Browsing by department "Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta"

Hampaat kehittyvät epiteelin ja mesenkyymin vuoropuheluna, vetovastuun ollessa ensin epiteelillä ja sitten mesenkyymillä. Ajatellaan, että ensin muodostuu ylä- ja alaleukaa reunustava epiteelijuoste eli hammasjuoste. Hammasjuoste paksuuntuu paikallisesti tulevilla etu- ja poskihampaan alueilla hammasplakodeiksi. Plakodit kasvavat muodostaen mesenkyymiin tunkeutuvat hammassilmut. Mesenkyymi tiivistyy silmun ympärille ja muodostaa vuorovaikutuksessa epiteelin kanssa kaikki hampaan kudokset epiteeliperäistä kiillettä lukuun ottamatta. Hampaan muodostumiseen vaikuttavat solubiologiset mekanismit ovat verraten huonosti tunnetut, etenkin hammasjuosteen ja plakodien osalta. Epiteelin ja mesenkyymin vastavuoroisesta signaloinnista taas on kertynyt runsaasti tutkimustietoa. Hyvin tunnettuja ovat esimerkiksi epiteelin primäärinen kiillekyhmy - ei-jakautuvista soluista koostuva signaalikeskus, joka ohjaa epiteelin kasvua silmuvaiheesta lakkivaiheeseen - sekä sekundääriset kiillekyhmyt, jotka määräävät hampaan nystermien paikat. Lisäksi jo 1990-luvun lopulla on saatu viitteitä varhaisemman, plakodivaiheen signaalikeskuksen olemassaolosta, mutta keskus on edelleen huonosti tunnettu eikä käsite ole vakiintunut kirjallisuudessa. Tämä Pro gradu-työ antaa lisätukea edellä mainitun varhaisen signaalikeskuksen olemassaololle. Työssä pyritään myös saamaan lisää tietoa varhaisimpien hampaan kehitysvaiheiden syntytavasta. Työssä hyödynnetään FUCCI-solusykli-indikaattorihiirtä ei-jakautuvien ja jakautuvien solujen erottamiseksi ja K17-GFP-siirtogeenisiä hiiriä hammasepiteelin erottamiseksi. Työssä tutkitaan hammasalueiden kehittymistä kuvantamalla alkiosta irrotettujen siirtogeenisten leukojen kehitystä hetki hetkeltä (ex vivo-aikapistekuvantaminen). Lisäksi tutkitaan hampaiden kehitystä kestävöityjen alaleukojen eri ikävaiheiden sarjoista sekä yhdistetään FUCCI-mallin antama tieto solujen jakautumisesta ja jakautumattomuudesta tunnettujen hammasalueen geenien ilmentymiseen whole mount in situ-hybridisaatiolla. Työssä etsitään myös parasta vasta-ainetta hammasepiteelin erottamiseen näytteistä, joilla fluoresoivaa hammasepiteelimarkkeria ei ole. Tässä työssä osoitetaan, että varhainen epiteelin signaalikeskus alkaa muodostua jo hammasjuostevaiheessa. Tällöin hammasalueelle ilmestyy yhtenäinen ei-jakautuvien solujen populaatio, joka myöhemmin rajoittuu kunkin plakodin alueelle. Nämä ei-jakautuvat solut ovat hammasepiteelin osajoukko ja ne ekspressoivat tunnettujen signaalireittien jäseniä Shh ja Dkk4, joiden ilmentyminen on liitetty varhaiseen signaalikeskukseen. Ei-jakautuvan solujoukon muoto muuttuu edelleen hampaanalun saavuttaessa silmuvaiheen. Vaikuttaa siltä, että varhaisen signaalikeskuksen solut päätyvät lopulta kiille-elimen varteen, joka aikanaan häviää. Ei-jakautuvien solujen alueen muodonmuutoksen mekanismi ei tässä työssä selvinnyt, vaikka sitä yritettiin ex vivo-kuvantamisella selvittää. Muussa leuassa solunjakautuminen on runsasta kaikissa tutkituissa kehitysvaiheissa ja ex vivo-kuvantaminen paljasti, että silmuvaiheessa ei-jakautuvien solujen populaation vieressä havaitaan erityisen voimakas solunjakautumisen aalto. On mahdollista että ei-jakautuvien solujen muodostama varhainen epiteelin signaalikeskus ohjaa tätä solunjakautumista ja siten silmun kasvua mesenkyymin sisään. Jatkossa tulee tarkemmin selvittää varhaisen signaalikeskuksen roolia hampaan kehityksessä. Kun tarkastellaan aiempia tutkimuksia tässä Pro gradu-työssä paljastuneiden seikkojen valossa, on syytä epäillä, että silmun kasvun lisäksi valmiiden hampaiden lukumäärä, sijainti ja koko ovat ainakin osittain riippuvaisia tämän varhaisen signaalikeskuksen säätelystä.

