat oli eristetty lampaiden (4/10), myyrän (1/10) ja ihmisen ulosteesta (1/10). Suomalaisia kantoja verrattiin Sveitsissä ja Saksassa eristettyihin kantoihin, jotka oli eristetty sian nielurisasta (1/10), villisian nielurisasta (1/10) ja ihmisen ulosteesta (2/10). Kantojen puhtaus varmistettiin veri- ja selektiivilevyllä, ja tyypitettiin kaupallisella testillä sekä bio- ja serotyypitysmenetelmillä. MLST-menetelmää varten tutkittavien kantojen DNA eristettiin kaupallisella menetelmällä ja lisäksi DNA:n laatu ja määrä optimoitiin. Kannoista monistettiin MLST-karakterisointia varten PCR:n avulla seitsemän ylläpitogeeniä (aarf, dfp, galR, glnS, hemA, rfaE ja speA). Ennen tutkimusta, PCR-ajo optimoitiin kaikille geeneille. Saadut PCR-tuoteet sekvensoitiin ja sekvenssejä vertailtiin Yersinia MLST-tietokantaan sekä aiempiin tutkittuihin sekvenssityyppeihin. Kaikkien suomalaisista lampaista eristettyjen kantojen MLST-sekvenssityypit muistuttivat toisiaan. Yksi ulkomaalaisista kannoista osoittautui tyypityksessä bioserotyypiksi 1A/O:5, joka näkyi myös poikkeavana MLST-sekvenssityyppinä. Suomalaisesta myyrästä eristetty kanta muistutti profiililtaan lampaista eristettyjen kantojen MLST-tyyppejä. Pääosin kaikki yhdeksän bioserotyypin 2/O:9 kantaa muistuttivat huomattavasti toisiaan. Eroavaisuudet olivat pääosin ihmisistä eristettyjen kantojen välillä. Myös MLST-profiilit vastasivat tietokannan O:9 -serotyypin kantoja. Seitsemästä tutkitusta geeneistä geenin rfaE osalta emme saaneet luotettavia tuloksia. Geenin galR kohdalla saimme laadukasta sekvenssiä vain yhteen suuntaan sekvensoidessa. Muiden geenien kohdalla MLSTmenetelmän pystyttäminen onnistui odotetusti. Suomesta eläimistä eristettyjen kantojen profiilit olivat hyvin samankaltaisia, viitaten niiden olevan läheistä alkuperää. Tämä on tärkeä tekijä selvitettäessä bioserotyypin leviämisreittejä Suomessa. Villieläinten on epäilty olevan bioserotyypin 2/O:9 reservuaari. Tutkimuksemme lampaiden, villisian ja myyrän samankaltaiset MLST-profiilit tukevat tätä hypoteesia edelleen. Tuloksia arvioitaessa tulee myös huomioida MLST-menetelmän mahdollinen heikko kyky erottaa geneettisesti läheisiä kantoja.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1999)Suomessa raportoidaan vuosittain noin 1000 sairastumistapausta, jonka aiheuttajana on Yersinia enterocolitica. Tärkeimpänä tartunnanlähteenä ihmisille pidetään saastuneita elintarvikkeita, etenkin huonosti kypsennettyjä sianlihatuotteita. Patogeenista Y. enterocoliticaa on voitu säännöllisesti eristää kliinisesti terveiden sikojen tonsilloista ja suolistosta. Tämä aiheuttaa erityisiä vaatimuksia teurastushygienialle, jotta ei tapahtuisi ruhojen ja tuotteiden kontaminaatiota. Y. enterocolitica on ongelmallinen bakteeri elintarviketeollisuudessa myös siksi, että se kykenee lisääntymään matalissa lämpötiloissa ja säilyy pitkiä aikoja pakastettuna. Bakteerien kiinnittymisen on todettu olevan merkittävä tekijä elintarviketeollisuudessa pintahygienian kannalta. Pinnoille kertyy jatkuvasti orgaanista materiaalia. Konsentroituneet ravinteet toimivat bakteerien kiinnittymis- ja kasvualustana ja mahdollistavat sitkeästi pintaan takertuvan biofilmin muodostumisen. Kiinnittyneet bakteerit ja biofilmi sietävät hyvin pesu- ja desinfektioaineita, ja ne voivat olla vaikeasti poistettavissa pinnoilta tavanomaisella siivouksella. Näin pintoihin kiinnittyneet bakteerit toimivat jatkuvana kontaminaatiolähteenä elintarvikkeita käsiteltäessä ja valmistettaessa. