Browsing by discipline "Biokemi och utvecklingsbiologi"
Now showing items 1-7 of 7
-
(2016)Degradation of cellular proteins in the ubiquitin-proteasome system regulates various biological processes. It has also been implicated in the pathogenesis of numerous diseases, such as cancer and neurodegenerative diseases. Ubiquitin-specific proteases (USP) are involved in the deubiquitination of protein. The small-molecule inhibitor IU1, specific for USP14 has previously been shown to activate AMPK in HC cells. In this study we further explore the connection between IU1 and AMPK. Huh7 and HEK293 cells were treated with IU1 for variable time periods. Western blotting was applied to investigate the protein phosphorylation level (i.e. activation) of AMPK. We found that IU1 activates AMPK in Huh7 cells, but has no apparent effect in HEK293 cells. By assessing the mitochondria respiration we found evidence proposing IU1 inhibits complex I. Our results suggests that IU1 activates AMPK in certain cell lines with the possible underlying mechanism being the inhibition of complex I of the respiratory chain.
-
(2016)Kolesteroli on solukalvojen välttämätön rakennemolekyyli ja sen pitoisuus solukalvolla vaikuttaa muun muassa kasvutekijäsignalointiin. MLN64 (STARD3) on proteiini, joka kykenee siirtämään kolesterolia solun eri kalvojen välillä ja jonka yli-ilmentyminen soluissa muuttaa solukalvon kolesterolipitoisuutta ja voi siten vaikuttaa solukalvon signaalireitteihin. HER2 (erbB-2) on tyrosiinikinaasireseptoreihin kuuluva HER-ryhmän solukalvoreseptori. HER2-positiivisuus rintasyövässä on syövän ennustetta huonontava tekijä. HER2-positiiviset rintasyövät ilmentävät lähes poikkeuksetta voimakkaasti myös MLN64:ä. Tutkielmani tarkoituksena oli selvittää, vaikuttaako rintasyövän MLN64-proteiinin ilmentyminen kolesterolisynteesin avainentsyymin, HMG-CoA-reduktaasin (HMGCR), tai steroidisynteesin pullonkaulaentsyymin, CYP11A1:n, lähetti-RNA-määriin (mRNA-määriin). CYP11A1 ei fysiologisena ilmenny rintarauhaskudoksessa ja sen ilmeneminen voisi mahdollistaa rintasyövän oman steroidisynteesin. Materiaalina oli FinHer-aineiston formaliinifiksoiduista ja parafiiniin valetuista rintasyöpänäytteistä eristetty RNA. RNA käännettiin cDNA:ksi kvantitatiivista PCR-reaktiota varten, jolla tutkittiin näytteiden HMGCR:n ja CYP11A1:n lähetti-RNA-tasot. Tutkielman mukaan MLN64:n voimakas ilmentyminen korreloi positiivisesti HMGCR:n mRNA-määrään. CYP11A1 ilmentyi 16 % näytteistä, mutta korrelaatiota MLN64:n määrään ei havaittu. Tutkimus tukee näkemystä, jonka mukaan voimakas MLN64:n ilmentyminen vaikuttaa syöpäsolujen kolesterolituotantoon.