This thesis examines the strengths and weaknesses of transport sector planning documents in reaching post-carbon future in Helsinki. The three last governmentally produced planning documents, regarding the future of transport in Helsinki, are being analyzed with the use of a framework created by Wiseman etc. (2013), pathways by Rosenbloom (2017) and semiotics. As the planning of the city’s transport is continuous by na-ture, knowledge of how the previous documents would succeed in reaching a post- carbon future is essential in order to form the new set of actions needed, even thou different set of aims were present at the time the documents were created. Helsinki aims to be carbon neutral by 2035. The goal was first published in 2017. Previously there have been less ambitious carbon reduction targets regarding Helsinki and its transport sector. The role of traffic is essential, as in 2017 the traffic was accountable for 23 % of the overall carbon emissions in Helsinki. This thesis uses a framework created by Wiseman etc. (2013) initially to analyze large- scale transfor-mations regarding the society as a whole. As the traffic sector is facing similar challenges, the path to post-carbon future is possible through the same identified set of means. As with Helsinki’s transport planning documents it is possible to reduce emissions by using a slow evolu-tionary approach, according to Wiseman etc. (2013) the approach is insufficient in making a leap to a post-carbon future in a short timeframe. The planning needs to include actions that make more rapid and trans-formational changes to the society as a whole. This thesis argues that the frames that need to be present in order to successfully reach a post- carbon future are already present in the transport planning documents, but they only need strengthening and precision. According to Wiseman etc. (2013) the success in reaching the target dependents on the social and physical transformations happening at the same speed and magni-tude. This is something to pay a special attention to in the future planning of reaching a carbon free traffic.

Ilmastonmuutos on aikamme suuri haaste, joka uhkaa sekä ihmisen että muun luonnon elinmahdollisuuksia ja sen ratkaiseminen edellyttää keinoja kaikilla sektoreilla. Maankäyttösektorilla ja maankäytössä tapahtuvilla muutoksilla on globaalisti suuri rooli ilmastotavoitteiden saavuttamisessa, sillä ekosysteemit sitovat ja varastoivat hiilidioksidia ilmakehästä. Samalla maankäyttösektori on keskeinen myös luonnon monimuotoisuuden ja muiden ekosysteemipalveluiden kannalta. Myös kaupunkien viherrakenne toimii hiilinieluna ja -varastona ja tukee kaupunkien omia ilmastotavoitteita. Tässä työssä tavoitteena on selvittää 1) Miten hiilinielut ja -varastot tunnistetaan ja ymmärretään kaupungissa ja mitä haasteita aiheeseen liittyy, 2) miten hiilinieluja voidaan edistää maankäytön suunnittelussa ja mitä ohjauskeinoja hiilinielujen huomioimisen edistämiseksi tunnistetaan, sekä 3) miten luonnon monimuotoisuus hahmotetaan suhteessa hiilensidontaan ja muihin ekosysteemipalveluihin. Tutkimuksen aineistona käytettiin puolistrukturoituja teemahaastatteluja, jotka toteutettiin kaupunkien asiantuntijoille. Aineisto analysoitiin laadullisen sisällönanalyysin keinoin. Tutkimus oli luonteeltaan teoriaohjaava ja teoreettisina viitekehyksinä käytettiin ohjauskeinojen teoriaa sekä ekosysteemipalveluiden putousmallia. Tutkimuksen tulosten mukaan hiilinielut ja -varastot tunnistetaan kaupungeissa yleisesti ottaen hyvin ja myös käytännön keinot niiden huomioimiseksi hahmotetaan. Aihe linkittyy hiilineutraalisuustavoitteisiin, joiden kautta aihe on noussut enemmän esille. Hiilinieluihin liittyy kuitenkin tietopuutteita erityisesti kaupunkirakenteen osalta. Tietopohjan lisääminen auttaisi täsmentämään