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli määrittää neljän eri Y. enterocolitica -kannan kasvu ja verrata kantojen välistä eroa kasvunopeudessa sekä kiinnittymisessä ruostumattomalle teräspinnalle 12 °C:ssa ja 25 °C:ssa. Patogeenisen Y. enterocolitican tiedetään kykenevän kiinnittymään elintarviketeollisuudessa yleisesti käytettyihin pintamateriaaleihin kuten teräkseen, kumiin ja tefloniin. Kantojen välistä vertailua ei ole aikaisemmin tehty Y. enterocoliticalla. Tutkimuksessa käytettiin plasmidillisia eli patogeenisia kantoja (2 kpl) sekä plasmidittomia, apatogeenisia kantoja (2 kpl). Plasmidissa sijaitsee kiinnittymisgeeni (yadA), joka vastaa bakteerin invaasiosta ja adheesiosta elimistössä. Plasmidittomalla apatogeenisella kannalla on kromosomaalisia adheesio-invaasio-geenejä (inv ja ail). Tutkimuksessa kantojen välillä voitiin nähdä eroja sekä kasvunopeudessa että kiinnittymisessä. Plasmiditon, apatogeeninen kanta kasvoi muita kantoja nopeammin molemmissa tutkituissa lämpötiloissa. Kasvunopeus ja kiinnittyminen eivät kuitenkaan korreloi keskenään, koska toinen plasmidillinen kanta kiinnittyi muita kantoja huomattavasti paremmin. Muiden kantojen välillä kiinnittymisessä oli vain pieniä eroja kiinnittymisen alkuvaiheessa 1 ja 4 tunnin kuluttua. Vuorokauden kuluttua erot olivat tasoittuneet lähes kokonaan kantojen välillä. Vain alusta asti runsaimmin kiinnittynyt plasmidillinen kanta säilytti etumatkansa. Koska myös apatogeeniset kannat kiinnittyivät hyvin, ei kiinnittymisestä vastaava tekijä voi sijaita pelkästään plasmidissa. Arvioitaessa bakteerien kiinnittymisen ja biofilmin muodostumisen merkitystä teurastamotiloissa ja lihankäsittelylaitoksissa voi erityisesti alkuvaiheessa nopeasti kiinnittyvä kanta valikoitua ja aiheuttaa ongelmia puhtaanapidolle.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)Yersinia enterocoliticaa esiintyy laajasti ympäristössä sekä luonnonvaraisissa eläimissä ja kotieläimissä. Y. enterocolitican bioserotyypeistä 4/O:3 aiheuttaa yleisimmin ihmisen yersinioosin. Bioserotyyppiä 4/O:3 esiintyy runsaasti kliinisesti terveiden sikojen tonsilloissa, joista se voi teurastuksen yhteydessä levitä elintarvikkeeksi käytettäviin ruhon osiin muodostaen elintarvikehygieenisen riskin. Yleisin lähde ruokaperäiseen Y. enterocolitica (4/O:3) -tartuntaan onkin raaka tai huonosti kypsennetty sianliha. Y. enterocolitica -tartuntojen epidemiologisissa tutkimuksissa bakteerikantoja on tarpeen genotyypittää bio- ja serotyypityksen lisäksi. Tämän hetken suositusmenetelmä Y. enterocolitica -kantojen genotyypitykseen on pulssikenttäelektroforeesi (PFGE), jossa bakteerin koko DNA pilkotaan agaroosigeelissä spesifisesti pilkkovalla restriktioentsyymillä ja syntyneet DNA-fragmentit ajetaan suunnaltaan ja kestoltaan vaihtelevassa sähkökentässä. Ajogeelit kuvataan ja kannoille määritellään PFGE-tyypit kuvissa näkyvien DNA-vyöhykkeistä muodostuvien sormenjälkien perusteella. Tässä tutkimuksessa tyypitettiin PFGE:lla luonnonmukaisesti ja tavanomaisesti kasvatettujen sikojen tonsilloista eristettyjä Y. enterocolitica -kantoja ja vertailtiin niiden PFGE-tyyppejä eri tilojen välillä. Tutkimus oli osa Elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksen ja Eläinlääkintä- ja elintarviketutkimuslaitoksen (EELA) yhteistä projektia "Riskinarviointi sianlihan luomutuotannon elintarviketurvallisuusriskeistä: patogeeniset Yersiniat ja Listeria monocytogenes". PFGE-tyyppien vertailua sikaloiden välillä ei ole aikaisemmin tehty. Y. enterocolitica -isolaatteja oli yhteensä 186 kpl, ja ne oli eristetty tiloilta kerätyistä sikojen tonsillanäytteistä aikavälillä syksy 2003, talvi 2005. Isolaatit genotyypitettiin PFGE:lla. Digestiossa käytettiin restriktioentsyyminä NotI:tä. Kantojen sukulaisuutta verrattiin saatujen sormenjälkikuvioiden perusteella. Löydetyt PFGE-tyypit nimettiin samalla tavalla kuin aikaisemmissa suomalaisissa tutkimuksissa. Tässä tutkimuksessa Y. enterocolitica -kantojen yleisimmät PFGE-tyypit olivat NB1 ja NA1, joiden prevalenssit olivat 35 % ja 32 %. NA4-tyypin prevalenssi oli yhdellä tavanomaisella tilalla 89 % ja muilla tiloilla 0 %. PFGE-tyypit olivat kautta linjan sormenjäljiltään hyvin samantapaisia, ja niiden tilaspesifisyys oli vähäistä. Saadut tulokset vastasivat hyvin aikaisemmissa tutkimuksessa saatuja tuloksia yleisimpien sikojen tonsilloissa esiintyvien PFGE-tyyppien osalta.