-
(2016)Munuaisen kehitystä on tutkittu laajasti. Yksi tunnetuimmista munuaisen kehitykseen liittyvistä tekijöistä on gliasoluperäisen neutrotrofisen kasvutekijän (Gdnf) aktivoima Ret-reseptorityrosinikinaasi (Ret). Ret:n aktivaatio aloittaa hiirimalleilla tehdyissä tutkimuksissa uretersilmun haarautumisen. Ret:n puutoksen on taas havaittu aiheuttavan munuaisen täydellisen puutoksen. Toinen munuaisen kehitykseen liittyvistä keskeisistä tekijöistä on hiljattain löydetty pleksiini B2 – reseptori (pleksiini B2), jota aktivoi Semaforiini 4C (Sema 4C). Reseptoriaktivaatio aiheuttaa hiirimalleissa munuaisputken haarautumista – aktivaation puutos puolestaan johtaa munuaisputken haarautumisen vähentymiseen, munuaisen pienikasvuisuuteen ja sikiön kuolemaan. Tutkielmani tavoite on tutkia pleksiini B2:n ja Ret:n välistä vuorovaikutussuhdetta erilaisissa solumalleissa ko-immunopresipitaation (Co-IP) ja Western blot – menetelmän avulla. Käytin tutkimuksessani apinoista eristettyä COS7-munuaissolulinjan soluja, joihin siirsin valmistamiani pleksiini B2 – ja Ret-geenikonstrukteja sisältäviä DNA-plasmideja. Plasmidit sisälsivät aminohappo-tunnisteosan, jolla helpotettiin vasta-ainedetektiota. Tutkimustulokseni viittaavat siihen, että reseptorit vuorovaikuttavat keskenään mallissa, jonka solut yli-ilmentävä pleksiini B2:sta ja Ret:iä. Tulos kannustaa selvittämään jatkossa, millainen tämä vuorovaikutus on biokemiallisesti ja toiminnallisesti muissa solumalleissa ja fysiologisissa pitoisuuksissa hiirten alkioiden munuaissoluissa.
-
(2016)Tässä tutkimuksessa selvitettiin preseniliini 1 ja preseniliini 2 –geenien merkitystä seeprakala-alkioiden kehityksessä ensimmäisten kolmen kehityspäivän ajan. Geenien translaatio estettiin morfolino-oligonukleotidi-injektiolla, jonka jälkeen alkioiden somiittien määrää, sydämen sykettä ja aivojen kokoa seurattiin sekä tutkittiin Notch1a mRNA:n ilmentyminen kunakin päivänä in situ hybridisaatiolla. Tässä työssä ei huomattu eroja ryhmien välillä somiittien määrässä, aivojen koossa eikä sykkeessä varhaiskehitysken aikana. Sen sijaan saatiin viitteitä Notch1a:n ekspression kasvusta preseniliini 1 morfanteilla ja päinvastoin ekspression laskusta preseniliini 2 morfanteilla. Hiirimalleilla ja seeprakaloilla saadut erilaiset tulokset preseniliinien kehityksellisestä merkityksestä antavat viitteitä preseniliini 2:n suuremmasta osuudesta seeprakalojen kehityksessä.
-
(2015)Semaphorins, originally identified as axon guidance molecules, have also been implicated in angiogenesis, function of the immune system and cancerous growth. Here we show that deletion of Plexin B2 (Plxnb2), a semaphorin receptor that is expressed both in the pretubular aggregates and the ureteric epithelium in the developing kidney, results in renal hypoplasia and occasional double ureters. The rate of cell proliferation in the ureteric epithelium and consequently the number of ureteric tips are reduced in the kidneys lacking Plexin B2 (Plxnb2 / ). Semaphorin 4C, a ligand for Plexin B2, stimulates branching of the ureteric epithelium in wild type and Plxnb2+/ kidney explants, but not in Plxnb2 / explants. As shown by co-immunoprecipitation Plexin B2 interacts with the Ret receptor tyrosine kinase, the receptor of Glial-cell-line-derived neurotrophic factor (Gdnf), in embryonic kidneys. Isolated Plxnb2 / ureteric buds fail to respond to Gdnf by branching, but this response is rescued by Fibroblast growth factor 7 and Follistatin as well as by the metanephric mesenchyme. The differentiation of the nephrogenic mesenchyme, its morphology and the rate of apoptosis in the Plxnb2 / kidneys are normal. Plexin B2 is co-expressed with Plexin B1 (Plxnb1) in the kidney. The double homozygous Plxnb1–Plxnb2-deficient mice show high embryonic lethality prior to onset of nephrogenesis. The only double homozygous embryo surviving to E12 showed hypoplastic kidneys with ureteric branches and differentiating mesenchyme. Taken together, our results show that Sema4C-Plexin B2 signalling regulates ureteric branching, possibly through modulation of Gdnf signalling by interaction with Ret, and suggest non-redundant roles for Plexin B1 and Plexin B2 in kidney development.