hiilinielujen roolia osana ilmastonmuutoksen hillintää sekä jalkauttamaan aihetta maankäytön suunnitteluun. Haasteena nähtiin myös kaupungin kasvutavoitteiden yhteensovittaminen ekosysteemipalveluita tuottavan viherrakenteen kanssa. Hiilinielujen ja -varastojen edistämisessä keskeisiksi ohjauskeinoiksi katsottiin hallinnollis-lainsäädännöllinen ohjaus, jonka osalta kaavoituksella ja muilla velvoittavilla menettelyillä on suuri vaikutus, sekä informaatio-ohjaus, jonka osalta korostuivat tiedon lisääminen ja välittäminen, yhteistyö sekä kaupunkien strategiset ohjelmat. Myös taloudelliset ohjauskeinot ja toisaalta henkilö- ja ammattikohtaiset intressit ja arvot tunnistettiin vaikuttaviksi tekijöiksi. Hiilinielut ja -varastot nähtiin kaupungin viherrakenteen yhtenä arvona muiden ekosysteemipalveluiden joukossa. Monimuotoisuuden, hiilen ja ekosysteemipalveluiden yhteyksiä tunnistettiin, ja monimuotoisuuden ja hiilinielujen ja -varastojen samanaikaiselle edistämiselle katsottiin olevan mahdollisuuksia. Monimuotoisuus tuo keskusteluun uuden, laajemman ja kompleksisemman tulokulman, jossa korostuvat ekologisten prosessien ja rakenteiden moninaiset vuorovaikutussuhteet ja joka haastaa nykyistä maankäytön suunnittelujärjestelmää.

Hypothyroidism affected 337 370 people in Finland in 2019. The hypothalamus-pituitary negative feedback loop is used in the diagnostics of hypothyroidism. TSH, a pituitary hormone, is the most used diagnostic tool with the free thyroxine (T4) in a supporting role. L-T4 has been the main treatment option, since the discovery of peripheral deiodination. Biochemical and clinical euthyroidism is the aim of L-T4 therapy. There are no nationwide official treatment guidelines for hypothyroidism in Finland. The Finnish Endocrine Society has published their recommended guidelines in 2019. Studies have shown that 5–15 % of levothyroxine treated patients continue to report symptoms when they are biochemically euthyroid. The symptoms consist of typical symptoms of hypothyroidism: fatigue, cognitive symptoms, depression, anxiety and weight gain. The molecular basis of the symptoms is not yet known. These symptoms have notbeen studied in Finnish population. The aim of this study was to find out what symptoms levothyroxine treated patients report on Finnish social media support groups and view the current treatment of hypothyroidism and guidelines of treatment. This study was conducted by surveying patient-reported information from social media hypothyroidism related support groups. The posts were divided into two groups: hypothyreotic and athyreotic. The biochemical data and symptoms were collected from 137 posts in the athyreotic group and 191 in the hypothyreotic group. Only posts with TSH under or within the refence range and free T4 within the reference range wereincluded in the study. The results show that patients reported symptoms in 74 % of the posts viewed. 81 % of patients reported symptoms in the hypothyroidism group and 64.2 % in the athyreotic group. The most reported symptom in both groups was fatigue. Symptoms were reported within the normal TSH range (0.5-4 mU/l) and below the normal range (<0.5 mU/l). In asymptomatic patients the median TSH was 0.38 mU/l in the athyreotic group and 0.54 mU/l in the hypothyreotic group. Free T4 seems to be a little higher in the asymptomatic patients in both groups. 16.6-25 % the patients reported that they had had Free T3 measured. Free T3 seem to be higher in relation to free T4 in the athyreotic group that reported having no symptoms. L-T4 is the recommended treatment modality for hypothyroidism. Other options are synthetic combination treatment with L-T4 + L-T3 and desiccated thyroid extract (DTE).This study supports the view that hypothyroidism patients can have symptoms on levothyroxine treatment