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2007)Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis are common zoonoses, which cause mainly enteritis for humans, but also serious sequalae such as reactive arthritis. Both species have a wide range of host species, and especially Y. enterocolitica is commonly isolated from swine. Swine is the major reservoir for human pathogenic strains of Y. enterocolitica. Yersinia is an interesting research target for antimicrobial resistance because of its high prevalence and ability to cause zoonoses. A straight connection between the use of antimicrobial drugs and antimicrobial resistance has been proven, and the amount of antimicrobial drugs used and the way they are used differs among different countries. Because antimicrobial resistance is a growing problem, it is important to examine and compare its occurence among different countries. The purpose of this research was to determine the MIC-values (Minimal Inhibitory Concentration) for Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis strains isolated from Europe and Nigeria for 13 antimicrobial drugs using microtitration plates. The research involved 93 Belgian, 61 Russian, 105 Italian, 183 Finnish and 47 Nigerian Y. enterocolitica strains. From the 11 Y. pseudotuberculosis strains one was Belgian, four were Russian, one Italian and four Nigerian. All the Y. enterocolitica strains were bioserotype 4/O:3 and Y. pseudotuberculosis strains type 2/O:3 apart from the ones from Nigeria. From the Nigerian Y. enterocolitica strains 45 were bioserotype 2/O:9 and two type 4/O:3, all the Y. pseudotuberculosis strains were type 1/O:1. All the examined strains were resistant to ampicillin, which can be explained with the production of β-lactamases characteristic to Gram-negative bacteria. Some of the Y. enterocolitica strains were resistant to streptomycin, tetracycline, sulfamethoxazole, trimethoprim and chloramphenicol. From Belgian Y. enterocolitica strains 48 (52%) strains were resistant to two antimicrobial drugs and four (4%) to three different drugs including ampicillin. Five (8%) Russian Y. enterocolitica strains were resistant to two antimicrobial drugs including ampicillin. From Italian Y. enterocolitica strains 63 (61%) strains were resistant to 4–6 different drugs including ampicillin, 2 (2%) strains were resistant to 2–3 different drugs and 40 (38%) strains were resistant to only ampicillin. One (1%) of the Finnish strains was resistant to sulfamethoxazole. Two (4%) Nigerian Y. enterocolitica strains were resistant to four and one (2%) strain to two different antimicrobial drugs including ampicillin. Belgian and one of the Russian Y. pseudotuberculosis -srains were resistant to streptomycin. Of the Nigerian Y. pseudotuberculosis strains one strain was resistant to five and two strains to two different drugs. They showed resistance to streptomycin, sulfamethoxazole, trimethoprim and tetracycline. Statistically significant differences were seen especially between Italian and other countries strains. Resistant strains were concentrated to certain farms, which might reflect the effect of antimicrobial drugs use to the occurence of resistance.