-
The potential role of microRNAs in carbon monoxide mediated cardiac recovery after myocardial injury (2018)MicroRNAs are small single-stranded RNA molecules that regulate gene expression by silencing the translation of messenger RNAs. They have the ability to silence translation of multiple different messenger RNAs simultaniously and have been shown to have an important role in the formation and maintaining homeostatsis of several tissue types. The regenerative ability of the human heart after myocardial injury is limited, which often leads to adverse changes in cardiac structure and function. This is why molecules that enhance the regenerative and reparative abilities of cardiomyocytes, such as carbon monoxide, are of special interest. Carbon monoxide protects cardiomyocytes from apoptosis and prevents their proliferation. One proposed modulator of these effects is the p38 mitogen-activated protein kinase (p38 MAPK). We studied the effects of carbon monoxide releasing molecule-3 (CORM-3) on cardiac recovery after myocardial infarction in adult rats and how it effects the expression of microRNAs miR-133a, miR-133b, miR-206 and miR-208. In addition, we studied the effects of carbon monoxide releasing molecule-A1 (CORM-A1) and inhibition of p38 MAPK on neonatal rat cardiomyocyte proliferation and apoptosis. We showed that CORM-3 improves cardiac recovery after myocardial infarction by increasing the amount of cardiomyocytes in the infarct area and improving the cardiac function of the left ventricle. Additionally, we showed that inhibiting p38 MAPK increases proliferation in neonatal rat cardiomyocytes. The beneficial effects of carbon monoxide on cardiac recovery after myocardial injury are well known. However, the exact mechanisms of its actions in cardiomyocytes remain poorly known. MicroRNAs might at least partly mediate these effects as CORM-3 increased their expression in rat hearts. The potential pathways between carbon monoxide and microRNA require still further research.
-
Visualisering av farmakologiska substanser i levervävnad med hjälp av masspketrometrisk bildtagning (2017)Målet för detta forskningsprojekt var att utveckla en metod med vars hjälp det är möjligt att detektera farmakologiska substanser i levervävnad med hjälp av masspektrometrisk bildtagning, så kallad MALDI-MSI. I litteraturen finns beskrivet tillämpningar av MALDI-MSI med vars hjälp det detekterats till exempel lipider i vävnader eller såsom i denna studie farmkologiska substanser. Arbetet bestod av två delmoment. I den första delen isolerades hepatocyter ur råttlever genom att perfusera kollagenas via portvenen. Hepatocyternas funktion analyserades genom att mäta deras metaboliska aktivitet med en analysator som mäter cellernas syrekonsumtion. Med analysen kunde visas att cellernas som isolerats var livsdugliga och där med sker upptagningen av substanser i hepatocyterna på ett fysiologiskt sätt. I den andra delen perfuserades levern på levande råttor genom portvenen med olika farmakologiska substanser. Levern togs tillvara och skars i tunna fryssnitt som sedan analyserades med MALDI-MSI. Kärlstrukturerna i fryssnitten färgades för att kunna urskilja ifall substanserna var belägna inne i själva i vävnaden eller i blodkärlen, ett bevis på metodens spatiala urskiljningsförmåga. Huvudfokus sattes på detektion av metformin i levervävnad eftersom de kliniska tillämpningsmöjligheterna ansågs vara störst för denna substans, då den nyligen börjats användas vid behandling av cancer. I framtiden är det möjligt att metforminets koncentration i tumörvävnaden kan bestämmas med hjälp av metoden och där med få mera detaljerad information om den optimala behandlingsdosen. Utöver att endast identifiera metformin kunde även dess distribution och koncentration i levervävnaden bestämmas med hjälp av den utvecklade metoden. Nu har metoden endast prövats med perfuserade vävnadssnitt, nästa steg skulle vara att mäta koncentrationen efter systemisk behandling.
Now showing items 1-7 of 7