Proteins responsible for homologous recombination are collectively called recombinases. They also have an important role in maintaining genome integrity. Recombinases are found in all three kingdoms of life. The first identified and characterized recombinase was RecA from Escherichia coli. Recombinases exhibit ATP hydrolysis coupled DNA-binding activity and strand exchange activities during homologous recombination. Homologous recombination produces new genetic combinations for evolution and general way to describe the different steps of homologous recombination is a DSBR model. Homologous recombination occurs in eukaryotic and prokaryotic cells during meiosis crossover and horizontal gene transfer, respectively. The homologous recombination machineries are remarkably complex and synergistic and much is not known about detailed mechanisms for a majority of the species. More recently, recombinases have been used in isothermal nucleic acid amplification methods, mainly in recombinase polymerase amplification RPA and strand invasion based amplification SIBA. The aim of this study was to identify, clone, produce and analyze the functionality of novel recombinases from bacteria and viruses. The acitivity for single-stranded DNA binding and strand exchange was studied. The compatibility of the produced recombinases in strand invasion based amplification SIBA method was evaluated. Two recombinases from Enterobacteria phages T2 and RB69 were found to be functional and compatible in three SIBA assays.

Plants control the exchange of gases through the stomatal pores. Stomata are formed by guard cells and the closure of stomata are regulated via a complex signaling network in response to various biotic and abiotic stimuli, such as pathogens, elevated levels of CO2 and darkness. The leucine-rich repeat receptor-like kinase (LRR-RLK) GUARD CELL HYDROGEN PEROXIDE-RESISTANT1 (GHR1) is part of the network regulating stomatal closure. GHR1 is an inaktive pseudokinase that can activate SLOW ANION CHANNEL-ASSOCIATED1 (SLAC1), an anion channel that is crucial for stomatal closure, via interacting proteins. The exact role of GHR1 is still partly unknown, however, it has been suggested that GHR1 could function as a scaffold or as an allosteric regulator of additional components required for stomatal closure. The aim of this study was to identify novel interactors of GHR1. First stable plant lines expressing fusion proteins GHR1-YFP, GHR1W799*-YFP and plain YFP as a negative control were generated and from these lines fusion protein expression levels and the subcellular localization were studied. Next the plant lines were used for purifying GHR1 interacting proteins with the use of co-immunoprecipitation and identification of the proteins with mass spectrometry. The unlikely GHR1 interactor candidates were then filtered from the mass spectrometry data. The subcellular localization and the protein expression of the interacting proteins were studied with the use of internet databases. Literature of the GHR1 interacting proteins were studied in order to make possible connections with GHR1 and stomatal closure. In this study 38 GHR1 interactors were identified. Literature search revealed that many of the identified interactors had a known role in stomatal movements. These included proteins such as PLASMA MEMBRANE INTRINSIC PROTEIN2-1 (PIP2-1) and BETA CARBONIC ANHYDRASE 4 (BCA4), that are known to have a role in stomatal closure. Future work includes confirming the interactions with independent methods and studying the molecular mechanisms related to stomatal movements. The GHR1 interactome identified here for the first time reveals novel parts of the network regulating stomatal movements and thus increases our understanding of molecular mechanisms behind stomatal functions.