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2008)My licentiate thesis is a part of a project called Analytics, Antimicrobial Resistance and Prevention of Yersinia enterocolitica in an Abattoir and it is financed by the Ministry of Agriculture and Forestry. The thesis consists of both literary review and laboratory research parts. According to Finlands' Infectious Diseases Register Y. enterocolitica is the third most common food derived agent causing alimentary track infections. In Finland prevalence of Y. enterocolitca in pig tonsils has been studied since 1980's and it has increased from 36 percent in 1988 to 56 percent in 2000. Between years 1995 and 2006 the reported human cases have been usually between 400 and 700 cases/year. At present the genus Yersinia includes 12 species, three of which have clearly been shown to be pathogenic to humans: Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica. The remaining 9 species have not been clearly shown to cause disease in people. The most common bioserotypes of Y. enterocolitica causing human disease are 4/O:3, 2/O:5,27, 1B/O:8 and 2/O:9. The most common pathogenic bioserotype in Finland is 4/O:3. Swine have been shown to be the reservoir of human pathogenic Y. enterocolitca strains and tonsils are considered to be a reliable tissue for studying its prevalence in swine. Prevalence is greatest in the fattening phase and the pathogen has been shown to be transmitted from one pig to another and not so much from the environment. The prevalence of Y. enterocolitica in swine is mainly influenced by the production type and size of the farm and whether a conventional or alternative housing system is used: generally the prevalence in big conventional fattening heards can be expected to be higher than in small alternative multiplying or farrow-to-finish herds. The purpose of the research part was to determine the prevalence of Y. enterocolitica 4/O:3 in the tonsils of Finnish pigs and investigate the effect of herd size and production type. Initial hypothesis was that the prevalence had further increased and that in big and fattening heards it would be more abundant than in small and multiplying or farrow-to-finish herds. The sample material consisted of 200 swine tonsils that had been collected from one slaughterhouse during 8 days in year 2007. Tonsils originated from 39 farms including farrow-to-finish, multiplying/farrow-to-finish, fattening and multiplying herds. The samples where cold enriched for 1-2 weeks, cultured on cefsulodin irgasan novobiosin (CIN) agar and isolates were bio- and serotyped. Y. enterocolitica 4/O:3 was found in 72 % of the tonsils and 90 % of the farms had at least one positive animal. According to these results its prevalence has increased from the previous studies. There was a statistically significant difference in the prevalences between big (annual slaughtering rate over 1000 pigs) and small (annual slaughtering rate 1000 pigs or less) farms: in big farms Y. enterocolitica 4/O:3 occurred in 87 % of pigs whereas in small farms in 57 % (χ2=13,24, p-value 0,0003). These results were as expected according to the initial hypothesis. The production type didn't seem to influence the prevalence of the bacterium in farms or pigs except when multiplying herds were considered. Also the size of the herd didn't seem to have an effect on the amount of positive farms: 90 % of small and 89 % of big farms were positive. However due to the small farm sample size definitive conclusions can not be made based on this information. Other bioserotypes of Y. enterocolitica and other Yersinia species were isolated very seldomly: Y. pseudotuberculosis was found in two tonsils (1 %) and Y. kristensenii was also isolated from two tonsils (1%). This could be expected since our isolation method was developed mainly for the isolation of Y. enterocolitica 4/O:3.
Now showing items 1-8 of 8