Sammakkoeläinten laji- ja yksilömäärät ovat voimakkaassa laskussa maailmanlaajuisesti. Lajeista yli 40 prosenttia on uhanalaisia ja sammakkoeläimet ovat siten kaikkein uhatuin selkärankaisryhmä. Syynä laji- ja yksilömäärien rajuun laskuun pidetään muun muassa elinympäristöjen tuhoutumista, tauteja ja ilmastonmuutosta. Korkeusvaihtelun tiedetään vaikuttavan sammakkoeläinten levinneisyyteen. Topografinen vaihtelu vaikuttaa lajistoon pääasiassa kahdella tapaa: korkeuden kasvaessa sademäärä yleensä nousee ja keskilämpötila laskee. Kosteus ja lämpötila ovat sammakkoeläimille tärkeitä ympäristötekijöitä, sillä ne ovat vaihtolämpöisiä eläimiä, joiden lisääntyminen on yleensä sidoksissa vesistöihin. Tarpeeksi kostea elinympäristö on tärkeää sammakkoeläimille myös sen takia, että ne hengittävät osittain kostean ihonsa avulla. Ihminen vaikuttaa sammakoiden laji- ja yksilömääriin sekä suoraan että epäsuorasti. Esimerkkejä suorista vaikutustavoista ovat muun muassa sammakkoeläinten metsästys ruoaksi ja pyydystäminen harraste-eläimeksi. Epäsuoria vaikutustapoja ovat muun muassa elinympäristöjen muuttaminen, tautien leviäminen sekä vieraslajit. Elinympäristöjen tuhoutuminen on yksi suurimmista uhista sammakkoeläimille. Taitavuoret sijaitsevat Etelä-Keniassa ja ovat osa Itäisiä Kaarivuoria. Alue tunnettaan merkittävänä monimuotoisuuskeskuksena ja sieltä on kuvattu kolme alueella endeemistä sammakkoeläinlajia. Näiden lisäksi alueella tiedetään esiintyvän ainakin 23 muuta sammakkolajia. Topografinen korkeusvaihtelu ja voimakas ihmistoiminta tekevät alueesta kiinnostavan kohteen sammakkoeläinten kohdistuvalle tutkimukselle. Ihmistoiminnan ja korkeusvaihtelun vaikutuksia sammakkoeläinten laji- ja yksilömäärät tutkittiin tutkimuslinjojen ja niille sijoitettujen tutkimuspisteiden avulla. Sammakkoeläimiä pyydystettiin 10 minuutin ajan jokaiselta tutkimuspisteeltä ja kiinni otetuista sammakoista kirjattiin ylös paino ja pituus. Lisäksi niistä otettiin tunnistamisen mahdollistavat valokuvat. Tutkimuspisteistä kirjattiin ylös topografinen korkeus (mpy) ja maankäyttötapa. Tutkimuspisteet luokiteltiin kolmeen eri habitaattityyppiin: avoimiin paikkoihin, rehevän kasvillisuuden pisteisiin ja luonnontilaisiin metsiin. Tutkimuksessa saatiin paljon lisätietoa Taitavuorten alueen sammakkoeläinlajistosta. Alueelta tunnistettiin useita lajeja, jotka suosivat tiettyä habitaattityyppiä. Myös korkeusvaihtelun todettiin vaikuttavan lajistoon. Sammakkoeläinten yksilömäärä oli pienin rehevän kasvillisuuden tutkimuspisteissä. Tähän vaikutti sekä sammakkoeläinten vaikea havainnointi tiheässä kasvillisuudessa, että tyypillisten luonnonmetsälajien puuttuminen näiden pisteiden lajistosta.

Ongoing climate warming has unprecedented impacts on glacial melt and associated fjord systems in Greenland. As the glaciers are shrinking, freshwater inflow to the sea is increasing resulting in increased nutrient supply by upwelling. In this study I examined environmental factors impacting marine primary productivity, biomass (chlorophyll a), phytoplankton abundance and species composition along a transect from the glacier front to the outer fjord in Godthåbsfjord, SW-Greenland, in August 2019. Gradients in nitrogen and phosphate concentrations were explained by glacial runoff and coastal water inflow while silicate concentration did not follow these patterns. The main variables explaining phytoplankton biomass distribution were nitrogen together with phosphate concentrations, salinity, and depth. Silicate limited waters were strongly dominated (≥ 90%) by the diatom Chaetoceros socialis, which had a strong influence on phytoplankton community response to environmental conditions. High dominance of C. socialis was also related to high species richness. Nitrogen depleted waters were usually related to relatively high abundances (9–46%) of mixotrophic Dinobryon balticum. Higher number of species and higher dominance of C. socialis was detected closer to the glacier. Phytoplankton abundance and biomass (chlorophyll a) were higher in the inner fjord region, whereas primary productivity had the opposite pattern (higher productivity in the outer fjord). This suggested that an autumn bloom was peaking in the inner fjord, whereas in the outer fjord the autumn bloom was still developing. Thus, glacial surface runoff and subglacial discharge contributed to higher phytoplankton abundance and chlorophyll a concentrations, whereas primary production was also dependent on other factors such as light availability and vertical mixing. Melting of Greenland Ice sheet is predicted to accelerate in the future. Thus, the upwelling effect might increase, leading to transitory increase in marine primary production. Increased surface runoff might increase silicate concentrations benefiting diatom species, although turbid runoff water will also decrease the primary productivity due to light limitation. Nevertheless, if marine-terminating glaciers retreat further and become land-terminating glaciers, lack of nutrient upwelling will lead to faster exhaustion of nitrogen in the upper water column and primary productivity will eventually decrease. Thus, global warming and retrieving of glaciers will change the productivity of the fjord and inevitably shape the rich and unique fjord ecosystems of the Arctic.

Plastics are important materials in construction due to their longevity, durability and lightness. However, the use of plastics should be reduced as they are made mainly from fossil fuels and unnecessarily end up in the environment where they cause damage to various organisms. The purpose of this Master's thesis was to investigate whether the plastics currently used in infrastructure construction can be replaced by better choices in terms of recyclability and carbon footprint. The subject of the thesis was two infrastructure construction sites in the city of Helsinki, where it was studied how much and what types of plastics were purchased for the site, excluding packaging plastics. Thereafter, circular economy experts and waste management companies as well as pipe manufacturers were interviewed to clarify how well polyvinylchloride (PVC) and high density polyethylene (HDPE) plastic materials can currently be recycled. In addition, it was investigated whether nowadays used cable protection pipes could be replaced by recycled plastic pipes or biobased plastic pipes. Plastics that were used at the construction sites were PVC, HDPE, polystyrene (XPS), polypropylene (PP), cross-linked polyethylene (XLPE) and ethylene-propylene rubber (EPDM). There is no further processing of recycled PVC into the recycled plastic granulates in Finland, which is why PVC plastic is sold abroad. In addition, due to the chlorine content of PVC, incineration is not recommended for PVC products. For this reason, it would be good to replace PVC plastic in cable protection pipes with HDPE plastic. HDPE plastic can be recycled in Finland, and further processed into recycled plastic granulates, which can be used for pipe production instead of virgin material. There are no bio-based pipes yet in Finland, which is why waste management companies do not have experience in recycling bio-based pipes. Based on the literature review, no clear differences were found in the carbon dioxide emissions of HDPE and PVC plastic manufacturing. However, HDPE and PVC pipes made from recycled plastics were clearly lower in emissions than similar virgin plastic pipes. At the moment, within the framework of for recyclability and carbon footprint, the best option would be an HDPE cable protection pipes made of recycled plastic, as the use of recycled plastic itself reduces the carbon footprint of the pipe.

Loisten vaikutus isäntäpopulaatioihin ja isäntäyksilöiden elinkiertoon vaihtelee isäntä–lois-suhteittain. Loisten leviämistä ja vaikutuksia isäntäpopulaatioissa on kuvattu erilaisilla matemaattisilla malleilla, joissa on keskitytty joihinkin loisen yleistymisen kannalta olennaisiksi arvioituihin tekijöihin, kuten loisen transmissioon ja isäntien kuolleisuuteen, syntyvyyteen ja vastustuskykyyn. Mallien taustaoletukset ja painotukset vaihtelevat. Isäntä–lois-suhteiden muodostumisen taustalla onkin monia vaihtoehtoja tai syitä, joita on hyvä selvittää. Isäntä–lois-suhteiden muodostumista ja loisen leviämistä voidaan tarkastella myös ohjelmallisesti esimerkiksi simulaatioilla, joilla voidaan selvittää eri tekijöiden tai parametrien arvojen vaikutusta loisintaan. Simulaatio voi mallintaa loisintaa isäntäpopulaation tasolla ja kuvata tartunnan leviämistä isäntäpopulaatiossa eri hetkinä. Se voi mallintaa loisintaa myös yksilötasolla, jolloin siinä voidaan huomioida eri tavoin yksilöön liittyviä ominaisuuksia, kuten yksilön liikkumista tai parinvalintaa. Tällaisten isäntäpopulaation ja loispopulaation yksilöiden suhteita, sijainteja ja tilanteita eri hetkillä mallintavien ohjelmien suunnittelun tueksi on hyödyllistä luoda käsitteellinen malli, joka kuvaa loisintaa yksilötasolta lähtien samalla selventäen isäntien ja loisten ominaisuuksia ja loisintaan liittyviä vuorovaikutussuhteita. Tutkimuksen tavoitteena olikin luoda loisintasuhteita yleisesti kuvaava käsitteellinen malli. Tutkimuksen aineisto muodostui loisinnan biologiasta ja siihen kytkeytyvistä ilmiöistä. UML-mallinnuskieltä (Unified Modeling Language) käytetään yleisesti oliopohjaisten ohjelmistojen suunnittelussa ja järjestelmien kuvauksessa. Loisintaakin voi tarkastella isäntien ja loisten välisenä järjestelmänä, jossa loisinnan osapuolet ovat olioita. Menetelmänä käytinkin UML-luokkakaavioita. Tutkimus selvittää isäntä–lois-suhteiden olennaisia piirteitä ja muodostaa niiden pohjalta loisintaa yksilötasolla yleisesti kuvaavan UML-luokkakaavion. Osoittautui, että ’tavanomaisen’ loisinnan, jossa loinen elää kiinni isännässään hyödyntäen sitä ravintolähteenään, sekä kleptoparasitismin tai sosiaalisen loisinnan yhdistäminen samaan UML-luokkakaaviomalliin saattaa johtaa tulkinnallisiin epäselvyyksiin. Osoittautui myös, että isäntä–lois-suhteisiin liittyy erilaisia vuorovaikutuksia ja ilmiöitä esimerkiksi loishyökkäysten torjunnan osalta. UML-luokkakaaviomallista jäi pois muun muassa isännän loisintaa ehkäisevä käyttäytyminen, jotta mallin rakenne säilyi selkeänä. Isäntä–lois-suhteisiin liittyvät myös eliöiden liikkuminen ja lisääntyminen, jotka vaihtelevat lajeittain ja kehitysvaiheittain. Niitä voi tarkastella omina malleinaan, jotka kytkeytyvät loisinnan osapuoliin tai niiden kehitysvaiheisiin. Loisinnan osapuolten suhteisiin liittyy koevoluutiokin. Nopeasti ja runsaasti lisääntyvillä ja muuntuvilla mikroloisilla evoluutio voi olla nopeaa. Kuitenkin evoluutiota tarkasteltaessa pitäisi tietää, mitä mallinnetaan ja mitä rajoituksia evoluution mallinnukseen sisältyy. UML-luokkakaaviossa ei mallinnettukaan evoluutiota, vaan se vaatisi tarkempaa analyysia.